Kun hän oli vähän toipunut, pyysi hän päästä takaisin Tukholmaan.
Kun viimeinen muutto on lähellä, haluavat ihmiset tavallisesti vaihtaa oleskelupaikkaa.
Lääketaito oli siihen aikaan hyvin alhaisella kannalla, ja mestari Simon Birkolt, joka hoiti kuningasta, ei ollut virkaveljiään taitavampi.
Luonteen alakuloisuus lisäsi sairautta. Klaus Fleming oli edelleenkin hänen uskottunsa, ja hän sekä Olavi Sverkerinpoika olivat ainoat vieraat, jotka hän tahtoi nähdä lähistössään.
Poikkeustapauksissa sai myöskin Klaus Bielke tulla sisään. Tämä kysyi, eikö hän kuten muutkin ruhtinaat tahtonut antaa anteeksi vihollisilleen, kun hän itse oli saanut anteeksi Jumalalta.
Juhana pani kätensä ristiin vastaten, että "kaikki, jotka voidaan säästää Jumalaa suututtamatta, päästettäköön vapaaksi".
Marraskuun 17 p:nä kello 3 iltapäivällä hän huokasi viime hengähdyksensä; hän oli silloin 55-vuotias.
Kuolema pidettiin kaksi päivää salassa.
Kuninkaan lahjoituskirja määräsi, ettei kuningattarelta pitänyt vaatia mitään tilejä, ja tämä katsoi viisaimmaksi ennen herttuan tuloa omistaa itselleen jälkeenjääneestä omaisuudesta mitä hänelle kelpasi.
Kolmantena päivänä lähetettiin kuningattaren tallimestari, Pietari
Liljensparre, viemään herttualle tietoa.