Kukaan ei tahtone väittää surkastuneilla elimillä olevan suurta fysiologista tai olion elämälle tärkeätä merkitystä, mutta kumminkin tällaisille elimille annetaan usein jaotuksessa suuri arvo. Kukapa tahtoisi kieltää, että nuorten märehtijöiden yläleuassa olevat surkastuneet hampaat sekä eräät surkastuneet sääriluut ovat erittäin tärkeitä todisteita märehtijöiden ja paksunahkaisten läheisestä sukulaisuudesta. Ja Robert Brown on painokkaasti huomauttanut, kuinka heinäkasvien jaotuksessa surkastuneiden kukanaiheiden asettelulla on mitä tärkein merkitys.
Voisimme osottaa lukuisilla esimerkeillä, kuinka on saatu jaotustunnusmerkkejä sellaisista elimistönosista, joiden fysiologista arvoa täytyy pitää hyvin vähäisenä, mutta jotka yleisesti ovat tunnustetut erittäin tärkeiksi kokonaisia ryhmiä määriteltäessä. Niinpä ainoa tunnusmerkki, joka täydelleen erottaa kalat matelijoista, on Owen'in mukaan se seikka, onko sierainten ja suun välissä olemassa avoin väylä; samantapaisia tunnusmerkkejä ovat pussieläinten ryhmässä alaleuan kulman taivutus, hyönteisten luokassa se tapa, millä siivet ovat poimutetut, eräissä leväkasveissa pelkkä väri, heinäkasvien ryhmässä kukanosien karvaisuus tai kaljuus, sekä luurankoisten luokassa ihopeitteen laatu — karvat tai höyhenet. Jos Ornithorhyncus-eläimellä olisi ollut höyhenpeite karvapeitteen asemasta, olisi tämä ulkonainen ja vähäpätöinen tunnusmerkki luonnontutkijain mielestä ollut suureksi avuksi määriteltäessä tämän kummallisen olennon sukulaisuutta lintujen kanssa.
Vähäpätöisten ominaisuuksien tärkeys jaotuksessa riippuu etupäässä siitä, että ne ovat vuorosuhteessa muihin, enemmän tai vähemmän tärkeisiin ominaisuuksiin. On todellakin aivan ilmeistä, että ominaisuuksien yhteissummalle on luonnontieteessä myönnettävä suuri arvo. On usein huomautettu, kuinka laji saattaa erota sukulaisistaan useilta ominaisuuksiltaan, sekä fysiologisesti tärkeiltä että sellaisilta, jotka ovat ryhmässä miltei yleisesti vallitsevia, sen silti tarvitsematta jättää mitään sijaa epäilykselle, mihin ryhmään se on luettava. Samasta syystä on havaittu jokainen jaotus, joka perustuu yhteen ainoaan tunnusmerkkiin, vaikkapa kuinka tärkeään, epäonnistuneeksi; sillä mikään elimistön osa ei ole ehdottoman konstantinen. Ainoastaan tunnusmerkkien yhteissumman tärkeys, vaikkei yksikään tunnusmerkeistä sinänsä olisi tärkeä, tekee ymmärrettäväksi Linnén lausuman aforismin, että tunnusmerkit eivät määrää sukua, vaan että suku määrää tunnusmerkit, sillä "suku" näyttää perustuvan useihin havaittuihin vähäpätöisin yhtäläisyyksiin, jotka ovat liiaksi vähän silmäänpistäviä, jotta niitä voisi määritellä. Eräillä Malpighiaceae heimon kasveilla on sekä täydellisiä että vaillinaisesti kehittyneitä kukkia; jälkimäisiltä on, kuten A. de Jussieu on huomauttanut, "suurin osa lajille, suvulle, heimolle ja luokalle ominaisista tunnusmerkeistä kadonnut, siten ivaillen meidän jaotustamme". Huolimatta siitä, että Aspicarpa tuotti Ranskassa kasvatettuna useina vuosina perättäin ainoastaan näitä vaillinaisia kukkia, jotka niin ihmeellisesti poikkesivat monilta kaikkein tärkeimmiltä rakenteenkohdiltaan lahkolle ominaisesta tyypistä, oli Richard Brown — huomauttaa Jussieu — kumminkin kylliksi tarkkanäköinen havaitakseen, että tämä suku oli edelleenkin luettava Malpighiaceae heimoon kuuluvaksi. Tämä tapaus on kuvaava esimerkki meidän jaotustemme arvosta.
