Prag'issa valittiin Hus uudestaan muodostetun ja tsjekiläiselle kannalle asetetun yliopiston rehtoriksi, mutta hänen asemansa tuli hyvin tukalaksi. Tästä lähtein oli näet Saksalaisten viha häntä vastaan sammumaton. Joukko Prag'in porvareja oli myöskin häneen suuttunut, häntä kuin pitivät levottomuuksien alkuunpanijana ja ulosvaelluksen syynä. "Kuinka monta kultakolikkoa sentään nuo vieraat ylioppilaat jättivät Prag'iin!" Näin valitteli moni poroporvari, joka vaan ajatteli omaa voittoansa. Myöskin saarnamiehenä Betlehemin-kirkossa oli hän saanut monta vihamiestä. Saarnoissansa hän nuhtelikin ankarasti kerjäläismunkkeja ja papistoa, "noita Herran lihavia messunlukijoita, noita Baalin pappeja, jotka uinailevat päiväkaudet ja julkisesti kaupittelevat armoa niinkuin jotakin porttoa", sekä rahanhimoansa, irstaisuuttansa, tanssejansa ja peliänsä. Että hän vihasi latinankieltä, jolla jumalanpalvelusta enimmiten pidettiin sekä työskenteli vanhan slavilaisen raamatun-käännöksen parantamisessa ja korjaamisessa, kiihoitti sen lisäksi vielä monta. Jo vuonna 1229 oli näet paavinkirkko kieltänyt maallikoita raamattua lukemasta. Itse arkkipispakin nousi nyt hänen vastustajaksensa. Hän otti korviinsa ne kanteet, joita munkit ja papisto olivat Hus'ia vastaan tehneet ja jotka sisälsivät, että maisteri kiihoitti kansaa, että hän saarnasi kirkon ja papiston halveksimista, että hän kutsui Roomaa Antikristuksen asunnoksi, että hän oli julistanut joka papin, joka otti maksua sakramenttien jakelemisesta, väärä-oppiseksi, että hän julkisesti oli ylistänyt Wiklefiä ja toivonut, että hänen omakin sielunsa kerran tulisi sinne, missä Wiklefin sielu oli. Nämä kanteet lähetti arkkipispa paaville, joka jälleen antoi arkkipispan tehtäväksi, hävittää hiippakunnastaan kaiken väärä-uskoisuuden ja kaikki harha-opit, pannaan panemisen uhalla kieltää Wiklefin kirjat sekä kieltää kaiken saarnaamisen, paitsi pitäjään- ja luostarikirkoissa, siis myöskin Betlehemin-kirkossa, tuossa "saatanan-koulussa", joksi paavilaiset sitä nimittivät. Kuin tämä paavin käskykirje 9 p:nä Maaliskuuta 1410 julistettiin Prag'issa, herätti se yleistä hämmästystä. Väitettiin, että tämä käskykirje oli ostettu tai houkuteltu paavilta. Betlehemin-kirkkoon kokoontunut seurakunta, jolle Hus julisti käskykirjeen, osoitti suurinta mielikarvautta. "Ne valehtelevat — sanottiin — jotka näin meitä vastaan todistavat". Mutta arkkipispa ei tästä huolinut, kulki vaan kulkemistaan kerran valitsemaa uraansa, jonka Paavikin oli hyväksynyt. Eräänä päivänä Heinäkuussa samana vuonna soivat Prag'in kellot ikäänkuin maahan-paniaisissa, papit veisasivat Te Deum laudamus, ("Kiitos olkoon Jumalan") suuri rovio oli sytytetty palamaan, ja kaikki Wiklefin kirjat, joita suinkin oli voitu käsiin saada, luvultaan noin kaksisataa, joista useammat hyvin kalliit ja kauniisti sidotut, heitettiin nyt, yliopiston muistutuksista ja varsinaisesta vastalauseesta vähintäkään lukua pitämättä tuleen palamaan. Kaksi päivää sen jälkeen julisti arkkipispa Hus'in ja hänen ystävänsä pannaan. [Pannaan pantu oli suljettu pois kristittyin ihmisten yhteydestä, hän ei koskaan saanut mennä kirkkoon, ei kukaan saanut antaa hänelle ruokaa eikä juomaa, ja kuka tahansa sai ilman rangaistuksetta tappaa hänet.] Mutta suuri osa kansaa oli tästä hyvin vihoissaan. Arkkipispasta tehtiin ja laulettiin pilkkalauluja, häntä sanottiin aapislaiseksi, joka poltti kirjoja, tietämättä edes mitä niissä seisoi. Sytttyipä vielä verisiä tappeluitakin Hus'in puolustajien ja hänen vastustajiensa välillä. Hus itse vetosi paaviin ja saarnasi rohkeasti: "Jumalan sanaa ei voi sitoa".

