Ollen enemmän levoton omasta turvallisuudestaan kuin veljestään, kuninkaasta, jonka menettelytapa ennen oli antanut hänelle paljon puheen aihetta, pakeni hän maasta vaimoineen ja lapsineen, niin pian kun alkoi aavistaa, että vaara uhkasi häntä Ranskassa. Hän luuli sanovansa hyvästit isänmaalleen yhdeksi kuukaudeksi, mutta viisikolmatta vuotta kului ennenkuin hän pääsi sitä jälleen näkemään.
Samalla kertaa kuin Artoisin kreivi ja hänen perheensä lähtivät maasta, matkustivat myös Enghienin ja Bourbonin herttua, prinssit Condé ja Conti, Vauguyonin herttua, apotti Vermond, parooni Breteuil sekä monta muuta eronsaaneista ministereistä. Nämä miehet — etupäässä Artoisin kreivi — antoivat siten alun maasta pakenemiselle, joka ei ollut ainoastaan harha-askel, vaan tulipa vielä vaaralliseksikin sen kautta, että se riisti valtaistuimelta sen luonnolliset puolustajat, jätti tien avoimeksi vastustajille ja antoi vallankumoukselle yhden sen mahtavimpia aseita.
Epäilykset Marie Antoinetten suhteen pysyttelivät sitkeinä. Luultiin hänellä olevan samat poliittiset mielipiteet kuin Artoisin kreivillä. Yleinen mielipide teki hänet vastuunalaiseksi hovipuolueen salaisista hankkeista, ja jo siihen aikaan kulki huhu, että hän ja lanko olivat salaisissa keskusteluissa vierasten hallitsijain kanssa.
Nämä huhut olivat kokonaan tuulesta temmattuja. Hänen luottamuksensa Artoisin kreiviin oli jo aikaa sitten vaihtunut epäilykseksi, ja hänen poliittista kantaansa tänä aikana kuvaa paraiten hänen veljensä keisari Josefin lausunto:
"Hän on liittynyt ainoaan puolueeseen, joka on hänelle sopiva. Hän elää sulkeutunutta elämää ja pitää yksinomaan huolta lapsistaan."
Mutta viha häntä kohtaan oli jo kauan ollut niin valtava, ettei sitä voitu saada vaikenemaan.
Suuria mullistuksia oli epäilemättä tulossa, ja tuntematon tapausten juoksu oli murtava sydämiä ja muuttava ihmisten kohtaloita. Vielä ei tosin uskallettu käydä käsiksi kuningattaren persoonaan, mutta hänen ystävänsä eivät enää olleet varmoja hengestään.
Huudot, että Polignac-perhe oli uhrattava — murhattava salaa tai avoimesti kadulla — tulivat yhä äänekkäämmiksi ja toistuivat häikäilemättömällä rohkeudella. Nämä lauselmat tunkivat aina valtaistuimen juurelle saakka. Kuningattaren kamarirouva, madame Campan, kertoo, että hän eräänä päivänä kuuli valepukuisen miehen lausuvan hunnutetulle naiselle:
"Herttuatar on vielä Versaillesissa. Hän on kuin myyrä, joka työskentelee näkymättömissä, mutta vielä me saamme hänet käsiimme."
Marie Antoinette oli kauan tiennyt, että madame Polignacia katseltiin epäsuopein silmin. Uhkauksista saattoi nykyisissä oloissa sukeutua verinen todellisuus, ja kuningatar unhotti oman vaaransa ajatellessaan ystäviään. Hän teki itse alotteen saattaakseen Polignac-perheen kansan raivolta turviin.