Perhe oli joululuvan alkaessa 1853 matkustanut Ylihärmään Essenin kodissa viettääkseen loma-ajan. Siellä Stenbäck sairastui ankarasti keuhkotulehdukseen, joka ainaiseksi mursi hänen, kuten jo tiedämme, nuoruudesta alkaen heikon terveytensä. Tohtori J. F. Blanck Uudestakaarlepyystä hoiti häntä, ja hän parantui näennäisesti, mutta sairaus oli jättänyt tiivistymiä keuhkoihin, mitkä ensiksi tekivät hänelle vähemmän haittaa, mutta vähitellen muuttuivat märkiviksi tuottaen hänelle alituisia kärsimyksiä.
Alussa vuotta 1854, jo jotensakin toivuttuaan sairaudestaan, Stenbäck sai parilta ystävältään, teologisen tiedekunnan professorilta, hartaita kehoituksia hakemaan vastaperustettua pedagogiikan ja didaktiikan professorin virkaa, joka oli yhdistetty mainittuun tiedekuntaan. Kovasti epäröityään hän päätti seurata kehoituksia ja ottaa askelen, joka huolimatta kaikesta ulkonaisesta menestyksestä vei hänet pettymyksien ja ikävyyksien tielle. 3 p. huhtikuuta ilmoitettiin siten konsistorille, että professorinvirkaa oli hakenut Stenbäck ja silloinen saksankielen opettaja Vaasan kymnaasissa, tohtori J. O. I. Rancken, sekä määrättiin, että molempain tuli suorittaa kelpoisuusnäytteensä ennen tammikuun loppua v. 1855.
Päiväämättömässä kirjeenkonseptissa, joka on kirjoitettu tiedon tultua näytteensuoritus-ajasta, Stenbäck lausuu muun muassa: "Osaksi suuri haluttomuuteni professorintoimeen ja Helsinkiin palaamiseen, osaksi viime sairauteni jälkeen vielä heikko terveyteni ovat. syynä, etten ole vieläkään tullut aloittaneeksi väitöskirjaa." Kuitenkaan hän ei epäile sen valmistumista. — Hän kysyy sitten, onko näytekirjoitus laadittava latinaksi vai ruotsiksi, sekä yhtä ja toista itse virkaa koskevaa. Niinpä hän tahtoo tietää, kuinka suuri palkka on, sillä Vaasan palon y.m. takia hän on joutunut velkaan, jonka vuoksi ei ole aivan yhdentekevää, voiko hän tulla sillä toimeen; edelleen hän kysyy, onko hänen vain pidettävä luentoja papinkokelaille vai antaako virka mitään vaikutusvaltaa koululaitokseen. "Täkäläisessä virassani olen saanut yhtä ja toista kokemusta kouluihin ja niiden asemaan ja tarkoitukseen nähden, ja tunnustan, että minulla toisinaan on ollut haluna vähältä osaltani koettaa kääntää huomiota useihin ylen tarpeellisiin uudistuksiin tässä suhteessa. Se se juuri etupäässä yllyttikin minua lähettämään hakemukseni. — Jos tulevan professorin toimena on vain antaa vähäpätöinen lisä pappien kehitykseen, niin se näyttää minusta varsin vähän houkuttelevalta ja merkitsevältä. — Virkaylennystoiveitteni päämääränä on ollut saada keskulainen kirkkoherrakunta, missä olisin voinut saada sen toimialan, joka parhaiten soveltuu nykyiselle mielelleni ja kenties myös kyvylleni."
Se haluttomuus ja epätietoisuus professorinviran suhteen, joka selvästi ilmenee tästä kirjeestä, selittää miksi Stenbäck tänä samana vuonna, tuskin vielä aloitettuaan väitöskirjan laatimista, päätti hakea toistakin virkaa. Edellisen viranpitäjän kuoltua oli näet Isonkyrön kirkkoherranvirka joutunut avoimeksi, ja kun esitettyihin syihin tuli lisäksi, että paikka oli Stenbäckille hyvin tuttu sekä seurakunta niitä, joissa pietismillä oli lukuisasti kannattajia kansassa, haki hän kirkkoherranvirkaa jättäen tulevaisuuden ratkaistavaksi, missä hän oli tuleva toimimaan. Ranckenkin puolestaan haki paitsi professorinvirkaa myös toista tointa, nimittäin historianlehtorin virkaa Vaasan kymnaasissa.
