Albuquerque poikkesi ensinnä Sumatran Pediriin, jossa häneen yhtyi kahdeksan Malakasta paennutta Portugalilaista. Heiltä kenraalikapteeni sai kuulla, että sulttaani Mahmudilla oli 8000 tykkiä, joilla hän saattoi tarmokkaasti puolustaa meririntamaansa, ynnä 30,000 sotamiestä ja sotaelefantteja. Albuquerque ei kuitenkaan säikähtänyt, vaan käski häntä oikopäätä päästämään vapaiksi loputkin vangituista portugalilaisista. Siihen ei sulttaani kuitenkaan suostunut, koska sitä olisi pidetty heikkouden merkkinä. Albuquerque sen vuoksi sytytti tuleen rannalla olevat talot ja satamassa laivat, jonka jälkeen portugalilaiset pääsivät vankeudesta. Malakassa oltiin nyt taipuvaisia sovintoon, mutta Portugalilaisten vaatimukset olivat liian suuret. Albuquerque nimittäin vaati ensinnäkin vahingonkorvausta Sequeiralle tapahtuneesta väkivallasta, ja sitä paitsi suuren summan sotakustannuksia ja luvan linnotuksen rakentamiseen.
Vanhan Mahmud sulttaanin neuvosmiehet olivat eri mieltä siitä, kuinka oli meneteltävä. Toiset puolustivat rahallisen korvauksen maksamista, jottei kauppa kärsisi vaurioita; toiset sitä vastustivat, koska pelkäsivät sulttaanin arvon alenevan, ja nämä voittivat. Sulttaani uskoi sodan johdon pojalleen. Silta, joka yhdisti molempia kaupunginosia, linnotettiin lujasti, mutta juuri sitä vastaan Albuquerque suuntasi hyökkäyksensä, koska se, joka siltaa hallitsi, samalla hallitsi koko kaupunkia. Tämän hän oli saanut kuulla vankeudesta päässeiltä inaamiehiltään. 25 p. heinäk. aamun koittaessa Portugalilaiset alkoivat rynnäkön. Albuquerque joukkoineen nousi maihin sillan läheisyydessä, João de Lima laski maihin vähän idempänä lähellä sulttaanin palatsia. Kummallakin paikalla syntyi kiivas tappelu. Malaijit taistelivat urhoollisesti ja ampuivat myrkytettyjä nuolia. Albuquerque kuitenkin väkirynnäköllä vallotti sillan, ja peitsihyökkäyksellä malaijit karkotettiin kaupunkiin. Toinen osasto joutui ahtaammalle; sitä vastaan ajettiin sotaelefantit, jotka kuitenkin peitsillä saatiin kääntymään pakoon, niin että ne saattoivat epäjärjestykseen vihollisen omat joukot. Vasta sitten toinenkin osasto saapui sillalle ja yhtyi sen luona pääjohtajan joukkoon. Lähellä olevien talojen katoilta malaijit jatkoivat taistelua, jonka vuoksi ne sytytettiin palamaan. Lopulta kuitenkin kävi mahdottomaksi siltaa puolustaa, jonka vuoksi Albuquerque joukkoineen peräytyi laivoihinsa.
Mahmud käytti loma-aikaa varustaakseen uusia pattereita ja kaivaakseen katujen alle miinoja. 10 p. elok. Albuquerque toisen kerran kävi sillan kimppuun ja valtasi sen jälleen tuiman tappelun jälkeen. Lähellä erästä kivistä moskeaa syntyi viimeinen ankara ottelu, sulttaanin omalla johdolla. Kauppiaitten kaupunginosa asettui jo vallottajien suojelukseen, jota vastoin malaijilaisen kaupungin asukkaat pitivät sitkeästi puoliaan. Yhdeksän päivää kesti kahakoita kaupungin kaduilla. Armoa ei täälläkään annettu, sillä olivathan vastustajat muhamedilaisia. Palkaksi kovasta taistelusta Albuquerque soi väkensä ryöstää kaupunkia kolme päivää. Kolmetuhatta tykkiä anastettiin. Hävitetyn moskean ja kuningashautain aineista ruvettiin sitten rakentamaan kivilinnaa, johon rakennettiin viisikerroksinen, lyijyllä katettu torni. Linna sai nimekseen Famosa. Kirkkokin rakennettiin ja se katettiin kuninkaallisista haudoista otetuilla aineilla.
Portugalilaiset tutustuvat Taka-Intiaan.
