Jo 1 päiväksi Joulukuuta oli valmisteleva tutkinto määrätty pidettäväksi. Hus pyysi lainoppinutta miestä asianajajakseen, mutta sitä ei hänelle sallittu. "Niin olkoon sitten — sanoi hän — Jesus Kristus, jonka tuomioistuimen eteen teidän kerran on astuminen, asianajajani; hänen huomaansa olen minä jättänyt asiani, niinkuin hän Isän Jumalansa". Tämä Kristuksehen turvaaminen luettiin hänelle sittemmin herjaukseksi Jumalaa vastaan. Vankilan vahingollinen ilma synnytti taudin-kohtauksen, jonka vuoksi hän siirrettiin toiseen, helpompaan vankeuteen samassa luostarissa. Siellä hän vielä kirjoitti useampia kirjoja, niinkuin myöskin seuraavan kirjeen seurakunnalle Pragissa:

"Jumala olkoon teidän kanssanne ja Herra teitä vahvistakoon, että te urhoollisesti sotisitte ja kaikessa ijankaikkisuudessa lujat olisitte kaikkea pahuutta, perkelettä ja maailmaa vastaan. Rakkaani! Minä Hus, vankilassa oleva (en häpee vähintäkään kärsiä jotakin Herrani Jesuksen Kristuksen tähden) pyydän teitä hartaasti rukoilemaan Jumalaa, johon minä toivon ja luotan, että Hän antaisi minulle jumalallisen siunauksensa ja henkensä, niin etten minä koskaan totuudesta ja hänen laupiudestaan luopuisi, vaan Hänen ihanan nimensä tunnustamisessa lujana pysyisin hamaan kuolemaan asti. Jos Jumala hyvyydessään tällä ajalla tahtoo minua pois kutsua, niin tapahtukoon Hänen pyhä tahtonsa; jos Hän sitä vastoin tahtoo antaa minut teille takaisin, niin olkoon Hänen pyhä nimensä ylistetty! Kuitenkin on minulle nykyisissä oloissani Hänen apunsa vallan tarpeellinen, ja vaikka olen vakuutettu siitä, ettei Jumala anna minua yli voimieni kiusatuksi tulla, eikä myöskään lähetä minulle mitään vaaraa, joka ei olisi teille taikka minulle hyödyksi, niin tarvitsen minä kuitenkin Hänen voimallista apuansa, voidakseni kaikesta kiusauksesta voiton saada ja autuaaksi tulla. Rakkaat veljet! Tietäkäät että kirjeet, jotka minä pois lähteissäni teille jätin, ovat vihollisemme latinan kielelle käännättäneet ja monella lisätyllä valheella väärentäneet. He kirjoittavat myöskin minusta niin monta ja niin pahanilkistä kirjoitusta, ett'ei minulla täällä vankilassani ole muuta ajattelemista, kuin millä tavoin puolustan itseäni tämmöisiä syytöksiä vastaan. Niin suuri on meidän vastustajaimme pahuus ja kiukku! Mutta meidän laupias Herramme Jesus Kristus on sanonut opetuslapsillensa: 'Minä tahdon antaa viisauden, jota ei kukaan vastustaa voi'. Rakkaani! olkaat vakuutetut siitä, etten minä milloinkaan ole etsinyt muuta kuin teidän pelastustanne, sentähden olen minä teitä ennen neuvonut Jumalan sanalla ja juuri samasta syystä en minä edes täällä vankeudessa tahtoisi lakata sitä tekemästä. Armo olkoon minun kanssani ja teidän kanssanne, rakkaat veljet. Amen! Kirjoitettu päivänä ennen Fabiania 19 päivänä Tammikuuta vuonna 1415".

