Oikeudenkäynti venyi pitkäksi ja Servet sai olla kovassa vankeudessa, mistä hän valitti kylmää luolaansa, loppuunkulutettuja vaatteitaan ja likaisuutta. Neuvosto antoi parantaa hänen tilaansa. Kuulusteluissa tapaamme onnettoman milloin äärettömän ylimielisen raivon valtaamana, milloin lannistuneena surkeasti itkien. Kirjottaessaan neuvostolle vaati hän Kalvinille kuolemaa ja hänen omaisuutensa itselleen vahingonkorvauksena. Hän oli varmaan kuullut voitonhuumauksessa elävien libertiinien puheita ja toivoi valtiokeikausta. Kalvinin hyväksymislauseeseen tuomiosta pani Servet seuraavasisältöisiä reunamuistutuksia. "Sinä et tiedä mitä sanot! Olet kurja, jos jatkat sen kiroomista, mitä et ymmärrä. Luuletko koiranhaukunnallasi huumaavasi tuomarin korvat?" Oikeus päätti pyytää koko sveitsiläisen kirkon lausuntoa ja lähetti pappeja Berniin, Baseliin, Zürichiin ja Schaffhauseniin.

Vastaukset puolsivat surmaamista. Täydellinen, hirveä yksimielisyys: "Servetin täytyy kuolla". Vaikka keisarin ja paavin ikeestä olikin irtauduttu, vallitsi kuitenkin rikosoikeudessa keskiajan lait ja katsantotavat, jonka mukaan sellaisten kerettiläisten, jotka tunnustustaan ympäristöönsä levittävät, täytyisi kuolla. Kalvin ei ole hallitukselle suunnitellut päätöslauselmaa. Koskaan hän ei ole ollut niin lähellä kokonaan pois joutumisen vaaraa, kuin silloin syksyllä.

Kalvinin lähtö kotiin.

Opettajista, jotka muille Jumalan sanaa puhuneet ovat, sanotaan: "Ottakaa vaari, millainen loppu heidän menollansa oli, ja seuratkaa heidän uskoaan" (Hepr. 13). Kalvinin lopusta sanoo hänen oppilaansa Beza elämäkerrassa: "Kadottaessamme näin ihanan miehen oli lohdutuksenani ajatus, että hänen ihana loppunsa on ikäänkuin koko hänen elämänsä kruunu ja kaunistus".