Kaupan järjestämiseksi leimattiin kuita- ja hopearahoja, sillä edellisten hallitsijain aikana oli ollut vain tinarahoja. Kun samalla kaupan suojeluksesta pidettiin muullakin tavalla huolta, niin alkoivat muukalaiset laivat pian uudelleen saapua Malakan satamaan. Duarte Fernandez, joka oli ollut Malakassa vankina ja oppinut maan kieltä, lähetettiin lähettiläänä Siamiin. Hän oli ensimäinen portugalilainen, joka saapui tähän mahtavaan Taka-Intian valtakuntaan. Siamin kuningas asui silloin Ajuthiassa, joka nykyisin on raunioina, mutta siihen aikaan oli Aasian loistavimpia kaupungeita. Fernandez otettiin siellä mitä parhaiten vastaan. Hänen kerallaan saapui sitten kenraalikapteenin luo siamilainen lähetystö, joka muun muassa toi kuningas Manuelille lahjaksi kruunun, kultamiekan ja kalliin rubinisormuksen. Palatessaan sai siamilainen lähetystö viedä kuninkaalleen Albuquerquen vastalahjat. Myös Pegun hallitsijan luo Albuquerque lähetti lähettilään tekemään ystävyyssopimuksen. Melkein kaikki Javan ja Sumatran malaijilaiset ruhtinaat riensivät hänelle ystävyyttään vakuuttamaan. Ainoastaan Arakan ja Atshin, joka on Sumatran pohjois-osissa, pysyivät vihamielisinä. Atshin seuraavina aikoina tuon tuostakin antoi karkotetuille maureille apuaan, näitten yrittäessä vallottaa takaisin Malakkaa, ja häiritsi merirosvoudella Portugalin kauppaa. Kiinankin kanssa koetti Albuquerque päästä ystävällisiin väleihin, vaikka lähettilään lähettämisen täytyi jäädä myöhempiin aikoihin. Portugalilaiset kauppalaivat kävivät Kiinan satamissa jo v. 1515. Tavaransa ne saivat myydä, mutta maihin Portugalilaisia ei laskettu.
Sanoma Ptolemaioksen »Kultaisen Khersonneson» vallottamisesta teki Europassa syvän vaikutuksen. Sitä vielä lisäsi komea lähetystö, jonka Manuel kuningas v. 1513 lähetti Roomaan Tristão da Cunhan johdolla viemään paaville lahjaksi kullalla ja jalokivillä koristettuja kirkollisia vaatteita ja raskaita kulta-astioita. Juhlallisena kulkueena tämä suuri lähetystö maaliskuussa v. 1514 kulki Roomaan, mukanaan muun muassa valtava elefantti, joita Italiassa ei oltu nähty vanhan Rooman aikain jälkeen, ja komeasti varustetun persialaisen hevosen selässä istuva metsästysjaguari, joka oli Ormuksen kuninkaan lahja. Kadut olivat niin täynnä väkeä, että juhlasaatto tuskin pääsi kulkemaan. Sant Angelon linnasta ammuttiin tykeillä ja paavi tuli ikkunaan katselemaan saaton ohikulkua. Elefantin täytyi kolmasti polvistua hänen pyhyytensä edessä, kaikkien katsojien rajattomaksi ihmeeksi. Portugalilaiset olivat itsetietoisia menestyksestään taistelussa maurien kanssa ja tahtoivat näiden kalliiden ja outojen lahjain kautta yhä vakuuttavammin ilmaista niiden suurta merkitystä.
Malakasta Albuquerque lähetti laivoja Molukkien saarille. Tästä retkestä kerromme myöhemmin enemmän. Sitä johti Antonio d’Abreu, joka Malakan vallotuksessa oli saanut luodin poskeensa, niin että hän menetti hampaansa ja osan kielestään, mutta siitä huolimatta, paikalla kun sai haavansa sidotuksi, oli valmis lähtemään uudelleen taisteluun. Malakkaan jätettiin linnan varusväeksi 300 miestä ja kymmenen laivaa, joissa oli sama verta väkeä. Näin oli Malakka riittävästi suojeltu kaikkia hyökkäyksiä ja kapinayrityksiä vastaan. Mahmud sulttaani oli nimittäin peräytynyt Bintangin saarelle, vanhan Singapurin kaakkoispuolelle, ja hänen poikansa Alaeddin oli miehittänyt vastapäätä mannermaalla olevan Dshohorin, niin että he täältä vallitsivat tietä Maustesaarille ja saattoivat yhtämittaa häiritä Portugalilaisia Malakassa.
Tammikuussa 1512 Albuquerque kolmella laivalla lähti paluumatkalle Intiaan, mukanaan puolensataa javalaista puuseppää, joitten piti olla apuna laivain rakentamisessa. Mutta Sumatran vaarallisella rannalla joutui hänen amiraalilaivansa »Flor de Mar» hiekkasärkälle ja kärsi haaksirikon. Albuquerque menetti kaiken sotasaaliinsa ja voitonmerkkinsä ja javalaiset puusepät käyttivät tilaisuutta vallatakseen sen laivan, jossa heitä kuljetettiin, ja paetakseen Sumatran rannikolle. Helmikuun alussa Albuquerque itse saapui Kotshiniin.
Goan vaurastuminen.
Goassa oli Portugalilaisia sillä välin piiritetty ja ahtaalla he olivat olleetkin. Pienillä kahakoilla vihollinen kaiken aikaa uuvutti vähäistä portugalilaista joukkoa ja sen intialaista apuväkeä. Mutta pian saapui kuitenkin niin runsaasti lisävoimia, että kaikki hyökkäykset voitiin torjua ja lisäksi vallottaa linna, jonka Bijapurin shahi oli rakennuttanut mannerrannalle. Siinä saatiin vangiksi useita portugalilaisia karkureita; he saivat pitää henkensä, mutta kaikki silvottiin, mikä milläkin tavalla, ja lähetettiin sitten takaisin Portugaliin. Eräs näistä, Lopez nimeltään, pyysi päästä Helenan saarelle asumaan, jottei hänen tarvinnut palata takaisin isänmaahansa niin surkean häpeän alaisena. Pyyntöön suostuttiin, hänelle annettiin pari kolme neekeriorjaa seuraksi, ja niin sai Helenan saari ensimäiset asukkaansa.