Cook tarvitsi puutavaraa laivansa korjaamiseksi, ja hänen mielestään moraita ympäröivä aita oli hänen tarkoituksiinsa erinomaisen sovelias. Vaikka papit sen kielsivät, niin hän kuitenkin revitytti aidan tämän pyhän paikan ympäriltä, unohtaen kokonaan tavallisen varovaisuutensa ja kunnioituksensa alkuasukkaitten tapoja kohtaan. Saarelaisten kesken tämä teko sai aikaan paljon pahennusta. He olivat pitäneet häntä puolijumalana, mutta saivatkin nyt nähdä, että hän häväisi heidän pyhimpiä paikkojaan, ja ainoastaan heidän suuri kammonsa esti suuttumusta heti julki puhkeamasta. Lisäksi englantilaiset merimiehetkin olivat ruvenneet entistä tylymmin kohtelemaan saarelaisia, ja pieniäkin varkauksia alettiin rangaista hyvin ankarasti. Eräänä yönä varastettiin »Diseoverystä» vene. Cook päätti silloin anastaa haltuunsa Terriobuksen, kunnes vene tuotaisiin takaisin, ja meni maihin hänen luokseen. Matkalla alkuasukkaat osoittivat hänelle tavanmukaista kunnioitustaan, ja Terriobus kahden poikansa keralla lupasi lähteä »Resolutioniin» siksi päiväksi, jotta vene saataisiin takaisin. Mutta muuan kuninkaan vaimoista tuli juosten rantaan ja itkien pyysi, ettei hän lähtisi laivaan, ja kaksi päällikköä yhtyi hänen pyyntöihinsä. Rannalle kokoontui paljon kansaa, ja kun kuningas tahtoi seurata Cookia veneille, niin molemmat päälliköt sen estivät. Cook, huomatessaan tuumansa menneen myttyyn, jatkoi rauhallisesti matkaansa rantaan. Mutta samalla levisi kansan kesken huhu, että muuan etevimmistä päälliköistä oli murhattu. Naiset ja lapset paikalla lähetettiin pois ja koko joukko hyökkäsi englantilaisten kimppuun. Muuan saarelainen asettui uhmaten Cookin eteen, sulkien häneltä tien, Cook laukaisi häneen toisen pistoolinsa, jossa oli haulipanos, mutta kun haulit eivät tunkeutuneet saarelaisen vahvan suojapatjan läpi, niin mies siitä kävi vain rohkeammaksi, ja samalla hyökkäsi toisia joka puolelta. Cook ampui kiväärillään kuoliaaksi sen, joka oli häntä lähinnä, mutta samalla alkoi yleinen hyökkäys. Cook käänsi päätään ehkä kehoittaakseen veneitä nopeaan tulemaan avuksi, ja tätä tilaisuutta käytti muuan saarelainen iskeäkseen häntä puukolla selkään, niin että hän kaatui suulleen vesiallikkoon, jossa oli polviin saakka vettä. Suuri parvi saarelaisia hyökkäsi nyt hänen päällensä, hukuttaakseen hänet veteen, mutta kapteeni sai vielä kohotetuksi päänsä veden yli. Hän katsoi ikäänkuin apua pyytääkseen venettään kohti, joka oli vain viiden kuuden askelen päässä, mutta vene oli jo irti rannasta ja senkin ympärillä oli niin suuri lauma hyökkääjiä, että merimiehet töin tuskin saivat heidät päältään torjutuiksi. Sitäpaitsi olivat kaikki ylläköstä niin säikähdyksissään, etteivät kyenneet toimimaan niin kylmäverisesti, kuin asema olisi vaatinut. Huomatessaan, ettei Cook saanut veneistä apua, saarelaiset kävivät häneen uudelleen kiinni ja raahasivat hänet syvempään paikkaan, upottaakseen hänet veden alle, mutta huolimatta pahoista haavoistaan Cook vielä toisen kerran nousi pystyyn ja takertui kallioon kiinni. Mutta samassa hän sai päähänsä niin kovan nuijan iskun, että kaatui. Vasta nyt saarelaiset saivat hänen ruumiinsa maalle raahatuksi ja raivoissaan toinen toisensa jälkeen lävistivät sen puukollaan. Ruumis jäi sitten joksikin aikaa kalliolle, ehkä ammunnan vuoksi, jonka merimiehet veneistään aloittivat, ja se olisi ehkä voitu laivaan pelastaa, ellei hätäännys olisi ollut niin suuri, etteivät merimiehet uskaltaneet sitä yrittää. Yhdessä kaatuneitten merisotamiesten ruumiitten kanssa se hakattiin palasiksi ja palaset jaettiin päälliköitten kesken. Osa niistä sotamiehistä, jotka olivat olleet kapteenin keralla, pelastui uimalla veneihin.
