Varojen puutteessa täytyi hänen jo vuoden päästä jättää tämä koulu ja palata kotiin, jossa isän ja veljen johdolla jatkoi räätälin-oppiaan. Mutta kaikki loma-ajat käytti hän lukuihinsa ja etsi sitä varten lymypaikkoja vanhan tapansa mukaan, ett'ei herättäisi toisten huomiota. V. 1815, kaksi vuotta poissa oltuaan, pääsi hän uudelleen kouluun, tällä kertaa Turkuun. Sinne vei hänet sama vanhin veli, jonka ainaiseksi ansioksi on luettava, että hän yleensä tuli opin tielle, ja joka hänelle sitten pitkin matkaa vähistä varoistaan perheellisenä miehenä antoi tuntuvaa apua. Unohtua ei myöskään saa tämän vaimo Stiina Liisa, syntyisin Björklund ruotsinkielisestä Tenholan pitäjästä, joka tosin saattoi torua miestään liiallisesta anteliaisuudesta veljeä kohtaan, vaan tarpeen tullessa itse pani pantiksi oman vihkimäsormuksensa saadakseen irti rahoja Eliaksen lukuihin.
Turussa oli Lönnrot vähällä saada repposet pääsytutkinnossa puutteellisen ruotsinkielen-taitonsa tähden, joka mainitulla väliajalla luonnollisesti ei ollut voinut edistyä. "Saat matkustaa kotiisi samaa tietä, kuin tulitkin veljesi kanssa, joll'et vastaa ruotsiksi", oli koulun rehtori jo uhkaillut, mutta lopulta kuitenkin ottanut hänet vastaan. Tätä koulua käydessään oli Lönnrot'illa yhtäläiset aineelliset vaikeudet voitettavana. Omia koulukirjojakaan ei hänellä ollut, vaan luki hän tovereinsa kirjoista, kun nämät ruokailivat tai muuten eivät niitä tarvinneet, istuen nöyrästi heidän asuntonsa portailla. Siitä huolimatta pääsi hän pian toisten tasalle, jopa edelle, varsinkin latinankielessä.
Mutta tätäkin koulua sai hän käydä ainoasti kolme vuotta. Hänen täytyi jälleen jäädä kotiin ja ryhtyä neulaan käsiksi, elättääkseen itseään. Rakkaita opintojaan ei hänen kuitenkaan tarvinnut kokonaan jättää. Opettajaksi hänelle tarjoutui kappalaisen-apulainen Juhana Lönnqvist, joka oli saanut tietää hänen opinhalustaan; tämän johdolla hän muun muassa harjoitteli algebraa. Saman apulaisen kehoituksesta kävi hän sitten vanhalla teinein tavalla keräilemässä apuvaroja sekä omasta että naapuripitäjistä, ja saatuansa sillä tavoin kuusi viljatynnöriä kokoon, läksi hän keväällä 1820 Porvoon kymnaasiin, jonne mainittu opettaja vei hänet omalla hevosellaan. Vaan siellä hän ei ollut opiskellut monta viikkoakaan, kun taas tuli uusi käänne hänen elämänsä uralla.
Koulun rehtorille oli, näet, saapunut Hämeenlinnan apteekkarilta, Lauri Juhana Bjugg'ilta, kirje, jossa tämä tiedusteli, eikö oppilaissa olisi ketään, jota haluttaisi tulla apteekki-oppiin hänen luokseen. Lönnrot oli heti kohta valmis tulemaan, ja apteekkari, joka ei hänestä muuta kuin hyvää saanut kuulla, otti hänet mielellään. Apteekissa oli Lönnrot'illa runsaasti työtä, ja hyvin ahkera hän oli toimessaan. Mutta harvoja lomahetkiään käytti hän vielä ahkerammin tietojensa kartuttamiseen. Hän lueskeli nyt latinaa, kreikkaa, algebraa ja kasvioppia; varmistuakseen ensiksimainitussa kielessä hän luki H. Sjögren'in koko paksun latinais-ruotsalaisen sanakirjan ulkomuistiin. Luonnollista kuitenkin oli, ett'ei tämmöinen omin päin lukeminen ollut koulussa oppimisen veroista, ja hän sen hyvin tunsikin. Siitä syystä hän teki tuttavuutta Hämeenlinnan koulun oppilaitten kanssa ja koetti lukea rinnan heidän kanssaan. Mutta tuskin siitäkään luvusta olisi ollut toivottuja tuloksia, joll'ei koulun rehtori, Henrik Långström, olisi koulupoikien kautta saanut vihiä tuosta merkillisestä apteekkioppilaasta ja ruvennut häntä yksityisesti opettamaan tunnin viikossa.