Vaikka kuningas Venceslao paheksi arkkipispan tointa, kielsi hän kuitenkin kuoleman uhalla pilkkalaulujen laulamista, mutta tuomitsi toiselta puolen arkkipispan maksamaan poltettujen wiklefiläisten kirjain hinnan näiden omistajille. Kuin ei arkkipispa tähän kauppaan suostunut, pani kuningas hänen saatavansa takavarikkoon. Yhtä vähän kuin kuningas voi hyväksyä Hus'in ja hänen ystäväinsä pannaan panemista, yhtä vähän tahtoi hän tietää mistäkään saarnaamisen kieltämisestä yksityisissä kirkoissa. Vieläpä hän kääntyi paavinkin puoleen, pyytäen häntä peruuttamaan julistettua tuomiota; "jotta — niinkuin hän sanoo — Jumalan sanaa vapaasti julistettaisiin, valtakuntamme kunnia säilytettäisiin ja nuo uskottomat vastustajat, jotka valtakuntaa syyttävät väärästä opista, ansionsa mukaan rangaistaisiin". Varsinkin kuningatar Sofia rupesi rippi-isänsä puolustajaksi. Myöskin moni Böhmin ylimyksistä rukoili hänen puolestaan. Kaikki turhaan. Hus'in vetoomisesta paaviin pidettiin yhtä vähän lukua, kuin näistä esirukouksista. Arkkipispan julistama tuomio päinvastoin vahvistettiin ja Hus haastettiin Bolognaan, pohjois-Italiassa, puolestaan vastaamaan. Mutta Hus'in ystävät varoittivat pätevillä syillä häntä lähtemästä Italiaan ja vaativat asian ratkaisemista Böhmissä. Oikeudenkäynti kesti kuitenkin kauan aikaa. Arkkipispa kyllästyi koko juttuun, hän rupesi etsimään sovintoa Hus'in kanssa ja asetti senvuoksi Heinäkuussa v. 1411 valiokunnan tätä asiaa tutkimaan. Valiokunta, johon kuului kymmenen miestä sekä maallikoita että pappeja, tuli siihen päätökseen, että kuninkaan, yksissä neuvoin arkkipispan kanssa, piti kirjoittaa paaville ja vakuuttaa hänelle, ett'ei mitään väärä-oppisuutta ollut valtakunnassa olemassa ja että, jos jotakin sellaista löytyi, sitä kyllä rangaistaisiin. Hus teki nyt Prag'in yliopistossa seuraavan tunnustuksen: "Minä uskon sydämestäni, että Jesus Kristus on totinen Jumala ja totinen ihminen, että koko hänen lakinsa on niin suuri totuus, ett'ei rahtukaan siinä voi pettää; minä uskon hänen kirkkonsa olevan niin lujasti kalliolle perustetun, ett'eivät helvetin portit millään tavalla voi mitään häntä vastaan, ja olen minä Herrani Jesuksen Kristuksen toivossa valmis ennen kärsimään hirmuisen kuoleman rangaistuksen, kuin ehdon tahdon sanomaan jotakin Kristuksen ja hänen kirkkonsa tahtoa vastaan sotivaa". Hän kielsi koskaan opettaneensa, ett'ei pitänyt kymmenyksiä maksaa, että olisi maalliseen miekkaan tarttuminen hengellistä esivaltaa vastaan ja muuta semmoista, josta häntä oli syytetty. Myöskin vastusti hän sitä että hän olisi ollut syypäänä saksalaisten ulosvaellukseen Prag'ista. Arkkipispa, joka oli suuttunut koko riitaan, tuumasi luopua virastaan ja vetäytyä Unkariin, mutta kuolema hänet jo sitä ennen saavutti 28 p:nä Syyskuuta 1411. Sen kautta riita ei kuitenkaan tauonnut, päinvastoin raivosi se pian uudestaan ja entistä ankaramminkin.

