Martin jo varhain kehittyneelle tunne-elämälle eivät antaneet kotiolot mitään tyydytystä. Sitä luuli hän löytävänsä kirkon helmassa. Syvään tunkivat hänen sieluunsa juhlalliset virret, salaperäinen suitsutus, juhlakulkueet ja nuo muut lukuisat mysteriot. Hän pääsi siellä ajattelemasta rankaisevaa Jumalata. Kirkkohan oli anteeksi antava äiti; siellä hän sai mielikuvituksessa seurustella hellien, aina esirukouksillaan syntisiä auttavien naispyhimysten, neitsy Marian, pyhän Annan y.m. kanssa. Siellä tapasi hän vihdoin sitä rakkautta, jota hänen lapsensydämmensä kirkon ulkopuolella turhaan etsi; siellä aavisti hän korkeampaa maailmaa, ja siellä heräsi hänessä hiljainen, syvä halu päästä sen salaisuuksien perille. Siten tuli hänelle kirkko kirkkona hänen ensimmäisen tulisen rakkautensa esineeksi, ja kuinka katkerasti ja kestäväisesti hänen täytyi taistella vapautuaksensa siitä, sen todistaa hänen elämäkertansa. Kun hänen omatuntonsa pakotti häntä vastustamaan erityisiä väärinkäytöksiä kirkossa, ei hän mitenkään luullut loukkaavansa itse kirkkoa. Päinvastoin luuli hän, että kaikki rehelliset kirkon vartijat kohta asettuisivat hänen puolellensa puhdistamaan niitä tahroja, joilla pahanilkiset väärentäjät olivat armasta äitiä heidän tietämättänsä saastuttaneet. "Olen paavin huoneessa ja kirkossa kastettu", kirjoitti hän taistelunsa alkuaikoina, "enkä tahdo unohtaa isäni huonetta, tahdon sitä suuresti kunnioittaa, langeta sen jalkojen juureen, kun minun vaan sallitaan uskoa Herraani Kristukseen." Yhtä vaikeata oli hänen erota niistä pyhimyksistä, joiden rakkautta hän luuli lapsena nauttineensa ja vastarakkaudella palkinneensa. "Ylen katkeralta tuntui minusta erota pyhimyksistä, joihin olin niin syvästi mieltynyt ja hurmaantunut." Askel askeleelta pakottivat itse kirkon vartijat häntä näkemään, että koko kirkko päästään ja jäsenistään oli uudistettava. Se oli hänen suuri surunsa.
Seitsenvuotiaana pantiin pieni Martti kouluun. Ainoastaan kauhulla saattoi hän myöhemmin muistella näiden ensimmäisten kouluvuosien julmuutta. Opetusaineet olivat sisäluku, kirjoitus, vähän laskuoppia ja uskontoa, latinan kieliopin alkeet ja kirkkolaulu. Senaikuinen opetus, ainakaan tässä koulussa, ei tietänyt muusta kuin ajattelemattomasta ulkoluvusta, eikä muusta opetus-välikappaleesta kuin vitsasta. Kerrotaan, että Martti-poika saattoi yhtenä aamukautena tulla viisitoista kertaa ruoskituksi. Jos oli koti ankara niin oli koulu julma. Myöhemmin kertoi Luther "koulun helvetistä ja kiirastulesta, kun kaikesta vavistuksesta, tuskasta ja voivotuksesta huolimatta ei sittenkään opittu mitään". Seitsemän vuotta kesti tämä kidutus.
Isä ei kuitenkaan hellittänyt tuumasta hankkia Martillensa, jonka lahjakkaisuus oli tullut huomatuksi, korkeampaa oppia. Suuria varoja tosin ei ollut hänellä vieläkään, mutta siihen aikaan saivatkin pojat varhain itse pitää huolta toimeentulostaan. Saksassa niin kuin meilläkin oli "teininä" kulkeminen, s.o. kerjuu, muodostunut varsinaiseksi elinkeinoksi koululaisille. Tosin oli semmoinen elämäntapa vaarallisille viettelyksille altis; moni joutuikin jo alusia haaksirikkoon, mutta ne, jotka pelastuivat, kehittyivät lujaluontoisiksi ja itsenäisiksi.
