Mitä suurin hälinä nousi sentähden Berlin'issä, kun Lontoosta kuultiin, että Napoleon oli tarjoutunut luovuttamaan Hannoverin takaisin Englannin kuninkaalle, joka koko sydämellään oli kiintynyt saksalaisiin maihinsa. Liittokunnan isä, Napoleonin leppymätön vastustaja William Pitt oli jo kuollut, kuten vakuutettiin, mielipahasta rauenneitten suunnitelmiensa tähden, ja ranskalais-ystävällinen James Fox oli saanut ulkoasiain politiikin johdon käsiinsä. Se rauhallinen mieliala, joka oli hänen lyhyen hallintoaikansa tunnusmerkkinä, oli vaikuttanut tuon tarjouksen Hannoverin takaisin-antamisesta, ja heti oli Preussin sotapuolue käynyt siihen kiinni; tämä puolue eli kuningattaren johtamana kopeasti Fredrik Suuren päivien muistoissa. Heikko kuningas ei jaksanut vastustaa ranskalais-vihollisen liikettä, joka yhä laajeni, vaan rupesi varustautumaan; kun Venäjä samaan aikaan asettui torjuvalle kannalle, ja Englanti Fox'in kuoleman jälkeen taas palasi entiseen potitiikkiinsa, teki Napoleon sen johtopäätöksen, että uusi liittokunta oli tekeillä, jäsenenä Preussi Itävallan asemesta. Tämä luulo sai varsinaisen vahvistuksen, kun hän Preussin kuninkaalta Fredrik Wilhelm III:lta sai kehoituksen peräytyä pois Saksasta. Sillä, joka rohkeni puhua sellaisessa äänilajissa Napoleonille, täytyi tietysti olla väkeviä ystäviä selän takana. Napoleonin asiana oli nyt kuten ainakin joutua paikalle ennenkuin ystävät pääsivät yhtymään ja tuhota niistä yksi kerrallaan. Preussi oli määrännyt lokakuun 8 päivän vaatimustensa täyttämisen viimeiseksi hetkeksi, mutta se sai vastauksen pikemmin ja toiseen suuntaan kuin oli odottanut.
"Aikomukseni on seisoa Saalfeld'issä (Thüringen'issä) ennenkuin vihollinen voi saapua sinne melkoisella voimalla", Napoleon kirjoitti Berthier'lle syyskuun 30 p:nä, ja jo lokakuun 7 p:nä hän oli Bamberg'issa. Sinne hänelle tuli Preussin kehoitus siirtyä Saksasta ennen lokakuun 8 p:ää. "Teidän majesteettinne ministeri", kirjoitti Napolen Fredrik Wilhelmille, "on haastanut minut yhtymiseen lokakuun 8 p:nä, ja ritarina minä takaan sanani: minä seison keskellä Saksen'ia."
"Yksi huono kenraali", oli Napoleon kirjoittanut ensimäisen italialaisen sodan aikana Direktoriolle, "on parempi kuin kaksi hyvää." Ei voi mikään paremmin kuvata hänen käsitystänsä, että sodassa on välttämätöntä uskoa koko johto yhden miehen käteen. Ja jos tämä käsitys kaipaisi todistusta, niin kyllä sitä on yltäkylläisesti hänen vastustajiensa tappioissa. Tässä Preussin sodassa hän taas seisoo edustamassa hallitsijaa ja sotapäällikköä samassa henkilössä, hänen tahtonsa on korkein laki, ei tarvitse ketään kuulustella, ei ole mitään "verukeosastoa", ei mitään ristiriitaisia ministerietuja j.n.e.; hänen sanansa ja käskynsä viedään silmänräpäyksessä ja suoraan hänen alaisillensa ja suoritetaan sokeasti. Toisella puolella seisoo vanha kivulloinen sotaherra, Braunschweig'in herttua Ferdinand, luonteeltaan epäröivä, ja hänen rinnallaan yliherransa kuningas. Ollen itsenäisyyttä vailla samoinkuin herttuakin kuningas kolmen eri puolueen vaikutuksen alaisena esiintyi usein samaa ylikenraalia vastaan, jonka hän itse oli siksi määrännyt. Pääkortteerissa vallitsi yhä erimielisyys sodan johtamisesta, jopa silloinkin kun vihollinen lähestyi katkaistakseen preussilaisilta tien Berlin'iin. Napoleon törmäsi 14 p:nä ruhtinas Hohenlohe'n johtamiin preussilaisiin Jenan luona, ryntäsi niitä vastaan luullen niitä vihollisen pääarmeijaksi ja löi ne. Mutta Auerstädt'in luona, muutama penikulma Jenasta pohjoiseen, Davout samana päivänä loistavalla urhoollisuudella taisteli päävoimaa vastaan. Ennen iltaa taistelu oli voitettu ja preussilaiset hurjassa paossa, ranskalaisten kenraalien ahdistamina. Vähitellen ne pakotettiin antautumaan, Blücher vasta Lybeck'issä. Braunschweig'in herttua oli kuolettavasti haavoittunut, 30,000 miestä kaatunut ja 40,000 otettu vangiksi.
