Kuninkaan ja parlamentin väli oli nyt sangen hyvä, mutta sitä ei kovin pitkälle riittänyt. Kuningas oli näennäisesti, asiain pakosta, taipunut parlamentin tahtoa noudattamaan, mutta salassa hän teki Franskan ja Espanjan kanssa sopimuksia, joitten tarkoituksena oli kuninkaan vallan yhä suurempi riippumattomuus parlamentista ja katolisen uskon yhä laajempi valtaan pääseminen Englannissa. Parlamentti myönsi varoja kuninkaan onnistumattomia sotaretkiä varten, mutta alkoi vähitellen kyllästyä niihin. Samaan aikaan rupesi liikkumaan huhuja kuninkaan salaisista aikeista. Ne paljastuivatkin indulgensi-julistuksessa (1672), joka päästi katolisten kädet vapaiksi. Kuninkaan täytyi peruuttaa se ja lisäksi vahvistaa n.s. valalaki, jonka mukaan sota- ja siviliviroissa ei suvaittu ketään muita kuin valtiokirkon opin tunnustajia. Kuninkaan ja häntä kannatelleen parlamentin välillä näin puhjennut eripuraisuus ei päässytkään enää tasoittumaan, vaan päin vastoin kiihtyi kiihtymistänsä, kuningas kun yhä vehkeili parlamentin seljän takana. Ruvettiin vainuamaan suurta, paavilaismielistä salaliittoa. Kuninkaan veli oli julkisesti kääntynyt katolin-uskoon, ja kun sitten äkkiä levisi huhu, perätön tosin, että paavilaiset aikovat sytyttää tuleen koko Lontoon kaupungin, surmata yhtenä päivänä kaikki protestantit, ja että franskalainen sotajoukko piakkoin hyökkää maahan ja saattaa koko kuningaskunnan katolisuuden ikeen alle, silloin kansa tarttui aseisin ja pakotti kuninkaan ajamaan kaikki katoliset Lontoosta. Kun parlamentti vihdoin meni liian pitkälle, vaatien, että lailliselta perintöruhtinaalta, Jaakolta, kiellettäisiin perimys-oikeus kruunuun, niin kuningas hajoitti parlamentin v. 1679.
Jonkun ajan perästä alkoi parlamentissa uusia virtauksia päästä vallalle. Kuningasmielinen tory-puolue sai johdon. Samalla kasvoi vaino ja sorto dissentereitä kohtaan. Vastustuspuolueessa syntyi salaliitto kuninkaan henkeä vastaan, mutta saatiin ilmi, ja siitä päinvastoin puolue itse sai surman-iskunsa.
Kaarlo II kuoli 1685 ja hänen veljensä Jaakko II nousi valta-istuimelle, lujempana vallassa kuin veljensä konsanaan oli ollut. Mutta Jaakko II oli katolinen. Hänen lyhyt hallitus-aikansa alkoi jo lyödä katolisuuden leimaa kaikkialle. Taistelu virisi entistä kiivaammaksi, kunnes kuuluisa vallankumous (marraskuuta 1688 helmikuuhun 1689) teki siitä lopun, ja Wilhelm, Oranian prinssi, nousi maalle Lontoossa.
Mutta missä oli tällä välin ollut ystävämme John Bunyan?
Hän oli istunut vankeudessa 12 ajast'aikaa.
Hän, tuo aikaisimmasta lapsuudestaan sisällisiä taisteluita kestänyt, ulkonaisten levottomuuksien pyörteessä liikkunut ja niitten karkaisema mies, ei ollut vielä kovaa kouluansa loppuun käynyt. Pyörre oli viskaava hänet uusiin oloihin. Niissä hänen loppumaton mielikuvituksensa, kaukana ulkopuolisista myrskyistä, oli veistävä marmoriin kuvia, joita ei ajankaan hammas murenna.
Hän punoo hesunyöriä, hän istuu sokean tyttärensä kanssa vankihuoneen ovella, myöskennellen punoksiansa. Siten hän elättää perhettänsä. Ja yksin ollessaan hän kirjoittelee.
Toukokuussa 1660 oli Bunyan yhtä vilpittömästi kuin kukaan toinenkaan riemuinnut Kaarlo II:n maahantulosta. Mutta jo silloin oli kuulunut myrskyn ensimmäisiä möyreitä. Jo ennen kuninkaan tuloa olivat episkopaaliset osoittaneet suurta uskon-intoaan, sen vainoamalla kväkareita ja nonconformisteja. Lahkolaisia oli riistetty vuoteiltansa vankihuoneisin ja pantu syytöksen-alaisiksi piirioikeuksien edessä.
Tämä sorto ei suinkaan; vähentynyt, kuninkaan otettua hallituksen ohjat käsiinsä. Hartauskokouksia ruvettiin pitämään silmällä ja vainoamaan. Mutta siitä huolimatta pidettiin kaikkialla uskonnollisia yksityiskokouksia, usein öiseenkin aikaan ja syrjäisissä seuduin. Bunyankaan ei lakannut julistamasta evankeliumia Bedfordin läheisyydessä. Varovainen piti kumminkin olla, ja joskus täytyi hänen valepuvussakin vaeltaa toimituspaikkaansa.
Jonkin aikaa sai Bunyan ystävineen vältetyksi polisin vaanimiset. Seurakunta kokoontui salaisesti milloin kaukaisilla seuduilla, milloin ladoissa, milloin navetoissa. Hän itse ei laiminlyönyt tilaisuutta, lohduttaakseen ystäviänsä ja kehoittaakseen heitä kestävyyteen ja Jumalaan luottamaan. Mutta vihdoin muuan kurja raukka ilmaisi hänet polisille, ja hän vangittiin 12 p. marraskuuta 1660.