Toisen puolen opetuksesta muodostivat väitöstilaisuudet ja niihin valmistautuminen. Maisterin arvoa varten tuli kunkin ylioppilaan puolustaa julkisessa väittelyssä kahta julkaisua. Ensimäisen julkaisun, jota puolustettiin pro exercitio, kirjoitti tavallisesti Porthan itse. Suuremmat teoksensa hän on julkaissut tuollaisina väitöskirjoina eri ylioppilasten esiintyessä niiden puolustajina. Väitöskirjan kokoonpanoon eivät he mitään vaikuttaneet ja puolustus kohdistui vain teeseihin, jotka painettiin tuollaisen vihkosen kansilehdelle. Mutta he kustansivat painatuksen ja preeses sai siten teoksensa julkaistuiksi ja tuli riippumattomammaksi yleisön suoranaisesta kannatuksesta. Tällainen riippumattomuus oli ihan välttämätön aikana, jolloin oli erinomaisen vaikea julkaista kirjoja, jotka käsittelivät puhtaasti tieteellisiä kysymyksiä. Tulemme huomaamaan, että tämä seikka vaikutti suuresti noiden kirjoitusten aiheeseen. Toiselta puolen sai tämä asianhaara tekijän pukemaan teoksensa latinalaiseen asuun.
Toisen väitöskirjansa julkaisivat ylioppilaat pro gradu. Aineen määräsi Porthan[122] pitäen kuitenkin silmällä oppilaan taipumuksia ja tulevaa elämänuraa ja antoi sen sitten tämän valmistettavaksi. Tavallisesti hän laittoi kirjoittajalle kaavan, jonka mukaan tehtävä oli toimitettava.[123] Luulen, että lyhyt latinankielinen lippu suomen murteista, joka meille on säilynyt, on ollut samaa ainetta koskevan väitöskirjan ohjeena sen respondentilla. Siihen ovat aineen pääkohdat lyhyesti merkittyinä: "Mitä on murre? ei eri kieli vaan sama. Ei latina ole kreikan murre, ruotsi saksan, eivät mordvalaisten, votjakkien j.n.e. Tuskin viro ja aunus? joita tulisi paremmin tuntea. Mutta murteista Suomessamme puhumme. Suuri ero myöskin naapuripitäjien välillä" j.n.e..[124] Tämän mukaan on sitten ehkä respondentti kirjoittanut aineensa sujuvimmalla latinankielellään, etsinyt vastauksen ensimäiseen kysymykseen Gesnerin latinalaisesta sanastosta ja jatkanut tähän suuntaan. On tosin myöskin mahdollista, että Porthan on kirjoittanut tuon nootin itseänsä varten, hänellä kun näet oli tapana merkitä asiat, joista aikoi kirjoittaa, paperiliuskoille, kirjeitten valkealle takasivulle tahi muulle sentapaiselle. Mutta joka tapauksessa lienevät hänen ohjeensa respondenteille olleet tämäntapaisia, milloin ne kirjallisia olivat. Usein hän myöskin neuvoi tarvittavaan kirjallisuuteen tahi hankki käsinkirjoitettuja lähteitä ja keskusteli tekijän kanssa siinä esiintyvistä kysymyksistä.[125] Kun Porthan harjoitti ylioppilaita latinalaisen stiilin käyttämisessä, oli luonnollista, että stiili, jolla kirjoitus kirjoitettiin, oli saanut Porthanilta leimansa. Aihe taas usein liittyi läheisesti johonkin kysymykseen, jota Porthan oli käsitellyt yksityisluennoillaan, täydentäen ja laajentaen hänen esitystään. Oppilaat, jotka olivat saaneet katsantotapansa noilla luennoilla, kehittivät ja toivat esille sen väitöskirjoissaan. Kun väitöskirja näin opettajan välillisen vaikutuksen alaisena oli kirjoitettu, korjasi tämä sen vielä perin pohjin. Porthan itse kertoo, että tuo korjaaminen usein oli paljon rasittavampaa, kuin koko kirjoituksen kirjoittaminen.
Vaikka siis nämät väitöskirjat ovat Porthanin ja hänen oppilastensa yhteistoiminnasta syntyneet, on niissä oppilasten työ ollut väliin suurempi, väliin taas pienempi. Mahdotonta on heidän osuuttansa ratkaista kussakin yksityistapauksessa, ellei ole säilynyt suoranaista ilmoitusta siitä. Tällaisia tavataan kuitenkin usein Porthanin kirjeissä.
