Como cárcel perpetua se señaló á D. Luis de Carabajal, el joven, el Hospital de dementes de San Hipólito, y á D.ª Francisca, D.ª Isabel, D.ª Leonor, D.ª Catalina y D.ª Mariana, una casa aislada que estaba frente al Colegio de Santiago Tlaltelolco.
D. Luis Carabajal, el gobernador, fué desterrado de las Indias.
Así concluyó esta primera persecución que sufrió la familia de Francisco Rodriguez de Matos.
LA FAMILIA CARABAJAL
Segunda Parte
El domingo 8 de diciembre de 1596, en la Plaza mayor de México, y delante de las Casas de cabildo, celebraba la Inquisición un auto público de fe, y á este auto público salían como penitenciados Doña Francisca Núñez de Carabajal y sus hijos D. Luis, D.ª Leonor, D.ª Isabel y D.ª Catalina.
Vamos á ver por qué estaban allí y cuál es la suerte que les esperaba.
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Por el mes de enero de 1595, el fiscal de la Inquisición, que lo era en aquella época el Dr. Martos Bohorques, acusó formalmente ante los Inquisidores Dr. Lobo Guerrero y D. Alonso de Peralta, á D.ª Francisca de Carabajal y á sus hijos, por observantes de la ley de Moisés, con la agravante circunstancia de que todas estas personas habían sido ya procesadas y reconciliadas por el mismo delito en el año de 1590.
Los Inquisidores, como era natural, ordenaron la prisión de los reos, que fueron conducidos inmediatamente á las cárceles secretas del Santo Oficio.