Hänen jälkeläiseksensä tuli näet kuninkaan hovilääkäri Albikus, muuan hyväntahtoinen, vanhanpuolinen mies. Tämän persona semmoisenaan siis ei suinkaan kutsunut Hus'ia uudestaan taistelukentälle, vaan se, mikä tapahtui arkkipispaa virkaansa asetettaissa. Paavin lähettiläs, joka uudelle arkkipispalle toi pispankaavun, julistutti näet samassa paavillisen käskykirjeen, joka kehoitti ristiretkeen Napolin kuningasta, Ladislaota vastaan, koska tämä oli paavin vastustajia; sen ohessa annettiin kaikille niille, jotka ottaisivat osaa tähän ristiretkeen, tahi antoivat siihen rahanapua, lupaus synninpäästöstä. Heikko kuningas suostui käskykirjeen julistamiseen ja torvien soidessa ja rumpujen päristessä luettiin se julki. Kirkkoihin asetettiin nyt säiliöitä synnin-anteen kaupasta karttuvia rahoja vastaanottamaan. Tämä seikka pani Hus'in mielen kovaan kuohuun. Niinkuin Lutherus sata vuotta myöhemmin, tunsi Hus omantuntonsa jo nyt vaativan häntä vastustamaan synnin-anteen kauhistusta. Hän tunnustaa itse, että se oli tämä seikka, joka eroitti hänet entisistä ystävistään. Ja tämän suhteen ei hän tuntenut mitään sääliväisyyttä. Aivan samalla tavoin kuin hänen jälkeensä Lutherus esitti hänkin väitöksiä, joita hän tarjoutui julkisesti puolustamaan 7 p:nä Kesäkuuta vuonna 1412. Rohkeasti kutsui hän paavin synnin-anteen valheeksi ja petokseksi, näyttäen kuinka se soti Raamatun selviä sanoja vastaan. Eihän mikään muu ehto synnin-päästössä voinut pitää paikkaansa kuin se, jonka apostoli Paavali lausui kristittyin ensimmäisenä Heluntai-juhlana: "Tehkäät parannus ja antakaan jokainen hänessä kastaa Jesuksen Kristuksen nimeen syntein anteeksi antamiseksi; niin te saatte Pyhän Hengen lahjan".

Asia ei jäänyt enää paljaisin sanoihin. Närkästys oli niin suuri, että se osoittihe töissäkin. Nyt astuu esiin ennen mainittu Hieronymo Pragilainen, ja hänen kohtalonsa tähän aikaan yhdistyy likimmiten Hus'in kohtaloon. Hieronymo Pragilainen oli kokonaan Wiklefin uskolainen ja kaikissa toimissaan Hus'ia paljon kiivaampi. Uskonsa tähden oli hän heitetty vankeuteen Wienissä, Itävallan pääkaupungissa, mutta pragilaisten ystäviensä toimesta laskettiin hän jälleen vapaaksi ja palasi Prag'iin. Monituisissa tilaisuuksissa oli hän jo ankaralla kiivaudella vaatinut parannuksia kirkon opissa. Lopuksi hän nyt muutamien nuorten miesten kanssa teki jotain, johon vakavampi ja maltillisempi Hus tosin ei puuttunut, mutta joka hänellekin tuotti hyvin haitallisia seurauksia. Eräättä iltana ripustettiin näet paavin käskykirjeet irstasten, kunniattomain naisihmisten kaulaan ja nämä kuljetettiin vaunuilla läpi kaupungin. Vaunuja ympäröivät aseelliset miehet, jotka huusivat: "Tässä kuljetamme väärä-oppisen konnan kirjeitä roviolle". Ääretön väkitulva seurasi vaunuja, jotka kulkivat kaakinpuulle, missä paavin käskykirjeet heitettiin tuleen palamaan. Hus ei ottanut vähintäkään osaa tähän melskeiseen yritykseen, mutta hän ei voinut olla saarnaamatta paavin käskykirjettä vastaan. Nyt