Kun hätä tuli sietämättömäksi, julistutti Johann, että se, joka ei enää tahtonut ottaa osaa taisteluun ja tahtoi jättää kaupungin, sai ilmottautua neuvoshuoneessa; neljän päivän kuluessa saisi jokainen, joka tahtoi, lähteä kaupungista. Useat käyttivät hyväkseen tätä tilaisuutta, naiset, ukot ja lapset, mutta myöskin asekelpoiset miehet. Osan tuhosi heti piispan väki, toiset heitettiin vankeuteen; sotamiehet ottivat haltuunsa nuoret naiset ja harjottivat heidän kanssansa — monimiehisyyttä, luultavasti vapauttaakseen heidät sen kautta siitä häpeästä, jonka kastajien monivaimoisuus Münsterissä oli heille tuottanut.
Useimmat jäljellejääneistä olivat päättäneet pitää puoliansa viimeisimpään hengenvetoon asti ja mieluummin kuolevansa palavan Münsterin raunioihin. Piispan leirissä tiedettiin, kuinka epätoivoinen kaupungin tila oli, että siellä oli vain varsin vähän ruutia ja että sotahaluisten lukumäärä väheni hirmuisesti. "Johann tarkasti toukok. 24 p:nä, kuinka paljon asekuntoista väkeä oli kaupungissa, ja oli sitä noin kaksisataa miestä, kuten vangitut meille ovat ilmottaneet. Muut ovat sairaita, makaavat tai hapuilevat ympäri, kaikki ovat pöhöttyneitä, heikkoja, eivätkä jaksa kulkea kauaksi ovensa edestä, niin etteivät he voi päästä pakoon sotamiehiltämme", kirjotti Frankfurtin pormestari tähän aikaan piispan leiristä.
Siitä huolimatta ei piispan väki uskaltanut tehdä hyökkäystä. Se muisti hyvin, että se taistellessaan kastajien pientä joukkoa vastaan oli menettänyt jo 6,000 miestä, ja vielä kesäkuun 8 p:nä kirjotti yllämainittu pormestari, että ellei petos tule avuksi, emme saane kaupunkia tänä kesänä valtaamme. Aivan kuin aikanaan Dolcinon joukot, olivat nyt Johann Leydeniläisen miehet niin pelättyjä, ettei kukaan uskaltanut avoimessa taistelussa karata heidän kimppuunsa, niin kauan kuin heissä oli hiukkakin vastustusvoimaa.
Kun pormestari kirjotti mainitun kirjeen, oli kuitenkin pettäjä ilmaantunut, tuo meille hyvin tuttu Gresbeck. Toukokuun 23 p:nä hän pakeni kaupungista, otettiin vangiksi ja tarjoutui silloin viemään piirittäjät sellaiselle muurin kohdalle, jota ei vartioittu, kastajilla ei ollut näet enää tarpeeksi väkeä vartiotoimeen. Gresbeckin tiedonannon vahvisti toinenkin karkulainen, Hans Eck, todeksi, mutta varovaiset piirittäjät eivät kuitenkaan uskaltaneet ryhtyä hyökkäykseen, ennenkuin kesäkuun 25 p:nä, kun kaikki sen varalta oli mitä huolellisimmin varustettu. Hyökkäys tehtiin yönaikana, hirmuisen rajuilman turvissa.
Cresbeckin johdolla tuli sotamiesten etujoukko, 200 miestä, onnellisesti vallille, lähimmät vartiat surmattiin ja portti aukaistiin. Nyt viisi- kuusisataa miestä ryntäsi sisään, ja Münster näytti vallotetulta. Mutta vielä kerran piti omaisuudenpuolustajien joutuman ahdinkoon raa'an ryöstönhimonsa vuoksi.