Kaksi viikkoa sen jälkeen Napoleon juhlakulkueessa astui Berlin'iin, käytyänsä Fredrik Suuren haudalla Potsdam'issa, josta hän lähetti Fredrikin miekan Parisin invaliidihotelliin. Uteliaat berliniläiset näkivät hämmästyneinä, että tuo peljätty valloittaja olikin pieni mies, yksinkertaisemmassa puvussa kuin yksikään hänen kenraaleistaan. Marraskuun 12 p:nä hän saattoi sanoa koko Preussin kuningaskunnan olevan hänen vallassaan. Ainoastaan jotkut linnat sisämaassa ja Itämeren rannikolla, niiden joukossa Königsberg, jonne kuningas oli paennut, olivat pitäneet puoliansa. Preussin 200,000 miehen armeijasta oli enää koossa vain 15,000 miestä.
Napoleon oli ainoastaan vastenmielisesti ruvennut tähän sotaan, hän piti tyhmänrohkeana ja niin uhmaavana Preussin esiintymistä häntä vastaan, että hän itse oli yllämainitussa kirjeessä kirjoittanut kuningas Fredrik Wilhelmille: "Teidän majesteettinne tulee voitetuksi. Minulla ei ole mitään hyötyä taistelusta teitä vastaan; en pyydä mitään enkä ole mitään pyytänyt teidän majesteetiltanne. Nykyinen sota on epäviisas sota." Mutta Venäjä oli asettunut Preussin puolelle, ja Englannin voitiin odottaa mielellään tekevän samoin; nuo äkkiä saavutetut edut synnyttivät hänessä luonnollisesti ajatuksen käyttää asemaansa mahdollisimman voimakkaasti näitä molempia vihollisiansa vastaan. Hän esitti siis preussilaisille semmoiset rauhanehdot, ettei kuningas voinut niihin mitenkään suostua. Ja jottei hän tulisi seisomaan taistelussa yksin, viritti hän uudestaan nuo vanhat välittelyt Turkin kanssa, joita ei oltu koskaan kokonaan katkaistu, ja sai sultaanin häikäisemällä hänet houkuttelevilla alueiden anastuksilla antautumaan sodan uhkapeliin Venäjää vastaan. Sitten hän kiihoitti puolalaiset tsaaria vastaan esiintymällä Puolan vapauttajana ja Puolan valtakunnan uudestarakentajana. Suunnaton ihastus häneen syttyi sorretussa maassa, ja puolalaisia vapaaehtoisia kokoontui hänen lippujensa ympärille. Vihdoin hän virallisesti julisti marraskuun 21 p:nä 1800 Englannin sulkemistilan, s.o. Englannin täydellisen eristämisen mannermaasta äärimäisellä ankaruudella.
Pakoitettuaan siten Venäjän heikontamaan voimansa, se kun lähetti suuren armeijan Turkkia vastaan, saatuaan Itävallan pysymään alallaan naapurivaltioiden sotiessa ja herätettyään Englannissa uuden kauhun, Napoleon lähti Berliinistä ja kävi venäläisiä vastaan, jotka Bennigsen'in johtamina seisoivat Varsovan luona. Esiintulvivan suuren armeijan edestä Bennigsen vetäytyi pois, ja Napoleonin kaikki yritykset saada aikaan ratkaiseva taistelu raukesivat tyhjiin. Pienempiä otteluita suoritettiin alituisesti, viimeinen Pultusk'in luona joulukuun 26 p:nä; mutta sitten Napoleon ei rohjennut jatkaa takaa-ajoa etemmäksi. Vihollinen vältti iskun ja asettui pienen Aller-joen taa suojellaksensa Königsberg'iä ranskalaisten asettuessa talvimajoihin Weichsel'in länsipuolelle.