julistutti kuningas käskyn, joka kuoleman-rangaistuksella uhkasi jokaista, joka pilkkasi paavia. Tämä uhkaus oli piankin käyvä toteen. Kun paavin käskykirje luettiin julki seurakuntien kirkoissa, astui kolmessa eri kirkossa esiin kolme nuorta käsityöläistä, jotka keskeyttivät saarnamiestä näillä sanoilla: "Sinä valehtelet, maisteri Hus'ilta olemme kuulleet vallan toista". — Tästä syttyi harmillisia rettelöttä. Nuorukaiset pantiin kiinni, rääkättiin pyhyyden saastuttajina ja laahattiin raatihuoneesen. Kuin eivät tahtoneet peruuttaa sanojansa, tuomittiin he kuolemaan. Koko kansan piti olla mestauksessa saapuvilla. Vaikk'ei Hus suinkaan ollut näihin tapauksiin syypää, piti hän kuitenkin velvollisuutenansa, vaikkapa oman henkensäkin uhalla, lausua jonkun hyvän sanan tuomittujen puolustukseksi. Hän lähti, suuri joukko maistereita ja ylioppilaita seurassaan, raatihuoneelle ja rukoili armoa eksyneille. Niin, ottipa vielä heidän rikoksensakin päällensä, sillä hänen asiatansa olivat he ajaneet, heittäytyessään tähän vaaraan; hän tahtoi kärsiä heidän rangaistuksensa. Hus'in puhetta kuunneltiin kunnioituksella, syystä että peljättiin kansan kiihtyvää vimmaa. Tuomarit antoivat hänelle kauniita lupauksia ja pyysivät häntä lepyttämään kansaa, joka oli kokoontunut raatihuoneen edustalle. Hän totteli, ja hänen onnistuikin saada kansa hajoamaan; mutta muutaman tunnin kuluttua tuomitut kumminkin vietiin kuolemaan ja mestattiin. Kuin mestaaja mestauksen jälkeen huusi: "Kuka ikänä tekee, mitä nämät ovat tehneet, häntä odottaa sama rangaistus", niin vastasivat kohta useammat joukosta: "Me olemme kaikki valmiit tekemään ja kärsimään samaa". Ilman vastustusta antoivat he vangita itsensä. Mestattuja pidettiin marttyreinä ja hurskaat vaimot kastivat nenäliinansa vuodatettuun vereen. Ruumiit vietiin Betlehemin-kirkkoon, jossa ne juhlallisesti haudattiin. Hieronymo toimitti seuraavana päivänä messun "pyhäin marttyrein kunniaksi, joitten vuodatetusta verestä enkelit iloitsivat". Kirkko, joka alkuaan oli pyhitetty "viattomille lapsille", joita vanhaan aikaan pidettiin ensimmäisinä marttyreinä, sai sen kautta uuden merkityksen marttyrikirkkona; sitä kutsuttiin "kolmen pyhän kirkoksi". Hus antoi kaatuneista uhreista saarnoissaan sen todistuksen, että he olivat kuolleet sentähden, että olivat uskaltaneet vastustaa Antikristuksen valheellisia seuralaisia. Nyt pantiin hän uudestaan pannaan, eikä ainoastaan hän, vaan Prag ja koko sen ympäristökin julistettiin kirkon kirouksen alaiseksi. [Kuin koko maakunta tai seutu pantiin pannaan, suljettiin kaikki kirkon ovet kiinni, kelloja ei saatu soittaa, pyhäin kuvat peitettiin, ei yhtään lasta saatu kastaa, ei yhtään morsiusparia vihkiä, ei yhtään kuollutta haudata, sanalla sanoen kaikki kirkolliset toimet lakkautettiin.] Kuningas Venceslao antoi kuitenkin papeille käskyn pitää jumalanpalvelusta, pannaan panemisesta huolimatta. Saksalaiset sitä vastoin koettivat tehdä vastarintaa ja aseet kädessä täyttää paavin tahtoa.