Martin tuli nyt lähteä Magdeburgiin opintojansa jatkamaan. Hyviä neuvoja ja varoituksia sai hän kyllä vanhemmiltaan lähtiessään matkaan, mutta sitä vastoin varsin niukasti muuta evästä. Tottunut oli hän kyllä köyhyyteen, ja kovia oli hän kaikkialla kokenut; se kuiva leipä, joka hänelle ripoi laulaessaan ovien edustalla, riitti siis kutakuinkin, eikä hänen mielensä siitä masentunut. Magdeburgin koulu olikin onneksi toista laatua kuin se, josta hän oli lähtenyt. Siinä todellakin tahdottiin kasvattaa ja opettaa. Mutta hän ei saanut nauttia tätä opetusta enemmän kuin yhden vuoden, eikä se siis saattanut suuria tuloksia tuottaa. Pysyväisimpänä muistona sieltä säilyi hänessä Anhaltin ruhtinas Wilhelm, joka oli antautunut fransiskaanimunkiksi ja kulki ovesta ovelle kerjäläissäkki selässään paastojen ja katumusharjoitusten tähden lopen riutuneena. Näin sitä kai Jumalaa lepytetään ja autuutta ansaitaan, arveli Luther.
Vanhemmat siirsivät nyt hänet Eisenachiin, joka oli heidän kotipaikkaansa lähempänä, ja jossa hänellä oli sukulaisia äidin puolelta. Leipäänsä täytyi hänen yhä kerjätä niinkuin ennenkin. Mutta siellä kuitenkin ensikerta pilkisti pieni auringonsäde hänen synkkään nuoruuteensa. Erästä varakasta kauppamiehen vaimoa, Ursula Cottaa, ihastutti Lutherin kaunis lauluääni; rouvan tuli häntä sääli, ja Luther sai perheessä aterioida, joskus asuakin. Muitakin suosijoita ilmaantui hänelle, ja oppiminen kävi sujuvasti taitavien opettajien johdolla. Neljä vuotta kävi Luther Eisenachin koulua, ja pidettiin silloin erittäin etevänä oppilaana, kypsyneenä siirtymään Erfurtin yliopistoon.
Vuonna 1501 alkoi Luther opintojansa tässä yliopistossa, jolla oli maine Saksan etevimpien joukossa. Vanha skolastiikki Aristoteleen logikan pohjalla oli kyllä vielä valtiaana eikä kukaan uskaltanut epäillä kirkonopin erehtymättömyyttä, vaikka siellä edellisen vuosisadan keskivaiheella Jakob Jüterbockista ankarasti oli moittinut kirkon turmelusta ja melkein samanaikainen Juhana Wessel evankeelisen oppinsa tähden kuollut vankeudessa 1486. Mutta kaikki jäljetkin näistä opettajista olivat jo kadonneet, ja näennäisesti horjumattomina seisoivat taas kirkon muurit.
Isän tahdosta piti Lutherin antautua lainopilliselle uralle. Perheen taloudellinen tila oli jo siksi parantunut, että Luther saattoi ilman leipähuolia suorittaa opintojansa yhä suuremmalla menestyksellä, ensin filosooffisessa tiedekunnassa, jossa hän 1502 saavutti ensimäisen akadeemisen arvoasteen bakkalaureuksena. Vuonna 1505 vihittiin hän maisteriksi. Nyt oli siis aika ruveta lainopin tutkimiseen, mutta varsinaista halua siihen Luther ei tuntenut. Isänsä tahtoa olisi hän kuitenkin noudattanut ja epäilemättä kohonnut jonkinlaiseksi ruhtinaalliseksi kansleriksi, ellei korkeampi käsky olisi vienyt hänet vallan toiselle ja aavistamattomalle uralle.
Lutherin erinomaiset luonnonlahjat, joita hän kehitti uupumattomalla ahkeruudella, saivat sekä opettajia että opintotovereja ennustamaan, että hänestä vielä koituisi Saksalle suuri mies. Mutta millä alalla? Korkeat kardinaalivirat olivat melkein poikkeuksetta italialaisten käsissä, ja tie niihin kävi tavallisesti luostarien kautta, jotka jo olivat joutuneet valistuneempien ylönkatseen alle. Se mahdollisuus, että Luther antautuisi laiskottelevaan munkki-elämään ei juolahtanut kenenkään, kaikkien vähimmin isän, eikä suinkaan Lutherinkaan mieleen. Kuka olisi voinut ajatella munkiksi tuota reipasta ja nerollista maisteria, joka iloisesti seurusteli kumppaniensa kanssa ja elähytti heidän iltamiansa laululla ja huilun soitolla, johon hän oli harjaantunut omin neuvoin satunnaisen sairauden aikana. Hän oli, näet, eräällä matkalla tapaturmaisesti loukannut tykytyssuonen reidessään ja oli todellakin hengenvaarassa verenvuodon tähden. Mutta pyhimykset, joita hän avuksensa huusi, pelastivat hänet sillä kertaa, niin ainakin hän itse käsitti asian.