Lähinnä seuraavana aikana muutettiin Hus vielä vankilasta vankilaan. Niin esim. istui hän 22 päivästä Maaliskuuta 3 päivään Kesäkuuta 3/4 peninkulmaa Kostnitz'ista länteenpäin olevassa Gottlieben nimisessä linnassa, jossa hänen vainoojansa paavi Juhana XXIII itse sittemmin istui vankina, kuin kirkolliskokous oli pannut hänet viralta pois. Kaikki vankeuden vaivat kärsi Hus mielenmaltilla, pitäen niitä, mikäli ne tuottivat hänelle ruumiillisia kärsimyksiä, Jumalan rangaistuksina ja koettelemuksina, joista hänen tuli olla kiitollinen. Myöskin ihmisiä kohtaan oli hän lempeä ja leppyisä ja koetti sävyisyydellä saada voiton luonnollisesta äreämielisyydestään. Surevalla sydämellä hän alati muisteli kaukaisia ystäviänsä Böhmissä, joiden kanssa hän oli hengellisesti yhdistettynä.

Böhmin aatelismiehet panivatkin kokoon kirjoituksen keisari Sigismundolle, jossa he tuovat esiin suurimman kummastuksensa paavin häpeällisen käytöstavan johdosta, tämä kuin oli antanut vankeuteen heittää rehellisen ja viattoman miehen. He pyytävät sentähden nöyrimmästi, että keisari osoittaisi Hus'ille kumminkin sen armon, että hän saisi tulla vankilastaan ja julkisesti kirkolliskokouksen edessä puolustaa itseään ja sitä totuutta, minkä hän Jumalalta oli saanut. He muistuttavat myöskin keisaria siitä, mitä vaikeita seurauksia sekä hänelle itselleen että koko Böhmin maalle siitä syntyisi, jos hurskaalle ja nuhteettomalle miehelle, joka on luottanut keisarin suojeluskirjeesen, jotakin pahaa tapahtuisi. — Mutta oikeus oli tähän aikaan muukalainen Kostnitz'issa. Keisari itse oli petollisella tavalla jättänyt uskollisen Jumalan palvelijan hänen vihollistensa käsiin, ja kirkolliskokous, ikäänkuin olisi se tietänyt, kuinka vaikea oli julkisesti tuomita häntä, keksi sen häpeällisen keinon, että alituisilla rääkkäyksillä koetti masentaa hänen mielensä vakavuutta ja siten tehdä julkisen tutkinnon tarpeettomaksi. Mutta hyvän omantunnon todistus ja lohdullinen visseys Jumalan Hengen läsnäolosta vahvistivat Hus'ia kaikissa hänen kärsimyksissään. Häntä tutkittiin usein hiljaisuudessa, mutta hän ei tahtonut antaa mitään selitystä, sillä hän vaati vaatimistaan julkista tutkintoa, jossa voisi puolustaa itseään. Kuin niinmuodoin kaikki yritykset hiljaisuudessa saada Hus'ia peruuttamaan, mitä hän oli saarnannut, tyhjään raukesivat, tuotiin hän Kostnitz'iin takaisin ja pantiin, kahleisin sidottuna, vankeuteen erääsen Franciskani-luostariin. Täällä oli hän aina siihen asti, kuin hänen tuomionsa julistettiin.

