Mutta Napoleonin täytyi vaatia sisaruksiltaan, jotka istuivat hallitsijoina Hollannissa, Italiassa ja Saksassa, yhtä ehdotonta alistumista kuin muiltakin hänen liitossaan olevilta valtiailta, semminkin rannikon sulkemisessa Englannilta. Kun sitä ei noudatettu Etruriassa, menetti kuningatar maansa, joka Toskanan nimellä yhdistettiin Ranskaan; samoin oli samasta syystä käynyt Kirkkovaltion huhtikuussa 1808. Preussin sodan aikana hän salaisesti sai tietää, että Espanjassakin ilmeni luopumisen oireita; Napoleon toistaiseksi ei ollut siitä mitään tietävinään, mutta kun Tilsitissä oli määrätty, että Portugali oli pakoitettava katkaisemaan välinsä Englannin kanssa, hän päätti, kun Englanti oli ottamalla talteen Tanskan laivaston yhä suututtanut häntä, pakoittaa molemmat valtakunnat yhtä haavaa. Lokakuun 18 p:nä Junot samosi Portugaliin, ja marraskuun 13 p:nä 1807 Napoleon julisti, että Braganzan suku oli lakannut hallitsemasta Portugalissa. Kuninkaallinen perhe pakeni Brasiliaan, ja Junot miehitti Lissabonin. Mutta samaan aikaan oli Madridissa puhjennut riita, "rauhan ruhtinaan" ministeri Godoy'n ja kuningattaren toimiessa kruununprinssiä vastaan, ja Napoleon lähetti toisen ranskalaisen armeijan Espanjaan sillä verukkeella, että Englanti oli uhannut maallenousulla. Kansa luuli, että Ranskan joukot olivat tulleet tukemaan Godoy'n vihattua hallitusta, ja pakoitti, nousten kapinaan Aranjuez'issa, kuninkaan luopumaan kruunusta poikansa eduksi, mutta Napoleon kutsui luoksensa Bayonne'iin tuon heikon kuninkaan ja sai hänen siellä peruuttamaan luopumisensa ja jättämään asian hänen ratkaistavakseen. Kesäkuun 6 p:nä 1808 Napoleon määräsi veljensä Josef'in Espanjan kuninkaaksi. Neapelin kuningaskunta annettiin Murat'lle ja hänen vallanhimoiselle vaimolleen Caroline'ille. Bonaparten suku oli nyt kaikkialla syrjäyttänyt Bourbonin suvun.
Napoleon ponnisti kaiken tarmonsa taivuttaaksensa Espanjan kansaa uuden hallitsijan puolelle; hän antoi laatia sille vapaan valtiosäännön ja aikoi kaikin tavoin lisätä tulolähteitä ja taas kohottaa aikain kuluessa rappiotilaan joutuneen valtakunnan. Mutta espanjalaisia suututti ulkomaalaisten tunkeileminen ja semminkin se, että heille tyrkytettiin kuningasta; ja kansallistuntoon liittyi uskonnollinen tunto, yllyttäen taisteluun ranskalaisia, pyhän isän vihollisia vastaan. Kun Josef Bessières'in voiton jälkeen Medina di Riosecon luona heinäkuun 14 p:nä 1808 teki tuloansa Madridiin, oli maa jo monta kuukautta ollut kapinassa. [Nämä levottomuudet salvat espanjalaiset sotajoukot, jotka Bernadotten, Pontecorvon ruhtinaan johdolla seisoivat Tanskassa, luopumaan tanskalaisista lipuista. Bernadotten piti avustaa venäläisten hyökkäystä Suomeen, joka silloin kuului Ruotsille, nousemalla Tanskan saarien kautta maalle Skooneen. Englannin sotalaivat kuitenkin estivät hänet pääsemästä Belt'in yli, ja näillä laivoilla vietiin sitten espanjalaiset sotamiehet kotiin.] Turhaan ranskalaiset piirittivät Saragossaa ja Valenciaa, turhaan koettivat heidän kenraalinsa näyttää sotataitoaan vuoristossa. Kaupungit kestivät puolustautuen loistavalla urhoollisuudella; kenraali Dupont'in täytyi Baylen'in luona riisua aseensa 17,000 miehen kanssa, ja Cintran luona ihan Lisabonin läheisyydessä englantilainen apujoukko pakoitti Junot'n elokuussa antautumaan. Oltuaan 14 päivää Madridissa kuningas Josef lähti kaupungista ja peräytyi Ebron pohjoispuolelle.
