Eräänä päivänä tapaa Kalvin Pietarinkirkon kansliahuoneeseen tullessaan siellä seuraavasisältöisen lapun: "Sinä ja kannattajasi, te kirotut papit, menkää matkoihinne, muuten teidät viimeinkin kohtaa koston miekka; emme kärsi enempää teitä, jotka olette karanneet munkistoista tänne tyrannivaltanne asettaaksenne". Neuvosto pani toimeen tutkimuksen ja syylliseksi löydettiin eräs Jaakko Gruet, jonka puheet tavallisessa keskustelussa jo kauan olivat huokuneet täydellistä kristinuskon halveksimista. Kotitarkastuksessa ilmeni uusia todisteita siitä, että Gruet oli hautonut valtiopetosta tasavallan ajallisia ja ijankaikkisia perustuslakeja vastaan, ja lain mukaan tuomittiin hänet mestattavaksi.
Huhtikuussa 1546 nähtiin tunnettu neuvosherra, nimeltä Ameaux, suuren kansajoukon seuraamana, paljain päin, palavat soihdut kädessä oikeudenpalvelijain kulettamana kiertävän kaupunkia ja lopuksi avoimella paikalla Jumalalta ja tuomareilta armoa pyytävän. Tätä sanottiin julkiseksi anteeksi pyynnöksi. Ameaux oli pilkannut pelastusoppia ja Kalvinia ja hänen vaimonsa oli huonon elämän takia muutamia päiviä ollut vankilassa. Vankila oli majapaikka, jossa useimmiten vieraita oli, tosin vain tilapäisesti, sillä tavallisesti ei siellä kauan oltu. Mutta sinne tultiin aivan vähäpätöisistäkin asioista, joten kukaan ei voinut olla varma, ettei siellä joskus täytyisi käväistä.
Vapaat henget eivät tahtoneet sellaiseen kuriin ja rajoitukseen suostua. Muodostui suoranaisia salaliittoja murhatakseen tai karkoittaakseen saarnaajat. Yhteen aikaan heitä kadulla liikkuessaan herjattiin, uhattiin ja viskattiin kivillä. Kalvinin kimppuun usutettiin koiria, toiset antoivat koiralleen nimeksi Kalvin, häntä itseään sanottiin Kainiksi. Usein täytyi hänen kuulla huuto: "Rhoneen hänet!" Mutta hän ei horjunut totuuden ja vanhurskauden palveluksessa, vaan pysyi siinä minkä oli tehtäväkseen käsittänyt uskollisena, muotoa katsomatta, peläten ainoastaan Jumalaa, jonka vuoksi hän oli valmis uhraamaan henkensä. — Kerran riehui taistelu oikein kahdensadan neuvoston kokoushuoneessa. Kalvin lähti saarnaajien kera sinne myrskyä asettamaan. Riehuva kansajoukko heittäytyy heidän tielleen, saarnaajat kiskaistaan sinne tänne, Kalviniakin uhataan. Hän astuu neuvossaliin. Silloin vastustajain raivo vasta oikein pääsee irti; miekkoja vedetään esille. Kalvin pysyy rauhallisena ja lausui neuvon ja sovinnon sanan. "Jos minut tahdotaan surmata, olen valmis; jos minut tahdotaan karkottaa, olen valmis. Koettakaa vaan vielä kerta pelastaa Geneveä ilman evankeliumia!" Sali hiljenee hiljenemistään. Lopuksi kuuluu ääniä: "unohdettu, anteeksi annettu, sovittu". Kalvin ja Perrin ojentavat toisilleen kättä. Yleinen ilo ja noin vuoden rauha ja aselepo seuraa.
Mutta oikeaa rauhaa ei vielä ollut. Vielä kerran puhkesi taistelu, mikä raivosi noin yhdeksän vuotta ja loppui teokratian ja evankeliumin lopulliseen voittoon Genevessä. Perrin oli jäänyt hallituksen johtoon. Vastustuksen nousemiseen oli aiheena Ranskasta saapuneiden protestanttisten pakolaisten kasvavat joukot, jotka yleensä saivat kansalaisoikeudet, vahvistivat kalvinistien puoluetta ja antoivat valtiolle niin vakavan leiman. Usean vanhan, vapaan kansalaisen mieltä katkeroitti juuri se, että kirkossa käytiin enemmän kuin koskaan ennen. "Ranskalaiset karkottavat meidät vielä kaupungistamme", sanoivat he. "Evankeliumin viholliset ovat ilmeisesti liittoutuneet meitä vastaan", kirjoittaa Kalvin eräälle ystävälleen. "He nostavat kapinan. Raskas kuorma on hartioillani. Ilmeisesti tahtoo Herra ottaa pois kaiken ihmistuen, että luottaisimme yksin häneen." Kapinan puhkeamista oli vielä pidättämässä uskottomien ja kelvottomien seurakunnasta tai ehtoolliselta pois sulkeminen, minkä häpeän alaiseksi joutumista kansa vielä kammosi. Tämän rangaistuksen määräämisoikeus tahdottiin konsistorilta siirtää maallisille viranomaisille.