Niin on "De poësi gentium septentrionalium" puolustajan kirjoittama ja Porthanin nopeasti tarkastama. Filosoofisen väitöskirjan "De studio novitatis in philosophia" on respondentti Porthanin suunnitelman mukaan tehnyt ja tämä sen nopeasti korjannut. On huomautettu, että Suomen historiaa koskevat aiheet Porthan on enimmäkseen itse kirjoittanut, muut taas enimmäkseen puolustaja. Kuitenkaan ei erotus tässä suhteessa ole aivan selvä. Niin tiedämme, että Porthanin johdolla puolustetun "De superstitione veterum Fennorum" alkuna on ollut Eerik Lencqvistin käsikirjoituksia, jotka hänen poikansa on muodostellut väitöskirjaksi. Sama oli laita väitöskirjan "Historia Borgoae", jonka perustuksena oli M.J. Alopaeuksen kirjoitus "Utkast tili Borgå Stadsbeskrifning, börjad den 13 Jan. 1789". Respondentti Maunu Alopaeus lienee sitten laitellut aineen väitöskirjan muotoon.[126] Porthanin ilmoituksista huomaa muuten, että hän on toisia graduaalikirjoituksia avustanut paljon tehokkaammin, kuin hänen tapansa tavallisesti oli.
Tällaisiksi voisi epäillä sellaisia kirjoituksia, joista puuttuu tavallinen vetoaminen lukijan hyväntahtoisuuteen kirjoittajan nuorekkaita kokeita kohtaan tahi jokin muu sentapainen lause. Sellaista vailla ovat esim. "De fama magiae Fennis attributae", "Historia decimarum", "De praecipuis dialectis linguae Fennicae" ja "De denario Petrino".
Mutta Porthanin opettajatoimi vaikutti muullakin tavalla kuin näin välittömästi julkaisujen muotoon. Se rajoitti hänen aikaansa ja pakotti hänet lykkäämään tieteellisemmät työt ja sellaiset, jotka eivät olleet yhteydessä opetuksen kanssa, loma-aikoihin. Porthan kertoo itse: "Minä luennoin, paitsi julkisia luentojani, 12 tuntia viikossa, kertaan julkisia luentojani kahtena tuntina. On sitäpaitsi osakunnan kokouksia joka keskiviikko ja lauvantai kolme tuntia, ja minä vastaanotan ja korjaan ylioppilasten kirjoituksia samoina päivinä kello 7:stä aamulla kello 12:een päivällä. Enempää ei saksalainenkaan professori ehdi. Tarvitsemme aikaa myöskin itse lukeaksemme — ettemme 10 vuoden kuluttua olisi aivan vanhanaikaisia oppeinemme — ja puuhataksemme muutamissa muissa kirjallisissa töissä".[127]
Oli luonnollista, että Porthan opetustoimessaan samoinkuin väitöskirjoja julkaistessaan tuli noudattaneeksi samoja periaatteita kuin hänen edeltäjänsä. Niinpä hän kertoo Hasselista, että tämä mieluummin korjaili oppilastensa väitöskirjat ja näki siinä paljon vaivaa, kuin kirjoitti ne itse. Siten hän antoi näille hyvän tilaisuuden koetella ja harjoitella voimiaan. Saman arvostelun antoi hän sittemmin usein omasta menettelystään.[128] Tämä oppilaan oman kyvyn kehittäminen johtui juuri harrastuksesta itsenäiseen kriitilliseen työhön, jota sekä Hassel että Porthan osottivat ja oppilailleen neuvoivat.
Porthan on myöhemmin kuvannut väitöstilaisuuksien hyötyä näin: "Siten harjaantui nuoriso latinankielen käyttämisessä, vieläpä oppi yleensä rohkeasti ja vaivatta esittämään sanottavansa, katsomaan asiaa useammalta taholta, nopeasti erottamaan, mikä enemmän tahi vähemmän kuului pääkysymykseen ja helposti selvittämään esiintyviä ja esitettyjä vaikeuksia".[129] Tämä kriitillisen kyvyn kehittäminen oli ylipäätänsä Porthanin opetuksen tarkoituksena muun tarkoituksen ohella.
Mutta kuten luennoilla Porthan myöskin väitöskirjoilla tahtoi muodostella oppilaittensa ajatustapaa omaa katsantotapaansa lähenteleväksi. Niin kuin hän luennoillaan vuonna 1788 psykologiassa vastusti ajan mystillisiä virtauksia, svedenborgianismia ja magnetismia, pitäen niitä vain jonakin taikauskon muotona, niin hän samana vuonna julkaisemassaan väitöskirjassa "De obligatione civis ad capessendam Rempublicam" istutti akateemiseen nuorisoon valtiollista moraalia.[130] Silloin olivat juuri Anjalanliiton ajat ja sellainen opetus ajan vaatima. Edempänä puhumme taistelusta, jota tutkijamme luennoissa ja väitöskirjoissa kävi leviävää Kantin oppia vastaan.