Kansan kapina Espanjassa kruununprinssin eduksi, ainoan, jonka kansa tahtoi kuninkaakseen tunnustaa (Ferdinand VII), herätti suurta huomiota Euroopassa. Itävalta, joka oli koonnut voimia vuodesta 1805, ollen nyt sotilaallisessa suhteessa väkevämpi kuin konsanaan, rupesi asestaumaan; Preussin sotapuolue ei maan ollessa ranskalaisten miehittämänä rohjennut pitää kovin suurta ääntä, mutta siellä muodostettiin salaisia veljeskuntia muukalaisvallan torjumiseksi. Vaaran, joka näiden kahden vallan puolelta uhkasi, sai Napoleon kuitenkin vältetyksi, liittämällä keisarien kokouksessa Erfurtissa (syysk.-lokak. 1808) Venäjän vieläkin kiinteämmin itseensä, ei ystävyyden siteillä, sillä niihin ei uskonut hän eikä tsaari, vaan yhteisten etujen nojalla. Niistä voitiin sopia ainoastaan siten, että tsaarille myönnettiin vapaat kädet Turkissa, jossa Napoleon niin kauvan oli ehkäissyt hänen tuumiansa. Mutta tällä myönnytyksellä hänen onnistui saada Venäjä harrastamaan Itävallan ja Preussin pidättämistä, jos ne huomaisivat tilaisuuden sopivaksi hyökätä häntä vastaan ennenkuin levottomuudet Espanjassa oli saatu loppumaan. Sillä tsaarille oli edullisinta, että Napoleon puuhaili niin kaukana lännessä kuin suinkin, jotta hän saisi idässä ottaa nuo kauvan halutut ruoka-annokset.
Rannikon sulkemistuuma, joka oli pääkohtana Napoleonin kaikissa suunnitelmissa, oli särkynyt, kun Espanja nousi kapinaan ja englantilaiset miehittivät Lissabonin. Portugali oli valloitettava ja Espanja pakoitettava kuuliaisuuteen. Espanjalaiset vain huolettomasti riemuitsivat kuningas Josefin paosta ja suorittamistaan urotöistä, käyttämättä hyväkseen saavutettuja etuja, mutta Napoleon sillä aikaa vei parhaat sotajoukkonsa pois Keski-Euroopasta ja saapui itse pääkortteeriin Vittoriaan marraskuun 5 p:nä 1808. Espanjalainen armeija seisoi Ebron eteläpuolella Saragossasta Biscayan maakuntaan saakka. Jo ennen Napoleonin tuloa oli sen vasen siipi tungettu takaisin; marraskuun 10 p:nä valloitettiin Burgos, ja seuraavana päivänä espanjalaiset lyötiin Espinosan luona; niiden keskusta voitettiin 23 p:nä Tudelan luona, ja oikea siipi vetäytyi Saragossaan, joka uudestaan piiritettiin. Kahdeksan päivän jälkeen valloitettiin Somosierra, ja joulukuun 4 p:nä Napoleon lyhyen vaikka tuiman vastarinnan jälkeen astui Madrid'iin. Englannin apujoukon, joka oli tulossa Salamancan kautta, tunki marsalkka Soult takaisin, ja sen täytyi paeta laivoihin Corunjasta.
Kun Napoleon Madridissa tuuletti keskiaikaismaisen espanjalaisen talon, lakkautti inkvisitsionin, supisti luostarit, poisti tullirajat maakuntien väliltä y.m.s., hän samaan aikaan Parisista sai tietää, että Fouché, Talleyrand y.m., jotka jo italialaisen sodan aikana olivat ahkerasti etsineet hänen sijallensa pantavaa miestä ja jotka yhä salaisesti vastustivat hänen poliliikkiansa, uudestaan olivat panneet tuumansa tukkuun ja neuvottelivat taas häntä vastaan. Napoleon, joka tunnetulla rauhoittamis- ja järjestämiskyvyllään oli saanut puolelleen useita espanjalaisia, uskoi, että kansa vähitellen käsittäisi uuden järjestelmän tuottamat suuret edut ja pian rauhoittuisi, niin että hän saisi viedä pois osan sotajoukkoaan. Sillä hän ymmärsi, että maan kukistaminen väkivallalla kysyy paljon aikaa ja nielee suunnattomia rahasummia. Hän piti siis persoonallisen tehtävänsä Espanjassa suoritettuna, jätti Portugalin miehittämisen Soult'ille ja lähti tammikuussa 1809 Parisiin.
Nuo Fouchén ja Talleyrand'in juonittelut saivat nykyisissä oloissa, kun niiden taustana oli kansannousu Espanjassa ja sen vaikuttama liike Saksassa ja Itävallassa, erityisen merkityksen. Preussin kuningas ei vielä rohjennut toimia Venäjän tahtoa vastaan, mutta Itävalta yhä kaikella tarmollaan varustautui, huolimatta Venäjän varoituksista, ja saattoi tämän tehdä sitä levollisemmin, kun Pozzo di Borgo, Napoleonin mieskohtainen vihollinen, salaa ilmoitti keisari Fransille, että nämä tsaarin varoitukset lähtivät enemmän pakosta kuin vilpittömästä sydämestä. Oli siis riittävästi huolten oireita ilmassa, kun Napoleon päätti lähteä Espanjasta; hänelläkin oli kyllin aihetta haluta sotaa, joka saisi viholliset entistä enemmän pelkäämään hänen aseitaan ja täyttäisi taas hänen miltei tyhjän sotakassansa. Ranskassa hän ensin ripitti Talleyrand'in ja riisti häneltä muutamia arvomerkkejä, sitten hän suurella tarmolla ajoi läpi rekryytin-oton. Nuori, harjaantumaton väki kokoontui helmikuussa, ja sill'aikaa kun se sai ensimäisen tarpeellisen opetuksen, Napoleon kokosi harjaantuneet joukkonsa Donauwörth'iin, jonne Rein-liiton jäsenet lähettivät osastonsa.