Stenbäckin oli siis kirjoitettava professorinväitöskirja. Aika, 7-8 kuukautta, ei ollut pitkä siihen, mutta se ei ollut pahinta; pahempi oli, että rehtorintoimi yhä anasti hänen aikansa, ja kaikkein pahinta, ettei hänellä ollut käytettävänään tieteellistä kirjallisuutta, ei edes niitä kirjoja, jotka hän aikaisemmin oli hankkinut, ne kun olivat hukkuneet palossa. Stenbäck sen vuoksi tuskin saattoi tehdä muuta kuin koettaa tutkimuksen muotoon sovittaa osan niitä pedagogisia ajatuksia, jotka hän sitä ennen oli esittänyt "Pedagogisissa lauseissaan" ja opettajayhdistyksessä ja jotka olivat syntyneet hänen mielessään hänen käytännöllisen toimintansa varrella. Teosta, jolla olisi ollut korkeampi tieteellinen arvo, oli siten tuskin odotettavissa, mutta joka tapauksessa lausunto tärkeästä kysymyksestä, sen sisäisen vakaumuksen läpitunkema, joka ilmeni kaikessa mitä hän kirjoitti.
Sillä tutkimuksella, joka näissä oloissa syntyi, oli laajasisältöinen nimi: "Om paedagogien och dess närvarande utveckling" (Kasvatusopista ja sen nykyisestä kehityksestä), ja se jakaantui kolmeen osaan: 1) "Kasvatusoppi ja sen tarkoitus", jonka sisällyksestä on yhteenvetona (J. V. Snellmanin arvostelussa) seuraava lause: Kristillinen kasvatus, joka ei katso elämän päämääräksi tietämistä, vaan toimintaa, nimittäin vapautuneen hengen itsetietoista ja itsenäistä työtä Jumalalta saamansa tehtävän suorittamiseksi maan päällä, pitää älyperäisten voimien kehittämisessä tämän elämäntehtävän ainoana tarpeellisena silmämääränä sekä antaa intelligenssille arvoa ainoastaan mikäli se tekee mahdolliseksi ja edistää sen täyttämistä; 2) "Yleissilmäys kasvatusopin historiaan" sekä 3) "Nykyisiä oloja", missä tekijä tunnettuun hehkuvaan tyyliinsä vastustaa ajan suuntaa, joka pyrkii antamaan nuorisolle mahdollisimman paljon kaikenpuolista tietoa, ja panee painoa siveellisen luonteenkehityksen suurempaan tärkeyteen.
Koska Stenbäckillä ensimmäisinä viikkoina uutta vuotta oli ollut jonkunmoisia kuumetaudin kohtauksia, matkusti hän vasta lopulla tammikuuta Helsinkiin, missä hän sai ystävällisen vastaanoton ja pääsi koko sielläolonsa ajaksi asumaan yliopistonkamreeri A. W. Wegeliuksen luokse. Hänen ensimmäisestä kirjeestään vaimolleen (22 p:ltä tammik.) näemme hänen alkujaan ajatelleen, että kaksi ensimmäistä osaa riittäisi väitöskirjaksi. Mutta kun oli käytetty suurempaa kokoa ja pienempiä kirjasimia kuin tavallista, näytti väitöskirja liian lyhyeltä, ja niin hänen oli pakko kirjoittaa enemmän kuin ajatteli ja aikoi. Hän kirjoitti silloin yhteen menoon edellämainitun kolmannen osan, ja väitös lykättiin helmikuun 14 päivään. Niin saattoi tapahtua, koska Rancken, joka oli nimitetty lehtoriksi, ei saattanut hakemustaan perille. Tammikuun 29 p. kirjoittaa Stenbäck: "Saan osakseni kaikkea mahdollista hyväntahtoisuutta varsinkin kamreerin kodissa, mutta myös muilta. Kaikki pitävät aivan päätettynä asiana, että tulemme tänne; he ovat jo ajatelleet palkkani koroittamista, joka tulisi olemaan noin 900 hopearuplaa. — Väitöskirjani on valmistumaisillaan, vieläpä tulee vähän pitemmäksi kuin soisin.
