Herodotoksen isä oli nimeltään Lykses, äiti Dryo (tahi Rhoio); läheiseksi sukulaiseksi mainitaan eepillisenä runoilijana tunnettu Panyassis. Hänen varhaisin ikänsä sattui aikaan, joka kreikkalaisen heimon elämässä oli erinomaisen tärkeä: persialaissotien mullistaviin vuosiin. Epäilemättä kertomukset näistä tapauksista, joihin Herodotoksen maanmiesten oli täytynyt ottaa osaa palvelemalla suurkuninkaan laivastossa ja taistelemalla emämaan helleenejä vastaan, painoivat herkkään lapsenmieleen häipymättömän jäljen ja kylvivät siihen sen siemenen, josta kypsyneen miehen maailmanhistorian harrastus kerran oli versova. Emme tarkemmin tunne Herodotoksen kasvatuksen kulkua ja opintojen laatua. Mutta hänen teoksensa todistaa hänen hyvin tunteneen siihenastisen kreikkalaisen kirjallisuuden, ja varsin luultavaa on, että nuoren halikarnassolaisen opintoihin on vaikuttanut herättävästi yllä mainittu sukulainen.
Nuoruudestaan saakka Herodotos näkyy liikkuneen maailmalla kaukana syntymäkaupungistaan, osaksi vapaaehtoisesti, osaksi, kuten väitetään, pakosta. Erään tiedon mukaan näet Herodotos oli ottanut osaa siihen kapinaan, johon hänen maanmiehensä olivat ryhtyneet hallitsijaansa Lygdamista vastaan. Mutta yritys ei ollut onnistunut; siinä oli muun muassa saanut surmansa Panyassis, ja Herodotoksen oli ollut pakko siirtyä Samokseen. Varmaa on, että Herodotos pitkän aikaa oleskeli tässä saaressa. Myöhemmin mainitaan hänen muiden maanpakolaisten keralla palanneen synnyinkaupunkiinsa ja osaltaan vaikuttaneen itsevaltiaan kukistamiseen, mutta pian "kansalaistensa kateuden" vuoksi sieltä poistuneen — tällä kertaa ainiaaksi.
On suuressa määrin epäilyksenalaista, pitävätkö nämä kertomukset Herodotoksen osanotosta kotikaupunkinsa valtiollisiin selkkauksiin paikkansa. Sitä vastoin tiedämme varmasti, että hän on paljon oleskellut Ateenassa, jonka oloihin hän oli täydellisesti perehtynyt. Niinpä hän oli erittäin läheisissä väleissä silloisen Ateenan etevinten miesten, ennen kaikkea Perikleen ynnä tämän ystävien kanssa.
Sittemmin Herodotos asettui ateenalaisten v. 444 tai 443 e.Kr. Etelä-Italiaan perustamaan siirtokuntaan, jolle annettiin nimeksi Thurioi ja jonka muodostamiseen otti osaa useimpien kreikkalaisten yhteiskuntien jäseniä, niiden joukossa muutamia varsin tunnettuja henkilöitä. Erään ilmoituksen mukaan sijaitsi Herodotoksen hauta mainitussa siirtokunnassa, jonka vuoksi on otaksuttu hänen koko loppuiäkseen jääneen samaiseen kaupunkiin asumaan.
Toiselta puolen viittaavat selvät merkit siihen, että Herodotos myöhemmin on käynyt Ateenassa; arvellaanpa hänen viipyneen Thurioissa vain muutamia vuosia ja jo vuoden 440 paikkeilla puolueriitojen johdosta muuttaneen takaisin Ateenaan. Siellä hän mahdollisesti on kuollutkin, peloponnesolaissodan ensi aikoina (vuosien 430-425 e.Kr. välillä).
Ateenassa oleskellessaan Herodotos myös näkyy lukeneen julki osia suuresta historiallisesta teoksestaan. Mutta ennen kuin hän saattoi ryhtyä sen lopulliseen sommitteluun, oli hänen täytynyt suorittaa sitä edellyttävät pitkälliset esityöt ja tutkimusmatkat. Viimeksi mainitut, jotka varmaan ovat täyttäneet runsaan osan hänen elämäänsä, ovat suoritetut eri aikoina. Laajimmat matkansa — niin on arveltu — hän on tehnyt viimeisinä viitenätoista tai kymmenenä elinvuotenaan. Hänen loppuikänsä lienee kulunut aineiston järjestämiseen ja sommitteluun; ja vaikkakaan, kuten jotkut ovat olettaneet, tekijän aikomus ei olisi ollut jatkaa kertomustaan kauemmas siitä ajankohdasta, johon teos nykyisessä muodossaan päättyy, on ilmeisesti kuitenkin kuolema kohdannut hänet, ennen kuin hän oli saanut teoksensa lopullisesti viimeistellyksi.