Sisäänrynnänneet riensivät voiton hurmaamina ryöstämään ja jättivät portin miehittämättä. Sillaikaa riensi kastajien lähin vartiojoukko paikalle, miehitti portin, ennenkuin piispan päävoima oli ehtinyt sisään, ja katkaisi yhteyden kaupunkiin tulleiden sotamiesten ja pääjoukon väliltä. Ja sen sijaan, että olisi ryhdytty yleiseen hyökkäykseen ulkoapäin, käski piispan sotajoukon ylipäällikkö, kreivi Wirich von Dhaun, säikähtynyt kun oli, peräytymään niin pian kun hän huomasi, että kastajat olivat jälleen miehittäneet portin! Puolustajien, miesten ja naisten, pilkkanauru ja pistopuheet valleilta seurasivat peräytyviä sotamiehiä. Koko kaupungin kastajat nousivat. Kaukana siitä, että olisivat tehneet lopun "hirmuvallasta", riensivät sitävastoin kaikki, jotka vielä kykenivät aseita käyttämään, kaupunkiin tulleita sotamiehiä vastaan. Nämä tapasivatkin 200 asestetun miehen sijasta 800, ja 3-aikaan aamulla oli kaupunkiin rynnänneiden asema sellainen, että he lähettivät lähettilään Johann Leydeniläisen luo. Muutamien sotilaitten onnistui kuitenkin päästä sellaiseen paikkaan kaupungin muurilla, jota ei vartioitu, ja sieltä heidät huomasivat heidän ulkopuolella olevat toverinsa. Nyt tekivät vihdoin hyökkääjät sen, mitä jo kauan sitte olisi pitänyt tapahtua: heidän päävoimansa teki hyökkäyksen ja otti haltuunsa heikosti miehitetyn vallin. "Kaupunki vallotettiin siis jumalan erityisestä armosta eikä suinkaan sotaväen taitavuuden vuoksi", kirjottaa ennen mainittu pormestari.
Nyt alkoi hirmuinen katutaistelu. Kastajat rakensivat katusulkuja, mihin vain voivat, vielä klo 8 aamulla piti heidän sotavoimansa valiojoukko, noin 200 miestä, lujasti puoliansa katusulkujen suojaamalla torilla. Piispan päälliköiden sotaneuvosto huomasi peräti vaaralliseksi tai joka tapauksessa liian suuria uhrauksia vaativaksi, koettaa väkivallalla karkottaa heitä heidän viimeisestä asemastaan. Heille myönnettiin senvuoksi vapaa lähtö ja varma suojeluslupaus, jos luopuisivat aseistaan.
Nämä ehdot hyväksyttiin, kastajilla kun ei enää ollut mitään toivoa. Tuskin olivat sitte aseettomat jättäneet varustuksensa, ennenkuin heidän kimppuunsa hyökättiin ja heidät surmattiin. Kunniattomuus enemmän tai vähemmän, se ei painanut ruhtinaallisten rosvojen mieltä.
Itse vallotuspäivänä surmattiin 450 kastajaa, mutta myös seuraavinakin päivinä tapettiin useita, joiden oli onnistunut piilottautua. Raivoisat sotamiehet murhasivat suuren joukon naisiakin, jotka olivat ottaneet innokkaasti osaa taisteluun. Jäljellejääneet kutsutti piispa eteensä ja lupasi heille armon, jos he tahtoisivat kirota uudestikastamisen. Mutta vain ani harvat siihen suostuivat, he pysyivät lujina. Etevimmät heistä mestattiin, ja muut karkotettiin kaupungista. Useimmat heistä lienevät lähteneet Englantiin.
Johtajien keskuudesta oli suuri osa kaatunut, m.m. Tilbeck ja Kippenbroick, luultavasti myöskin Rothmann. Vain ani harvojen onnistui päästä pakoon, kuten esim. Heinrich Krechtinckin. Tämän veli Bernt, samoinkuin Knipperdollinck ja Johann Leydeniläinen, joutuivat elävinä voittajien käsiin ja heitä säästettiin erityistä, harkittua kostoa varten. Kerssenbroick kertoo meille, että Johann Leydeniläinen oli paennut taistelusta, sillä ajan tapana oli syyttää arkuudesta juuri niitä, jotka eniten olivat herättäneet pelkoa. Ei hänen esiintymisensä ennen eikä jälkeen vallotuksen todista kuitenkaan pelkuruutta. Kun kaupunki oli vallotettu kutsutti piispa hänet luoksensa, "ja minun armollinen herrani sanoi: Oletko sinä kuningas? ja silloin kuuluu kuningas vastanneen: Oletko sinä piispa?" Tämä vastaus suinkaan ei osota arkamaisuutta.