Hus'illa ei nyt enään ollut muuta pelastuskeinoa jälellä, kuin saarnastuolistaan vedota näkymättömään, erehtymättömään ja vanhurskaasen tuomariin Jesuksehen Kristuksehen, kaikkein sorrettujen ensimmäiseen ja viimeiseen turvaan. "Meidän Herramme Kristus, sanoi hän, totinen Jumala ja totinen ihminen, on, kärsiessään verisen ja häpeällisen kuoleman, antanut opetuslapsillensa sen oivallisen opetuksen että heidän tulee jättää asiansa Jumalan tuomittavaksi". — Estääksensä uusien levottomuuksien syntymistä kaupungissa, seurasi Hus kuninkaan antamaa viittausta ja läksi pois Pragista, vetäytyen ystäväinsä linnoihin, joissa hänen ei tarvinnut pelätä vihollistensa vainoomista, hänellä oli näet tsjekiläinen ritaristo sekä talonpoikainen kansa kokonaan puolellansa; he olivat häneen niin mieltyneet, että häntä melkein jumaloivat, jota vastoin osa hänen vanhoista ystävistään pappien joukossa luopui pois hänestä. Täällä maaseudulla hän ei suinkaan oleskellut joutilaana; ylt'ympäri, linnankirkoissa, metsässä, kylissä saarnaili Hus ahkerasti ja koetti sen ohessa edistää kirkkoveisua, itse sepittäen tsjekiläisiä virsiä. Myöskin kirjoitti hän täällä useampia kirjoja, joista tärkein oli se, jossa hän puhui "Kirkosta". — Tässä kirjassa hän tarkoin eroittaa paavin vallan keisarin vallasta sekä pitää pyhää raamattua korkeimpana ratkaisijana kaikissa asioissa. Paavia ei kirkossa välttämättömästi tarvita. Kristus ja Kristus yksinään on kirkon kuningas ja pää, apostolit ovat sen palvelijoita; hän on se kallio, jota apostoli Pietari tunnusti. Kristus on aina seurakuntansa läsnä, kuin Paavi sitä vastoin asuu enemmän kuin kahdensadan peninkulman päässä Böhmistä. Kristusta tulee meidän pitää esikuvanamme, ja jos paavi käskee jotakin, joka sotii Kristuksen lakia vastaan, emme saa häntä totella. Myöskin pyhimyksien sanoja on ihmisen ainoastaan silloin seuraaminen, kuin ne pitävät yhtä pyhän raamatun sanojen kanssa. Tätä uskoa pyhään raamattuun Hus erittäinkin vetää esille, ja se oli juuri tämä seikka, jota paavilaiset pitivät hänen suurimpana erhetyksenänsä.

Yksinäisyydessään kirjoitti Hus useampia kirjeitä ystävillensä. Yhdessä niistä sanoo hän, tarkoittaen omaa nimeänsä, joka tsjekin kielellä merkitsee hanhi, näin: "Hanhi on kesyt eläin, joka ei voi korkealle kohota; mutta minun jälkeeni on jalompia lintuja tuleva, haukkoja ja kotkia, jotka kohoavat korkeammalle taivasta kohti". On arveltu että tämä ennustus on käynyt toteen noin sata vuotta myöhemmin, kuin Lutherus ja muut uskonpuhdistuksen jalot miehet astuivat esiin. Eräässä toisessa kirjeessä kirjoittaa hän: "Tietäkäät, etten minä tule pakenemaan pois, jos on kysymys heittää tämä viheliäinen ruumis kuoleman vaaralle altiiksi, koska minä tiedän, ett'ei meiltä Jumalan sanassa mitään puutu, että evankeliumin totuus päivä päivältä yhä leviämistään leviää". Toisessa paikassa taas sanoo hän: "Ylimmäiset papit ja kirjanoppineet ovat tuominneet totuuden, heittäneet sen kuolemaan ja haudanneet sen; mutta totuus on jälleen ylösnoussut, on kaikki voittanut, ja yhdestä saarnaajasta on tullut kaksitoista. Meidän kanssamme on totinen Jumala, kaikkivaltias ja vanhurskas auttaja, joka on luvannut: 'Katso, minä olen teidän kanssanne joka päivä jamaan maailman loppuun asti'." Silloin tällöin kävi hän myöskin piilopaikastaan Pragissa lohduttamassa ja vahvistamassa sikäläistä seurakuntaa.

