Albuquerquen valta ei ollut nimellisesti yhtä suuri kuin Almeidan, sillä hän ei saanut varakuninkaan arvonimeä, vaan nimitettiin »kenraalikapteeniksi». Sotaväen päälliköksi lähetettiin Intiaan sitä paitsi marsalkka Coutinho, joka ylhäiseen arvoonsa vedoten toimi omin päin. Tämä johdon hajanaisuus vaikutti haitallisesti Albuquerquen ensimäisiin yrityksiin.
Kalikutin tappelu.
Manuel kuningas oli käskenyt viipymättä kuristaa Kalikutin samudrinia, ja marsalkka Coutinho, joka oli hiljattain saapunut Portugalista, sai kenraalikapteenin suostumaan hyökkäykseen, ennenkuin sitä vielä oli riittävästi valmistettu.
Tammikuun 2 p. 1510 saapui Kalikutin edustalle portugalilainen laivasto, jossa oli 2000 sotilasta. Ensimäinen hyökkäys suunnattiin sämudrinin linnaa vastaan, joka oli varustettu. Samudrin itse oli poissa sotaretkellä erästä naapuriruhtinasta vastaan. Linnaa puolustettiin kuitenkin sitkeästi. Portugalilaiset päättivät jakaa väkensä kahtia, toista osastoa johti Coutinho, toista Albuquerque. Viimeksi mainittu ennätti ensiksi perille, vallotti katkeran taistelun jälkeen vallitukset ja sytytti kuninkaalliset rakennukset palamaan, karkottaakseen puolustajat. Coutinho vihastui tästä niin ankarasti, että hän syytti Albuquerquea sanansa syömisestä, sillä hänelle, Coutinholle, oli sovittu ensimäisen hyökkäyksen kunnia. Mutta suuttumus oli ennenaikainen, sillä taisteltavaa oli jäänyt kylliksi. Sokeana kiukusta Coutinho hyökkäsi oikopäätä itse kaupungin kimppuun, päästäkseen ainakin ensimäiseksi sytyttämään kuninkaan palatsin. Se onnistuikin sitkeästä vastarinnasta huolimatta. Albuquerque seurasi hitaasti jäljessä, lähetettyään osan miehistään vartioimaan rannassa olevia veneitä. Coutinho jo luuli voiton varmaksi ja laski sotamiehensä hajalleen ryöstämään sämudrinin palatsia. Sitä olivat intialaiset odottaneetkin. He kokoontuivat nopeaan, piirittivät palatsin, hyökkäsivät sisään ja kävivät ryöstäväin Portugalilaisten kimppuun. Albuquerque sai vaivalla tien raivatuksi palatsiin saakka ja lähetti sanan toisensa jälkeen marsalkalle, että hänen tuli peräytyä. Mutta Coutinho halveksi vaaraa ja vastasi, että kenraalikapteeni sai huoletta mennä matkoihinsa, hän aikoi tulla perässä, kun sotamiehet olivat ennättäneet kokoontua.
Joka puolelta itsekin ahdistettuna Albuquerque hitaasti peräytyi. Paluumatka kävi solan kautta, jonka molemmilta puolilta intialaiset syytivät nuolia, kiviä ja keihäitä Portugalilaisten päälle. Yhteys Coutinhon kanssa oli kokonaan katkaistu, eikä sotaväki enää suostunut palaamaan takaisin marsalkan joukkoihin yhtyäkseen. Albuquerque sekamelskassa sai ensinnä pahan haavan vasempaan käsivarteensa, sitten nuolen niskaansa ja vihdoin rintaansa niin suuren kiven, että hän tainnoksissa oli kannettava pois. Marsalkka Coutinho kaatui palatsissa 80 miehen keralla. Siten päättyi, Coutinhon sokean raivorohkeuden vuoksi, hyökkäys Kalikutia vastaan täydellisellä tappiolla. Ellei Albuquerque olisi lähettänyt väkeä vartioimaan veneitä ja ellei meri olisi ollut verraten tyyni, niin olisi tappio kääntynyt niin suureksi, että Portugalin koko saavutettu mahti olisi samalla menetetty.
Albuquerque sai nyt Coutinhonkin laivat haltuunsa, palasi Kotshiniin ja alkoi paikalla, kun haavat olivat parantuneet, harkita uusia sotaisia yrityksiä. Tammikuun lopulla v. 1510 hänellä jälleen oli koossa kolmattakymmentä laivaa, joilla hänen luultiin lähtevän Punaiselle merelle. Mutta kenraalikapteeni olikin viime hetkeen saakka salannut aikomuksensa, voidakseen lyödä sitä musertavamman iskun.
Goan vallotus.
