Tilaisuus viimeksimainittuun työhön tarjoutui hänelle pikemmin, kuin oli voinut aavistaakaan. Vesilahdella oli vanhain kansannaisten huulilla säilynyt Laukon kartanoon liittyvä runomittainen tarina Klaus Kurjesta ja Elina rouvasta, joka kaikista yksityisistä kansanrunoistamme on kieltämättä mahtavin ja suurenmoisin. Tämän yhdessä muutamien muitten laulujen kanssa on Lönnrot kirjoittanut muistiin mahdollisesti jo ensimmäistä kesää Laukossa viettäessään, ja kerrotaan hänen saaneen jokaisesta löytämästään uudesta runosta ylimääräisen kupillisen kahvia rouva Törngren'iltä.
Professori Törngren'in perheessä oli hänen myös tilaisuus persoonallisesti tutustua Reinhold von Becker'iin, jonka esimiehyydellä hän sittemmin julkaisi maisteriväitöksensä: De Väinämöine, priscorum Fennorum numine (Väinämöisestä, Muinais-Suomalaisten jumalasta). Aiheen tähän väitökseen antoi hänelle Becker'in v. 1820 Turun Viikkosanomissa julkaisema kirjoitus Väinämöisestä, joka suorasanaisen selityksen ohessa sisältää ensimmäisen yrityksen panna kokoon Väinämöistä esittäviä runoja jonkullaiseen historialliseen järjestykseen. Lönnrot'in väitöksestä on valitettavasti säilynyt ainoasti edellinen keväällä 1827 ilmestynyt osa, jälkimmäinen, jo valmiiksi painettu, hävisi Turun palossa.
Tulipalon tuottama vahinko tuli kuitenkin tässä kohden täysin korvatuksi sen kautta, että se esti Lönnrot'ia välittömästi jatkamasta lukujaan yliopistossa, joka oli määrätty siirrettäväksi Helsinkiin. Väliajan hän, näet, päätti käyttää pitempään matkaan, nähdäkseen isänmaataan vähän avarammalta, tutustuaksensa kansankieleen eri paikoissa ja ennen kaikkea kootakseen kansanrunoutta. Aikomus oli hänen matkustaa kautta Hämeen, Savon ja Suomen Karjalan Vienan lääniin asti, jonne Topelius'en keräämät runot olivat hänelle viitanneet tien, ja palata takaisin Pohjanmaan kautta. Tätä tarkoitusta varten oli hän vähistä varoistaan säästänyt 100 ruplaa paperirahaa, ja siksi että ne riittäisivät, oli hän tehnyt päätöksen suorittaa matkansa jalan. Sen mukaisesti oli hän myös pukeutunut, josta syystä hänelle usein sattui hupaisia seikkailuja. Liikkeelle hän läksi kotoansa 29 p. Huhtik. 1828, vaeltain Hämeenlinnan, Heinolan, Mikkelin ja Savonlinnan kautta Karjalan puolelle Kesälahdelle, jossa tapasi paraan laulajan koko matkalla, nimittäin Juhana Kainulaisen Humuvaaran kylässä. Mainitun miehen runoista on muudan Lemminkäisen kosintaa ja kuolemaa esittävä, ainoa laatuaan, Kalevalan kokoonpanoon tuntuvasti vaikuttanut. Kesälahdelta Lönnrot kulki Kiteen pitäjän kautta Tohmajärvelle, josta muuttaen alkuperäistä suunnitelmaansa pistäysi Sortavalaa ja Valamoa katsomassa, ja jatkoi sitten matkaansa Ilomantsiin, jossa sai taas runsaasti runoja. Vielä runsaammin hän olisi niitä saanut, joll'ei olisi Sortavalasta palannut aivan samaa tietä, vaan kulkenut Salmin kihlakunnan kautta. Mutta erehdyttävä huomio runojen vähenemisestä Laatokan puolella sekä tieto, ett'ei Aunuksen läänissä juuri ollenkaan osattaisi runoja, vaikuttivat sen, ett'ei hän Sortavalasta enää kääntynyt itäänpäin. Näin ollen mainittu poikkeus sai ainoasti sen aikaan, ett'ei hän ennättänyt pohjoisemmaksi Nurmeksen pitäjää Pielisjärven päässä ja että hänen matkansa alkuperäinen määrä, Vienan Karjala, jäi saavuttamatta. Paluumatka kävi verrattain nopeasti Kuopion, Jyväskylän ja Tampereen kautta Laukkoon, jonne hän saapui 4 päivänä Syyskuuta. Rautalammilla, jossa tutustui Paavo Korhoseen ja Pentti Lyytiseen, hän kuitenkin viipyi jonkun aikaa.