Myöhemmin englantilaiset lähtivät laivoista maihin suuremmalla voimalla ja polttivat kostoksi Kakuan kylän. Tämä ehkä vaikutti sen, että saarelaiset sitten mielellään suostuivat rauhaan ja toivat Cookin ruumiista takaisin ne tähteet, mitä siitä vielä oli jäljellä. Laivavenettä, jonka vuoksi tämä melske oli syntynyt, ei sitävastoin enää saatu takaisin. Varkaat olivat sen pirstanneet ottaakseen irti naulat, joista he tekivät ongenkoukkuja.
Helmikuun 22 p. James Cookin maalliset jäännökset suurin juhlallisuuksin haudattiin.
Siten sai surullisen lopun mies, jota Albionin merenkulkijakansa pitää etevimpänä purjehtijanaan. Retkikunnan joka miehelle se oli syvä surun aihe, sillä James Cook nautti kaikkien kunnioitusta hyväntahtoisen huolenpitonsa vuoksi halvimmankin merimiehen terveydestä ja menestyksestä.
Kapteeni Clerke purjehti nyt Kamtshatkaan, valmistellakseen siellä seuraavana kesänä tehtävää uutta Jäämeren-matkaa. Heinäkuun alussa saavuttiin uudelleen Beringin salmeen, mutta heti sen pohjoispuolella tavattiin jälleen jäitä, joiden läpi oli mahdoton tunkeutua kauaksikaan pohjoista kohti. Ei ollut muuta neuvoa kuin kääntyä paluumatkalle, mutta kapteeni Clerke ei ennättänyt Petropavlovskia kauemmaksi, ennenkuin hän keuhkotautiin kuoli. Kapteeni Gore kuljetti retkikunnan Hyväntoivonniemen ympäri kotimaahan. Tosin oli syttynyt sota toiselta puolen Englannin, toiselta puolen Ranskan, Espanjan ja kapinaan nousseitten amerikkalaisten siirtokuntain välillä, mutta kunnioituksesta James Cookia kohtaan olivat asianomaisten valtain hallitukset kieltäneet häiritsemästä retkikuntaa sen paluumatkalla, ja niin saapuivat »Resolution» ja »Diseovery» lokakuussa 1780, neljä vuotta poissa oltuaan, häiritsemättä kotimaahansa.
Muita retkiä Tyynelle merelle.
James Cookin löytöretkien suurenmoiset tulokset kiinnittivät kaikkien huomion Tyyneen mereen ja jo muutaman vuoden kuluttua kuulun englantilaisen purjehtijan kuolemasta varustettiin sinne ranskalainen retkikunta jatkamaan työtä. Retkikunnan johto uskottiin François Galaup de la Pérouselle, etevälle upseerille, joka oli kunnostautunut monessa tappelussa. Hän oli v. 1782 johtanut rohkeata retkeä Hudson-lahteen, tunkeutunut läpi sumujen ja jäiden lahden etelärannalle ja hävittänyt siellä olevat brittiläiset kauppa-asemat, mutta voittonsa jälkeen kohdellut voitettuja inhimillisyydellä, joka herätti yleistä myötätuntoa. Hänelle annettiin nyt kaksi fregattia, »Boussole» ja »Astrolabe»— alusten nimetkin osoittivat retkikunnan tieteellistä tarkoitusta — ja mukaan useita tiedemiehiä. Matkan määränä oli Tyynen meren pohjoisosa, jossa Cookin retkestä huolimatta vielä oli paljon tehtävää.
