Tästä alkoivat matkan varsinaiset vaikeudet. Massovan pikkuruhtinas koetti ensinnäkin nylkeä Brucelta kaikki mitä hänellä oli, ja matka oli vähällä siihen päättyä. Matka pois sieltä Tarantan solan kautta Tigreen ylängölle ja sieltä Lamalmonin solan kautta Gondarin ylängölle. Kumpikin sola oli tavattoman jyrkkä ja vaikea nousta, ja varsinkin suuren tähtitieteellisen kvadrantin kuljettaminen oli hankalaa. Lisäksi maa oli ilmi kapinassa, jota Ras Mikael-niminen kenraali nuoren Tekla Haimanot-nimisen kuninkaan kanssa oli kukistamassa. Bruce pääsi kuitenkin onnellisesti Gondariin, jossa leskikuningatar otti hänet hyvin vastaan. Hovi sairasti isoarokkoa, ja Bruce sai paikalla ruveta lääkärinammattiaan harjoittamaan. Hänen parannustoimensa menestyi hyvin, ja siitä hyvästä hän sitten sai hallituksen suojeluksen maassa liikkuessaan. Kuninkaan ja Ras Mikaelin palattua pääkaupunkiin Bruce pääsi nuoren kuninkaan puheille ja sai tältä hallittavakseen sen maakunnan, jossa Niilin lähteet ovat. Mutta ei pitkään aikaan tullut soveliasta tilaisuutta matkustaa sinne. Hänen oma terveytensäkin kävi huonoksi ja sitä parantaakseen hän muutti joksikin aikaa asumaan kukkuloille, joilta oli näköala yli Tsana-järven. Sieltä käsin hän kävi Alatan koskilla, jotka ovat vähän alempana Sinisen Niilin lähtöpaikkaa Tsana-järvestä. Myöhemmin Bruce liittyi kuninkaaseen ja Ras Mikaeliin, heidän lähtiessään sotaretkelle Niilin taa Fasil-nimistä maaherraa vastaan, mutta sotaretki päättyi onnettomasti ja abessinialaisen armeijan täytyi suin päin paeta Fasilin maasta. Mutta odottamatta Fasil sitten tekikin rauhan ja syksyllä 1770 Bruce vihdoin sai kauan toivotun tilaisuuden lähteäkseen Niilin lähteille. Fasilin maassa vastaanotto ei hallitsijan suosituskirjeistä huolimatta alussa ollut ensinkään suosiollinen, mutta Brucen rohkea esiintyminen miellytti Fasilia. Tämä antoi hänelle galla-neekerejä saatoksi, velvottaen heidät kovilla valoilla kaikin tavoin matkustajaa auttamaan, ja vielä oman hevosensakin sen merkiksi, että matkustaja oli hänen erikoisessa suojeluksessaan.
Marraskuun alussa Bruce kulki Niilin poikki vähän ylempänä sitä kohtaa jossa se laskee Tsana-järveen, ja huomasi sen satakuntaa metriä leveäksi toista metriä syväksi vuolaaksi virraksi. Lähellä oli koskikin, mutta se ei ollut kuin viitisen metriä korkea. Hän nousi sitten loivaan kohoavaa mäkeä, jonka laella oli Geeshin Pyhälle Mikaelille pyhitetty kirkko. Tältä mäeltä hän näki vihannan nurmettuneen kunnaan juurella lähteet, joista Sininen Niili alkaa. Koska maanasukkaat pitivät paikkaa pyhänä, niin hän riisui kengät jalastaan ja juoksi nurmettunutta rinnettä alas lähteille ja vaipui niitten partailla riemun huimaukseen, saavutettuaan vihdoinkin päämäärän, johon hän oli niin kauan ja uutteraan pyrkinyt.
Bruce luuli nyt ratkaisseensa Niilin lähteitten ikivanhan kysymyksen ja aikoi lähteä paluumatkalle, mutta tiet olivat kapinallisten vallassa ja vuoden hänen vielä täytyi odottaa Gondarissa, ennenkuin vihdoin joulukuussa 1771 pääsi karavanitielle, joka vei maan poikki Sennariin, Niilin rannoille.
Laskeutuessaan Abessinian länsirinnettä sankkain metsäin läpi Bruce sattui yhteen prinssien kanssa, jotka paraillaan olivat norsun ajossa, ja nämä toimeenpanivat hänen kunniakseen näytöksen, jossa arabialaiset miekkamiehet, agagirit, esittivät elefantin pyyntitapansa. Sennarissa hän sai kokea paljon vihamielisyyttä ja rettelöitä, ja lopulta hänen täytyi myydä jopa osa Abessinian neguksen antamasta kultakäädystä saadakseen saattoväkeä. Nubian pelätyssä erämaassa kiitävät hietapatsaat uhkasivat haudata retkikunnan alleen ja jano sen näännyttää. Lähempänä Egyptiä matka sujui nopeammin ja Bruce saapui muitta seikkailuitta Kairoon tammikuussa 1773.