Tämä Teodor Beza oli Kalvinia kymmentä vuotta nuorempi, tutki Pariisissa oikeustiedettä ja kaunotaiteita, oli täydellinen mailmanmies, mutta tuli Jumalan armon kautta kääntymykseen, pakeni Pariisin elämää ja tuli noin kolmekymmenvuotiaana Kalvinin luo Geneveen ja sitten kreikan opettajaksi Lausanneen sekä 1559 Kalvinin uudesti muodostamaan Geneven akatemian ensimmäiseksi rehtoriksi. Tämä yliopisto, jonka yhteydessä oli valmistava kimnaasi ja jonka opettajistoon Kalvinkin kuului, nousi suureen kukoistukseen ja oppilaita karttui satoja ja tuhansia kaikista maista. Millainen taikavoima veti nuoria Geneveen, missä heidän täytyi alistua niin ankaraan kuriin, siitä kertoo meille tuon aikuinen historian kirjoittaja, katolinen Plorimund de Raemond: "Teistä tuli ensin henki Ranskan ylioppilaihin ja kuiskasi heidän korvaansa Kalvinin ja Geneven nimen, niin että he panivat pillit pussiin ja yötä päivää vaelsivat Geneveen. Pyhän miehen näkemisen toivo joudutti askeleita. Ei mitään iloa, ei edes pyhiinvaeltajan iloa nähdessään kaivatun Jerusalemin, voi verrata autuuteen, jota he tunsivat nähdessään Geneven pyhät muurit." Oppinut, hieno ja lempeä Beza oli koko yliopiston kaunistus. Hän oli myöskin reformeerattujen pääedustajana v. 1561 uskonnonkeskustelussa Poissyssä, mihin hovi sekä Ranskan hengelliset ja maalliset suurmiehet olivat saapuneet. Kun Beza tovereineen astui saliin, pääsi erään kardinaalin suusta: "Tuolla tulevat geneveläiskoirat", mihin Beza vastasi: "Herran lammaslauma tarvitsee uskollisia koiria; on niin paljon raatelevia susia." Kalvinille oli Beza samanlainen ystävä kuin Lutherille Melankton, sillä erotuksella että hän oli riippuvaisemmassa suhteessa. Hän eli 40 vuotta Kalvinin jälkeen, ja olikin tämän varsinainen seuraaja. Kuolema, joka tavotti Kalvinin jo 54-vuotisena, ei tullut hänelle yllätyksenä; jo muutamia vuosia oli sairauden ääni häntä siitä muistuttanut. Oikeastaanhan Kalvin sai koko elämänsä taistella heikkoutta ja sairaloisuutta vastaan. Kuten Paavalin täytyi hänenkin, jottei suurten hengellisten lahjain tähden ylpistyisi, kantaa pistintä lihassaan; hänen täytyi heikkoudessaan julistaa jotain korkeampaa, Kristuksen voimaa. Viime vuosina pahentui hänen tilansa kaikin puolin: pääkipu, jalkavaiva, leini, vatsatauti, hengenahdistus rasittivat häntä. Keskellä tuskiaan teki hän kuitenkin työtä edelleen, ettei Herra häntä laiskana tapaisi; hän opetti ja kirjoitti, kunnes ei enää voinut. Helmikuun alussa 1564 piti hän viimeisen saarnansa ja pääsiäisenä kannatutti hän itsensä kirkkoon ja Herran pöytään viettääkseen vielä kerran seurakuntansa kanssa pyhää ehtoollista ja yhtyäkseen vielä, vaikka vapisevin äänin, lauluun: "Herra, anna palvelijasi mennä rauhaan". Syvästi liikutettuna näki seurakunta hänen tyytyväisistä, kirkkaista kasvoistaan, miten nöyränä ja iloisena heidän kuoleva paimenensa lähtöään katseli.

26 p. huhtik. näki Kalvin vielä neuvoston ja 28 p. Geneven papiston kuolinvuoteensa ympärillä. Molemmille puhui hän valtavia jäähyväissanoja, tunnusti nöyrästi syntinsä, erittäinkin kiivautensa, mutta myös lujan uskonsa, laski vakavasti heidän sydämelleen heidän virkansa pyhyyden, lopetti rukouksella ja antoi kätensä jokaiselle jäähyväisiksi. Vielä kerran otti hän vastaan papit, joilla hänen talonsa suuressa huoneessa oli yhteinen istunto ja veljellinen ateria, johon hän itsekin otti osaa. Odottamatta kuitenkaan sen loppua, kannatti hän itsensä viereiseen huoneeseen. "Väliseinä", sanoi hän hymyillen, "ei estä minua hengessä olemasta luonanne". "Sen sanoi hän varmaan", huomauttaa Beza "ajatellen läheistä kuolemaansa ja tulevaa henkistä oleskeluaan luonamme". Tästä päivästä jäi hän makaamaan. Hän oli jo niin laiha, "että hänessä paitsi kasvoja oli vaan henki jälellä". Viimeisen kirjeensä lähetti hän Farelille Neuenburgiin. "Terve, paras ja uskollinen veli! Kun Jumala tahtoo sinut jättää minun jälkeeni, niin elä muistaen yhteyttämme, jonka hedelmä meitä taivaassa odottaa, sikäli kuin siitä on Jumalan kirkolle hyötyä ollut. En tahdo että minun tähteni olisit levoton (ja tänne matkustaisit). Hengitän ylen vaivaloisesti ja odotan hetki hetkeltä hengen lähtöä. Mitäs muusta, kunhan vain Kristuksessa elän ja kuolen; hän on voitto omilleen elämässä ja kuolemassa. Puhun sinusta Jumalalle ja siellä oleville veljille!" Vaikka jo ijällinen oli, kiiruhti Farel vielä kerran nähdäkseen ystäväänsä, jonka kanssa oli jakanut vastoinkäymiset ja menestykset. Vielä oli jälellä vaikeita kärsimyspäiviä ja Kalvin kesti ne kärsivällisesti: "Minä en tahdo avata suutani, sillä sinä sen teet". Tosin huokaili hänkin monia sekä omia että uskonveljiensä kärsimyksiä: "Ah Herra, kuinka kauan!" Vihdoinkin, 27 p. toukokuuta 1564, tuli lunastuksen hetki. Täysin tajussaan, vaikka hiljaa ja vähitellen, ilman nytkähdystä, hän lakkasi hengittämästä. Juuri auringon laskiessa sulki Kalvinkin silmänsä.

