Mutta minkä lopputarkoituksen hän itselleen asetti, kuinka korkealle hänen kunnianhimoinen henkensä pyrki nyt, kun se kerran oli liidellyt Korsikan ahtaiden vuorien yli ja oli oppinut tuntemaan voimansa, siitä on mahdoton puhua. Enemmän kuin koskaan ennen hän varmaankin nyt oli varuillaan, ettei vain kukaan pääsisi lukemaan ajatuksia hänen sielunsa syvyydestä. Terävästä älystään huolimatta hän oli taipuvainen vaanimaan tulevaisuuden enteitä, ja juuri tähän aikaan hänelle oli ennustettu, että hän oli kulkeva meren poikki voitokkain lipuin ja palaava suurempana kuin ikinä ennen.
Kunnian portaat olivat niinä päivinä vaaralliset. Guillotinin vuodattama veri teki ne liukkaiksi ja nilveiksi; joka nopeimmin pääsi ylös, se nopeimmin putosi alas. Sen Buonapartekin sai kokea. Korsikalaisista kävi ammoisista ajoista maine, että he olivat viekkain ja neuvokkain kaikista Italian heimoista, ja Buonaparte oli aito korsikalainen. Mutta kuinka varovaisesti hän liikkuikin, hän pari kertaa oli luiskahtamaisillaan. Heti kun Yhteishyvän valiokunta oli vahvistanut hänen kenraaliksi-nimityksensä, hän luopui aateluudestaan, joka varmaankaan ei merkinnyt hänelle mitään — ja pääsi siten vaarallisesta aristokraatti-nimestä. Mutta kun hän, saatuansa tehtäväkseen Toulon'in sataman ja koko rannikon linnoittamisen Mentone'en saakka, sotilaalliselta näkökannalta ehdotti Marseille'n linnoituksen uudestaan rakentamista, niin Parisin klubit heti syyttivät häntä vallankumoustribunalissa vapaudelle ja tasa-arvoisuudelle vaarallisena — tyranniuden revittyjä muistomerkkejä ei ikinä enään saanut rakentaa. Ainoastaan vaikutusvaltaisten ystäviensä avulla hän vapautui matkustamasta Parisiin, josta hän tuskin olisi palannut. Mutta ainoastaan vähän aikaa hän sai iloita ystäviensä suojeluksesta. Valkeni termidor'in 9 p. vuonna III (21/7 1794), ja kun Robespierre'iä vastaan kytenyt vihanvimma purkautui, kammoksuttu diktaattori kukistettiin ja maltillisemmat termidorilaiset ja girondistit pääsivät valtaan, silloin Buonapartelle heti puhalsi vastatuuli. Koska hän oli ollut läheisessä yhteydessä kukistuneen puolueen kanssa, jopa niin, että hän "konventin täyttä luottamusta nauttien" oli ollut mukana Genuassa salaisessa lähetystössä, josta vain jotkut konventin jäsenet tiesivät, niin hänkin nyt sai kärsiä seuraukset. Hänen ystävänsä Salicetti — ollen itse vaaran alaisena — ilmiantoi hänet, toivoen siten pysyvänsä pinnalla. Buonapartelle olivat Salicettin entisyys ja tuumat tunnetummat kuin mitä tälle oli mieluista. Salicetti pelkäsi häntä sen lisäksi vielä sentähden, että aavisti hänestä saavansa kykenevimmän kilpailijan, ja nyt hän, vaikka viime päiviin saakka oli kuulunut samaan puolueeseen, tahtoi päästä Buonapartesta ilmiantamalla hänet termidorilaisille Robespierre'in hartaaksi ystäväksi. Seurauksena oli, että kenraali Buonaparte eroitettiin virasta ja vangittiin, ja kaikki hänen paperinsa otettiin takavarikkoon.
