Tyytymättömänä neuvostoon tahtoi hän kuitenkin hän tässä niin pitkälle, että piti aina hallussaan valtiorahaston avaimia, niin ettei voitu kirjeen viejääkään lähettää, ellei kuningas itse antanut rahaa.
Todellisuudessa jäi hallitus ala-arvoisten henkilöjen ja onnenonkijain huostaan.
Näin muodostui kuninkaan ympärille "sihteerihallitus" — sanoo Geijer — joka sittemmin Ruotsissa yksivaltaisuuteen taipuvain hallitsijain aikana tuli kylläkin kuuluisaksi.
Yrjö Pietarinpoikaa voidaan sanoa tämän joukkueen isäksi Ruotsissa; ja hänen poikansa Eerik Yrjönpoika Tegel tuli, kaikkine ansioineen mitä hänellä on Ruotsin historiassa, sekä isäänsä että äitiinsä.
Kuninkaan muista suosikeista tunnemme jo Juhana Henrikinpojan. Lisäksi mainittakoon Olavi Sverkerinpoika eli Perkeleenpoika. Hänestä on jo puhuttu "Kaavunkääntäjän" nimellä, koska hän horjui ja vaappui puolueiden välillä.
Henrik Matinpoika, joka aateloitiin nimellä Huggut, kuului hänkin Juhanan suosikkeihin, ja jos vielä lisäämme hänen lankonsa, toisen hyvin tunnetun henkilön, Antti Niilonpoika Sabelfanan, sekä kronikoitsijan, Rasmus Ludviginpojan, niin olemme luetelleet ne miehet, joiden käsiin hallitus näinä vuosina oli uskottu.
Syyspuoleen 1588 levisi huhu, että Juhana ja Sigismund aikoivat käydä tapaamassa toisiaan seuraavana kesänä Räävelissä.
Salaisia lähettejä kulki kuningasten välillä.
Neuvostossa ei kukaan muu tuntenut salaisuutta kuin Klaus Fleming, joka oli kuninkaan erinomaisessa suosiossa sentähden, että oli neuvonut Sigismundia jättämään Puolan-matkansa.
Muut neuvosherrat sanoivat häntä uskottomaksi veljeksi ja koettivat turhaan saada kuninkaan kirjureilta tietää mitä oli tekeillä.