Lukukaudet olivat olleet yhtämittaista raatamista. Kirjoitusten korjausta, luentoja, väittelyjä ja väitösharjoituksia ylenmäärin kuten ennenkin; tärkeitä kysymyksiä konsistoriossa, huolia, riitoja ja katkeruutta niiden tähden; ja kaiken sen ohella valmistuivat verkallensa Porthanin suuret tutkimustyöt ja lähdejulkaisut. Kesäisin olivat matkat vaihteluna ja virkistyksenä, mutta hyödyksi samalla. Usein vaativat taas tutkimukset kesien käyttämistä arkistotöihin Tukholmassa tahi kirjastonhoito Turkuun jäämistä.
Mutta ankara työ alkoi jättää työntekijään jälkensä. Porthanin voimakas vartalo kävi kumaraksi, kasvot menettivät entisen tuoreen värinsä, alakuloisuus ja ärtyisyys vaivasi mieltä, ainakin aika ajoin. Sattui tuon tuostakin sairaudenkohtauksia; vuonna 1793 oli kuolema jo tulossa ja vuonna 1797, kun Sigfrid Porthan makasi melkein viimeisillänsä Tukholmassa, oli velikin pahasti sairaana. Calonius häntä liiasta työnteosta ja rasittumisesta varotteli; mutta Porthanilla oli siitä oma ajatuksensa. "Että paljo istuminen ei ole ollut hyödyksi minulle, huomaan kylläkin hyvin", sanoo hän. "Ei liene tehnyt hyvää, etten viime kesänä tavallisuuden mukaan kuleksinut pitkin maata (kirjaston järjestämisen y.m. estämänä). Mutta täytyyhän minun ajatella, että vuosien mukana vaivatkin tulevat. Mitä työhön tulee, niin osaksi se ei rasita minua (lukuunottamatta ylioppilaitten kirjoituksia, josta vaivasta minun pitää hankkia huojennusta), osaksi olen varma siitä, ettei minulla ole sitä enempää kuin Veljelläkään, vaikka se tavallaan on toisenlaista. Siinä kuten kaikessa muussakin on tottumuksella suuri voima. Schalberg, joka ei tee mitään, ei siltä ole terve. Useimmat toimeni ovat tulleet ikäänkuin koneellisiksi, niin etteivät ne paljo sielua kysy. Väitöskirjojani tulee minun kuitenkin vähentää. Mutta kenen on astuttava sijaan? Veli ei usko kuinka vaikeata poikain on saada preesestä. Bilmark väsyy myöskin."
Ja uusia toimia karttui entisten lisäksi. Oli niin paljon suuriarvoisia ja hyödyllisiä yrityksiä, joista ei saanut kieltäytyä mukana olemasta; oli niitäkin, jotka vaativat Porthanin alkuunpanoa ja johdatusta. Tuntui siltä, että taantumus kaikista ponnistuksista huolimatta oli pääsemässä vallalle maassa, että tietämättömyys ja raakuus oli levenemässä. "Eivät vain muut virkamiehet ja säätyhenkilöt, vaan maaseutujen papistokin on joutumassa erillensä koko oppineen Europan yhteydestä", valitteli Porthan vuonna 1802. "Meillä ei ole muuta aikakauskirjaa kuin Silfverstolpen, joka pääasiassa tekee selkoa teaaterikappaleista ja romaaneista, joita huonoissa käännöksissä täällä tulvehtii. Tuskin on mitään yhteyttä valtakunnan etevimpäin oppilaitosten välillä. Mitä valtakunnan ulkopuolella tapahtuu tietojen ja tieteiden edistämiseksi, siitä tietävät ainoastaan ne harvat, joilla on ulkomaitten oppisanomia." Tässä oli pikainen apu tarpeen ja niin ollen perustivat muutamat Turun yliopistomiehet, Porthan ensimäisenä näiden joukossa, kirjallisuuslehden (Litteratur Tidning), jonka määränä oli seurata ulkomaista ja kotimaista kirjallisuutta ja tiedettä, antaa siitä arvosteluja ja selontekoja.
Lehti alkoi ilmestyä vuonna 1803. Ruotsalaisetkin oppineet, semminkin uuttera kynäilijä Gjörwell, tervehtivät ilolla tätä suomalaista yritystä. Se poisti näet heiltäkin varsin tuntuvan tarpeen. Mutta lehti lakkasi jo ensi vuotenansa ilmestymästä vanhoillisen hallituksen pakotuksesta. — Onnekkaampia olivat Porthanin toimet yliopiston hyväksi. Rehtorina ollessaan lukuvuonna 1798-1799 ja vielä kevätlukukaudella 1800 ystävänsä Tengströmin sijasta puuhasi hän kauvan kaivattua uutta yliopistorakennusta, toimitti siihen tarvittavia rahamääräyksiä, suunnitteli sen muotoa ja hankki malleja muista akatemiarakennuksista. Vuonna 1802 laskettiin uuden akatemian peruskivi kuninkaan itsensä läsnäollessa.