Tuon reippaan ja virkeän nuorukaisen iloisuuden alla piilei kuitenkin sydämmen salaisessa sopukassa kalvava mato. Lapsuudesta saakka oli hänessä, kuten näimme, uskonnollinen harrastus, ja kirkon komeita ja salaperäisiä menoja rakasti hän. Mutta niiden takana vallitsi ankarana, leppymättömänä tuomarina Jumala, joka säälimättä rankaisi kaikki tekemiset ja laiminlyömiset. Jos jo hänen maallinen isänsä rankaisi hänen rikoksensa, kuinka ankarasti eikö vanhurskas Jumala tuomitsisi hänen syntejänsä. Viimeisen tuomion kauhut ja nuo peräytymättömät sanat: "menkäät pois minun tyköäni, te kirotut, siihen ijankaikkiseen tuleen, joka valmistettu on perkeleelle ja hänen enkeleillensä", ne kajahtelivat hänen sydämmessään, ja ne yksin kajahtelivat pappien saarnoissa. Kuinka äkkiarvaamatta tämä kauheuden päivä saattaa koittaa, sen oli hän huomannut äsken hänelle sattuneesta tapaturmasta, sitä oli hänelle taas muistuttanut erään hänen nuoren ystävänsä äkillinen kuolema. "Mitä minun pitää tehdä autuaaksi päästäkseni", se kysymys häämöitti hänelle iloisimmassakin seurustelussa. Hetkiä oli, jolloin kumppanit semmoisissakin tilaisuuksissa huomasivat hänen äkkiä muuttuneen miettiväksi ja alakuloiseksi. Syytä eivät tienneet, arvelivat vaan, että nythän "muusikerimme", joksi he sanoivat häntä soittotaidon tähden, on vaihtunut "filosoofiksi".
Eräänä päivänä saivat Lutherin ystävät kutsuu saapua hänen luoksensa illanviettoon. Äsken kaupungissa raivonnut rutto oli vihdoin lakannut, siinä kai aihe kutsuun. Isäntä vastaanotti vieraitansa entisellä reippaudella ja ystävyydellä. Vilkasta olikin keskustelu; useat kutsutuista olivat juuri suorittaneet yliopistokurssinsa ja olivat astumaisillaan elämän avarammille aloille. Lutherista taas tiesivät kaikki, että joko hän jäisi yliopistoon tahi antautuisi muille aloille niin oli hänellä aina edessä valoisa ja kunniakas tulevaisuus. Tunnit lensivät pois; keskusteluja höystettiin laululla ja soitolla. Mutta lopulla näkyi isäntä muuttuvan vakavaksi jopa juhlalliseksi. "Jumala on lähettänyt minulle käskynsä", sanoi hän. "Palatessani matkalta Erfurtiin saavutti minua Thyringenin metsässä kauhea ukkosilma. Toinen jyskäys seurasi toista, salamat risteilivät pääni yli, ja yksi vihdoin iski maahan aivan jalkani juureen. Olihan tässä vihastuneen Jumalan ääni ja viimeisen tuomion ennakkonäytös. Olin yksin eikä suojaa missään, saattoihan salama iskeä minuun ja silloin seisoisin ijankaikkisen tuomion edessä. Turhat ovat silloin rukoukset. Minä vaivuin polvilleni maahan ja huudahdin: 'Auta, armias Anna, minä rupean kohta munkiksi'." Toverien hämmästys ja suru oli tuskallinen. He koettivat saada hänet luopumaan ajattelemattomasta lupauksestaan. He kuvasivat hänen isänsä murheita ja suuttumusta, kuinka paljon yliopisto ja vihdoin koko Saksa menettäisi. Mutta kaikki oli turhaa. "Päätökseni on peruuttamaton. Täytyy luopua isästä ja äidistä ja paeta Kristuksen ristin juureen. Kuka ikinä kätensä auraan laskee ja taaksensa katsoo, ei se ole sovelias Jumalan valtakuntaan."