"Kuitenkin on minun toisinaan vähän ikävä kotia; mutta ajattelen, että täällä voi olla hyvin hyvä oleskella ja asua, ja alan pitää tulevasta vaikutuspiiristäni. Missään tapauksessa emme muuta tänne ennen syksyä. Yliopisto lopettaa toimintansa huhtikuussa, jolloin lasten ja vaimojenkin sanotaan täytyvän muuttaa täältä jättääkseen tilaa sotaväelle, jota kuuluu tänne tulevan kosolta." [Tämä huhu samoinkuin tuhannet muut rauhattomina sotavuosina jäi toteutumatta.] — Helmikuun 4 p. hän kirjoittaa: "Tänään olen kiertänyt koko sunnuntai-aamupäivän jakelemassa väitöskirjaani. Siitä tuli aivan riittävän pitkä ja lavea (64 sivua 8:o!) eikä mielestäni kovinkaan huono. Kaikki ottivat minut vastaan hyvin ystävällisesti ja kiltisti — he näyttivät katsovan minua tulevaksi virkatoverikseen. Hyvä on, että se on tehty tällä viisituntisella kiertokululla. Tänään Lönnrotilla ollessani hän vei minut rouvansa luo, joka kuuluu olevan herännyt, mutta ei seurustele täällä kenenkään ihmisen kanssa. Päätin jo, että jos tulemme tänne, niin teemme tuttavuutta. — Jakkus on saava sapelin ja pyssyn lisäksi, mutta mitään rumpalinkypäriä ei täällä ole saatavana." — Viimeinen kirje on 9 p:ltä helmik. "Juuri nyt sain kirjeesi, jonka kamreeri oli kätkenyt lautaselle serviettini alle. — Ensi keskiviikkona on väittely, ja viimeistään perjantaiaamuna matkustan, niin että luultavasti seuraavana tiistaina ehdin Härmään. — Baranovski on erittäin kohteliaalla kirjeellä kutsunut minut luokseen tänä iltana; sitten meidän täytyy mennä Palménin luo, ja lopuksi aikoo Schauman pitää kutsut — kaikki minun tähteni. Olen kyllästynyt ja toivon täältä pois, päästäkseni rauhaan kaikelta tältä ystävällisyydeltä. Voi helposti tapahtua, että tarkastuksessa tulee häpeä lopuksi sille kunnialle, jota tähän saakka on tullut osakseni. Kuitenkaan, kunnia ei ole niin suuri, mutta hyväntahtoisuus sitä suurempi, ja se käy todella raskaaksi ajan pitkään, kun sitä tulee sekä oikealta että vasemmalta. Jos tulemme tänne, niin saamme kyllä olla ja elää rauhassa, toivoakseni, niinkuin itse tahdomme. Väitöspäivänä minun täytyy pitää pienet kemut viranomaisille. — Sophie Wegelius on pelastanut minut siitä huolehtimasta ja laittaa pienet illalliset muutamille henkilöille — ja aamiaiset sitä ennen vastaväittäjille. Niin että kaikki on sujunut parhaan toivon mukaan — kiitos hyvän isäntäni."
Virallinen vastaväittäjä, professori Schauman, antoi lausuntonsa 20 p. helmikuuta. Aine saa mitä korkeimman hyväksymisen, sillä joskin suppeampi-alainen aine olisi tehnyt tyhjentävämmän käsittelyn ja detaljitietojen esilletuomisen mahdolliseksi, niin oli tässä tapauksessa, kun oli kysymyksessä tiede, jolla oli syvällekäypä merkitys sekä julkiselle että yksityiselle elämälle, mitä tärkeintä, että hakija opinnäytteessään antoi selvän osoitteen mielipiteistään tieteen elinkysymyksissä ja kyvystään niiden mukaan selkeästi arvostella nykyisen ajan asemaa ja vaatimuksia kasvatuksen suureen asiaan katsoen. Tältä näkökannalta on tutkimuksen kansantajuinen muoto luettava tekijälle ansioksi. Aineensa käsittelyn on tekijä myös suurenmoisella tavalla suorittanut, sillä tämä käsittely ei ainoastaan ole oikea ja ankarasti kriitillinen, vaan, mikä on enempi, tosireformatorinen, siinä kun tekijä selväkatseisesti, uljaalla rohkeudella ja innostuksen lämmöllä panee voimakkaan ja vakavan vastalauseen vallallaolevaa nurjaa suuntaa vastaan, joka miltei yksinomaisesti tavoittaa yksipuolista ymmärryksen