Keskeltä moninaisia töitä ja tutkimuksia tapasi Porthanin synkkä kutsumaton vieras — kuolema. Porthan vilustui kylmässä kirjastohuoneessa kantaessaan kirjoja eräälle oppilaalleen, sairastui ankarasti ja kuoli kaksi viikkoa kestettyään taudin tuskia 16 p. maaliskuuta 1804. Samana aamuna kun Porthan makasi kuolonkamppauksessa, uskoi Tengström molempain yhteiselle ystävälle Gjörwellille sen, mikä hänen ja hänen toveriensa mieltä ahdisti. "Sydämeni on täynnä tuskaa ja huolta", kirjoitti hän, "tappiosta, joka uhkaa meitä ja tiedettä yhteisesti, kanslianeuvos Porthan kun on pahasti sairaana kirjastossaan saamastaan vilustumisesta ja siitä seuranneesta peripneumoniasta ilman paranemisen toivoa ja ehkä ei enää huomenna elävien joukossa? Mitä yksityisesti tunnen en voi ilmaista, mutta yleisön tappio tuottaa minulle kumminkin enemmän tuskaa? Mistä ottaa hänen vertaistaan, ja kuinka kauan on sija, jonka hän jättää, oleva autio ja tyhjä?" Kohta sen jälkeen tuodaan Tengströmille kuolinsanoma ja hän kirjoittaa sen johdosta: "Vakavalla ja tyynellä mielellä meni hän katoavaisuutta kohti, oli selvänä viimeiseen ja hänen viimeiset huolensa koskivat sitä akatemiaa, jota hän niin kauan oli hyödyttänyt ja kunnostanut. Sellaista opettajaa ei ole Turun akatemialla koskaan ollut. Useimmat meistä, jotka istumme konsistorion pöydän ympärillä, olemme hänen oppilaitaan ja me tunnustamme kiitollisuudella, että valo, joka täällä on, ja halu yleishyödylliseen työhön, joka elähyttää meitä, johtuu hänestä, hänestä melkein yksinään."
Hautajaisiin tulivat ylioppilaat kenenkään kutsumatta ja asettuivat ääneti kummankin puolen tietä, jota myöten heidän opettajansa ruumis kodistansa kannettiin. Se laskettiin kirkkomaan kätköön vastapäätä vanhaa muistorikasta yliopistorakennusta ja uuden akatemian tulevan pääkäytävän eteen. Yliopisto oli kumminkin ollut vainajan hellimmän huolenpidon esine. Sille hän tautivuoteellaan oli määrännyt kaiken omaisuutensa, kirjansa, karttansa ja käsikirjoituksensa sekä vähäisen irtaimistonsa, pidättäen siitä vain välttämättömimmän kahdelle kivulloiselle sisarelleen. Hän oli tällä teolla testamentin sanain mukaan tahtonut todistaa rakkautensa oppilaitosta kohtaan, johon hän niin monena kuluneena vuotena oli kuulunut, jonka menestystä ja arvoa hän kaiken kykynsä mukaan oli koettanut edistää.
* * * * *
Siinä Porthanin elämäntyö pääpiirteissään. Se oli näköjään ahkeraa arkipäiväistä raatamista, ilman mitään suuruuden tavottelua lähteneenä vain halusta olla hyödyksi siellä missä se oli eniten tarpeen. Ja kumminkin sitä aina tullaan mainitsemaan kaikkein kauneimpain tekojen rinnalla. Sillä se aiheutui sen välittömästä tuntemuksesta mitä maamme ja kansamme kaipasi ja soveltui täydellensä tähän. Työntekijä eli kokonaan työssänsä; siihen mahtuivat kaikki hänen yksityiset toiveensa ja pyyteensä, sille oli hän uhrannut pitkät yliopistolliset lukukautensa ja lyhyet kesälomansa; sen tähden hän oli kokonaan unohtanut itsensä. Siinä sen suuruuden selitys.
Mutta töissään ja tutkimuksissaan hän juuri toi ilmi omaa oleellisinta luonnettaan. Huolellinen harkitseminen ja tyyni maltillisuus, joka leimasi hänen historialliset tutkimuksensa ja oli hänen opetuksensa ytimenä, tuli näkyviin hänen jokapäiväisissä askareissaankin. Hän ei viehättynyt mitään hyväksymään, mutta ei myöskään hylkäämään ennenkuin oli tunnontarkasti asiasta selon ottanut. Tätä tunnontarkkuutta on hän nimittänyt ihmisen jaloimmaksi piirteeksi ja juuri hänen luonteessaan on se erikoisesti silmiinpistävä. Se varjeli häntä kaikista äkkipikaisista päätöksistä ja huonosti harkituista tuumista; se auttoi häntä aina pysymään uskollisena itselleen ja oikeudenmukaisena muita kohtaan. Siinä oli sisin syy siihen humaniseen sopusuhtaisuuteen, jonka hän tahtoi kylvää kaikkien oppilaittensa mieliin.
Saattaisi sanoa, että juuri tämä tunnontarkkuus pidätti häntä niistä suurista erehtymistä ja suurista voitoista, joita vain vastakohtaisuuksien ajelehtimana saavuttaa, siitä elämäntuntemuksesta, joka vasta kaikkea täysin kokeneelle selvenee. Eikä hänen oppinsa niin kovin syvämielistä ollut eikä kauvaksi tunkevaa. Mutta siitä huolimatta hän sillä niinkuin elämällänsäkin on osannut oikeaan.