Muistelkaamme vain Jusleniuksen tapaa käsitellä historiaa. Hän tahtoi todistaa suomalaisten menneisyyden mahdollisimman suureksi ja loistavaksi. Kirjoituksissaan hän toi esille vain ne seikat, jotka tukivat tätä hänen pyrkimystään. Mainitsematta hän jätti sellaiset seikat, jotka eivät esittäneet suomalaisia samassa miellyttävässä valossa, hakiessaan tukea suurille luuloilleen, hän ei laisinkaan mennyt arvostelemaan, minkä verran hänen käyttämänsä lähteet pitivät paikkansa. Jos jossain vanhassa kirjassa oli jokin väite, hän uskoi sen ilman muuta todeksi, vaikka tuo väite olisi ollut pelkän mielikuvituksen luoma. Ja johtopäätökset, joita hän eri lähteistä saamiensa tietojen ja omien havaintojensa nojalla teki, olivat ylen hataria ja mielivaltaisia. Voidaanko muuta sanoa esim. hänen päätelmistään suomalaisten vanhasta sivistyksestä. Samalla kannalla kuin Juslenius olivat muut tutkijat aivan Porthanin aikoihin asti.
Porthan menetteli aivan toisin ryhtyessään historialisiin tutkimuksiinsa. Hän ei uskonut jossain kirjassa esitettyä tietoa umpimähkään, vaan halusi nähdä, mistä asianomainen kirjoittaja oli tietonsa saanut. Milloin nämä kirjoittajat eivät maininneet käyttämiään tietolähteitä, oli tutkittava heitä vanhempien kirjailijain teoksia, olisiko niissä ehkä jotain kysymyksessä olevasta asiasta. Jos taas lähde oli mainittu, oli tarkastettava, esittikö kirjoittaja väitteensä oikein, vai oliko hän kertonut vain omia arvelultaan ja niiden tueksi maininnut toisenkin tutkijan olleen hänen kanssaan yhtä mieltä, tai oliko kirjoittaja kenties tahallaan tahi taitamattomuudessaan vääristellyt asioita, saadakseen ne sopusointuun omille tarkoituksilleen. Kun näin oli vihdoin päästy selville lähteistä, joita kyseessä oleva kirjoittaja oli käyttänyt, oli taas tutkittava, mistä nämä vanhemmat kirjailijat olivat tietonsa saaneet. Niin täytyi tunkeutua yhä kauemmas ja syvemmälle lähteisiin, kunnes tultiin alkuperäisiin asiapapereihin k.o. tapahtuman ajoilta, josta juuri oli selvyys saatava, Silloin vasta voitiin olla aivan varmoja asiasta. Aina ei luonnollisesti voitu näin pitkälle päästä: tarkastettavia lähteitä ja asiakirjoja ei voitu mitenkään saada käsille tai niitä ei kenties enää ollut olemassakaan.
Tällainen tutkimustapa antoi hyviä tuloksia. Huomattiin, että monet hyvinkin kuuluisat oppineet olivat esittäneet asiat aivan mielivaltaisesti. Samoin kuin useiden muiden kansojen täytyi uuden tutkimuksen valossa luopua suurista entisyyskuvitelmistaan, niin kävi suomalaistenkin. Porthanin edeltäjäin kauniit luulot ja todistelut osotettiin perättömiksi ja koko historiamme joutui aivan uuteen valoon. Mutta tämä tutkimustapa vaati harjoittajiltaan työtä suunnattoman paljon. Ei tiedetty, missä mahdollisissa paikoissa oli tuntemattomia kirjoja ja tutkimattomia asiapapereita. Täydellisen kuvan saamiseksi menneistä vaiheista olisi pitänyt tutkia kaikki kirjastot, joista ehkä löytyisi haettuja kirjoja, kaikkien virastojen vanhat arkistot, lukemattomien talojen vinnit ja aitat, joihin oli joutavana romuna heitetty vanhoja kirjoja ja papereita.
Oivaltaen suuren merkityksen, mikä vanhoilla kirjoilla ja käsikirjoituksilla on historiantutkimukselle, ymmärrämme hyvin Porthanin innon koota kaikkea sellaista. Kokoilutyöhön hän lienee saanut kehotuksia jo nuorena ylioppilaana, jolloin hän tuli piispa Mennanderin tuttavuuteen. Piispa oli koonnut kansanrunoja, vanhoja kirjoja, käsikirjoituksia ja muinaisjäännöksiä ja kehotti nuorempia samallaiseen työhön. Ja kuten olemme nähneet, tässä työssä Porthan olikin hyvin uuttera. Häntä auttoivat monet muut tieteen ystävät. Paitsi kotimaasta saatiin kirjoja ja erilaisia asiapapereita ulkomailta, Ruotsista, jopa Italiasta asti. Vatikaanista, paavin asunnosta Roomasta, saatiin paljon bullia eli paavien kirjeitä, jotka luovat valoa Ruotsin ja siis myös Suomen katolisen ajan elämään. Matkustipa Porthan vartavasten Tukholmaan tutkimaan sikäläisiä kirjastoja ja niiden aarteita. Sieltä hän löysikin Turun tuomiokirkon »mustan kirjan». Kun tätä ei voitu antaa kirjastosta pois, tuli Porthanin toimittaa siitä jäljennös itselleen. Tähän »mustaan kirjaan» oli vuosisatain kuluessa kirjoitettu muistiin Suomen katolisen kirkon tapahtumia, joten se sisältää erinomaisen tietovaraston maamme oloista keski-ajalla. Sen avulla voi Porthan oikaista monta siihen asti vallinnutta väärinkäsitystä ja lisätä monta unhoon jäänyttä seikkaa.