Kuin häntä kirkolliskokouksessa ensi kerta tutkittiin, oli hänen vihollistensa hillitsemättömän vimman tähden hämmennys niin suuri, ettei mitään päätöstä voitu tehdä. Kuin Hus'in piti vastaaman ensimmäisen syytöksen johdosta, rupesi koko seurakunta niin hurjasti kirkumaan ja huutamaan, että hän töin tuskin voi saada ainoatakaan sanaa lausutuksi. Tämä poru remahteli niin vimmatulla voimalla, että ennemmin olisi luullut kuulevansa petolauman ulvomista, kuin kunnianarvoisten tuomarien keskustelua. Vähitellen vaikeni kuitenkin meteli vähäisen, jotta Hus saattoi puhua; mutta tuskin oli hän ruvennut pyhästä raamatusta tuetta mielipiteillensä esiin tuomaan, kuin häntä jo herjattiin ilkeimmällä tavalla. Tästä kirkunasta vallan taintuneena päätti hän olla vaiti, kuin huomasi puheensa turhaksi. Mutta tämä hänen vaiti-olonsakin selitettiin pahimmalla tavalla. Nyt huudettiin joka taholta: "Hus on vaiti, joka osoittaa, että hän on syylliseksi todistettu ja itse tunnustaa erhetyksensä". Kokouksen jäsenet riemuitsivat jo käheällä äänellä siitä voitosta, jonka luulivat Hus'ista saaneensa. Maltillisemmat heistä kumminkin pitivät tätä melskettä ylen hävyttömänä ja heidän toimestaan päätettiin kokous sillä kertaa. Tämä kaikki tapahtui 5 päivänä Kesäkuuta. Uudestaan häntä tutkittiin kirkolliskokouksen edessä 7 ja 8 päivänä Kesäkuuta. Hän tunnusti nyt monessa kohden opettaneensa niin, kuin häntä syytettiin; toisia opinkappaleita taas, joista häntä syytettiin, ei hän voinut omiksensa tunnustaa. Muuten ilmoitti hän, niinkuin sittemmin Lutheruskin, olevansa valmis peruuttamaan joka harhaopin, josta häntä pyhän raamatun perustuksella voitaisiin syyttää. Hänen tuomarinsa olivat hyvin erimielisiä; muutamat häntä pilkkasivat, toiset häntä surkuttelivat, toiset taas sydämessään olivat yhtä mieltä kuin hänkin, mutta valittivat hänen rohkeuttansa. Monta kertaa tehtiin myöskin yrityksiä hänen henkensä pelastamiseksi. Keisari Sigismundo, joka suuresti häpesi uskottomuuttansa Hus'ia kohtaan, tahtoi pelastaa hänen henkensä, vaikka hän ymmärsi, ettei se kirkolliskokouksen tähden voinut muulla tavoin tapahtua, kuin että Hus joko tekisi väärän valan, taikka vannoisi jotakin, joka ei ollut totta. Edistääkseen keisarin tarkoitusta ja tahtoa, kehoitti moni Hus'ia peruuttamaan sanansa vastoin makuutustansakin. Eräs jumaluusopin tohtori lausui hänelle näin: "Jos kirkolliskokous sanoo, että sinulla on vaan yksi silmä, niin pitää sinun se tunnustaman, vaikka sinulla olisikin kaksi". Hus vastasi: "vaikkapa koko maailma sen minulle sanoisi, niin en kuitenkaan voisi, niin kauan kuin minulla vielä on järkeni päässä, sanoa mitään semmoista, vastoin omaatuntoani tekemättä". "Se on totta — vastasi tohtori — enpä valinnut oikein sopivaa esimerkkiä", jonka jälkeen hän meni matkoihinsa. Omantunnon soimauksia koettivat toiset taas saada vaikenemaan siten, että tekivät Hus'ille sen muistutuksen, että hän, kirjoittaessaan peruutuskirjan alle, ei personallisesti kironnut opettamia opinkappaleitansa, vaan että se oli kirkolliskokous, joka niitä kirosi, ja hän ilmoitti ainoastaan tottelevansa sitä. Senkin pitäisi, arvelivat muutamat, vaikuttaman häneen, että niin moni oppinut ja hurskas mies oli yhtä mieltä, kuin kirkolliskokous; olihan se vaan paljasta ylpeyttä hänen puoleltaan, että tahtoi olla muita viisaampi. Näin he kaikki ahdistivat häntä paljailla tekosyillä ja tyhjillä perustuksilla. Mutta kaikki nämä tekosyyt eivät mitään vaikuttaneet tuon vakavan, uskaliaan miehen teeskentelemättömään sydämeen. Pitkällinen ja tuskastuttava tutkinto lopuksi kuitenkin lannisti Hus'ia niin ruumiin kuin sielun puolesta, erittäinkin koska hän hammaskivistyksen vaivoissa oli unettoman yön viettänyt ja hänen terveytensä muutenkin oli kovin huonoksi käynyt. Tutkinnon päätyttyä vietiin hän takaisin vankilaan, jossa hänen uskollinen ystävänsä Juhana Chlumilainen häntä seurasi. — "Oi mikä lohdutus minulle, — kirjoitti Hus eräälle ystävälle — nähdessäni kuinka tämä aatelismies ei halveksinut kohottaa kättänsä kahleissa olevalle väärä-oppisraukalle, jonka niinsanoakseni koko maailma on hylännyt".