Tämän viidettä kuukautta kestäneen matkan saaliita rupesi Lönnrot julkaisemaan Kantele-nimisissä vihkosissa, niinkuin on mainittu, pääasiallisesti noudattaen Topelius'en julkaisutapaa. Mutta hän menetteli vielä paljoa vapaammin yhdistellessään runojen toisintoja ja tasoitellessaan niiden kieltä. Jo paluumatkallaan, kertoo hän itse eräässä kirjeessä,[140] oli hän kestikievareissa ja muissa levähdyspaikoissa järjestellyt runsaita runokokoelmiaan, voidakseen ne Helsinkiin saavuttuansa jättää painoon; mutta muut puuhat ja niiden lisäksi näiden runojen uudestaan toimittaminen, joka etenkin oikeinkirjoitukseen nähden oli tuntunut hänestä tarpeelliselta, olivat viivyttäneet painatusta. Seuraavana vuonna 1829, arvostellessaan Topelius'en siihen asti ilmestyneitä vihkosia Helsingfors Tidningar'eissa, Lönnrot muun muassa lausuu: "Näitä kansan runoja tulee meidän pitää pyhänä perintönä, jonka yhdessä kanteleen kanssa olemme saaneet esi-isiltämme; siltä kannalta katsoen tulee meidän, mikäli mahdollista, laittaa ne yleistajuisiksi, koko kansan luettaviksi". Ja Kanteleen ensi osan esipuheessa hän selittää: "Aikomukseni näiden suomalaisten runoin julkaisemisella on kahtalainen: ensiksi soisin, että yhteinen kansa, nähtyänsä heidän runonsa olevan suuremmasta arvosta, kuin he ite niitä ovat tottuneet pitämään, ei enää kuin tähän asti on tapahtumia, heittäisi niitä, tai vaihettaisi Ruotille murtaviin lauluin; toiseksi toivoisin niistä ei ainoastansa jotain voittoa ja etua Suomen kielelle, vaan myöskin jonkunlaista tiedonlisäntöä esivanhempaimme menneistä ajoista, joidenka muisto aina on meille rakas ja huvittava, samalla tavalla kuin miehelle lapsuutensa muistot ovat rakkaat ja ihanat". Näistä lausunnoista voi selvästi huomata sisimmän syyn Lönnrot'in vapaampaan menettelyyn. Mitä hän julkaisi ei ollut aijottu koskemattomaksi muinaismuistoksi yksistään oppineitten ihailua varten, vaan ensisijassa kansankirjaksi ja perustukseksi kansalliselle tulevaisuudelle.
Kanteleen ensimmäiset kaksi vihkoa ilmestyivät v. 1829, kolmas 1830 ja neljäs 1831, kaikki hänen omalla kustannuksellaan aikana, jolloin hänellä oli kiireisiä lukuja ja karttuvia velkoja. Viidennen, valmiiksi toimitetun, vaan painamatta jääneen Kanteleen-osan esipuheessa, joka on kirjoitettu 20 p. Huhtik. 1831, hän lausuu ikään kuin puolustautuakseen: "Moni ehkä päättää minun sopimattomasti käyttäivän ja muistamata omaa parastani, kun sillä lailla kulutan aikani ja vähät varani turhiin runoin etsinnässä ja niiden präntättämisessä; muutamat ovat sitä edessänikin soimanneet. Saattaa niin olla muka; — toisinansa olen itekkin miettinyt luopua työstä, josta ei ole muuta kuin vaiva ja kulutus. — — Mutta vaikea on luopua luonnostansa ja luovuttuakin palajamme usein, mihen luonto vaatii".