kehitystä, laiminlyöden siveellisen luonteenkehityksen, ja kun hän sen ohessa, tyytymättä — monen n.s. parantajan tavoin — ainoastaan repimään alas, selvin ja rohkein piirtein on luonut sen uuden kasvatussysteemin ääriviivat, jonka tulisi astua vanhan sijaan. Aineen laajuus ja sen reformatorinen käsittely on kuitenkin pannut tekijän alttiiksi vaaralle jättää syrjään useita tärkeitä kohtia, niinkuin kurinpitokysymyksen, kysymyksen ihmisen taipumuksista, jota paitsi tarkempi selonteko kansansivistyksen aineksista puuttuu, ja samoin jalossa polemiikissaan mennä yksipuolisuuteen ja lukea älyperäiselle kehitykselle jotenkin ala-arvoisen merkityksen. — Puutteet eli tutkimuksen varjopuolet arvostelija kuitenkin helposti jättää sikseen sen kirkkaan valon rinnalla, jonka ansiot luovat siihen. Jälkimmäisiin kuuluu, paitsi mainittua reformatorista piirrettä, se selkeys ja selvyys, jolla tekijä on kehitellyt kasvatuksen periaatteita ja jolla hän, katse alati kiintyneenä näihin periaatteihin, on tehnyt täysin itsenäisen ja yhtä oikean ja sattuvan kuin muodon puolesta etevän kuvauksen kasvatusopin historiallisesta kehityksestä; edelleen tekijän kaunis ja jalo esitystapa sekä lopuksi se puhdas kristillinen henki ja se vakaumuksen lämpö, joka kultaisena lankana käy kokonaisuuden ajatusrikkaan kudoksen läpi. Kaiken tämän nojalla tarkastaja ei ainoastaan katso väitöskirjalla olevan tieteellistä arvoa, vaan sen myös täysin vastaavan tarkoitusta, jota varten se on julkaistu. Puolustuksesta sanotaan, että tekijä ei osoittanut erityistä dialektista taitavuutta, mutta ilmaisi kuitenkin kykyä yksinkertaisesti ja teeskentelemättömästi lausua ajatuksensa.
Sekä tiedekunnan että konsistorin yhdyttyä tähän lausuntoon tuli Stenbäck 21 p. maaliskuuta asetetuksi ehdolle professorinvirkaan. Ainoa, joka ei katsonut häntä päteväksi, oli professori Gyldén, ja hän esitti syyksi säännösten määräyksen, että professorinviran-kelpoisuuteen vaaditaan korkein arvosana kysymyksenalaisessa aineessa lisensiaattitutkinnossa. Kun kuitenkin lain kirjaimessa pysymisestä tässä tapauksessa olisi ollut tuloksena, ettei kukaan Suomen mies olisi voinut päästä ehdokkaaksi pedagogiikan professorin virkaan, koska aine ei ennestään ollut yliopistossa edustettuna, jäi Gyldén yksinään mielipiteensä kannattajaksi. Stenbäck saattoi siis kaikella syyllä olla tyytyväinen, kun hänen ystävänsä Helsingistä ilmoittivat hänelle asian kulun. Mutta ilo oli lyhyt, sillä nyt alkoi odottamaton välinäytös, joka suuressa määrin teki tämän kysymyksen huolestuttavaksi ja kiusalliseksi hänelle. Litteraturbladin maaliskuunnumerossa hän näet näki kirjoituksen "Lauri Stenbäckin professorin-väitöskirjan johdosta", jossa J. V. Snellman aivan toisella tavoin kuin Schauman otti tutkimuksen tarkastelun alaiseksi. [Erään tiedon mukaan lienee tiedekunta ensin valinnut Snellmanin vastaväittäjäksi, mutta satunnainen sairaus oli estänyt häntä suostumasta tehtävään.] Viitaten itse kirjoitukseen (Saml. Arb., IV, s. 652 seurr.) mainittakoon tässä vain, että Snellman tosin kunnioittavassa muodossa, mutta suoraan asiaan mennen tuo esille väitöskirjan puuttuvan tieteellisyyden sekä esityksen ja käsityksen epäjohdonmukaisuudet ja yksipuolisuudet. Tämä ei kuitenkaan ole kirjoituksen päätarkoitus, vaan ennen kaikkea aineen, koulujemme uskonnonopetuksen, selvittäminen. Siinä huomautetaan ensiksi sitä arveluttavaa ristiriitaa, että, kuten Stenbäck tekee, vaaditaan uskonnonopetus olemaan