Saksan keisaria Sigismundoa kehoitettiin tähän aikaan joka taholla, kristikunnan korkeimpana suojelijana, toimittamaan yleistä kirkolliskokousta, tehdäksensä lopun siitä yleisestä hämmennyksestä, joka silloin kirkollisissa asioissa vallitsi. Paavi pani kauan vastaan, sillä hän varoi sitä, jota sittemmin todella tapahtuikin, nimittäin että hän pantaisiin pois viralta; viimein hän kuitenkin antoi myöden ja julistutti kirkolliskokouksen pidettäväksi Kostnitz'in kaupungissa. — Tähän vanhaan kaupunkiin Boden-järven rannalla etelä-Saksassa näemme nyt rientävän paraimpia miehiä, niin hengellistä kuin maallistakin säätyä, kaikista kristikunnan maista. Kokous, joka avattiin 5 p:nä Marraskuuta 1414, oli, osanottajien lukumäärään katsoen, mitä suurimpia, joita koskaan on pidetty. Läsnä-olevien lukumäärä oli noin 50,000. Etevimpinä miehinä tässä suuressa joukkiossa pidettiin 4 patriarkkaa, 29 kardinalia, 33 arkkipispaa, noin 150 pispaa, yli 100 abottia eli päämunkkia ja enemmän kuin 500 munkkia eri munkistoista, edelleen 300 jumaluus-opin ja kanonisen lain tohtoria sekä maallisten ruhtinasten ja säätyjen asiamiehiä lukemattomine seuralaisineen. Myöskin Paavi saapui sinne lukuisan seurueen kanssa; yksin hevosia luettiin 1,600.

Keisari Sigismundo oli lausunut sen toiveen, että Hus antaisi ratkaista asiansa tässä kirkolliskokouksessa. Hän oli senvuoksi nimenomaan luvannutkin hänelle suojelusta sekä meno- että paluumatkalla. Mutta jo silloin eivät Hus'in ystävät uskoneet keisarin sanoja; he varoittivat häntä. Vaan Hus, joka enemmän luotti Jumalan apuun, kuin keisarin sanoihin, päätti seurata kutsumusta. Hän halusi jälleen astua esiin siitä tuskallisesta piiloittelemisesta, johon hän lähes kaksi vuotta takaperin oli vetäytynyt rauhan tähden, ja ei ainoastaan Böhmin ahtaiden rajojen sisällä, vaan koko maailman edessä todistaa totuudesta. Jäähyväis-kirjeessään ystävillensä sanoo hän muun muassa: "Rakkaat veljet, tiedämmehän että Kristus itse paljaasta rakkaudesta meihin on sanomattoman paljon kärsinyt. Eiköhän tämän oivallisen esimerkin pidä kehoittaman meitä rakkaudesta häneen ja oman autuutemme tähden kärsivällisesti kärsimään kaikkea? Onhan hän Jumala, me hänen luomansa olennot; Hän on Herra, me hänen palvelijansa; Hän on maailman hallitsija, me heikkoja viheliäisiä ihmisiä. Hän ei tarvitse mitään, me tarvitsemme kaikkea. Jos Hän on kärsinyt, eiköhän meidänkin silloin pidä kärsimän? Todellakin, ei voi olla mahdollista, että se, joka uskoo Vapahtajaan ja vaeltaa totuuden tietä, joutuisi kadotukseen. Sentähden, rakkaani, rukoilkaat Jumalaa, rukoilkaat häntä lakkaamatta, että Hän antaisi minulle Pyhän Henkensä, joka vahvistaisi minua totuudessa ja pelastaisi minua kaikesta pahasta. Jos sen ohessa Jumalan kunnia tulisi kirkastetuksi sen kautta, että minä juon kuoleman kalkin; oi, rukoilkaat sitten, että Hän sen pian minulle lähettäisi ja antaisi minulle myöskin armoa lempeällä ja iloisella mielellä kantamaan mitä raskasta i'estä tahansa. Minä epäilen, saatteko milloinkaan enää nähdä minut Pragissa, mutta jos Kaikkivaltias tahtonsa mukaan jälleen lähettäisi minut teille; oi, silloin tahdomme sitä iloisemmalla mielellä harjoitella itsiämme Jumalan laissa. Jumala on laupias ja vanhurskas; Hän antaa omillensa rauhaa elämässä, rauhaa kuoleman jälkeen". —