Albuquerque oli päättänyt valloitan Goan Portugalilaisten mahdin pääpaikaksi. Goan asema oli nimittäin erittäin sopiva sekä Etu-Intian rannikon että sinne tuovien meriteitten hallitsemiseksi. Kaupunki oli matalalla, mutta kuivalla saarella, jonka Ghats-vuorilta laskevat joet olivat ikäänkuin leikanneet irti mannermaasta. Vanha intialainen kaupunki oli saaren eteläpäässä; muhamedilaiset olivat rakentaneet itselleen uudemman noin puolen vuosisataa takaperin, paetessaan sinne Onorista. Saaren maanpuolella ja kaupungin ympäri kulkevat kanavat olivat täynnään krokotilejä, jonka vuoksi niitten poikki oli varovasti kuljettava. Portugalilaistenkin rakentama Goa on nykyisin melkein autiona: ainoastaan pappeja ja munkkeja siellä enää asuu entisten kirkkojen ja luostarien suurenmoisten raunioitten keskellä. Uusimman Goan satama on suuressa maineessa ihmeteltävästä luonnonkauneudestaan.
Goa kuului Bijapurin sulttaanin vallan alle, mutta hän piti siinä vain vähäistä varusväkeä. Kun Albuquerque oli laivoineen saapunut sataman suulle, niin lähetti hän ensin veljenpoikansa Antonio de Noronhan veneillä tutkimaan kanavien syvyyttä. Eräässä kanavan käänteessä Portugalilaiset äkkiä näkivät edessään Pandjinin linnan, joka puolusti kaupunkia meren puolella. Ennenkuin linnan varusväki vielä ennätti kokoontua ja ruveta tykeillä ampumaan, tekivät Portugalilaiset äkkipäätöksen, kävivät hyökkäykseen ja tunkeutuivat muurien yli linnaan, jonka puolustajat pakenivat, johtajansa menetettyään. Kenraalikapteeni taistelun melun kuullessaan lähetti heti kaiken väkensä tuleen, mutta sen paikalle tullessa olikin linna jo Portugalilaisten käsissä. Bijapurin shahin sotaväki peräytyi kaupungistakin ja kehotti asukkaita antautumaan vastarintaa tekemättä, sillä länsimaalaiset viholliset olivat voittamattomat. Seuraavana päivänä saapuikin kaupunkilaisten lähetystö tarjoamaan antautumista sillä ehdolla, että asukkaille taattiin hengen ja omaisuuden turvallisuus. Siihen suostuttiin ja Albuquerque otti maaherran palatsin asunnokseen. Vähällä vaivalla Portugalilaiset näin olivat saaneet käsiinsä paikan, josta sitten tuli heidän mahtinsa tuki pitkiksi ajoiksi, ja joka vielä tänä päivänä on ainoa tärkeämpi paikka, mitä heillä Etu-Intiassa on jäljellä.
Bijapurin shahi kokosi suuren sotajoukon, karkottaakseen anastajat. Portugalilaisten täytyi peräytyä laivoihinsa, mutta linnan he pitivät hallussaan ja sen suojassa laivastokin jäi satamaan. Bijapurin shahi antoi upottaa aluksia kanaviin, niin että ne sulkivat osan väylistä ja laski sitten palavia aluksia Portugalilaisten laivastoa vastaan, sytyttääkseen sen tuleen. Albuquerque joutui suureen vaaraan ja hänen täytyi joksikin aikaa kokonaan peräytyä vallottamastaan kaupungista. Peräytyminen oli vaarallista, sillä laivain täytyi yksitellen kulkea upotettujen aluksien välitse, kaiken aikaa alttiina tulelle, jota vihollinen kahden puolen rakentamistaan varustuksista ylläpiti. Nämä varustukset olivat sen vuoksi ensinnä vallotettavat. Mutta vaikka tämä onnistuikin, niin esti vielä sataman suulla oleva matala särkkä hyvän aikaa merelle pääsemästä. Portugalilaista laivastoa alkoi hätyyttää ruokatavarain ja varsinkin veden puute, kun maalta ei saatu mitään. Jokainen vesitippa oli verellä maksettava. Lopulta pätivät rotatkin ravinnoksi. Antonio de Noronha sai nuolenhaavan ja kuoli siitä. Se oli katkera tappio Albuquerquelle, joka piti nuorta sukulaistaan suuressa arvossa. Vaikka epätoivo laivastossa yltyi niin suureksi, että monet karkasivat vihollisen puolelle, niin ei kenraalikapteeni kuitenkaan lannistunut, vaan rohkaisi uupumatta sotaväkeään ja jakoi sen kanssa kaikki vaivat ja vaarat. Vasta elokuussa päästiin särkän poikki merelle ja Kananorin ystävälliseen satamaan lepäämään. Albuquerque oli näin kärsinyt toisen tappionsa, mutta Goan hän siitä huolimatta päätti vallottaa.