Käytännössä eivät luonnontutkijat paljoakaan välitä näiden ominaisuuksien fysiologisesta arvosta, joiden mukaan ne määrittelevät jonkin ryhmän tai sijottavat jonkin erikoisen lajin. Jos he havaitsevat, että jokin tunnusmerkki miltei yhdenmukaisena on yhteinen suurelle joukolle muotoja, vaan ei toisille, antavat he sille suuren arvon; jos se on yhteinen harvemmille muodoille, antavat he sille toisarvoisen merkityksen. Monet luonnontutkijat ovat avomielisesti tunnustaneet pitävänsä tätä periaatetta ainoana oikeana, eikä kukaan ole lausunut sitä selvemmin kuin kuuluisa kasvientutkija Aug. St. Hilaire. Jos havaitaan useiden vähäpätöisten tunnusmerkkien aina esiintyvän toistensa seurassa, vaikkei niiden välillä voitaisikaan havaita mitään näkyvää yhdyssidettä, annetaan niille erikoinen arvo. Koska useimmissa eläinryhmissä tärkeät elimet, kuten verenkiertoelimet, hengityselimet, sukupuolielimet, ovat miltei yhdenmukaiset, pidetään niitä jaotukseen nähden erittäin arvokkaina; toisissa ryhmissä nämä elintoiminnalle kaikkein tärkeimmät elimet sen sijaan tarjoovat ainoastaan aivan toisarvoisia tunnusmerkkejä. Niinpä on Fritz Müller äskettäin huomauttanut, kuinka samassa äyriäisryhmässä Cypridina on varustettu sydämellä, kun sitävastoin kahdelta läheiseltä sukulaiselta, Cypris ja Cytherea suvuilta, tämä elin puuttuu; eräällä Cypridina lajilla on hyvin kehittyneet kidukset, mutta eräs toinen laji on niitä vailla.
On ymmärrettävää, että alkiosta saadut tunnusmerkit ovat yhtä tärkeät kuin täysinkehittyneestä eliöstä saadut, sillä luonnollinen jaotus käsittää tietysti kaikki ikäkaudet. Vallitsevalta käsityskannalta ei sitävastoin suinkaan ole selvää, että alkion rakenne on tässä suhteessa vielä tärkeämpikin kuin täysinkehittyneen eliön, koska ainoastaan täysinkehittynyt eliö ottaa osaa luonnon talouteen. Kumminkin ovat suuret luonnontutkijat Milne Edwards ja Agassiz väittäneet embryologisia tunnusmerkkejä ehdottomasti kaikkein tärkeimmiksi, ja tämä mielipide on yleisesti tunnustettu oikeaksi. Näiden tunnusmerkkien tärkeyttä on tosin joskus liioteltu, kun ei niistä ole erotettu toukkien adaptivisia (sopeutumis-) ominaisuuksia; osottaakseen tämän jakoi Fritz Müller äyriäisluokan ainoastaan näiden tunnusmerkkien perusteella ja järjestely osottautui luonnottomaksi. Mutta ei saata olla mitään epäilystä siitä, että embryoniset ominaisuudet, lukuunottamatta toukka-asteen tarjoamia tunnusmerkkejä, ovat sekä eläinten että kasvien jaotuksessa kaikkein tärkeimmät. Niinpä kukkivien kasvien pääjaotus perustuu alkiossa havaittaviin eroavaisuuksiin — sirkkalehtien lukumäärään ja asemaan sekä alkiosilmun ja juurukan kehitystapaan. Tulemme kohta näkemään, kuinka näiden tunnusmerkkien suuri arvo perustuu siihen, että luonnollinen järjestelmä on pohjaltaan genealoginen.
