Voiton jälkeen joukot samosivat Frankenhauseniin. Maakreivi Filip itse kirjottaa seuraavana päivänä, että "kaikki miehenpuoli, mitä löydettiin, surmattiin ja kaupunki hävitettiin".
Münzer oli pakenevien talonpoikien mukana tullut kaupunkiin, ja kun vihollisen ratsumiehet olivat heidän kintereillään, riensi hän lähimpään taloon, sitoi päänsä ja meni sänkyyn ikäänkuin olisi ollut sairas. Mutta hänen viekkautensa ei onnistunut. Eräs keihäsmies huomasi, kuka hän oli, muutaman laukun sisällyksestä. Hänet otettiin heti kiinni ja vietiin Hessenin maakreivin ja Yrjö-herttuan eteen.
"Kun hän saapui ruhtinasten luo, niin he kysyivät, miksi hän niin oli johtanut harhaan nuo ihmisraukat. Hän vastasi uhmamielisesti, että hän oli tehnyt oikein siinä, mitä hän oli puuhannut ruhtinasten rankaisemiseksi". Tosiaankin rohkea vastaus. Melanchton, joka asiasta kertoo, unohtaa hetkeksi, että hän muuten aina tahtoo kuvata Münzeriä pelkuriksi.
Ruhtinaat panettivat hänet heti piinapenkkiin ja nauttivat hänen tuskistaan ja lahjottivat hänet "vaihtorahana" Mansfeldin kreiville Ernstille. "Jos häntä ennen 'pahasti rääkättiin', niin häntä nyt sen sijaan muutaman päivän perästä 'hirmuisesti kohdeltiin' Heldrungenin tornissa", kertoo Zimmermann.
Silloin hänet pakotettiin tekemään ne tunnustukset, joiden pöytäkirjaa me jo monta kertaa olemme maininneet. Hän ei peruuttanut mitään eikä ilmaissut salaisesta seurastaan sellaista, joka olisi vahingoittanut jotakuta. Niistä jäsenistä, jotka hän nimitti, ei mainita ketään mestatuksi. Luultavasti hän antoi ilmi ainoastaan sellaisia, jotka jo olivat kaatuneet.
Frankenhausenin tappelu taittoi selkärangan thüringeniläiseltä liikkeeltä. Ruhtinailla oli enään vain verisesti kostettavana, ja sen he tekivätkin perinpohjaisesti.
Mansfeldin vuorimiehet jätettiin aluksi rauhaan. Oltiin iloisia, että he pysyivät rauhallisina. Vasta vuosi sen jälkeen ruvettiin "heitä kovasti painamaan työllä", ja kun he ryhtyivät vastustamaan, lähetettiin sotaväkeä sinne, joka "rauhotti" heidät. Heiltä riistettiin kaikki kokoontumis- ja puhevapaus. Pahemmin sai Mülhausen kärsiä siitä, että se ratkaisevassa hetkessä petti kapinan. Ruhtinaat riensivät Frankenhausenista suoraan Mülhausenia vastaan. Kaupunki pyysi turhaan Frankenin talonpojilta apua. Kaupungin kapinalliset pikkuporvarit alkoivat pelätä, kun piiritys alkoi 19 p:nä toukok. Jo 24 p:nä Pfeiffer huomasi, että kaikki oli mennyttä, ja pakeni kaupungista 400 miestä mukanaan koettaen päästä Frankeniin. Mutta ruhtinasten ratsumiehet saivat hänet kiinni, ja hänet otettiin vangiksi, samoin 92 hänen seuralaistaan.
Seuraavana päivänä Mülhausen antautui, saaden kirjallisen armovakuutuksen. Tätä noudatettiin siten, että joukko kaupunkilaisia mestattiin ja kaupunki pantiin pakkoverolle ja kadotti itsenäisyytensä. Saksin ruhtinaat voittivat sen, mitä Mülhausenin kapinasta toivoivatkin: kaupunki joutui heidän haltuunsa. Kapinoitsijat, jotka heidät tähän auttoivat, mestattiin, sekä Pfeiffer että Münzer, joka myöskin oli tuotu Mülhauseniin.
Pfeiffer kuoli uhkamielisenä ja katumattomana, siitä ovat kaikki kertojat yksimielisiä. Mitä taas Münzeriin tulee, niin Melanchton luonnollisesti väittää, että "hän oli hyvin pikkumainen samassa viimeisessä hädässä". Todistukseksi hän mainitsee sen, ettei Münzer voinut rukoilla tuskan tähden ääneensä, vaan Braunschweigin herttuan oli täytynyt lukea hänelle uskontunnustus. Ja heti sen jälkeen Melanchton antaa pelosta sanattoman Münzerin pitää yhden noita kauniita puheita, joita tuo klassillinen kaunopuheisuudessa oppinut koulumestari niin suuresti rakasti!
Toiset samanaikuiset kertojat eivät sitävastoin tiedä mitään tästä "pikkumaisuudesta". On olemassa vain yksi ainoa todistus, joka viittaa samaan suuntaan: muuan 17 päivänä toukokuuta Heldrungenin vankilasta Mülhausenin seurakunnalle lähetetty kirje. Siinä kehotetaan "luopumaan kapinasta ja rukoilemaan ruhtinailta armoa". Varmaa on, että tämä kirje on pelkurimainen. Mutta onko se myöskin oikea? Se ilmottaa olevansa vain saneltu eikä suinkaan Münzerin kirjottama. Ja kenelle oli hyötyä siitä, että tuollainen muka Münzerin sanelema kirje tuli Mülhauseniin? Ei kellekään muille kuin ruhtinaille. Kirje oli kirjotettu 17 p:nä, ja 19 p:nä alkoi Mülhausenin piiritys. Uskottavaa on, että kirje oli ruhtinasten puolelta sotajuoni saadakseen alakuloisuuden vallalle Mülhausenissa. Sellaiset sotajuonethan olivat siihen aikaan tavallisia.