Elämä oli auennut hänelle keväisenä idyllinä, se päättyi murhenäytelmänä.
Vainajien muistojuhlassa marraskuun 2 päivänä 1897 hän yhdessä puolisonsa kera meni Wienin Kapusinilaiskirkkoon, missä yhdessä rukoilivat poikansa arkun ääressä.
Jonkun ajan kuluttua hän lähti Itävallasta ja meni ranskalaiseen Biarritzin kylpypaikkaan, missä viipyi kaksi kuukautta. Hän tuotti Ranskan hallitukselle useita vaikeuksia, kun hän pitkillä kävelyillään meni Ranskan ja Espanjan välisen rajan poikki ja kun — aivan vastoin hänen tahtoaan — täytyi ryhtyä toimenpiteisiin hänen suojelemisekseen tämän rajaseudun ryöväreiltä.
Liikuttava tapaturma oli äsken temmannut elämästä hänen nuorimman sisarensa. Alenconin herttuatar oli Ranskan ylhäisön eräitten naisten kera toimeenpannut keväällä vuonna 1897 hyväntekeväisyysmyyjäiset eräässä vasta rakennetussa parakissa Parisissa. Neljän aikaan iltapäivällä toukokuun 4 päivänä 1897 yht'äkkiä räjähti lamppu, jonka piti valaista eläviä kuvia. Tuli tarttui oviverhoon, ja kun ovet avattiin ihmisten päästämiseksi ulos, niin yht'äkkiä kaikki oli liekkien vallassa.
Satakolmetoista henkeä kuoli liekkeihin. Niitten joukossa oli myöskin Alenconin Sophie, Baierin Ludvig II:n entinen morsian. Hänen ruumiinsa löydettiin myöhemmin ja todennettiin. Mutta jo heti tulipalon jälkeen tiedettiin, että hänen oli täytynyt joutua tuhon omaksi, sillä hänen vihkimäsormuksensa oli löydetty raunioista.
Neapelin kuningatar ja Tranin kreivitär Mathilda olivat nyt ainoat elossa olevat keisarinnan sisaret.
Näistä Mathilda oli häntä lähinnä. Hän oli sielultaan ja maultaan Elisabetin kaltainen, hänkin karttaen maailmaa ja voiden parhaiten viettäessään liikkuvaista matkailijanelämää. Kylpypaikoissa ja hotelleissa hän kätkeytyi vaatimattoman "Neiti Nelly Schmidt'in" nimen suojaan.
Elämänsä viimeisen joulun keisarinna Elisabet vietti Parisissa sisarensa kanssa. Mutta ankara ischias-kohtaus pakoitti hänet kiiruhtamaan matkaansa etelään. Uudenvuoden iltana hän sen tähden lähti Marseilleen, mistä huvilaivansa Miramar vei hänet ja Tranin kreivittären San Remohon.
Siellä he olivat yhdessä pari kuukautta. Maaliskuun 1 päivänä he molemmat matkustivat Turinin kautta Territet'iin Sveitsiin, missä sisarukset erkanivat koskaan enää tapaamatta toisiaan.
Aikaisempina vuosina Elisabet oli usein oleskellut Genève-järven seuduilla, ja hän palasi mielellään paikkoihin, jotka hyvin tunsi. Territetistä hänen oli tapansa joka päivä mennä rautatiellä Glioniin ja sieltä jalkaisin vielä korkeammalla olevaan Mont de Caux'hon ainoastaan hovinaisen taikka erään nuoren miehen, Fredrik Barkerin, saattamana, joka oli hänen viimeinen lukijansa.