Establecido en la Península y residiendo tan pronto en Barcelona como en Madrid, funda el periódico separatista La Solidaridad, donde en unión de los hermanos Luna Novicio, de Marcelo Hilario del Pilar y de Graciano López Jaena, ya difuntos los dos últimos, vierten el virus antipatriótico y antireligioso que ha perturbado este país. Asóciase también por aquel entonces á la Masonería, entablando relaciones estrechas con Morayta para obtener, como obtuvo, que se organizaran en el Archipiélago logias de color, produciendo con ello un cisma entre los peninsulares residentes en estas Islas afiliados á la secreta secta, cisma que produjo el retraimiento de la mayor parte de aquellos, y el gran incremento de la funesta Masonería indígena.
Por esta época también reimprimió Rizal en Berlín y publicó con anotaciones, la Historia de Filipinas de D. Antonio de Morga. Trata de probar el iluso Doctor Filipino en sus citadas notas, que en este país existió antes de la dominación española una civilización moral y material tan adelantada que sobre ella asentaron los españoles las bases de la que hoy existe que poco á poco ha ido perdiéndose, hasta el punto que los actuales indios han olvidado la fundición y construcción de cañones, entre otras cosas que los antiguos conocían perfectamente.
De esta perniciosa y falsa doctrina constantemente propagada por Rizal en todas sus obras y escritos y secundada por Pedro Molo Paterno que se pasea libremente por Manila en la actualidad con el cargo de Director del Museo-Biblioteca, en su «Civilización Tagalog,» se han deducido consecuencias tan falsas y tan funestas para la dominación española, como las de que aquella subsiste no por derecho de conquista, sino por virtud de «pactos y alianzas» concertadas entre nuestros antepasados y los Reyezuelos de estas Islas, y lo de que la Reforma Municipal del Sr. Maura restablecía de lleno el Antiguo Barangay Tagalo. Discurso pronunciado por el Excmo. Sr. D. Pedro Alejandro Molo Paterno con ocasión de inaugurarse en Pagsanjan (Laguna) un monumento á D. Antonio Maura.
Por último, manifiesta sus ideas separatistas el Dr. Rizal en su última obra «El Filibusterismo» que dedica á los mártires de Cavite Padres Gómez, Burgos y Zamora, ajusticiados, por traidores á la Patria, en 1872, como principales promovedores de aquella rebelión.
Con los trabajos masónicos, como base de la organización separatista de una parte, y con la propaganda de sus obras de otra, que circulaban profusamente por el Archipiélago, minaba el Dr. Rizal esta sociedad, en la que de día en día sumaba adictos por diferentes concausas, que fuera impertinente enumerar, siendo la principal de ellas la natural tendencia de las Colonias á la emancipación.
Hasta aquí, Excmo. Sr., los datos que acerca de la conducta del Dr. Rizal, tiene en su memoria el que tiene el honor de suscribir, algunos de los cuales seguramente podrán tener fácil comprobación, según ha manifestado más arriba, con los que existan en las comandancias del 20 tercio de la Guardia civil y de la Veterana.
Los antecedentes que acerca de la persona del Dr. Rizal obran en la Secretaría de este Gobierno general del digno cargo de V. E. arrancan de Junio de 1892, en que el entonces Gobernador general de estas Islas ordenó la instrucción de expediente gubernativo á consecuencia de predicaciones y propagandas antireligiosas y antipatrióticas, llevadas á cabo por el Dr. Rizal á su regreso á estas Islas en aquel año.
De dicho expediente resulta que autorizado el Dr. Rizal por la Superior Autoridad de estas Islas, para regresar á ellas, á virtud de pretensión formulada oficialmente en este sentido desde Hong-kong, titulándose director del movimiento ó partido progresista filipino, llegando su osadía hasta á ofrecer sus leales servicios para el más fácil gobierno de estas Islas, desembarcó en esta Capital el 26 de Junio de 1892, hallándose en el equipaje de su hermana que le acompañaba un crecido número de proclamas, sin pie de imprenta, encabezadas con las palabras «Pobres frailes». (De ellas existen tres unidas al expediente.)
Sugeto Rizal á una exquisita vigilancia, entonces discretamente ejercida, tuvo conocimiento la autoridad de que al día siguiente de su llegada, 27, tomó la línea férrea de Manila á Dagupan, deteniéndose en la provincia de Bulacán y Pampanga, donde advertidos con oportunidad los Gobernadores civiles de ellas, para que extremaran la vigilancia, manifestaron:
El de Bulacán, que Rizal, acompañado de Pedro Serrano, maestro de la 2.a Escuela de Binondo, se detuvo en Malolos (Bulacán), Sulipan y San Fernando (Pampanga) y en Tárlac, regresando á Sulipan para pernoctar en casa del capitan Joaquín.