Hän oli tyytymätön itseensä. Hänen menetetty onnensa ja menetetty hallitsijavaltansa olivat hänen mielestänsä vähäpätöisiä sen askeleen rinnalla, joka hänet nyt oli pakotettu tekemään.
Paavi paheksi suuresti kuninkaan tekoa.
"Meille ei ainoastaan lisää huolia, vaan on meidän suruillemme liian raskas taakka nähdä jalon ruhtinaan taipuvan ylivoiman edessä ja allekirjoittavan katoolisen opin perusteille vihamielisiä asiakirjoja", kirjoitti Pius VI hänelle terävästi.
Surullisia seurauksia uudesta kirkkoasetuksesta tuli pian näkyviin. Lähes kolmasosa papistoa kieltäytyi noudattamasta uutta asetusta, ja papiston vastustus aikaansai hämmennystä koko maassa.
Ainoastaan vaillinaisesti onnistuttiin saamaan lukuisat vapaana olevat virat täytetyiksi. Koetettiin pakottaa pääkaupungin hengellisiä saarnastuolissa tekemään valan uuden asetuksen noudattamiseksi, mutta useat tekivät uppiniskaista vastarintaa.
Viidenkymmenen papin ympäröimänä julisti Sant-Sulpicen piispa kirkon kirouksen niille, jotka polkivat kirkon lakeja. Saint-Marguériten kirkkoherra ilmoitti saarnastuolista kieltäytyvänsä alistumasta muutettujen säännösten alaiseksi ja lisäsi:
"Mitä tahdotaan minulta riistää? — Virkaniko? Ryöstäminen koskee teitä, sillä kaikki mitä minulla on kuuluu teille! Henkenikö? — Minä olen kahdenyhdeksättä vuotias, ja se lyhyt aika, joka minulla on elettävänä, ei ole sen arvoinen, että sen vuoksi uhraisin vakaumukseni."
Useat hengellisistä, jotka eivät tahtoneet tehdä valaa, piileilivät kristillismielisissä perheissä, ja sieltä käsin tehtiin ankaria hyökkäyksiä niitä vastaan, jotka olivat vannoneet noudattavansa uutta asetusta. Vakavamieliset kristityt pitivät niitä pappeja, jotka olivat valan tehneet, luopuneina syntisinä, ja nämä papit kohtasivat pitäjäläisensä levottomina ja vihamielisinä. Mitään harvinaista ei ollut, että papit nousivat saarnastuoleihin ja valittivat piispojaan ja niitä vainoomisia vastaan, joita heidän täytyi kärsiä vapauden asian puolesta.
Jumalanpalvelusta ei pidetty enää arvossa. Itse linnankirkossakin keskeytettiin messu usein. Vaadittiin urkuria soittamaan uudestaan niitä kappaleita, jotka miellyttivät seurakuntaa. Kirkkotuoleja paiskeltiin kumoon. Ei edes kuninkaan läsnäolokaan kyennyt ehkäisemään vallattomuutta.
Ne Ranskan papeista, jotka olivat tehneet valan, saivat huhtikuun 13. p:nä 1791 vastaanottaa paavilta kirjelmän, jossa hän vaati heitä neljänkymmenen päivän kuluessa peruuttamaan valansa. Jotka kieltäytyivät sitä tekemästä, ne Rooman pyhä isä erotti papillisesta arvostaan ja julisti pannaan.