Archinard, joka Gallienin jälkeen lähetettiin Senegalin maaherraksi, kukisti vuosina 1888—91 kolmella verisellä sotaretkellä Segun sulttaanin, joka pakeni Saharaan. Bambarran neekerit pääsivät täten vapaiksi tukulöörien sorrosta. Rautatie ei vielä ollut ennättänyt Nigerille saakka, mutta joelle oli tuotu paljon tykkiveneitä. Ranskalaiset upseerit tekivät useita tutkimusretkiä Nigerin eteläpuolisiin maihin, käyden muun muassa Samorin hovissakin. Näiden retkien tuloksena oli, että ranskalaiset päättivät anastaa Nigerin eteläpuolisetkin maat mereen saakka, ennenkuin englantilaiset ennättäisivät sen tehdä. Guinean Norsunluurannikon ja Dahomeyn kohdalla se onnistuikin.
Pian alkoi Samorista kuitenkin jälleen olla huolta, hän kun oli ruvennut englantilaisten ystäväksi ja luultavasti saanut heiltä aseita ranskalaisia vastaan. V. 1891 Archinard tosin valloitti Samorin silloisen pääkaupungin, Kankanin, mutta rosvopäällikön onnistui jälleen paeta. Tämä tapaus peloitti englantilaisia, niin että he pakottivat ranskalaiset suostumaan sopimukseen Sudanin ja Guinean jakamisesta. Määrättiin pääpiirtein, että Nigerin itäpuolinen ja Saharan eteläpuolinen osa jäisi Englannille, muu osa Ranskalle — meren rannikkoa lukuunottamatta.
Ranskan hallitus lähetti tämän jälkeen eversti P.L. Monteilin tutkimaan uusien alusmaiden välisiä rajaseutuja. Monteil lähti Senegalin suistamosta v. 1891, kulki Nigerin mutkan poikki Sokotoon ja Zinderiin ja sieltä Kukaan Tshad järven rannalle, josta hän matkusti Saharan poikki Välimeren rannalle. Seuraavat ranskalaiset retkikunnat valtasivat Nigerin eteläpuolisia maita, katkaisten englantilaisilta Sierra Leonen yhteyden Nigerin syvänteen kanssa. Nigerin varrella valloitettiin Djenne, johon Segun karkoitettu sulttaani oli ennättänyt perustaa uuden valtakunnan.
Samori asettui v. 1894 Kong maahan, perustaen sinne uuden valtakunnan. Nyt hän kuitenkin riitaantui englantilaistenkin kanssa ja sai taistella kahdella rintamalla. Muuan hänen vasalleistaan, sulttaani Babemba, oli murhauttanut ranskalaisen upseerin ja ranskalaiset lähettivät retkikunnan hänen pääkaupunkiaan Sikassoa vastaan. Se oli lujin linna, mitä he vielä olivat Sudanissa tavanneet, ympäröity kymmentä kilometriä pitkällä, viittä metriä vahvalla ja seitsemää korkealla muurilla. Tämän muurin sisällä oli toinen samanlainen. Babemba asui kaupungin keskellä vankasti varustetussa tornissa, jonka ympärillä oli kuutta metriä korkea kahdenkertainen muuri. Kaupungissa sanottiin olevan kymmenisentuhatta sotilasta. Ranskalaisilla oli vain 650 miestä ja kaksi vuoritykkiä. Tämä pieni joukko siitä huolimatta valloitti kaupungin väkirynnäköllä. Babemba kaartinsa keralla teki itsemurhan ja hänen pääkaupunkinsa joutui liekkien uhriksi.
Tällä voitolla oli kauas kantava vaikutus. Kaikki läheiset maat alistuivat ja Samori pakeni Liberian takametsiin, kooten luokseen 60.000 ihmistä. Metsä ei kuitenkaan kyennyt elättämään niin suurta ihmispaljoutta. Lopuksi tuli, että ranskalaiset pienellä joukolla voittivat Samorin armeijan ja ottivat hänet itsensä vangiksi. Kahdeksantoista vuotta ranskalaisia vastaan taisteltuaan hän päätti päivänsä heidän vankinaan Ogove joen rannalla.