Herodotoksen matkoista eivät muinaisajan kirjailijat kerro, joten kaikki tietomme niistä perustuvat hänen omiin viittauksiinsa. Niinpä kuulemme, että hän muun muassa varta vasten teki matkan Tyyrokseen päästäkseen selville sikäläisen Herakleen palveluksen iästä ja että hän oli käynyt Arabian rajoilla asti nähdäkseen omin silmin sielläpäin asustavat siivekkäät käärmeet. Me tiedämme hänen oleskelleen Olbian kaupungissa Mustan meren pohjoisrannalla ja etelässä matkanneen Niiliä myöten aina Elefantinen saareen saakka; Aasiassa hän oli edennyt Ekbatanaan asti ja lännessä hän näkyy käyneen Sisiliassa. Näiden äärimmäisten kohtien väliset maat ja meret hän oli vaeltanut ja purjehtinut ristiin rastiin: omasta näkemästään hän tunsi Etu-Aasian vanhat sivistysmaat, Vähän-Aasian sekä Syyrian rannikon; hän oli kiertänyt Mustan meren ääreiset seudut ja tyystin tutkinut Egyptin ihmeelliset muistomerkit; myös Kyreneä ja osaa Libyaa hän näkyy omin silmin käyneen katsomassa. Euroopassa hän erittäin hyvin tunsi Traakian, Makedonian ynnä Epeiroksen, ja varsinaisessa Kreikassa hän oli omin silmin nähnyt useimmat huomattavat paikat. Mutta siitä, missä järjestyksessä nämä matkat suoritettiin, on olemassa vain arveluita.
Mainittuja laajoja matkoja helpotti se seikka, että ne suureksi osaksi tehtiin silloisen Persian valtakunnan rajojen sisäpuolella, jotenka hän saattoi käyttää hyväkseen kuningas Dareioksen toimeenpanemaa oivallista postitiejärjestelmää. Mutta sittenkin senaikaisella matkustajalla epäilemättä oli voitettavanaan monenlaisia vastuksia ja kestettävänään sekä vaikeuksia että vaaroja, joista Herodotos kuitenkaan ei sanallakaan mainitse. Korvaamatonta haittaa tuotti Herodotoksen tutkimuksille hänen perin vaillinainen vierasten kielten taitonsa, sillä kreikkalaisia siirtolaisia ja kauppamatkustajia, joiden puoleen hän tietenkin ensi sijassa kysellessään kääntyi, ei suinkaan ollut joka paikassa tarjona, eipä edes aina hänen äidinkieltään taitavia muukalaisiakaan.
Se Herodotoksen teos, johon ylempänä monesti on viitattu, on hänen elämäntyönsä, hänen suuri maailmanhistoriansa, joka täydellä syyllä on tekijälleen hankkinut "historian isän" nimen.
Voidaksemme täysin arvostella Herodotoksen "Historia-teoksen" merkitystä on muistettava, millä kannalla historiankirjoitus kreikkalaisilla oli ennen häntä. Runsaista hengenlahjoistaan huolimatta olivat helleenit verrattain myöhään alkaneet merkitä muistiin huomattavia tapauksia. Syitä tähän seikkaan oli useampia, mutta kenties vaikuttavin oli heidän vilkas mielikuvituksensa, joka ennen pitkää verhosi verrattain vereksetkin tapaukset runon ja sadun pukuun. Niinpä runous, ja lähinnä ns. genealoginen (sukutieto-) eepos, pitkät ajat tavallaan edusti kreikkalaisten historiallista tietämystä ja tyydytti heidän historiallista tarvettaan. Vasta puolivälissä 6. vuosisataa e.Kr. syntyi Jooniassa varsinainen suorasanainen historiankirjoitus, joka liittyi toisaalta jo mainittuun eepilliseen runouteen, toisaalta erinäisiin luetteloihin (kuten Olympian kilpailujen voittajia, vuotuisia virkamiehiä ym. koskeviin). Koruttomassa muodossa, usein kronikkatyyliin, se esitti hallitsevien sukujen syntyperän, heimosankarien vaiheet, kotikaupunkien perustamissadut ym. tekemättä varsinaista eroa tarun ja todellisuuden välillä. Laajemmaksi väljeni käsiteltävä ala, kun näköpiiri kaupan ja merenkulun johdosta avautui, ja alettiin kertoa vieraistakin maista ja kansoista. Huomattavin tämän suunnan edustajista, ns. logografeista, oli miletolainen Hekataios, joka 6. vuosisadan lopulla oli miehuutensa parhaassa iässä. Hän oli, säilyneistä katkelmista päättäen, huolellisesti koonnut tietonsa osaksi matkustelemalla — ja käytti niitä kriitillisesti. Hän on myös ensimmäinen historiankirjoittaja, joka on koettanut selittää tai järkiperäiseen suuntaan muutella mahdottomilta tuntuvia taruja.