La Pérouse. »Boussole» (kompassi) ja »Astrolabe» lähtivät Brestistä elokuun 1 p. 1785 ja purjehtivat seuraavan vuoden alussa Kap Hoornin ympäri, poikkesivat Chilessä ja Pääsiäissaarella ja suuntasivat sitten Sandwichin saaria kohti. Toukokuussa 1786 nähtiin Hawaiji, mutta tässä saaristossa ei kauan viivytty, vaan kun oli saatu vereksiä ruokavaroja, purjehdittiin edelleen Amerikan rantaa kohti, joka tavattiin Elias- vuoren kohdalta. La Pérouse seurasi rantaa kaakkoa kohti satamaa etsien ja löysikin joka puolelta maan sulkeman lahdelman, joka sai nimeksi Port des Français. Maanasukkaat, joiden kanssa tehtiin vähän kauppaa, olivat köyhiä, eikä heidän maansa ollut paljoa parempi, joku verta ruokavaroja kuitenkin saatiin. Matkaan hankittaessa sattui ensimmäinen tapaturma; kolmesta veneestä, jotka oli lähetetty väylää merkitsemään, kaksi joutui kiivaaseen virtaukseen ja hyökyaalloissa täyttyi ja kaikki niissä olevat saivat aalloissa hautansa.
La Pérouse seurasi rantaa etelää kohti ja sai selville, että se ei ollutkaan mannerrantaa, vaan saaristoa, jonka takana vasta oli mannerranta. Jonkun maan sisään poikkeavan salmen hän osaksi tutkikin, mutta ei kuitenkaan joutanut perusteellista kartoitusta suorittamaan, vaan jatkoi matkaa etelää kohti aina Californian Monterey-lahteen saakka.
Viivyttyään jonkun aikaa Montereyssa La Pérouse purjehti Kiinaan Sandwich-saariston pohjoispuolitse, töin tuskin välttäen haaksirikon eräällä särkällä. Käytyään Macaossa tammikuussa 1787 hän purjehti Filippiineille ja Manilassa korjautti aluksensa. Sen tehtyään hän suuntasi Japanin ja Kamtshatkan väliselle rannikolle, ohjeittensa mukaan sitä tutkimaan. Siellä oli varsinkin selvittämättä Jesson ja Sahalinin suhde ja saatava varmuus siitä, oliko Sahalin saari vaiko mannerta. La Pérouse purjehti ristiin rastiin Japanin meren ja seurasi sitten Mandshurian rantaa pohjoista kohti, kunnes saapui Sahalinin ja manteren väliseen salmeen, jonka läpi vedenalainen särkkä esti pääsemästä. Kääntyen uudelleen etelää kohti hän sitten löysi salmen, joka erottaa Sahalinin Jessosta ja joka on hänestä saanut nimensä; tämä löytö epäämättömästi todisti, että Sahalin ja Jesso olivat eri saaria. Salmesta hän purjehti Kurileille ja edelleen Kamtshatkaan, jossa vihdoin saatiin kauan kaivatut tiedot kotimaasta ja viesti, että La Pérouse oli ylennetty amiraaliksi. Hän lähetti Petropavlovskista Lessepsin viemään viestejään Siperian kautta kotimaahan Ranskaan, ja Lesseps onnellisesti suorittikin tämän siihen aikaan sangen vastuksellisen matkan.