Sillä aikaa olivat Hus'in vastustajat lähteneet matkalle Kostnitz'iin, aloittaaksensa siellä oikeudenkäyntiä Hus'ia vastaan; ne olivat Tapani Palecz, hauen entinen ystävänsä, sekä Mikael de Causis ja Antero Broda. Mikael de Causis rupesi päällekantajaksi. Hus lähti Pragista täydessä papinpuvussa 11 päivänä Lokakuuta 1414. Suuri ihmisjoukko oli kokoontunut häntä vielä kerran nähdäkseen ja hänelle jäähyväiset sanoaksensa. Eräs puolalainen suutari, Antero nimeltä, huusi hänelle: "Jumala olkoon kanssasi; sillä tuskinpa luulen, että eheänä takaisin palaat, kallihin ja totuudessa lujamielinen herra Juhana! Suokoon kuningas (ei Unkarin, vaan taivaan) sinulle kaikkea hyvää siitä hyvästä ja uskollisesta opista, jonka sinulta saanut olen". Hus'ia seurasivat hänen ystävänsä, ritari Juhana Chlumilainen, Venceslao Dubalainen ja moni muukin. Joka suuremmassa kaupungissa, jonka kautta hänen matkansa kulki, kuulututti hän julkisilla ilmoituksilla, että hän matkusti kirkolliskokoukseen puolustamaan itseänsä, häntä vastaan kuin oli tehty syytöksiä väärä-oppisuudesta. Kaikissa kaupungeissa, kauppaloissa ja kylissä, joiden kautta hän matkusti, kokoontui kansa suurissa joukoissa katselemaan sitä miestä, josta niin paljon puhuttiin. Joka paikassa otettiin häntä ystävällisesti vastaan, kestittiin auliisti ja kuunneltiin mielellään; hän saarnasi näet monessa paikoin. Pienessä Biberach nimisessä kaupungissa hän vielä pani toimeen väittelynkin, johon hänen jalomielinen ystävänsä ja seuraajansa Juhana Chlumilainenkin otti osaa; tämä käytti itsensä siinä niin hyvin, että moni piti häntä jumaluusopin tohtorina. Hus kutsuikin häntä sittemmin usein pilanpäiten "tohtori von Biberach'iksi". — Kolmantena päivänä Marraskuuta, siis kahta päivää ennen kirkolliskokouksen avaamista, saapui Hus Kostnitz'in kaupunkiin. Seuraavana päivänä hän ystävänsä Juhana Chlumilaisen kautta ilmoitti tulonsa paaville. Juhana Chlumilainen pyysi sen lisäksi paavia suojelemaan Hus'ia; Mikael de Causis oli näet jo samana päivänä kaikille kirkonoville naulattanut julkisen ilmoituksen, jossa Hus'ia sanotaan väärä-oppiseksi. Paavi Juhana XXIII oli silloin itsekin tukalassa tilassa, jott'ei hän uskaltanut käyttää koko paavillista valtaansa; hän lähetti senvuoksi Kostnitz'in pispan seuralaisineen ilmoittamaan Hus'ille, että se kirkon panna, johon hän on pantu, vastaiseksi oli lakkautettu; kuitenkin pitäisi hänen, pahennuksen välttämiseksi, pysymän poissa messusta ja muista kirkollisista juhlallisuuksista. Muuten vakuutettiin hänelle täysi vapaus. Sanotaanpa vielä paavin lausuneen, että jos Hus olisi surmannut vaikka hänen oman veljensäkin, niin ei hän kuitenkaan, sen verran kuin hänestä rippui, millään muotoa sallisi, että mitään vääryyttä hänelle tehtäisiin, niin kauan kuin hän oli Kostnitz'issä.