Keräämiensä lähteitten nojalla julkaisi Porthan sitten lukemattomia pienempiä ja suurempia Suomen ja osaksi myöskin Ruotsin historiaa käsitteleviä kirjoituksia. Yhtenäistä, järjestettyä Suomen historiaa hän ei ehtinyt kokoon panna ainesvaraston suunnattoman runsauden vuoksi, ja myöskin siksi, ettei sellaista historiantutkimusta ennen Suomessa oltu harjoitettu. Etukäteen hän ei tietänyt, minkä arvoisia lähdekirjat olivat. Kaikki oli hänen tarkasti läpikäytävä. Eri lähteistä saadut tiedot oli toisiinsa verrattava ja tarkistettava. Lähteitten tutkiminen täten ja julkaiseminen sellaisenaan vaati jo tavattomasti työtä ja aikaa.
Suurin ja tärkein Porthanin historiallisista julkaisuista on Paavali Juustenin piispainkronikka, jonka hän varusti selityksillä ja sadoilla historiallisilla todisteilla. Kuten muistamme, oli Juusten Viipurin piispa ja Agricolan aikalainen. Hän kirjoitti luettelon Suomen piispoista alkaen kristinuskon maahan tuomisesta ja päättyen omaan aikaansa — alkuosa kirjasta oli olemassa ennen Juustenia, se oli vähitellen syntynyt vuosisatain kuluessa. Lyhyesti siinä kerrottiin joka piispan toimista, kirkon elämästä ja kulloinkin sattuneista merkillisimmistä tapahtumista. Se oli tavallaan Suomen ensimäinen historia. Nyt Porthan ryhtyi tätä kirjaa uudelleen julkaisemaan. Siinä olevia tietoja tarkistaessaan ja kunkin piispan ajan lisäselityksillä valaistessaan hänelle oli verrattomaksi avuksi jo mainittu Turun tuomiokirkon musta kirja. Piispainkronikan kirjoittajat, Juusten niiden mukana, olivat menetelleet muiden aikansa historioitsijain tavoin. He esittivät kaikki tapahtumat siten, kuin luulivat niiden tapahtuneen, ottamatta tarkemmin selvää, oliko asia niin vai ei. Mustaan kirjaan oli aikoinaan kopioitu kaikki Turun tuomiokapituliin tulleet ja sieltä lähetetyt kirjeet ja asiakirjat. Ja ne antoivat erittäin selvän kuvan aikansa elämästä. Tämän mukaan Porthan korjaili Juustenin kronikkaa. Aina hän ei voinut päättää, mikä esitetyistä tiedonannoista oli oikea, tai olivatko kaikki vääriä. Silloin hän esitti nämä eri tiedot, mainiten mitä perustuksia milläkin väitteellä on tukena, mutta jättää lopullisesti ratkaisematta, kuinka asia todellisuudessa oli. Näin tunnontarkasti läpikäyden koko teoksen hän julkaisi sen 56 väitöskirjana, laskien siten tukevan perustan Suomen keski-ajan historian tuntemiselle.
[Tässä on ohimennen selitettävä, mikä väitöskirja on.
Kun meidän päivinämme tahdotaan yliopistossa saada tohtorin arvo, on ensin suoritettava kandidaatti- (maisteri-) ja lisensiaattitutkinto. Sen jälkeen on asianomaisen kirjoitettava omintakeinen laajempi tieteellinen tutkimus l. väitöskirja jostain aineesta ja painatettava se omalla kustannuksellaan. Tämä tutkimus esitetään sitten julkisesti yliopistolla n.s. väitöstilaisuudessa. Etukäteen on joku tämän alan tuntija saanut tutustua teokseen ja väitöstilaisuudessa hän tekee muistutuksia siinä mahdollisesti olevista virheistä tai epätyydyttävästä aineen käsittelytavasta, esiintyy vastaväittäjänä. Kirjoittaja saa puolustaa teostaan parhaan vointinsa mukaan. Kuulijoillakin on oikeus ottaa osaa tähän keskusteluun. Joskus tällöin saattaa syntyä vilkas väittely, jossa kummaltakin puolelta käydään kovakouraisesti kiinni vastapuolen mielipiteisiin.
Porthanin aikoina oli maisterin tutkintoa varten kirjoitettava kaksi väitöskirjaa latinankielellä ja samalla kielellä niitä julkisesti puolustettava. Ylioppilaat, joilla latinankieli ei läheskään aina ollut hallussaan täydellisesti, vihasivat ja pelkäsivät väittäjäisiä, mutta kun niitä ei voinut kiertää, täytyi väitellä. Kun siihen aikaan oli sangen vaikea kustantaa kirjoja niiden — varsinkin tieteellisten — pienen menekin vuoksi, tuli vähitellen tavaksi, että professorit julkaisivat omien tutkimustensa tulokset ylioppilaiden väitöskirjoissa. Tiedemiehet joko itse suorastaan kirjoittivatkin nämä väitöskirjat, tahi antoivat ylioppilaiden ne kirjoittaa ja itse sitten korjasivat kirjoitukset. Kirjan alkuun vain pantiin joku lyhyt lauselma, jota ylioppilas sai väittäjäisissä puolustaa. Kun ylioppilaiden oli nämä väitöskirjat omalla kustannuksellaan painatettava, saatiin siten julaistuksi arvokkaita tieteellisiä tutkimuksia, jotka muuten olisivat jääneet tutkijansa salaisuudeksi tai olisivat ehkä jälkimaailmallekin säilyneet vain hänen käsikirjoituksissaan. Tällä menettelytavalla oli vielä sekin etu, että hyvä opettaja saattoi innostaa oppilaitaan siihen tieteelliseen työhön, jota hän itse tällä tavalla harjoitti.
Näin, tällaisina väitöskirjoina julkaisi Porthan suurimman osan tutkimustensa tuloksista.]