Vaikka hän taas olikin vapaa mies, hänen kulkuaan kuitenkin oli arveluttavasti ehkäisty sen pahempi juuri hänen valmistautuessaan toteuttamaan suunnitelmaa, jota hän itse piti tienä valtaan ja maineeseen — tulevaisuus oli pian osoittava kuinka suurella syyllä. Toulon'in valloituksen jälkeen Buonaparte oli johtanut, paitsi linnoitustöitä pitkin rannikkoa, "italialaisen armeijan" hyökkäysretkeä Sardiniaa ja itävaltalaisia vastaan Piemontissa. Hänen korsikalaiset tutkimuksensa sissisodan käynnistä vuoristossa olivat hänelle tässä erittäin hyödylliset; sen sijaan että ennen oli suurin ponnistuksin koetettu ajaa vihollinen pois asemistaan, osasi Buonaparte yksinkertaisesti ne kiertää, joten ne menettivät merkityksensä. Mutta hän meni vielä pitemmälle ja valmisti suunnitelman Genuan valloittamiseksi. Kun hän kerran saisi jalansijan hedelmällisessä pohjois-Italiassa, hän saattaisi mielensä mukaan kääntyä Itävaltaa tai Italian ruhtinaita vastaan. Tämän suunnitelman hän oli ilmaissut Robespierre nuoremmalle; sen olivat hän ja useat muut konventin jäsenet täydellisesti hyväksyneet, ja siinä oli salaisen Genuan-matkan varsinainen ydin. Kaikki nämä loistavat tulevaisuussuunnitelmat olivat nyt termidor'in 9 p:n tapauksien jälkeen mennyttä.
Mutta Buonaparte ei voinut pysyä toimetonna; hän tarvitsi uusia voittoja, jotka hankkisivat hänelle sen vaikutusvallan ja arvon, minkä syytös ja vangitseminen olivat häneltä riistäneet. Sillä hetkellä, hirmuvallan kukistumisen jälkeen, kävi kautta maan sellainen ikävöimisen huokaus, sellainen levon ja rauhan kaipuu — kun vain rauha saavutettaisiin kunniallisilla ehdoilla —, että hänen täytyi itsekseen myöntää toiveiden sodalla saavutettavista eduista olevan varsin pieniä. Semmoisissa oloissa tuo vaatimaton nuoruuden unelma, päästä johonkin tehtävään Korsikassa, saattoi hänestä taas näyttää houkuttelevalta; vastoinkäyminen Ranskassa vei hänet jälleen kotirannoille.
Paoli oli kesäkuussa 1794 asettanut Korsikan Englannin suojelukseen. Ranskalainen sotaväki pysyi kuitenkin vielä linnoitetuissa satamakaupungeissa. [Kun Englannin laivasto elokuussa valloitti niistä viimeisen — Bastian — menetti laivaston päällikkö Nelson toisen silmänsä.] Mikä olikaan luonnollisempaa Buonapartelle kuin ehdotus, että "Korsikan departementti vapautettaisiin" englantilaisista, että rikolliset, jotka kavalasti olivat pitäneet vihollisen puolta, rangaistaisiin, ja että ne monet hyvät tasavaltalaiset, joiden oli ollut pakko paeta, palautettaisiin isänmaahan? Semmoinen oli ohjelma virallisesti; mutta "rikolliset" olivat hänen mieskohtaisia vihollisiaan, "hyvät tasavaltalaiset" hänen omia puoluelaisiaan vuosilta 1792-93, ja "Korsikan vapauttaminen" paras tilaisuus nuorelle kenraalille, joka tällä kertaa oli vähän huonossa huudossa, voittaa uusia laakereita ja enemmän kunniaa.
Buonaparte kirjoitti syyskuussa 1794: "8-10,000 miehen ja 12 sotalaivan voimalla yritys Korsikaa vastaan tähän vuoden aikaan on oleva jaloitteluretki vain". Laivasto kuitenkaan ei valmistunut lähtöä varten ennenkuin 1 p. maaliskuuta seuraavana vuonna; sen piti ensin puhdistaa kulkuväylä englantilaisista laivoista. Mutta joku päivä sen jälkeen se kohtasi Englannin laivaston, hävisi taistelussa perinpohjin, ja sen täytyi kiireimmiten palata kotimaahan. Siten oli Korsikan valloitus toistaiseksi mahdoton. Buonaparten hankkeet tälläkin kertaa pettivät.