Kymmenkunta päivää hän istui vankina Quarré'n fortissa pienen merikaupungin Antibes'in lähellä, ja hänellä siis oli hyvin aikaa miettiä onnen vaihtelevaisuutta. Ehkä hän nyt katkerasti katui, ettei ollut suostunut rupeamaan Parisin päälliköksi silloin, kun Robespierre puoli vuotta sitten hänelle virkaa tarjosi. "Mitä hittoa minulla olisi siinä romussa tekemistä?" hän silloin ajatteli. "Kärsivällisyyttä! Kyllä minä vielä tulen pitämään komentoa Parisissa." Mutta hän oli siksi toimekas luonne, ettei hän kauvankaan huolehtinut asioista ja oloista, joita ei voinut muuttaa. Heti saatuansa vihiä tuhoisasta termidorin 9 p:stä ja pari päivää ennen vangitsemistaan hän kirjoitti eräälle ranskalaiselle diplomaatille: "Robespierre nuoremman kukistus on tehnyt minuun jommoisenkin vaikutuksen; minä pidin hänestä varsin paljon ja uskoin hänet rehelliseksi mieheksi. Mutta olisipa hän ollut vaikka isäni, olisin hänen rintaansa työntänyt tikarin, jos olisin hänessä huomannut ajatusta ruveta tyranniksi." Kummallisia sanoja sen miehen suusta, joka muutama vuosi myöhemmin hautoi ja toteutti saman ajatuksen; mutta tuo olikin vain yksi niitä tasavaltaisia fraaseja, joita silloin täytyi kantaa kielellään, jos mieli käydä hyvästä kansalaisesta. Näinä levottomina aikoina opittiin pitkälle kehittynyt teeskentelytaito. Ylt'ympäri vilisi vakoojia; kirjesalaisuutta ei ollut missään; mutta juuri tätä seikkaa Buonaparte käytti hyväkseen. Hän osasi paremmin kuin yksikään muu sanoilla salata ajatuksen: yksityisissä kirjeissään — jotka hän arvasi matkalla avattavan ja joita hän siis tiesi lukevan monen muunkin kuin kirjeen saajan (ne olivat sitä varten aiotutkin) — hän on tyyni, asioista välittämätön, kiihkosta ja kunnianhimosta vapaa mies, joka haluaa vain maapalstan ja pienen rakennuksen elääksensä rauhassa ja onnellisena. Ulkoasussaankin hän noudatti mitä suurinta yksinkertaisuutta ja arkipäiväisyyttä, jotta ei eroaisi tasavaltaisista muodoista. Niin kenraali kuin olikin, hänen pukunsa oli melkein kurja. Hänen tukkansa, joka ajan tavan mukaan oli niskaan punottu piiskaksi ja ohimoilla riippui löysästi "koirankorvina", oli huonosti puuteroittu ja huonosti kammattu: hattu ja tuo sittemmin niin kuuluisa harmaa takki oli rasvainen ja harjaamaton, ja virkamerkit mahdollisimman yksinkertaiset; saappaat olivat usein kiilloittamattomat; hansikkaita hän ei käyttänyt, "päästäksensä tarpeettomista kuluista"; kädet, joista hän sittemmin suorastaan ylpeili, olivat laihat ja sormet mustat. Ollen hipiältään kelmeä ja naalakka, tavattoman laiha, käynniltään kömpelö ja huojuva, pieni korsikalainen ei tehnyt sellaisen vaikutusta, joka kykenisi pyrkimään sitä kenraalin arvoa korkeammalle, mihin hän jo oli päässyt.
Ja se häneltä nyt aiottiin riistää; jopa uhkasi vaara hänen henkeänsäkin. Mutta vaikka hänellä todellakin sekä Robespierre'n ystävänä että muutamien Genuan-matkalla sattuneiden arveluttavien tapausten tähden oli aihetta pelätä pahinta — keikahdus elämästä kuolemaan oli siihen aikaan helposti suoritettu —, hänen harkitseva älynsä ei jättänyt häntä hetkeksikään pulaan. Hänen sokea ihailijansa Junot, joka nyt oli hänen luutnanttinaan ja sihteerinään, ja Marmont tahtoivat auttaa häntä pakenemaan ja olivat valmistautuneet sitä varten, että jos häntä todellakin lähdettäisiin viemään Parisiin, hyökättäisiin vartioväen kimppuun ja vapautettaisiin nuori kenraali. Buonaparte sai tuumasta vihiä ja käytti heti — vaikka olikin tiettävästi asiasta levoton — tilaisuutta tekeytyäkseen Junot'lle osoitetussa kirjeessä, jonka hän tiesi joutuvan monen muunkin kuin hänen luutnanttinsa luettavaksi — tyyneksi mieheksi, joka ei pelkää ja jolla ei ole syytäkään pelätä tuomareitansa:
'Huomaan taas, rakas Junot, ystävyytesi siitä tuumasta, jota minulle ehdotat. Sinä tunnet myös ja olet pitkät ajat tuntenut minun ystävyyteni sinua kohtaan, ja toivon sinun siihen luottavan.
Ihmiset saattavat tehdä minulle vääryyttä, rakas Junot, mutta on kylliksi, että tietää olevansa syytön. Omatuntoni on se tuomioistuin, jonka eteen haastan tekoni.
Tämä omatunto on tyyni, kun siltä kyselen; älä siis mihinkään ryhdy; sinä vain saisit minut epäilyksen alaiseksi.
Hyvästi, rakas Junot, ystävälliset terveiset.
Buonaparte.'
Hän pääsi vapauteen, vaan ei hyvän omantuntonsa eikä deklamatorisen puolustuskirjoituksensa nojalla, jonka hän lähetti Salicettille ja hänen apulaisilleen. "Kuulkaa minua!" hän siinä lopuksi kirjoittaa, "ottakaa pois minulta se paino, joka minua rasittaa, ja suokaa minulle kaikkien patrioottien kunnioitus. Jos huonot lopultakin himoitsevat henkeäni — hyvä on, tunnin perästä ne sen saakoot, siksi vähän siitä pidän ja olenhan sen niin usein pannut alttiiksi! Niin, yksin se ajatus, että elämäni saattaisi olla isänmaalle hyödyksi, saa minut sen painon miehekkäästi kantamaan." Hänen vapauttamisensa lähimpänä syynä oli, että hänen toimintansa ja hyvät palveluksensa Toulon'issa olivat vielä tuoreessa muistossa, ja että Salicetti hänen papereissaan ei tavannut mitään, joka olisi voinut hänelle itselleen olla vaarallista. Kun asiaa tutkittaessa häntä vastaan ei ollut mitään varsinaista käynyt ilmi, ja kun sitä paitsi tasavalta saattoi käyttää hänen sotilaallisia tietojaan ja kykyään suuresti hyödykseen, konventti käski jälleen päästää Buonaparten vapaaksi ja antaa hänen pitää entisen virka-arvonsa.