Saatuaan Nigerille tykkiveneitä ranskalaiset varmasti etenivät Timbuktua kohti, joka oli vastakkaiselta puolelta lähestyvien englantilaistenkin päämäärä, ja 12 p. jouluk. 1893 ranskalainen meriupseeri Boiteux kahdeksallatoista miehellä ja kahdeksalla tykillä valloitti tämän kaupungin, joka niin kauan oli laajalla maineellaan houkutellut löytöretkeilijöitä. Heidän päävihollisiansa eivät olleet kaupungin asukkaat, vaan tuaregit, jotka pitivät sitä valtansa alla. Timbuktu antautui taistelematta, mutta tuaregien kanssa perässä tulevien pääjoukkojen täytyi taistella pari tuimaa taistelua ja ensimmäisessä niistä ranskalaiset yöllisen yllätyksen kautta perinpohjin voitettiin.
Timbuktu ei ranskalaisten tullessa enää likimainkaan vastannut muinaista mainettaan, mutta se onkin ennen ollut, kuten jo Barth ja Lenz totesivat, paljon suurempi. Nykyään se on 15 kilometrin päässä satamakaupungistaan Kabarasta Saharan äyräällä, mutta Niger on ennen virrannut aivan sen ohitse ja v. 1640 tulvat vielä nousivat Timbuktun alempiin kaupunginosiin saakka. Timbuktu oli siis ennen vielä enemmän kuin nykyisin »kameelin ja jokiveneen yhtymäpaikka», taikka »Sudanin satama Saharan rannalla». Kaupungin entisistä vaiheista on saatu pääpiirteet selville, etupäässä »Tarik es-Sudanista», seitsemännellätoista vuosisadalla kirjoitetusta Sudanin historiasta, jonka käsikirjoitus Timbuktusta löydettiin. Teos on Abderrahman Sadi nimisen timbuktulaisen oppineen kirjoittama.
Songhoi-valtakunta.
Kahdeksannella vuosisadalla asettui Nigerin mutkaan Songhoi- eli Sonrhayneekerien valloittajakansa, johon on jo vanhastaan sekaantunut niin paljon arabialaista ja tuaregilaista verta, että kasvonpiirteet usein ovat aivan kaukaasialaiset, vaikka ihoväri onkin tummanruskea tai musta. Songhoit rakensivat Timbuktun eteläpuolelle Gao nimisen kaupungin ja Nigerin syrjäjoen Banin rannalle Djennen, josta jo varhain tuli tärkeä kauppakaupunki. Yhdennellätoista vuosisadalla songhoit kääntyivät muhammedin uskoon. Tuaregit olivat samaan aikaan perustaneet kaupungin Timbuktun paikoille ja Djennen kauppiaat alkoivat lähettää sinne asiamiehiään, ja siten siitä tuli toiselta puolen Saharan ja sen pohjoispuolisten maurilaisten maitten, toiselta puolen Sudanin välinen markkinapaikka. Djennen kauppiaat lähettivät kahdennestatoista kuudenteentoista vuosisataan tavaroitaan Länsi-Afrikan merisatamiinkin, josta luullaan koko rannikon saaneen Guinean nimen. Kahdennella- ja kolmannellatoista vuosisadalla Timbuktu joutui mandingo-neekerien vallan alle ja oli silloin niin kuulu kulta- ja suolakaupastaan, että sen nimi muodossa »Timboutch» näkyy v. 1373 painetussa katalonilaisessa kartassakin. Jo pariakymmentä vuotta aikaisemmin Ibn Batuta, kuulu arabialainen matkustaja, oli siellä käynyt, (I, s. 379). Viidennellätoista vuosisadalla tuaregit valloittivat kaupungin ja heidän jälkeensä songhoit, joiden aikana Timbuktun loisto kohosi korkeimmilleen ja sen muhammedilainen yliopisto oli koko Länsi-Sudanin opinkeskusta. V. 1590 Marokon sulttaani valloitti Timbuktun, jossa hänen maaherransa kuitenkin pian rupesivat itsenäisiksi, sortaen ympäristön neekerikansoja, kunnes tuaregit v. 1800 tekivät lopun kaupungin itsenäisyydestä. Tuaregien jälkeen sen valloittivat fulbet, sitten tukulöörit ja viime vuosisadan jälkipuolella uudelleen tuaregit, joille kaupungin asukkaat maksoivat veroa, kiskoen sitten kaupanteossa vuorostaan verottajiaan milloin vain saattoivat. Timbuktun asukkaat olivat kuitenkin siihen määrään väsyneet fulbein ja tuaregien sortoon, että he mielihyvällä luovuttivat kaupunkinsa ranskalaisille.
Ranskalaisten vallan alaisena Timbuktu on melko lailla edistynyt, asukkaat ovat korjanneet talonsa, eurooppalaisia kirkkoja, kouluja ja muita laitoksia on rakennettu ja kun rautatie rakennetaan Saharan poikki, tulee siitä ehkä vielä uudenaikainen suurkaupunki.