Suuri suru ja valitus oli kaupungissa. Hän haudattiin ilman komeutta; mutta melkein koko Geneve oli saattamassa häntä leposijaansa. Hänen hautansa jäi kirjoituksetta; hän itse ei ollut sellaista tahtonut. Vasta paljon myöhemmin on siihen paikkaan, mihin hänen luullaan haudatun, nostettu noin 20 sentimetriä korkea neliskulmainen kivi, jossa kirjoituksen paikalla on vaan kirjaimet J.C. — Mutta Beza lopettaa kirjoittamansa Kalvinin elämäkerran sanoilla: "Minun isäni, minun isäni! Israelin vaunut ja hänen ratsumiehensä!"

Emme mekään tahdo suurta muistomerkkiä panna miehen haudalle, jolla oli tapana usein kesken kaiken nostaa verkalakkiansa taivasta kohden vakuuttaen ja sanoen: "Kaikki Jumalan kunniaksi!" Nämät lehdet eivät ole kirjoitetut ihmisen ylistelemiseksi, vaan sen kunniaksi, joka syntisen autuaaksi tekee ja heikoissa väkevä on. Ja jos sen suuren rinnalla, mitä Jumala Kalvinin elämän ja opin kautta lahjoitti ja toimitti, onkin paljon, mikä meitä loukkaa ja on meille käsittämätöntä, niin tahdomme uudelleen muistuttaa mieleen, että yksin Jumala on pyhä ja virheetön, ja me siinä määrin kuin me hänessä olemme ja pysymme. Kalviniinkaan nähden emme saa neroa sokeasti ihannoida. Edelleen tiedämme, että mekin kahdennenkymmenennen vuosisadan lapset ylen heikkoja olemme Jumalan tutkimattomia teitä mestaroidaksemme ja ymmärtääksemme. Beza sanoo: "En hänestä tahdo enkeliä tehdä; mutta hänen suuri, myrskyävä kiivautensa ei ollut tavallista vihaa, vaan muistutti Vanhan testamentin profeettoja, ja tätäkin kiivautta on Jumala käyttänyt valtakuntansa työhön, taivuttaakseen jäykkiä ja pahoja sydämiä? — Meidän kevytmielinen, veltto ja suurimmaksi osaksi laiton aikamme ei voi käsittää Kalvinin kaltaista miestä, hänen uskoaan, työtään ja kuriaan. Eikä sekään ole tarpeen, että hyväksymme kaikki mitä Kalvinin suusta ja kynästä läksi. Mutta pääasiassa täytyy meidän astua hänen jälkiään. Niin esim. Kalvinin ystävän Bullingerin reformeerattuja kirkkoja varten laatima 'Sveitsiläinen tunnustus' ei tosin tiedä mitään Kalvinin kovasta armonvalitsemisopista, mutta pitää kiinni sen ytimestä, siitä että pyhien ijankaikkinen edeltämääräys tai valitseminen autuuteen ei perustu ihmiseen tai ansioon, vaan yksin Kristukseen, niin että ne ovat valitut, jotka uskon kautta ovat Kristukseen istutetut, hylätyt taas ne, jotka ilman Kristusta ovat" (Ef. 1, 4; Tim. 1. 9). "Jos sinä uskot ja Kristuksessa olet, niin olet valittu; Kristus on peili, jossa me näemme edeltämääräyksemme. Ollessamme ahdistuksessa valitsemisestamme olkoon lohdutuksemme, että Jumalan lupaukset kuuluvat kaikille uskoville, niin että joka anoo, hän saa, ja että me kasteen kautta olemme Kristuksen ruumiiseen istutetut ja kirkossa usein hänen ruumiinsa ja verensä saaneet ijankaikkiseksi elämäksemme." "Täten vahvistettuna, lujitettuna ja varmoina pitää meidän pelvolla ja vapistuksella laittaa, että autuaaksi tulisimme." (Sveitsiläinen tunnustus, Artikk. 8, 9. 10.) Kalvinin armonvalitsemisopista, että Jumala laupeuttaan osottaa ansiotta valitsematta toisen autuuteen ja vanhurskauteen, toisen hyvin ansaitun hylkäämisen kautta, sanoo Bungener (Kalvinin elämä), että se on vaan Kalvinin järjestelmän kasvannainen, seuraus liian pitkälle menneestä järjen juoksusta, onneksi ilman pohjaa. Jumalan armo on yleinen, ja vasta ajallisuuden piirissä astuu kaksinaisuus esille, vapauden ja armon yhteisvaikutuksessa. Ja eikö Israelin valitseminen ja pakanain hylkääminen koitunut näillekin lopulta autuudeksi? Eikö tästä pidä vetää johtopäätöstä yksityisenkin pelastukseen ja kutsumukseen nähden?