Meidän jaotuksiimme ovat usein selvästi vaikuttaneet sukulaisuussuhteet. Ei mikään ole helpompaa kuin luetella joukko kaikille linnuille yhteisiä tuntomerkkejä, mutta jokainen yritys määritellä äyriäisiä yhteisten tuntomerkkien nojalla on tähän saakka havaittu mahdottomaksi. Äyriäisluokan jäsenten muodostaman sarjan äärimäisiin päihin kuuluvilla äyriäisillä on tuskin ainoatakaan yhteistä tuntomerkkiä; mutta kumminkin voidaan havaita äärimäisissä päissä olevien lajien, koska ovat selvästi sukua toisille, nämä jälleen toisille j.n.e., epäilyksettömästi kuuluvan tähän eikä mihinkään muuhun Articulata-luokkaan.
Maantieteellistä levenemistä on usein, joskaan ei aivan johdonmukaisesti, käytetty jaotusperusteena, etenkin kysymyksen ollessa hyvin laajoista ryhmistä, jotka käsittävät lähisukuisia muotoja. Temminck väittää menetelmän olevan hyödyllisen, vieläpä välttämättömänkin eräisiin linturyhmiin nähden, ja sitä ovat noudattaneet useat hyönteisten ja kasvien tutkijat.
Mitä vihdoin eri lajiryhmien, kuten lahkojen, alalahkojen, heimojen, alaheimojen ja sukujen suhteelliseen arvoon tulee, näyttää se, ainakin nykyään, olevan miltei mielivaltainen. Useat etevimmistä kasvientutkijoista, kuten Bentham y.m., ovat ehdottomasti väittäneet niiden arvoa mielivaltaiseksi. Kasvien ja hyönteisten jaotus tarjoaa esimerkkejä siitä, kuinka kokeneet luonnontutkijat ensin ovat pitäneet jotakin ryhmää ainoastaan sukuna ja sittemmin kohottaneet sen alaheimon, vieläpä heimonkin arvoon. Eikä tätä ole tehty siitä syystä, että edistynyt tutkimus olisi paljastanut tärkeitä rakenteen-eroavaisuuksia, jotka sitä ennen olivat jääneet huomaamatta, vaan syystä että myöhemmin on löydetty lukuisia, ainoastaan lievästi eroavia sukulaislajeja.
Kaikki edellämainitut jaotussaännöt sekä sitä edistävät ja vaikeuttavat seikat ovat, ellen pahasti erehdy, selitettävissä siten, että luonnollinen järjestelmä perustuu polveutumiseen ja muunteluun, että ne tuntomerkit, joiden luonnontutkijat katsovat osottavan todellista sukulaisuutta kahden tai useamman lajin välillä, ovat perityt yhteisiltä esivanhemmilta, jotenka jokainen oikea jaotus on luonteeltaan genealoginen, että alkuperän yhteisyys on se kätketty yhdysside, jota luonnontutkijat ovat itsetiedottomasti etsineet ja ettei heidän tarkotuksenaan suinkaan ole ollut vain yleisten mietelmien julkilausuminen eikä pelkkä enemmän tai vähemmän toisiaan muistuttavien olioiden yhdisteleminen ja erotteleminen.