Paluumatkalla Ranskassa käydessään Bruce suureksi surukseen sai kuulla, ettei hän ollutkaan Sinisen Niilin lähteiden ensimmäinen löytäjä. D'Anville oli juuri saanut valmiiksi portugalilaisten lähetyssaarnaajain löytöihin perustuvan karttansa, joka niin tarkkaan piti yhtä Brucen omien löytöjen kanssa, että tämän täytyi tunnustaa heidän ennättäneen ennen häntä. D'Anville koetti sitäpaitsi todistella Brucelle, ettei Sininen Niili ollut päähaara, kuten hän oli luullut, vaan että kaksikolmannesta Niilin lähdekysymyksestä vielä oli ratkaisematta. Siitä huolimatta Brucen osaksi kuitenkin tuli mitä paras vastaanotto ja Ranskan etevimmät tiedemiehet hakivat hänen seuraansa. Englantiin palattuaan hän pettymyksen masentamana viivytti matkakertomuksensa julkaisemista seitsemäntoista vuotta. Huolimatta luotettavuudestaan se ilmestyessään otettiin vastaan epäoikeutetulla epäluulolla. Se on julkaistu viitenä suurena nidoksena ja se sisältää runsaasti tietoja Abessinian historiasta ja maantieteestä.
Etelä-Afrikka.
Etelä-Afrikassa maantuntemus hyvin vähän edistyi seitsemännentoista vuosisadan kuluessa. Hollantilaiset tosin v. 1652 anastivat Hyväntoivonniemen ja perustivat sinne siirtokunnan, mutta se oli vain aiottu asemaksi heidän Intian-matkoillaan. Sisämaassa kävi seikkailijoita etsimässä Monomotapan valtakuntaa, jonka asemasta käsitykset olivat hyvin häälyvät. Näillä retkillä hollantilaiset tutustuivat bushmaneihin, kiertelevään kansakuntaan, jonka hyökkäykset myöhemmin tuottivat siirtokunnille paljon vahingoita. Kuvernööri Simon van der Stell kulki v. 1685 viidenkymmenen valkoisen kanssa aina Vähään Namaqua-maahan saakka kuparisuonia etsimään ja palasi takaisin länsirantaa.
Pöytälahteen kohosi vähitellen pieni kaupunki ja kaupungin läheisyyteen maanviljelyssiirtokuntia. Lukua lisäsivät ranskalaiset hugenotit. Kun hollantilainen Itä-Intian komppania kovasti sorti tätä kehittyvää yhteiskuntaa, niin alkoi sekä hugenotteja että hollantilaisia talonpoikia muuttaa kauemmaksi sisämaahan, toivoen sieltä löytävänsä enemmän vapautta. V. 1705 lähetettiin Kapkaupungista Nataliin meritse retkikunta, joka ei kuitenkaan saanut paljoa aikaan. Viisitoista vuotta myöhemmin hollantilaiset perustivat linnan Delagoa-lahteen, jonka portugalilaiset olivat vähää aikaisemmin hylänneet. Lahti kartoitettiin ja luodattiin, mutta sisämaahan oli vaikea tunkeutua. Tehtiinpä jo muutamia retkiä kullankin etsimiseksi, mutta toistaiseksi huonolla menestyksellä. Tähän saakka hollantilaiset olivat joutuneet tekemisiin melkein yksinomaan hottentottien kanssa, joista saksalainen tähtitieteilijä Pietari Kolbe kahdeksannentoista vuosisadan alussa kirjoitti hyvän kuvauksen, mutta v. 1736 Hermanus Hubner teki melkoisen joukon keralla retken kafferien maahan, etsiäkseen parempia elefantinmetsästysmaita. Hubner itse sai kafferien väijytyksessä surmansa ja suurin osa hänen retkikunnastaan tuhoutui, mutta osa kuitenkin pelastui Kapkaupunkiin kertomaan tapausta.
Vuosisadan keskivaiheilla viranomaisetkin rupesivat entistä tehokkaammin edistämään Etelä-Afrikan tutkimista. August Fredrik Beutler v. 1752 lähti matkaan retkikunnan kanssa, johon kuului kaksi kartoittajaa, kasvitieteilijä, useita käsityöläisiä ynnä sotaväkeä. Retkikunta oli joka suhteessa paraiten varustettu, mitä Kapkaupungista siihen saakka oli lähetetty. Se seurasi merenrantaa Algoa-lahteen saakka jotenkin läheltä ja kulki sitten Ison Kalajoen ja muitten jokien poikki, kunnes Keiskama-joella pääsi hottentottien ja kafferien välisen rajan yli. Kuljettiin senkin paikan ohi, jossa Hubnerin joukko oli tuhoutunut, mutta retkikunta ei ollut siksi voimakas, että se olisi kyennyt kostamaan. Beutler puolestaan osasi pitää alku-asukkaitten kanssa jotakuinkin hyviä välejä.
Paluumatkalla kuljettiin vähän toisia teitä kauempaa sisämaitse ja tavattiin bushmaneja. Noustiin ensinnä Isoa Kalajokea, mutta ylempänä sen varressa vallitsi ankara kuivuus, ja ruoho ja puut olivat lakastuneet. Retkikunta senvuoksi kääntyi takaisin merelle ja marraskuun lopulla saapui takaisin Kapkaupunkiin.