Ehtoollisopissaan on Kalvin Lutheriin ja Zwingliin nähden välittävällä kannalla. Jälkimäinen painostaa vain merkkiä, mikä muistuttaa ja "merkitsee" lunastusta ja sen hyviä tekoja. Kalvin pitää kiinni siitä, että uskovat ehtoollisessa ulkonaisen näkyvän merkin mukana saavat myöskin sen merkitsemää hengellistä armoa ja voimaa yhdessä kirkastetun Vapahtajan kanssa. Ja sisällisen ihmisen ravitsemisen ohella on tässä samalla "eukaristia" (kiitostoimitus), kuten kirkkoisät sitä nimittivät, juhla, jota yhdytään viettämään sovituksen ja lunastuksen äärettömien hyvien töiden kiitokseksi.

Tärkeä on myöskin Kalvinin opissa ja elämässä muodon saanut ajatus kaikkien kirkkojen yhteydestä. On yksi Henki, yksi Herra, yksi usko, yksi kaste, mikä sitoo kaikki maan päällä olevat uskovat yhdeksi ruumiiksi, jolla on oma lakinsa ja elämänsä, eikä riipu valtiosta, vaan Jumalan sanasta. Kalvin tahtoi saada kirkon valtiosta vähemmin riippuvaksi kuin Luther, vaikka hänkin piti valtiota jumalallisena järjestyksenä ja velvoitti esivallan kuuliaisuuteen, ei kirkkoa kohtaan, vaan Jumalaa, Kristusta ja raamattua kohtaan. Jos valtio kieltää, niin ei Lutherin ja Melanktonin mielestä kristityllä ole oikeutta asettua kirkon puolesta esivaltaa vastaan; mutta Kalvinin mielestä sitä vastoin on sellainen oikeus, vaikka hänkin usein ja kauan on varottanut aseelliseen sotaan uskon puolesta ryhtymästä. Sentähden sellaiset ilmiöt kuin amiraali Coligny Ranskassa, Wilhelm Oranialainen Hollannissa, Oliver Cromwell Englannissa, jotka reformeerattujen johtajina ase kädessä ovat epäuskoista esivaltaa vastaan puolustautuneet, ovat kalvinismin pohjalla hyvin käsitettäviä. Kaikkiin näihin maihin toivat pian tuhannet saarnaajat Kalvinin evankeliumia, jonka puolesta he eivät ainoastaan taistelleet, vaan myös kärsivät ja vuodattivat verensä. Ajatellessamme kaikkia näitä uskonsotia ja vainoja, opimme yhä paremmin ymmärtämään Kristuksen sanaa: "Minun valtakuntani ei ole tästä mailmasta", ja "Nostakaa päänne, sillä teidän lunastuksenne lähestyy".