Samassa esipuheessa ilmoittaa hän lujan päätöksensä uudelleen koettaa päästä venäjänkarjalaisten laukkukauppiasten kotimaahan, joiden lauluun itsekin oli sillä välin kerran Laukossa saanut tutustua. Lopulla Toukokuuta v. 1831 läksi Lönnrot Helsingistä Rautalammin, Pielaveden ja Iisalmen kautta Kajaanin kihlakuntaan. Pitkin koko matkaa vaivasi häntä kova vilutauti, niin ett'ei voinut kirjoittaa enempää kuin muutaman rivin kerrallaan. Lisäksi heikonsi hänen voimiaan soveliaan ravinnon puute sydänmaissa, joissa hän vaelsi. Kulkiessaan Kuhmoniemen kirkolta Suomussalmen puolelle ei hän kolmeen päivään saanut syödä muuta kuin pettuleipää maidon kanssa. Kaikesta huolimatta oli hän kuitenkin jo ehtinyt lähelle Kuusamon pitäjää ja oli juuri astumaisillaan yli rajan, kuin hänelle tuli odottamaton este. Hänet saavutti, näet, lääkintöhallituksen käsky tulla viipymättä takaisin Helsinkiin vastustamaan sillä välin maahamme ilmautunutta koleeraruttoa. Lönnrot totteli ja palasi Iisalmen ja Kuopion kautta Helsinkiin, jonne saapui 22 p. Elokuuta.
Määrättynä koleeralääkäriksi Helsingin sairashuoneesen ja koleerantarkastajaksi Porvoon, Sipoon, Nurmijärven, Hämeenlinnan sekä Sääksmäen alueilla, ryhtyi Lönnrot pelottomasti taistelemaan tautia vastaan, joka viimein häneen itseensäkin tarttui ja piti pari päivää elämän ja kuoleman vaiheilla, Keskipalkoilla Lokakuuta kirjoittaa hän, että rutto oli lakannut, ja 20 p. Marraskuuta tapaamme hänet taas muistiinpanemassa runoja Sääksmäellä kuuluisassa Ritvalan kylässä, jossa jo Gottlund seitsemän vuotta aikaisemmin oli käynyt.
Matkaa Venäjän Karjalaan ei hän myöskään heittänyt mielestään. Lääketieteelliset tutkinnot suoritettuaan ja julkaistuaan tohtorinväitöksensä Om Finnarnes magiska medicin (Suomalaisten parantamisista loitsimisen kautta) läksi hän 13 p. Heinäk. 1832 Laukosta Tampereen, Jyväskylän ja Kuopion kautta Nurmekseen, josta meni yli rajan Repolan puolelle ja pitkin rajaa pohjoiseen päin Akonlahteen asti. Edemmäksi hän ei tällä kertaa ajan vähyyden tähden ennättänyt, vaan sai kiiruhtaa Kuhmoniemen, Kajaanin ja Kuopion kautta Helsinkiin, jossa hänen kolmas matkansa päättyi 17 p. Syyskuuta.
Piirilääkärin viran Kajaanissa, syrjäisimmän koko maassamme, oli Lönnrot ottanut vastaan siinä toivossa, että sieltä käsin olisi paraiten tilaisuudessa jatkamaan matkustuksiansa Vienan lääniin. Alussa kuitenkin, niinkuin on mainittu, oli hänellä työtä yli inhimillisten voimien niiden kulkutautien ehkäisemisessä, joita näillä seuduin vallitseva hirveä nälänhätä oli synnyttänyt. Siinä taistelussa myös hänen oma terveytensä murtui. Viisi viikkoa hän sai maata heikkona sairaana, ja yleisesti oli jo levinnyt huhu hänen kuolemastansa. Ikään kuin muistoksi tästä kovan kokemuksen ajasta hän sitten seuraavana vuonna julkaisi Gustava Schartau'n Hyväntahtoisia neuvoja katovuosina suomennettuina ja lisättyinä 1834.
Mutta vielä samana vuonna, 8 p. Syysk. 1833, oli hän lähtenyt neljännelle matkalleen, jonka suuntasi Kajaanista Suomussalmen kautta Vuokkiniemeen Vienan läänissä, käyden tämän pitäjän pohjoisimmassa kylässä Vuonnisessa asti. Viimeksimainitussa paikassa tapasi hän etevän runolaulajan Ontrei Malisen ja toisen nimeltä Vaassila Kieleväisen. Tämä jälkimmäinen osasi kertoa, vaikk'ei itse runoja enää tarkoin muistanut, Väinämöisestä ja muista tarullisista henkilöistä yhtä ja toista semmoista, jota ei Lönnrot ennestään tiennyt; kun taas sattui, että hän oli unohtanut jotain, joka Lönnrot'ille oli tunnettua, niin tämä häntä siitä muistutteli ja sai häneltä siten kaikki Väinämöisen urostyöt yhdessä järjestyksessä. Takaisin Kajaaniin palasi Lönnrot 24 p. Syyskuuta.