Oikeudenkäynnin avasi herttua lukemalla juhlallisen kirjoituksen, jossa vapautti kaikki tuomarit hänelle tekemästään uskollisuuden- ja alamaisuuden valasta, lupasi tyytyä heidän tekemäänsä tuomioon eikä jälestäpäin ketään tuomaria kohtaan kaunaa kantaa, mitä kukin katsoisikin hyväksi puhua. Tämän jälkeen luettiin tuomarien sitoumus, että tuomitsisivat ainoastaan parhaan ymmärryksensä ja omantuntonsa mukaan, ja he vahvistivat sen kukin valallaan.
Sen jälkeen astui esiin Eerik Yrjänänpoika Tegel ja luki kuuluvalla äänellä herttuan syytekirjoituksen, jossa oli 25 syytekohtaa. Ne sisälsivät, että syytetyt olivat rikkoneet sitoumuksensa herttuaa ja Söderköpingin päätöstä kohtaan, että he olivat levittäneet vihaa ja epäluottamusta herttuan ja Sigismundin välille, että he olivat tavoitelleet herttuan henkeä, loukanneet hänen kunniaansa ja vahingoittaneet hänen menestystään ja lopuksi, että he olivat tuoneet vieraat sotajoukot isänmaata vastaan.
Ensiksi kutsuttiin esiin Eerik Sparre, Sten Banér, Yrjänä Posse, Kustaa Banér ja Ture Bjelke, kukin vuoroonsa. Herttua esitti, paitsi yleistä kannettaan, myös erityiset syytöksensä kutakin kohtaan. Ylipäänsä vakuuttivat he viattomuuttaan, samalla anoen armahdusta. Heidän asiansa lykkäyksineen, uudistettuine kuulusteluineen ja miettimisaikoineen venyi päivästä päivään.
Maaliskuun 10 päivänä oli juttu jälleen esillä. Herrat olivat vankeudestaan lähettäneet kirjelmän, jossa pyysivät päästä koko oikeudenkäynnistä ja anoivat, ettei ruhtinas viskaisi vihojaan heitä vastaan. Mutta kun eivät kirjoituksessaan olleet tunnustaneet itseään rikollisiksi, vaati Kaarle yhä laillista tutkintoa ja tuomiota. Tämän johdosta tuotiin herrat jälleen esiin.
Silloin puhuivat perätysten Kustaa Banér, Eerik Sparre ja Ture Bjelke. Panemassaan vastalauseessa koettivat he näyttää toteen, että heidän asiansa johtui riidasta kuninkaan ja herttuan välillä, mutta niin hyvin heidät kuin kaikki säädyt sitoi kuninkaalle tekemänsä vala, ja sentähden ei toinen riitapuoli voinut olla toisen tuomarina. Samalla muistuttivat he herttuan lupauksesta, että heidän asiansa tulisivat tuomitsemaan ulkomaiset lähettiläät. Ketään valtiopäivillä läsnäolevista ei voitu hyväksyä syyttäjäksi eikä todistajaksi, sillä he olivat kaikki olleet joko kuninkaan tai herttuan puolella; ja kun kuninkaalta oli riistetty tuomiovalta, niin sitä vähemmän saattoi sitä vaatia kukaan alamaisista.
Lopuksi he yhä pyysivät armoa, mutta eivät tahtoneet tunnustaa itseään rikollisiksi.
Heille vastattiin, että ehdot, jotka heille tehtiin heidän antautuessaan Linköpingissä, eivät kuninkaan paon jälkeen enää olleet sitovat, eivätkä he voineet siinä suhteessa herttuaa pakoittaa.
Väittelyjen jälkeen pyysivät herrat vielä aikaa neuvotella keskenään.
Maaliskuun 14 päivänä antoi herttua vastauksensa neuvosherrojen lausuntoihin, huomauttaen, että jos he pitivät koko valtakunnan säädyt vastustajinaan, oli se selvin todistus, että he olivat koko valtakunnan vihollisia. Papisto puolestaan antoi vastauksensa sille tehtyyn kysymykseen. Pappien mielestä oli syytä pelätä, että jos Sigismund olisi voittanut, olisi totinen uskonoppi koko valtakunnassa joutunut vaaraan, ja sentähden olivat hänen puoluelaisensa menetelleet väärin Jumalaa ja isänmaata kohtaan.
Ennenkuin lopullinen tuomio langetettiin, kuulusteltiin muutamia muita syytettyjä. Useat heistä tunnustivat tehneensä väärin, ja herttua lupasi heitä armahtaa, toiset tuomittiin kuolemaan. Neuvosherrojen luo lähetettiin vankilaan piispoja taivuttamaan heitä tunnustukseen, mutta he palasivat tyhjin toimin.