El Shogunato, que empezó en el siglo XII y tuvo su apogeo en el XVI, ha durado hasta nuestra época, pues fué destruído en 1868. El Mikado no tuvo que preocuparse en su nueva residencia mas que de los asuntos religiosos, y entonces fué cuando la segunda capital japonesa tomó su carácter teocrático y vió levantarse en su recinto los templos más grandes, recibiendo el nombre de Kioto la Santa.
Rodeado de una corte numerosa, acabó el emperador por preocuparse únicamente de las intrigas de su palacio y de su harén. Los soberanos, además de la emperatriz y de doce esposas secundarias, tenían un número infinito de concubinas. Sus aduladores palaciegos los convencieron de que no debían mostrarse nunca en público, por ser personajes de origen divino. En nuestra época, el innovador Mutsu-Hito fué el primer Mikado que se dejó ver por sus súbditos; pero aun actualmente sólo muy de tarde en tarde pueden los japoneses contemplar de cerca á su monarca.
El antiguo palacio imperial de Kioto acabó por ser una ciudad dentro de la ciudad. Sus jardines con bosques y lagos llegaron á abarcar quince leguas de circuito. En torno al emperador vivían 40.000 personas. Pero estos soberanos, que habían abdicado su autoridad en el «Generalísimo», sólo intervenían en querellas teológicas.
A los Shogunes les fué imposible permanecer en una vecindad íntima con el Mikado. Victoriosos en la guerra, poderosos en la paz, habiendo sujetado á los revoltosos daimios, necesitaban tener una corte propia, y se trasladaron á la ciudad de Kamakura, engrandeciéndola durante tres siglos. El Japón tuvo entonces dos capitales: la imperial y religiosa, que era Kioto, y la gubernativa, donde funcionaban las verdaderas autoridades, Kamakura, en la entrada de la bahía que entonces se llamaba de Yedo.
Las dos cortes vivían sin rivalidades. Los Shogunes engrandecieron el país valiéndose de un procedimiento que en otras naciones ha resultado nefasto, ó sea aislándolo del resto del mundo. Yeyazú, el más grande de los Shogunes, que muchos comparan á Pericles por el período glorioso de su gobierno, cerró los puertos del Japón á todos los extranjeros, durando tal medida doscientos cincuenta años. En este período no hubo guerras y prosperaron las industrias, formándose definitivamente el arte del Japón.
En 1853, el comodoro Parry, de los Estados Unidos, al frente de una escuadra, exigió al Shogun de entonces que abriese los puertos del Imperio, viéndose éste obligado á ceder. Los daimios, guardadores de las tradiciones, se sublevaron contra el gobernante, haciéndolo responsable de la invasión de los extranjeros. Hubo una guerra civil, y el Shogunato pereció, después de setecientos años de gobierno. Entonces, el Mikado, que había vivido obscuramente durante siete siglos como una autoridad divina y decorativa, intervino á su vez en la política, dominando á la nobleza y recobrando sus antiguas prerrogativas.
Mutsu-Hito, el penúltimo emperador, cuyo reinado duró medio siglo, hizo la más asombrosa de las revoluciones, modernizando el Japón y obligándolo á adoptar en pocos años todas las costumbres y progresos del mundo de Occidente. Este nuevo período, que puede llamarse el de «la resurrección del Mikado», exigía una nueva capital, y fué la enorme ciudad de Yedo la escogida por el progresivo emperador, pero cambiando su nombre. Yedo se llamó Tokío, en honor de Kioto la Santa, que durante siete siglos había sido la residencia del Mikado. To-Kio no es mas que la palabra Kio-To con una transposición de sílabas.
Vamos á Kamakura, antigua capital de los Shogunes, que al trasladarse éstos á Yedo empezó á decaer, siendo arruinada finalmente durante la guerra de los daimios contra el Shogunato.
Las ciudades japonesas se destruían antes con tanta facilidad como se edificaban. La madera, el lienzo y el papel eran sus únicos materiales de construcción, hasta que se instalaron los extranjeros en el país hace cincuenta años. Kamakura, al perder para siempre sus protectores, no fué reedificada, y sólo quedan de su antiguo esplendor ruinosas pagodas diseminadas en bosques y colinas, que sirvieron de emplazamiento á la antigua capital.
Lo más célebre en ella es el Daibutsu ó Gran Buda, imagen la más completa y hermosa que existe del divino Gautama.