Harvoin sattuu onnettomuus tuomatta toisenkin mukanaan. Kommentissa kiinnitettiin huomiota siihen arveluttavaan seikkaan, että suuri joukko korsikalaisia upseereja palveli italialaisessa armeijassa. "Korsikalaiset ovat sotaisia; heidän maansa on lähellä; englantilaisten valloittamasta Bastiasta on tullut Ranskaan entisten lisäksi koko joukko noita saarelaisia, jotka ovat kaikki vallankumouksen puolella, ja korsikalaisen kansanedustajan läsnäolo etelä-armeijassa on niitä houkutellut sinne." Hallitus huomasi viisaimmaksi hajoittaa nämä levottomat vallankumoukselle suosiolliset päät niin laajalle kuin mahdollista ja asetti korsikalaiset upseerit eri osastoihin kautta maan. Buonaparte sai käskyn siirtyä tykistön päälliköksi länsi-armeijaan, joka taisteli Vendée'n kapinoitsijoita vastaan; joku päivä sen jälkeen hän kuitenkin sai uuden tiedonannon, että hän konventin käskystä siirretään tykistöstä jalkaväkeen.
Kaikki hänen kauniit tuulentupansa särkyivät kerrassaan. Hänen ei ainoastaan ollut pakko luopua näyttämöltä, jota hän — pitäen silmällä italialaista hyökkäyssotaansa — oli yhä uudestaan tutkinut, poistua ainoasta paikasta, jossa hänellä oli mahdollisuus saavuttaa sielunsa janoama kuuluisuus. Ei, hän vielä suorastaan alennettaisiin, siirrettäisiin tykistöstä, entisestä aselajistaan, jota hän paremmin kuin kukaan muu osasi käyttää ja jolle hän oli osannut hankkia jonkinmoisen itsenäisyyden, jalkaväestöön, jota hän ja kaikki muiden aselajien sotaherrat siihen aikaan pitivät tavallaan ala-arvoisena. Hänelle ei juolahtanut hetkeksikään mieleen alistua herra Aubry'n, Yhteishyvän valiokunnan sotalaitosta varten valtuutetun taantumuksellisen jäsenen käskyihin, miehen, joka korkeasta iästään huolimatta ei ollut päässyt kapteenia ylemmäksi, ja joka sai kiittää ainoastaan oikullisia valtiollisia oloja lyhyestä valtansa aikakaudesta. Buonaparte matkusti heti Parisiin saadaksensa selityksen tähän nöyryyttävään virka-alennukseen. Syyksi Aubry esitti — ainoassa puhelussa, jonka hän Buonapartelle myönsi — tämän suhteettoman pikaisen ylenemisen ja hänen nuoruutensa. "Taistelutantereella vanhenee äkkiä", vastasi viisikolmattavuotias kenraali tiukasti, "ja sieltä minä tulen." Päätös ei kumminkaan ollut peruutettavissa, ja silloin hän ajan voittamiseksi ja odottaaksensa tapausten kehittymistä ilmoittautui sairaaksi. Yksi ainoa henkilövaihdos Yhteishyvän valiokunnassa saattaisi avata hänelle uusia mahdollisuuksia.
Ja varsin luultavaa olikin, että pian oli tapahtuva yleinen sekä henkilö- että järjestelmänmuutos. Äärimäiset "vuorelaiset", jotka kukistuivat termidorin 9 p:nä v. II, koettivat valmistaa nousua taantumusta vastaan. Siihen Buonaparte pani kaiken toivonsa — samoin kuin hän kolme vuotta ennen oli toivonut demokratian voittoa elokuun 10 p:nä. Salicetti ja muut entiset ystävät olivat ankarissa puuhissa kapinan järjestämiseksi, ja itse Buonaparte näkyy ottaneen osaa sen valmistuksiin. Hänen ystävänsä koulu-ajalta, Bourienne, jonka hän taas tapasi, ainakin näyttää viittaavan siihen: "Kävin melkein joka aamu hänen luonaan. Sinne tuli moni sen ajan etevistä miehistä, m.m. Salicetti, jonka kanssa hänellä oli vilkkaita keskusteluja ja jonka kanssa hän mielellään tahtoi olla kahdenkesken. Huomasin pian, että nuori ystävämme oli päässyt tai koki päästä jonkin valtiollisen juonen perille. Vieläpä luulen havainneeni, että Salicetti oli hänet vannottanut ja että hän oli sitoutunut olemaan ilmaisematta, mitä oli tekeillä. Hän oli aina mietiskelevä, usein totinen ja rauhaton, ja odotti aina salatun kärsimättömästi Salicettin tuloa." Myöskin yhteisen kotimaalaisensa rouva Permon'in luona he usein tapasivat toisensa, ja sielläkin — vähää ennen kapinaa — oli pantu merkille heidän levottomuutensa ja hajamielisyytensä. Joskus sattui heidän välillään kiivaita yhteentörmäyksiä, ja kun rouva Permon kerran lausui Buonapartelle paheksumisensa Salicettin menettelyn johdosta häntä kohtaan, hän käsittämättömällä hymyilyllä vastasi: "Hän on tahtonut tehdä minulle suurta harmia, mutta minun tähteni ei ole sitä sallinut. Sittenkään en rohkene juuri kehua tähteäni: minkähänlaiseksi tulevaisuuteni muodostuneekaan?"