Näiltä etsi apua muuan Berthelier, sen kuuluisan Berthelierin poika, joka Savoijan herttuaa vastaan taistellessa oli joutunut vapauden marttyyriksi. Puolitoista vuotta oli konsistori kieltänyt häneltä pyhän ehtoollisen. Neuvosto vaati Perrinin esityksestä 1553, että hänet päästettäisiin pyhälle ehtoolliselle. Kalvin pani vastaan. Ehtoollisvietto oli sama kuin pyhä tuli. Kaikki olivat jännityksissään, kirkko pakaten täysi. Joukkue vastahakoisia tunki ehtoollispöydän luo. Kalvin saarnasi rauhallisesti ja varmasti ja päätti sanoilla: "No niin, jos tämän pöydän ääreen tahtoisi tulla joku, jolta konsistori on sen kieltänyt, vakuutan edeltäkäsin elämäni kautta, että tulen näyttämään mitä minun täytyy — ja minun on käsketty tehdä". Berthelier ei lähestynyt pöytää. Kaikki meni niin hiljaa ja juhlallisesti kuin olisi Herran majesteetti näkyväisesti läsnä ollut huoneessa. Neuvosto peruutti kaikki ja Kalvin, joka jo oli ajatellut karkotusta, voi kenenkään häiritsemättä taas jatkaa suurta työtään.
Mutta vuonna 1555 uskalsivat libertiinit, jotka uusissa vaaleissa olivat jääneet alakynteen, ryhtyä viimeiseen epätoivontaisteluun, julki kapinaan, joka kuitenkin loppui heidän häviökseen. Hankkeissa oli saada aikaan kirkossa yllätys ja verisauna. Kun suunnitelma oli ilmi tullut ja estetty, lähtivät he, Perrin ja Berthelier etupäässä, eräästä juomapaikasta kiihdyksissään miekka kädessä katuja pitkin, metelöivät raatihuoneen edustalla, julistivat vallankumouksen ja karkasivat erään vartiaston kimppuun, jota eräs asianajaja toi heitä vastaan. Lyhyt taistelu ratkaisi asian. Muutamia kaatui; libertiinit pakenivat ja jättivät kaupungin. Muutamia karkotettiin, toisia telotettiin. Tähän Geneven järjestyksen ja kirkollisen uudistuksen vastustajain ahdistamiseen ei Kalvinilla ollut mitään vaikutusta; mutta hän iloitsi ja kiitti Jumalaa, kun seurakunnalla nyt oli rauha ja se voi Jumalan pelvolla rakentua.
Servetin oikeusjuttu.
Samoihin aikoihin syksyllä 1553, kun taisteltiin Berthelierin pääsemisestä pyhälle ehtoolliselle, tapahtui Servetin oikeusjuttu, joka on heittänyt synkän varjon Kalvinin historiaan, niin että hän monen mielestä on sen kautta ikäänkuin poltinraudalla merkitty. Mutta ei saa tuomiota langettaa tuntematta asiaa oikein. Mikael Servet oli espanjalainen, syntynyt 1509 tai 1511 Tudelassa Ebron rannalla. Isänsä oli kirjuri ja sukuisin Villanovasta Arragoniasta, jonka vuoksi poika viimeisissä kirjoituksissaan käyttää nimeä Mikael Villeneuve. Jo nuorena tutki hän vanhoja kieliä, latinaa, kreikkaa, jopa hepreaakin, sitten Saragossan yliopistossa ja lopuksi Toulousessa matematiikkaa, tähtitiedettä, maantiedettä, edelleen oikeustiedettä, lääketiedettä ja lopuksi jumaluusoppiakin. Kaikkia näitä harrastuksia hän yhteen sekotti osottaen sellaista nuoruuden hehkua ja haaveellisuutta, jota usein pidetään jaloutena ja henkevyytenä, toisinaan ylpeytenä ja ylimielisyytenä. Tuskin 20 vuotta täytettyään kirjoitti hän "kirjan kolminaisuusopin erehdyksistä", kuten päällekirjoitus kuuluu. Hän luuli uskonpuhdistajani liian äkisti pysähtyneen oppiin Kristuksesta, ijankaikkisesta Jumalan pojasta, ja kristinusko tarvitsi muka uudelleen todeksi tullakseen paljon perusteellisemman ja täydellisemmän uudistuksen. Hän kävi sentähden Saksassa matkustaessaan puhuttelemassa protestanttisia jumaluusoppineita, Baselissa Oekolampadiusta. Kun tämä kerran päivän tapahtumista puhellessaan Zwinglin, Bullingerin ja Gapiton kanssa mainitsi nuoren espanjalaisen väitteet, sanoi Zwingli: "Veli Oekolampadius, sinun tulee olla varoillasi, sillä jumalattoman espanjalaisen väärä oppi hävittäisi koko meidän kristinuskomme. Sillä jollei Kristus olisi oikea, totinen ijankaikkinen Jumala, niin ei hän voi olla meidän Vapahtajamme, ja niin olisi valhetta kaikki mitä profeetat, apostolit ja kirkko ovat opettaneet. Sentähden tee mitä