Eerik vedettiin oikeuteen alkupuolella vuotta 1569 kokoontuneiden säätyjen eteen. Itse hän ajoi asiaansa puhjeten ankariin mielenpurkauksiin aatelistoa vastaan.
Juhana keskeytti hänet sanoen: "Sinä olet järjiltäsi."
"Niin olin silloin, kun päästin sinut vankeudesta", vastasi hän kiihkeästi.
Syytöksessä olisi tarvinnut mainita ainoastaan, että Eerik usein oli ollut heikkomielinen, mutta tähän tyytyäkseen oli mielikarvaus liian suuri. Sentähden sotkettiin sekaisin todellisia ja valheellisia syytöksiä.
Hän aikoi häissään murhauttaa veljensä, ja kun he eivät tulleet, ajatteli hän ottaa hengiltä Saksin herttuan, panna sen aatelisten syyksi ja surmauttaa sitten heitä niin monta kuin saapuvilla oli. Kapinan aikana hän tahtoi ryöstää ja polttaa Tukholman, polttaa huoneeseensa äitipuolensa ja sisarensa tai myöskin viedä heidät Venäjälle. Hän oli alkanut sodan Tanskaa vastaan saattaakseen ruotsalaisille kärsimyksiä ja ehdoin-tahdoin toiminut niin, että he joutuivat tappiolle. Omin käsin oli hän surmannut viisi-, kuusikymmentä henkilöä ja tekeytynyt hourupäiseksi saadakseen sitä vapaammin riehua.
Sekä Juhana että säädyt tiesivät kyllä, miten paljon näissä syytöksissä oli perätöntä, mutta näiden perusteella tuomio kuitenkin allekirjoitettiin.
Eerikin lapsilta riistettiin kruununperimys-oikeus heidän halveksittavan ja epälaillisen sukuperänsä vuoksi; itse oli hänet pidettävä alituisessa, mutta kuitenkin ruhtinaallisessa vankeudessa.
Vankila, n.s. Eskilinkamarit, oli linnan lounais-osassa, ja siinä oli neljä holvia; karkeat rautakalterit olivat ikkunoissa, jotka olivat "korkeat kuin kirkon ikkunat" ja joista runsaasti tulvi huoneisiin päivänvaloa; seinät olivat laudoitetut.
Myöhemmin muurattiin ikkunat Juhanan käskystä osaksi umpeen, ja Eerikin täytyi tyytyä yhteen ainoaan huoneeseen. Tämäkin oli talvella niin kylmä, että hän valitti partansa aina olevan huurteessa.
Ensi aikoina hän kirjoitti yhtämittaa kirjeitä veljelleen ja tämän puolisolle. Hän kerjäili ja pyyteli päästä vapauteensa luvaten autuutensa kautta, ettei ryhtyisi mihinkään, joka olisi herttuoille ja valtakunnalle haitaksi; olipa hän suostuvainen vaikka matkustamaan Puolaan, kuningas Sigismundin luo. Silloin voitaisiin ainakin olla varmat siitä, ettei hänellä ole mitään hommia.