pääaineena, jotavastoin kaikki muu pidetään kristilliseltä näkökannalta enemmän tai vähemmän yhdentekevänä, vaikka itse asiassa uskontoa opetetaan kahtena tuntina viikossa ja 32-34 on omistettu maallisille aineille ja harjoituksille. Snellmanin mielipiteen mukaan on uskonnonopetuksen asiana osoittaa oppilaille myöskin maallisen tiedon tarpeellisuutta, opettaa heille, että koulu on kirkko, tiedonhankinta Jumalan palvelusta — "ainoastaan silloin voi olla puhe kristillisestä hengestä tietämisessä, tosiuskonnollisesta mielestä oppilaan töissä ja toimissa". Tähän voidaan vielä siteerata: "Nuoruudeninnostus ja alttius ihanteellisiin rientoihin, joita Stenbäck kaipaa kasvatuksen ja opetuksen hedelmänä, eivät ole mitään muuta kuin rakkautta aatteeseen, teoriaan, tietämiseen, halua elämässä toteuttaa tietämisen ihanteita." — Kirjoitus sisältää luonnollisesti paljon syväaatteisesti ja oivallisesti sanottua tästä tärkeästä kysymyksestä, ja, emme epäröi sitä sanoa, suurimmaksi osaksi sellaista, joka itsessään ei jyrkästi sotinut Stenbäckin omia mielipiteitä vastaan; mutta kun lähtökohta oli aivan toinen ja Snellman tieteellisen viileällä tavallaan puhui kristillisyydestä niinkuin mistä muusta historiallisesta ilmiöstä hyvänsä, niin voi helposti ymmärtää, mimmoinen vaikutus oli oleva. Tosin saattavat Essenin sanat tästä Stenbäckin elämänkuvauksessa luulemaan, että arvosteltu tyynesti oli ottanut kritiikin vastaan, mutta niin ei ollut laita. Päinvastoin todistaa eräälle tuttavalle Helsinkiin aiotun kirjeen konsepti, että hän ensi hetkessä ajatteli peruuttaa hakemuksensa. Kuinka loukkautunut Stenbäck oli, nähdään siitä, että hän luulee arvostelun pohjana olevan vihan kristillisyyttä vastaan ylimalkaan ja Snellmanin yleensä katkeran mielialan tähän aikaan. — "Vaikka minulla Helsingissä", sanoo hän, "oli tilaisuus omin korvin kuulla Snellmanin misantrooppista tyytymättömyyttä koko maailman asemaan yleensä ja yliopiston erittäinkin, en kuitenkaan luullut hänen olevan niin täynnä katkeraa sappea, kuin tämä arvostelu osoittaa". Itsestään hän sanoo: "Aioin ensin vastata tähän arvosteluun, mutta koska en tahdo puolustaa omaa persoonaani ja sitä paitsi minulla ei ollut toivoa voida tehdä sitä ilman asiaankuulumatonta ja asiaa pilaavaa kiihkeyttä, ja koska itse asian puolustamiseksi olisi tarvittu kokonainen kristillisyyden apologia ja syventyminen kaikkiin niihin vääriin edellytyksiin ja arvostelmiin, joita tässä tarkastuksessa vilisee, olen jättänyt sen mielestäni. Kaikki tämä on kuitenkin uudella voimalla minussa herättänyt toivomuksen, jonka ennen tuskin olen voinut voittaa. Veli tietää, että minä vastoin haluani hain tätä virkaa, koska katsoin sen velvollisuudeksi, josta en tahtonut vetäytyä pois, kun kenties minäkin Herran armon avulla olisin voinut toimittaa jotakin tällä paikalla, jonka tärkeyden ja vastuunalaisuuden aina olen käsittänyt; minkä vuoksi katsoin itseni velvolliseksi uhraamaan sen kykyäni ja haluani tyydyttävän viran, joka minulla nykyjään on, ja toivoni päästä käytännölliseen papintoimeen." Snellmanin arvostelun kautta hän katsoo tulleensa "ennakolta julkisesti julistetuksi aivan kelpaamattomaksi" ja mielten niin kääntyneen häntä vastaan, ettei ole mitään toivoa, että hän voisi saavuttaa sen vaikutuksen yleisöön ja nuorisoon, jota hänen toimensa edellyttää. Jos kirje tuli lähetetyksi, jota tuskin on syytä epäillä, ei se enää kuitenkaan vaikuttanut asiaan, koska asiakirjat jo olivat menneet Pietariin.