voit, ettei tuo hirveä Jumalan pilkka pääse leviämään kristikunnan häviöksi." Samaa ajatteli Kalvin, joka Servetin kanssa oli ryhtynyt kirjevaihtoon. Servetin ääni ja olemus teki häneen kovin vastenmielisen vaikutuksen, ja viitaten kirjaansa "Kristinuskon opetus", katkaisi hän kirjevaihdon. "Henkisten libertiinien" panteismi, josta ennen on puhuttu, oli Servetinkin saastuttanut, ja suurta oppiakseen hyväkseen käyttäen koetti hän sitä kaikella innolla, vaativaisin ja pilkkaavin sanoin maailmassa levittää. Eräälle Geneven kirkon saarnaajalle oli Servet kirjoittanut muun muassa: "Teidän evankeliuminne on ilman yhtä Jumalaa, ilman tosi uskoa, ilman hyviä töitä. Yhden Jumalan sijalla on teillä kolmipäinen manalankoira." 1535 oli Servet kirjapainon korjauslukijana Lyonissa, v:sta 1537 opetti hän menestyksellä Pariisissa maantiedettä, matematiikkaa ja lääketiedettä, ja lopuksi toimi hän Viennessä, Dauphinéssa, lääkärinä piispa Palmierin suojeluksen alaisena. Hiljaisuudessa valmisteli hän uutta teosta "Kristinuskon uudistus". Eräs vienneläinen kirjanpainaja uskalsi antaa painokoneensa hänen käytettäväkseen eräässä pääpainosta eristetyssä pienessä puutarharakennuksessa, ja kirja painettiin tammikuussa 1553.
Genevessä sattui elämään protestanttisena pakolaisena eräs vienneläinen kauppias nimeltä Vilhelm Trye; hän oli Kalvinin läheinen tuttava. Tätä soimasi eräs Lyoniin jäänyt sukulainen siitä, että hän oli yhtynyt kirkkoon, jossa kaikellainen vallattomuus sekä opin että elämän puolesta oli vallalla. Trye vastasi tämän moitteen paljon paremmin sattuvan paavilaisiin, koska he keskuudessaan suvaitsivat kerettiläistä, joka ansaitsi saada surmansa pyövelin kädestä. Tahdottiin todistuksia ja Trye lähetti serkulleen muutamia Servetin Kalvinille lähettämiä käsinkirjoitettuja lehtiä, jotka olivat osa kirjaa "Kristinuskon uudistus ". "Olen ne ainoastaan suurella vaivalla saanut herra Kalvinilta", liitti hän oheen, "koska hänellä ei ole oikeuden miekkaa, vaan on paremmin opetuksen kautta sellaiset asiat voitettava". Noiden käsinkirjoitettujen lehtien nojalla meni inkvisitioni Servetin kimppuun, hänet vangittiin, kotoa tavattiin uusi kirja pinkoissa ja hänet teoksineen tuomittiin poltettavaksi. Tämän vältti hän kuitenkin pakenemalla. Asia on lykätty Kalvinin syyksi; Trye oli muka vain välikappale, hän itse asian alku, se joka Servetin katolisen inkvisitionin käsiin toimitti. Kalvin itse kieltää sen ja kirjoittaa: "Herjaus tulee mitättömäksi, kun minä annan sanani ettei siinä ole perää". Trye ei tahtonut sukulaisensa silmissä olla valehtelija ja pakotti Kalvinin antamaan todistuskappaleet.
Kova onni vei pakenevan Servetin Geneveen. Miksi jäi hän sinne kuukaudeksi eikä matkustanut eteenpäin? On luultu libertiinein pidättäneen häntä, he kun luulivat hänessä tavanneensa oikean miehen vihatun Kalvinin vastustajaksi. Onkin mahdollista että hän itse — olihan vuonna 1552 Perrin asiain johdossa — rupesi toivomaan pääsevänsä voitetun uskonpuhdistajan seuraajaksi. Varmaa vain on, että 13 p. elokuuta tuli Servetin oleskelu tunnetuksi ja Kalvin vaati hänen vangitsemistaan. Tämä tapahtuikin ja nyt alkoi vangitulle laaja oikeudenkäynti. Syytöskirjoituksen sepittäjänä kutsuttiin Kalvin oikeuden kuulusteltavaksi, ja usein näytti kuulustelu Kalvinin ja Servetin väliseltä riita-asialta. Servetin koko esiintyminen teki tuomareihin varmaan kovin vastenmielisen vaikutuksen. Esim. 17 p. elokuuta koetti Kalvin todistaa syytetyn kumoavan, puhumattakaan kristinuskosta, kaiken uskonnon ja eroituksen Luojan ja luodun, hyvän ja pahan väliltä. Uhkamielisenä myönsi Servet tämän; jumaluus asui perkeleessäkin, kivessä, puussa j.n.e. "Tuo jakkarakin — on Jumala olemus." Kun häneltä kysyttiin, oliko hänen mielestään perkelekin oleellinen Jumala, vastasi hän hymyillen: "Epäiletkö sitä? Kaikki ovat osana Jumalasta, hänen lahjojaan."