Mutta pianpa kyllä Hus huomasi vapautensa kadottaneen. Noin puolipäivän aikana 28 päivänä Marraskuuta tuli uusi lähetystö paavilta hänen tykönsä ilmoittamaan hänelle, että kirkolliskokouksenkin puolesta oli hänelle suojelusta vakuutettu, sekä kutsumaan häntä paavilliseen neuvoskuntaan. "Minä olin odottanut — vastasi Hus — saada tehdä tiliä yleisen kirkolliskokouksen edessä, eikä paavin ja hänen kardinaleinsa; olen kuitenkin valmis ennen antamaan henkeni kuin totuutta kieltämään". Chlum, joka juuri oli saapuvilla, koetti estää Hus'ia menemästä, mutta kuin Hus kumminkin meni, seurasi tämä häntä. Koossa olevien kardinalien puheenjohtaja ilmoitti nyt Hus'ille, että häntä oli syytetty väärä-oppisuudesta. Hus puolusti itseään, ja hänen puheensa näytti tekevän hyvän vaikutuksen. Kuitenkin pidätettiin sekä hän että hänen ystävänsä, ja he jätettiin sotamiesten vartioittaviksi. Kello 4 jälkeen puolenpäivän kokoontui neuvoskunta eli kollegio uudestaan; Chlum laskettiin menemään, Hus'in täytyi jäädä vangiksi. "Nytpä olet vallassamme — sanottiin — nyt et sinä pääse kynsistämme, ennenkuin olet viimeisen rovon maksanut". Turhaan meni Hus'in vangitsemisesta kovin murheellinen Chlum paavin luokse tämmöisestä menetyksestä valittamaan. Paavi, joka nytkin vastasi kiertelevästi ja epäselvästi, puolusti itseään sillä, ett'ei hän ollut siitä vastuun-alainen, vaan kardinalit. Vielä samana yönä vietiin Hus tuomiokanttorin huoneesen. Mutta jo 6 päivänä Joulukuuta oli hän dominiko-luostarin hirveän kamalassa vankihuoneessa, kädet jalat kahleissa. Chlum vastusteli jälleen, uhaten väkivallalla murtaa vankilan ovet, mutta turhaan. Keisari Sigismundon saavuttua 24 päivänä Joulukuuta, julistutti Chlum Hus'in nimessä vastalauseen; olihan keisari nimenomaan luvannut Hus'ille turvallisen suojeluksen. Keisari, jonka suojeluskirje näin oli rikottu, teki tosin muistutuksia, mutta kirkolliskokous huomautti häntä, ett'ei hänen ollut sekaantuminen kirkolliskokouksen toimiin. Petollinen keisari antoi lopuksi uskotella itseään, että hän hyvällä omallatunnolla saattoi syödä sanansa, sillä hän ei muka ollut velvollinen pitämään sanansa ja lupauksensa, kuin oli kysymys väärä-oppisesta. Paitsi sitä oli hänen, kirkon kuuliaisena ja hyvänä poikana, totteleminen ja noudattaminen kirkolliskokouksen toivomuksia. Näin kuului tällä kertaa, ja keisari oli myöntyväinen. Ja kuitenkin on juhlallisesti annetun sanan nimenomainen rikkominen niin suuri loukkaus sitä lakia vastaan, joka on kirjoitettu ihmisen sydämeen, että oli taitavimmallekin huonon asian puolustajalle hyvin vaikea näyttää tätä tekoa oikeaksi. Siitä huolimatta kirjoitettiin suurella vaivalla sommiteltuja puolustuskirjoja tämän työn kaunistelemiseksi. Mutta miksi tuhlata monta sanaa yksinkertaisen asian hämmentämiseen, joka kuitenkin aivan lyhyesti voidaan kertoa!