Prairial'in 1 p:nä III (20/5 1796) puhkesi kapina, mutta kaikkialla se kukistettiin; hallitus oli lujempi kuin koskaan ennen, ja Buonaparten toivo saada nähdä uusia miehiä peräsimessä petti. Jotkut hänen ystävistään ja tuttavistaan, jotka eivät olleet yhtä nuorteita ja taitavia laskuissaan kuin hän, olivat rohjenneet mennä liian pitkälle; niiden joukossa oli Salicetti, jota vastaan heti julkaistiin vangitsemis- ja syytöskirja. Hän oli ennen, hirmuhallituksen aikana, pelastanut rouva Permon'in miehen ja pojan teloituslavalta ja tuli nyt itse vaaran uhatessa anomaan tyyssijaa hänen talossaan. Piilopaikastaan hän sai ohuen seinän takaa kuulla Buonaparten sadatuksia häntä vastaan: "Hän on minua suuresti vahingoittanut ja turmellut tulevaisuuteni sen ensi hetkinä, saanut kunnianhimoiset toiveeni lakastumaan varressaan. Sen raportin, jonka lähetin Genuasta palattuani ja jonka piti antaman minulle arvoa ja kunniaa, sen on pahanilkisyys myrkyttänyt, niin että se käännettiin minua vastaan syytöksenä! Anteeksi voin antaa, mutta unohtaa? Ei, se on toinen asia."
Buonaparte, joka Salicettin ilmiannossa Robespierre'n kukistumisen jälkeen luuli näkevänsä syyn nykyiseen toimettomuuteensa ja alennukseensa, sai pian palvelijaltansa, joka oli rouva Permon'in kamarineitsyen rakastaja, tiedon Salicettin piilopaikasta. Mutta jalomielisyydellä, joka aiheutui viisaudesta sekä varovaisuudesta rouva Permon'in ja hänen perheensä vuoksi, hän ei ollut siitä tietävinäänkään; vasta kun rouva Permon, ajuriksi puettu Salicetti palvelijanaan, tyttärineen pysähtyi postiasemalla Parisin ulkopuolella vaihtaakseen hevosia matkalla Bordeaux'hon, sai hän kenraali Buonapartelta seuraavan kirjeen:
'En ole koskaan tahtonut käydä narrista; siltä kuitenkin näyttäisin teidän silmissänne, ellen sanoisi teille, että olen yli kolme viikkoa tiennyt Salicettin olevan teidän luonanne kätkettynä. Muistakaa sanani, rouva Permon, itse prairialin 1 p:nä. Olin siitä melkein siveellisesti vakuutettu. Nyt sen tiedän varmasti. Salicetti — huomaat, että olisin voinut sinulle kostaa sen ikävyyden, jonka teit minulle; sillä olisin ainoastaan kostanut, sen sijaan että sinä tuotit minulle pahaa, vaikka en ollut sinua loukannut. Kumpi meistä nyt on jalommin menetellyt, sinäkö vai minä? Niin, olisin voinut kostaa, enkä sitä tehnyt. Ehkä väität, että suojaajattaresi tähden olet pelastunut, ja on suhteeni häneen todella minuun suuresti vaikuttanut. Mutta vaikka olisit ollut yksin, aseetonna ja turvattomaksi julistettuna, olisi pääsi ollut minulle pyhä. Pakene! Etsi rauhassa paikka, jossa voit saada paremmat tunteet isänmaatasi kohtaan; minun suuni ei ikinä mainitse nimeäsi. Koeta katua, ja ennen kaikkea: koeta antaa arvoa vaikuttimilleni. Sen ansaitsen, sillä ne ovat ylevät ja jalomieliset.