Sepä oli sota, jonka vertaista ranskalaiset sotamiehet eivät vielä olleet kokeneet. Talvipakkasessa niiden täytyi taistelemalla tunkea aution, hedelmättömän maan läpi. Äkkiä alkanut suojailma muutti laajat alankomaat suoksi; tykit tarttuivat liejuun, miehet vajosivat siihen polvia myöten, ja nälkä teki heidät kykenemättömiksi kestämään näitä ponnistuksia. Keisarin oli pakko jättää vaununsa, joka ei voinut päästä eteenpäin, ja hänen täytyi nyt kuulla kaikkea tätä voivotusta ja epätoivoa ja samoinkuin Egyptissä nähdä monen ampuvan itsensä paikalla päästäkseen kaikesta tästä kurjuudesta, ja usein hän sai kuulla nurinaa ja epätoivon purkauksia, vieläpä uskolliselta kaartiltaankin.
Tammikuun lopussa hän sai tietää, että Bennigsen oli liikkeellä länteen päin: tämä tahtoi tunkea hänen vasemman siipensä takaisin ja päästä Danzig'iin, voidaksensa sieltä siirtää sodan Brandenburg'iin Napoleonin selän taa. Napoleon oli heti ryhtynyt toimiin ja lähetti suunnitelmansa ja käskynsä Bernadotte'ille, joka seisoi pohjoisempana Elbing'in luona. Onnettomuudeksi nämä kirjelmät joutuivat venäläisen ylikenraalin käsiin, joka heti peräytyi. Napoleon kulki hänen kintereillään ja helmikuun 7 p:nä 1807 syntyi taistelu Preussisch Eylau'n luona, jonka ranskalaiset ennen yön tuloa miehittivät. Aamulla 8 päivänä alkoi Napoleonin tähän saakka verisin taistelu. Tuimassa lumipyryssä, joka sokaisi sekä upseerit että sotamiehet, ei keisarin käskyjä suoritettu yhtä täsmällisesti kuin ennen, eri joukko-osastot erkanivat toisistaan liian kauvaksi, ja Augereau huomasi äkkiä — ilman seljetessä — seisovansa sadan askeleen päässä venäläisistä tykeistä, jotka muutamissa sekunneissa ampuivat mäsäksi koko hänen osastonsa. Paeten koettivat henkiin jääneet pelastua kirkkomaalle, josta Napoleon johti taistelun kulkua. Mutta venäläinen ratsuväki ahdisti heitä sinnekin; ranskalaiset yliupseerit rupesivat valmistamaan peräytymistä pääkortteeriin, jopa kuultiin huutoja keisarin saattamisesta turvallisempaan paikkaan. Mutta Napoleon ei näkynyt ajattelevan mitään vaaraa. Hän antoi levollisesti kaartille käskyn käydä tuleen ja seurasi muutoin elävällä harrastuksella ja ihailulla vihollisen hyökkäyksiä. "Mikä verraton rohkeus!" "Mikä uljuus!" kuultiin hänen huudahtavan. Kaartin hyökkäyksestä täytyi ratsuväen vetäytyä takaisin.
Murat'n tuima ratsuväenhyökkäys 80 osastolla ja Davout'in saapuminen taistelutantereelle saivat vihdoin venäläiset peräytymään, mutta klo 4 iltapäivällä tuo preussilainen kenraali Lestoq apuväkeä; aurinko laski, mutta vielä kauvan pimeän tultua riehuu raju kamppailu. Puoliyön aikaan venäläiset tekivät lähdön ja vetäytyivät takaisin Königsberg'iin. Verinen taistelu jäi ratkaisemattomaksi, mutta Napoleon pysyi tantereella ja saattoi siis täydellä syyllä julistaa voittonsa Parisissa.
Mutta hänen joukkonsa oli kärsinyt äärettömästi, ja hän huomasi tarpeelliseksi majoittua Weichsel'in ja pienen Passarge-joen väliin. Itse hän asetti pääkortteerinsa muutamaan latoon Osterode'n kylässä, ja sai tyytyä samaan ravintoon kuin sotamiehensäkin. Veljellensä Josefille hän kirjoitti: "Me elämme täällä lumessa ja rännässä ilman viiniä, ilman konjakkia, ilman leipää." Mutta Napoleon ei ollut koskaan paremmassa voinnissa kuin ponnistuksissa ja puutteessa, ja hänen karaistu ruumiinsa kesti kaikki vaivat. "En ole koskaan", niin sanoi hän perästäpäin, "tuntenut itseäni niin hyvinvoivaksi kuin Osterode'ssa." Ja kyllä hänen toimintahaluansa suuressa määrässä kysyttiinkin; hän antautui ensin kaikella tarmollaan armeijan ravitsemisen suureen ja vaikeaan työhön tyhjäksi syödyssä seudussa, ja sitä paitsi hän itse suoritti ei ainoastaan kaikki sotilaalliset ja valtiolliset asiat, vaan hänelle tuotiin lakkaamatta tietoja kaikista oloista kotona Ranskassa, ja kaikkeen hän tarttui johtavalla kädellä.