Koska Hus nyt jo saattoi edeltäkäsin arvata, että hänen loppunsa läheni, käytti hän joutilasta aikaa kirjoittaaksensa kirjeitä ystävillensä Prag'issa, jotka kirjeet julkisesti luettaisiin Betlehemin-kirkossa. Viimeinen hänen kirjoittamansa kirje kuuluu näin:

Kaikkivaltias Jumala olkoon teidän kanssanne ja antakoon teille runsaan siunauksensa kaikkien niiden hyväin töiden tähden, joita minulle niin usein on osoitettu. Älkäät salliko, että jalo ja urhoollinen ritari Juhana, paras ja uskollisin ystäväni, minun tähteni, joka paitsi sitä lihan puolesta jo olen kuollut, tavalla tai toisella joutuisi johonkin vaaraan. Tätä rukoilen etenkin sinulta, rakas Pietarini. Eläkäät jumalallisen sanan neuvojen mukaan, olkaat siveät ja pitäkäät Jumalan käskyjä, niinkuin minä teitä opettanut olen, ja johon minä teitä vielä lopullisesti kehoitan. Kuningasta, kaikkein armollisinta herraani, minä syvimmällä nöyryydellä ja kohteliaisuudella kiitän niistä hyvistä töistä, joita hän minulle suosiollisesti osoittanut on. Tervehtäkäät minun nimessäni koko perheenväkeänne ja muita ystäviänne, joita en tässä nimittele, koska te ilman sitäkin ne tunnette. Rakkaani! Rukoilkaat Jumalaa minun puolestani, niinkuin minä teidän. Tämmöisen yhteisen rukouksen kautta pääsemme, toivon minä, kaikki armosta ylhäältä Kristuksen valtakuntaan. Amen!

Kirjoitettu vankihuoneessa ajalla, jolloin joka hetki odotin kuolemantuomiotani. Minä kärsin jumalallisen sanan tähden, ja minä kärsin vallan mielelläni. Kuitenkin tahtoisin teitä Jumalan tähden rukoilla ponnistamaan kaikkia voimianne, jotta ei Jumalan pyhät, se on Jumalan sanan mahdolliset palvelijat ja julistajat, tulisi vainotuiksi ja tyrannillisesti kohdelluiksi. Tätä kaikkein viimeiseksi teiltä rukoilee

Maisteri Juhana Hus,
Kristuksen palvelija toivossa.

Lopuksi tuli vielä 5 päivänä Heinäkuuta Hus'in luokse juhlallinen lähetystö, johon paitsi muita kuului kaksi kardinalia ja useampia pispoja. Hänen uskollinen auttajansakin, ritari Juhana Chlumilainen yhdistyi tähän lähetystöön, jonka tehtävä oli koettaa saada Hus'ia peruuttamaan, mitä oli opettanut. Hus kuitenkin lujamielisesti vastusti kaikkia yrityksiä saada häntä mieltänsä muuttamnan. Kuin kaikki siis näytti olevan turhaa, puhutteli häntä hänen ystävänsä Juhana seuraavilla sanoilla: "En ole mikään oppinut mies, rakas Hus'ini, enkä siis voi antaa niin oppineelle miehelle, kuin Te olette, mitään neuvoa. Jos tiedätte suosineenne jotakin harha-oppia, niin tahtoisin kuitenkin kehoittaa Teitä siitä valalla luopumaan; jos ette sitä vastoin mitään senkaltaista tiedä, niin kärsikäät ennen kaikki rangaistukset, jotka Teidän päällenne pannaan, kuin että tekisitte jotakin, joka loukkaa omaatuntoanne". Tämä lausunto osoittaa niin tervettä järkeä ja vilpitöntä rehellisyyttä, että se todellakin ansaitsee tulla asetetuksi kaikkea sitä petosta ja juonittelemista vastaan, joka oli tälle kirkolliskokoukselle omituista. Hus vastasi kyynelsilmin, että hän otti Jumalan todistajaksensa, kuinka valmis hän olisi vilpittömästi ja valalla peruuttamaan sanansa, niin pian kuin häntä pyhästä raamatusta tuoduilla perusteilla vakuutettaisiin siitä, että hän oli erehtynyt.