Ennen paluumatkaa majuri Denham vielä Barka Ganan lähtiessä kurittamaan kapinallisia päälliköitä käytti tilaisuutta tutkiakseen Tshad järven itäpuolisia seutuja, jossa dugganah arabialaiset asuivat nahkateltoissa ja elivät melkein yksinomaan karjantuotteilla. Saharan poikki matkustettuaan retkikunta tammikuussa 1825 palasi Tripoliihin, jossa pasha otti sen mitä parhaiten vastaan.
Tämän matkan kautta oli tie Sudaniin ensi kerran avattu ja' saatu tietoja sen sisäosien melkoisista valtakunnista, Bornusta ja Sokotosta; joissa ei ennen kukaan eurooppalainen ollut käynyt. Oli myös saatu käsitys siitä mahdista, jonka muhammedilaisuus oli Afrikan sisäosissakin saanut ja jolla oli monta hyvääkin vaikutusta, vaikka se suosikin orjuutta ja levitti vihaa kristittyjä vastaan. Denham lähetettiin sitten Fernando Po saarelle maaherraksi, mutta kuoli siellä jo muutaman vuoden kuluttua. Clapperton palasi Afrikkaan.
Clapperton Nigerin alijuoksulla.
Clapperton ei voinut unohtaa, että hän oli päässyt vain muutaman päivämatkan päähän Nigeristä ja että hänen niin läheltä oli täytynyt kääntyä takaisin tätä kuulua jokea näkemättä. Hän halusi päästä sinne takaisin ja Englannin hallitus varusti hänelle matkueen. Kaksi kuukautta kotiintulonsa jälkeen, elokuussa 1825, Clapperton jo oli uudelleen matkalla, purjehtien tällä kerralla Nigerin suistamon länsipuolella olevaan Benin-mutkaan, josta hän aikoi tunkeutua Sokotoon. Eräs toinen retkikunta pyrki Dahomein kautta Nigerin keskijuoksulle, mutta sen oli Dahomeista palattava takaisin johtajansa murhan jälkeen.
Tuskin oli Clapperton kolmen eurooppalaisen toverinsa keralla maihin päässyt, ennenkuin joka mies sairastui malariaan yhden yön taivas'alla vietettyään. Kaksi kuoli, ja ainoastaan Clapperton itse palvelijansa Landerin kanssa jäi eloon matkaa jatkamaan.
Joruba.
Hän tuli nyt ensinnä Joruba nimiseen maahan, joka oli rikasta ja hyvin viljeltyä. Vaikka se oli vain parinsadan kilometrin päässä rannikosta, kävi sen koko kauppa arabialaisten välityksellä pohjoista kohti. Asukkaat olivat neekereiksi jotenkin vaaleita ja monessa suhteessa edistyneitä. Heidän maansa oli silloin vielä itsenäinen, mutta myöhemmin fulbet valloittivat sen ja toivat asukkaille muhammedin uskon. Jorubassa vastaanotto oli mitä parasta. Valkoista miestä pidettiin korkeampana olentona, jonka edessä miehet ottivat lakin päästään ja naiset lankesivat polvilleen ja monessa paikassa hänen kunniakseen juhlittiin vuorokaudet umpeensa. Pääkaupungissa Ojossa varsinkin oltiin ystävällisiä ja lukemattomia ihmisiä kokoontui valkoisia näkemään. Matkalla Clapperton oli kulkenut korkeahkon vuorimaan poikki, joka kuitenkin oli hyvin viljelty, mutta Ojo oli suurella lakeudella. Semmoiset kamalat ihmisuhrit, joita Dahomeissa ja Ashantissa toimeen pantiin, olivat Jorubassa tuntemattomat. Jorubalaiset harrastivat suuressa määrin laulua, he lauloivat kesken työtäänkin ja jättivät matkustajiin tyytyväisyyden vaikutuksen. Hauskoja näytelmiäkin he panivat toimeen. Mutta Ojon hallitsija olisi pitänyt valkoiset niin mielellään luonaan, ettei tahtonut heitä poiskaan laskea.
Vielä enemmän vastusta oli erään arabialaisen leskestä, neljänkymmenen vuoden ikäisestä neekerieukosta, joka välttämättä tahtoi saada Clappertonin miehekseen — tai hänen palvelijansa Landerin, kun Clapperton ei suostunut. Leski oli äärettömän rikas, hänellä oli tuhannen orjaa, jonka vuoksi hän jo oli kuningastakin vastaan kapinoinut, vaikka kauneutensa — hän oli suunnattoman lihava — ja rikkautensa vuoksi olikin päässyt aivan vähällä rangaistuksella.
Jorubalaiset olivat uutteria maanviljelijöitä, mutta karjaa heillä oli vähän ja maitoa sen vuoksi oli vaikea saada. Vastasyntyneet lapset äitinsä keralla sen vuoksi lähetettiin takaisin vanhempainsa kotiin pariksi kolmeksi vuodeksi, jotta lapsi sai rauhassa kasvaa, ja isä otti toisen vaimon. Seuraus tästä oli, että vaimoja tarvittiin enemmän kuin maa tuotti, jonka vuoksi heimojen tapana oli ryöstellä niitä toisiltaan.
Karttaen edessä päin huhun mukaan raivoavaa sotaa Clapperton sitten teki kierroksen ja pyrki pohjoisempaa reittiä Nigerille.