Lönnrot oli ollut apteekissa jo alun kolmatta vuotta, kun eräänä päivänä piirilääkäri Eerik Juhana Sabelli, joka oli apteekkarin lanko ja asui saman rakennuksen yläkerrassa, alkoi huvin vuoksi puhutella tämän oppilaita latinaksi. Muut pojat sitä mongersivat aivan pahanpäiväisesti, mutta Lönnrot vastasi lääkärille sujuvalla ja selvällä latinankielellä. Tämä kummastuneena rupesi hänen tietojansa tarkemmin tutkimaan ja huomattuaan, mikä kelpo taimi tässä oli surkastumaisillaan, toimitti hänet yksissä neuvoin Långström'in kanssa vapaaksi apteekki-opista, johon hän oli sitoutunut kuudeksi vuodeksi, sekä auttoi häntä rahalainalla yliopistoon. Matkarahoiksi lainasi hänelle vielä kauppapalvelija Juhana Vilhelm Lucander 40 riksiä sanoilla: "ei sinun huoli pelätä, että minä karhuan; maksa, milloin voit". Tuskin tarvinnee lisätä, että Lönnrot omintakeiseen asemaan päästyänsä tunnollisesti suoritti nämät luottovelat. Omaistensa avusta hän osoitti kiitollisuuttaan kautta koko elämänsä mitä kauneimmalla tavalla.
Yliopiston kirjoihin piirsi Elias Lönnrot nimensä 10 p. Lokak. 1822. Omituiseksi sattumukseksi voi katsoa, että samalla viikolla 5 päivänä myös Runeberg ja Snellman olivat tulleet ylioppilaiksi. Mutta sitä voimaa, joka nämät kolme Suomen suurinta miestä yht'-aikaa on tuonut esiin kansastamme, emme saa pitää pelkkänä sattumuksena; se oli sallimusta. Siinä selvästi näkyy Jumalan kaikkivaltias ja armollinen käsi, joka pienistäkin ja halveksituista kansoista pitää isällistä huolta; siinä ilmoittautuu Hänen tahtonsa, ett'ei tämä vähäinen Suomen kansa ole hukkuva, vaan elävä ja työskentelevä koko ihmiskunnan hyväksi.
Vähällä oli vaan niin käydä, ett'ei Lönnrot'ia olisi otettu vastaan siihen ylioppilas-osakuntaan, mihin hän syntymäpaikan oikeudella pyrki, nimittäin uusmaalaiseen, joka nykyisin viettää vuosijuhlansa hänen syntymäpäivänään ja Agricolan kuolinpäivänä. Syyksi estelemiseen tuotiin esiin se, että hän Turussa koulupoikana ollessaan oli jonkun aikaa toimittanut muutaman osakunnan vahtimestarin eli n.k. kansakuntapojan tehtäviä. Vasta sitten kun osakunnan inspehtori, lääketieteen professori Juhana Agapetus Törngren, oli selittänyt mitenkä vähän arvossa pidettyjä toimia nekin olivat, joilla apostolit aikoinaan olivat henkeään elättäneet, päätettiin suostua Lönnrot'in pyyntöön.
Nyt ei hänen opintojensa jatkumiselle ollut muuta estettä, kuin ainainen varojen puute. Tällä kertaa kuitenkin suosi onni Lönnrot'ia. Professori Törngren, joka oli mieltynyt nuorukaiseen, hankki hänelle kesällä 1823 kotiopettajan paikan Eurassa ja uskoi hänelle sitten samallaisen tehtävän pitemmäksi aikaa omassa kodissaan. Paitsi toimeentulon puolesta huoletonta oloa, kesäisin Laukon kartanossa Vesilahdella ja talvisin ensin Turussa, sitten Helsingissä, tuotti jokapäiväinen seurustelu hienosti sivistyneessä perheessä arvaamattoman edun Lönnrot'in henkiselle kehitykselle. V. 1827 hän suoritti filosofian kandidaatti-tutkinnon, ottamatta osaa samana vuonna vietettyihin maisterinvihkijäisiin, ja rupesi sen jälkeen lukemaan lääketiedettä; sille uralle nähtävästi apteekissa olo, Sabelli'n ja Törngren'in tuttavuus ynnä kuuluisan Israel Hwasser'in luennot olivat saaneet hänet viehättymään. Lääketieteen kandidaatiksi hän pääsi 1830, lisensiaatiksi 1832, määrättiin vielä samana vuonna virkaatekeväksi piirilääkäriksi Kajaaniin, johon seuraavana vuonna vakinaisesti nimitettiin. Mutta tämä kaikki oli hänelle ainoasti leipälukua, hänen varsinaisilla harrastuksillaan oli aikoja sitten aivan toinen suunta.
Niinkuin on mainittu, sai Lönnrot ensimmäisen herätyksensä jo apteekissa ollessaan. Siellä hän lueskeli Becker'in toimittamia Turun Viikkosanomia, joissa suomenkieli virtasi ennen tuntemattomalla puhtaudella, ja lauleskeli Juteinin lauluja, joissa hänen halpana pidetty äidinkielensä osoitti kykenevänsä korkeampainkin tunteitten kannattajaksi. Vaan varsinkin hän ihmettyi ja ihastui Topelius'en painattamista vanhoista suomalaisista runoista, joita ensimmäinen vihko tuli ilmi samana syksynä, jolloin hän pääsi ylioppilaaksi. Näiden vaikutusten johdosta hänkin päätti omistaa elämänsä suomenkielen tutkimiseen ja viljelemiseen sekä yli kaiken kansamme vanhain runoaarteitten kokoilemiseen.