Mutta minun on selitettävä käsitykseni täydellisemmin. Uskon ryhmien järjestelyn kussakin luokassa, ollakseen luonnollinen, täytyvän olla tarkalleen genealogisen, jotta ryhmät olisivat oikein alistetut toistensa alle ja oikeassa suhteessa toisiinsa. Mutta eroavaisuuksien suuruus saattaa suuresti vaihdella eri ryhmissä, vaikka nämä olisivat yhtä läheisessä veriheimolaissuhteessa yhteisiin esivanhempiin, riippuen siitä, kuinka suuren muuntelun alaisina ryhmät ovat olleet; ja tämä on jaotuksessa ilmaistuna siten, että muodot jaotellaan eri sukuihin, heimoihin, alalahkoihin tai lahkoihin. Lukija käsittänee parhaiten tarkotukseni, jos hän ottaa vaivakseen uudelleen silmäillä neljännessä luvussa julkaistua kuviota. Olettakaamme kirjainten A—L esittävän silurikaudella eläneitä sukuja, jotka polveutuvat jostakin vieläkin aikaisemmasta muodosta. Kolmesta suvusta (A, F ja I) polveutuu kustakin yhdestä lajista toisintuneita jälkeläisiä nykyaikaan saakka, joita esittävät nuo viisitoista ylimmällä vaakasuoralla viivalla olevaa sukua a14 — z14. Kaikki nämä yhdestä lajista polveutuvat muuntuneet jälkeläiset ovat tietysti vereltään eli syntyperältään toisilleen yhtä läheistä sukua, niitä saattaa kuvaannollisesti kutsua serkuksiksi niin ja niin monennessa miljoonantiessa polvessa. Mutta kumminkin ne eroavat suuresti ja eri määrässä toisistaan. A:sta polveutuvat muodot, jotka nyt jakautuvat kahdeksi tai kolmeksi heimoksi, muodostavat I:stä polveutuvista muodoista eroavan lahkon ja viimemainitut muodot ovat nekin jakautuneet kahdeksi heimoksi. Nykyään eläviä A:sta polveutuvia lajeja ei myöskään voida lukea samaan sukuun kuuluviksi kuin kantalaji A, eikä I:stä polveutuvia samaan sukuun kuin kantalaji F. Mutta nykyään elävän suvun F14 voidaan katsoa ainoastaan lievästi toisintuneen, ja se kuuluu siis samaan heimoon kuin kantasuku F, aivan kuten muutamat vielä elävät eliöt kuuluvat silurikauden sukuihin. Näin on eroavaisuuksien suhteellinen suuruus näiden elollisten olentojen välillä, jotka kaikki ovat toisilleen yhtä läheisiä veriheimolaisia, muodostunut hyvin vaihtelevaksi. Kumminkin niiden genealoginen järjestely pysyy tarkalleen oikeana, eikä ainoastaan nykyaikaan vaan kuhunkin toistansa seuraavaan polveutumiskauteen nähden. Kaikki A:n toisintuneet jälkeläiset ovat välttämättä perineet jotakin yhteistä yhteiseltä esi-isältään, samoin myös kaikki I:n jälkeläiset. Näin täytyy olla jokaisen polveutumishaaran ja jokaisen toistansa seuraavan polveutumisasteen laita. Jos kumminkin oletamme jonkun A:n tai I:n jälkeläisen niin paljon muuntuneen, että se on kadottanut kaikki vanhempiensa tunnusmerkit, on sen sija luonnollisessa järjestelmässä tässä tapauksessa häipynyt näkymättömiin, kuten nähtävästi on käynyt muutamille nykyisille eliöille. Oletamme kaikkien suvun F jälkeläisten kautta koko polveutumissarjan vain lievästi muuntuneen, joten ne muodostavat yhden ainoan suvun. Mutta vaikka tämä suku onkin kovin eristetty, on sillä kuitenkin edelleenkin sille kuuluva välittävä asema. Sellaisena kuin kuviomme tasapinnassa esittää ryhmien polveutumisen, esittää se sen aivan liian yksinkertaisena. Haarautumien tulisi lähteä kaikkiin suuntiin. Jos ryhmien nimet olisivat yksinkertaisesti kirjotetut viivoille yhteen riviin, olisi esitys vielä vähemmän luonnollinen; ja selväähän on, ettei ole mahdollista esittää sarjassa tasapinnalla sukulaisuussuhteita, joita luonnossa havaitsemme saman ryhmän jäsenten välillä. Luonnollinen järjestelmä on siis luonteeltaan genealoginen, sukupuun tapainen; mutta sen muuntelun suuruus, jonka alaisina eri ryhmät ovat olleet, on ilmaistava ryhmittämällä ne eri sukuihin, alaheimoihin, heimoihin, alalahkoihin, lahkoihin ja luokkiin.