Napoleon oli tottunut esiintymään hyökkäävänä puolena, siten heti alusta määräten sodan kulun. Mutta nyt hänen täytyi odottaa Itävallan alotetta, osaksi liittokirjan tähden Venäjän kanssa, mutta vielä enemmän Ranskan kansan tähden, jonka tuli selvästi nähdä, että hänet pakoitettiin sotimaan. Huhtikuun 12 p:nä illalla hän sananlennättimellä sai tietää, että vihollinen 9 p:nä oli julistanut sodan ja seuraavana päivänä mennyt Inn'in yli. Klo 4 aamulla Napoleon lähti pääkaupungista ja pääsi neljän päivän yhtämittaisen matkan jälkeen 17 p:n aamulla Donauwörth'iin. Berthier oli sillävälin ollut ylipäällikkönä, mutta hän sai aikaan vaan hämmennystä ja hukkasi turhaan aikaa. Napoleonin ensi kysymys, syöstyänsä vaunuista ja luotuansa silmäyksen karttaan, koski vihollisen asemaa ja liikkeitä. Hänelle vastattiin, että se oli mennyt Inn'in ja Isariin yli ja kulki Regensburg'ia kohti. Hän ei uskaltanut uskoa tätä todeksi, mutta kun tieto usealta taholta varmennettiin, näytti siltä kuin olisi hänen vartalonsa äkisti kasvanut. Hänen silmänsä säteilivät, hänen äänensä, katseensa, liikkeensä ilmaisivat suurinta iloa. "Silloin tämä armeija on minun; se käy perikatoansa kohti. Kuukaudessa olen Wien'issä."
Viiden päivän kuluessa Napoleon löi vihollisen Landshut'in, Abensberg'in ja Echmühl'in luona, jolloin se menetti 50,000 miestä. Nyt itävaltalainen kenraali, arkkiherttua Kaarle, ei voinut enään ajatellakaan hyökkäämistä. Alituisesti kahakoiden ahdistavia ranskalaisia vastaan hän vetäytyi takaisin pitkin Tonavaa, siirtyi pohjoiselle rannalle Krems'in luona ja majoittui ylängölle Wien'in luoteispuolelle.
Viikkoa pikemmin kuin hän itse oli ennustanut — toukokuun 12 p:nä — Napoleon seisoi Wien'in edustalla, ja seuraavana päivänä hän ankaran vastarinnan jälkeen miehitti kaupungin. Mutta kun hän 21 ja 22 p:nä yritti kaakon puolitse kaupungin siirtyä Tonavan pohjoiselle rannalle ja tuhotaksensa vihollisen voiman tahtoi hankkia itselleen lujan jalansijan Aspern'in ja Esslingen'in kylissä, hän — mieskohtaisesti ensi kerran — tuli pidätetyksi voittokulussaan. Useamman kerran ne kiviproomut ja tukkilautat, joita vihollinen lasketteli kuohuvaa virtaa myöten, musersivat Tonavansillan, ja hänen apujoukkonsa siten estettiin ottamasta osaa taisteluun ja tukemasta Lannes'in tuimaa hyökkäystä. Illalla 22 p:nä, sittenkun kylät, joista taisteltiin, oli kuusi kertaa valloitettu ja menetetty, täytyi Napoleonin jättää taistelutanner vihollisen haltuun ja itse siirtyä Tonavan suureen saareen Lobau'hin, joka heti lujasti linnoitettiin. Peräytymistä suojeli suurella miehuudella Masséna.
Mutta suurempikin suru kuin menetetty taistelu kohtasi Napoleonia. Lannes'ilta, hänen sotakumppaniltaan kuudentoista vuoden taisteluissa, "urhoollisista urhoollisimmalta", joksi hän itse sanoi parasta ystäväänsä, oli molemmat jalat aamulla ammuttu poikki, vähän sen jälkeen kun silta oli murtunut. Kuinka kovaksi Napoleonin sydän olikin käynyt sodan verisessä näytelmässä, kuinka vähän hän olikin taipuvainen tunteellisuuteen, sittenkin ilmeni hänen mielenliikutuksensa rajuna, puistuttavana itkunpuuskana. Kun Lannes kahdeksantena päivänä sen jälkeen kuoli se toistui taas. Napoleonin palvelija kertoo, että hän näki Napoleonin palattuaan kuolinvuoteelta itkevän aamiaista syödessään; "suuret kyyneleet vierivät hänen poskiansa pitkin ja putosivat lautaselle".