Porthanin virkatoimet.
Antamalla yksityisopetusta hankki Porthan itselleen toimeentulon. Parin vuoden kuluttua hänet kyllä nimitettiin roomalaisen kirjallisuuden dosentiksi yliopistoon, mutta kun tämä virka oli palkaton, oli hänen huolehdittava sen lisäksi elatuksestaan entiseen tapaan. Eivätkä asiat muuttuneet tuloihin nähden vielä sittenkään, kun hän sai yliopiston kirjastonhoitajan apulaisen toimen. Palkkaa hän pääsi nauttimaan vasta 1772, jolloin hänet nimitettiin vakinaiseksi yliopiston kirjastonhoitajaksi. Suomalaisen kirjallisuuden professorina Porthan oli vuodesta 1777. Tässä virassa hän oli kuolemaansa asti 1804.
Siinä Porthanin elämän ulkonaiset puitteet. Ne eivät ole ihmeellisemmät kuin monen muun tavallisenkaan ihmisen. Mutta näissä puitteissa suoritettu elämäntyö oli niin monipuolista, niin rikasta, Suomen historian tutkimuksessa eritoten niin uusia uria aukomaa, että hänen nimensä tulee historiassamme aina säilymään kunnioitetuimpien joukossa huolimatta siitä, ettei hän ollut Jusleniuksen tavoin toisia sytyttävä, vaan teki hiljaista, sitkeätä työtä.
Porthan kirjastonhoitajana.
Kirjastonhoitajan virkaan nimitys oli Porthanille hyvin mieluinen tapahtuma. Siihen aikaan olivat kirjat vielä kalliita ja niitä oli vaikea hankkia. Päästyään virkamieheksi kirjastoon, hänellä oli käytettävänään kaikki sen varastot. Nyt hän voi lukea mielin määrin. Ja hänen tehtävänsä oli myöskin uusien kirjojen hankkiminen. Se ei ollutkaan siihen aikaan niin helppoa kuin meidän päivinämme. Ei ollut koko maassa kirjakauppaa, joka olisi välittänyt kirjoja ulkomailta. Ruotsalaisten kauppiaiden välityksellä niitä ostettiin, ja suomalaiset merenkulkijat sitten kuljettivat ne Turkuun. Kun suomalaisia matkusti ulkomaille, tilattiin kirjoja usein heidän mukanaan. Omassa maassa oli vain yksi kirjapaino Turussa ja sen tuotteet etupäässä yliopistollisia väitöskirjoja, niin ettei niiden hankkimisessa vaivaa ollut. Enemmän puuhaa kysyttiin kaikellaisia vanhoja kirjoja, käsikirjoituksia ja asiakirjoja kootessa. Kun joku oppinut kuoli, perilliset tavallisesti möivät hänen kirjavaransa huutokaupalla. Sellaisista tilaisuuksista ostettiin yliopistonkin kirjastoon paljon. Vielä Porthan kirjoitteli tutuilleen ympäri maan ja sai heiltä arvokkaampia keneltä vähemmän arvokkaita lisiä kirjastoon. Niin uuttera oli Porthan kirjoja kootessaan, että hänen aikanaan kirjasto laajeni kolminkertaiseksi, käsittäen hänen erotessaan virasta noin 10,000 nidettä.
Järjestellessään kirjoja hän tutustui tarkoin koko kirjaston sisältöön. Siellä oli monia harvinaisia teoksia ja asiapapereita, joita ei missään muualla ollut. Ne olivat ainoita todistajia tapahtumista, joista ne kertoivat. Kun tällaiset asiakirjat puhuivat oman maamme oloista, olivat ne sangen mielenkiintoisia Porthanille. Mitä enemmän niitä kirjastoon karttuisi, sitä enemmän valoa ne loisivat kansan menneisiin vaiheisiin. Siksi Porthan koki kirjastoon koota kaikkea sellaista, millä oli historiallista arvoa.
Penkoessaan kirjaston aarteita Porthania huvitti myöskin saada tietää, millä tavalla mikin kirja oli yliopiston kirjastoon tullut, oliko se lahjoitettu tai ostettu, keneltä se oli saatu, paljonko siitä oli maksettu j.n.e. Näiden tutkimusten tuloksena hän kirjoitti Turun akatemian kirjaston historian, kertoen siinä kirjaston vaiheista, kuinka se oli saanut alkunsa ja miten aikojen kuluessa kasvanut.
Näin oli Porthanista tullut
Historian tutkija.
Mielenkiinto, jota vanhojen kirjojen penkominen kirjastossa tuotti, ei ollut ainoa vaikutin siihen, että Porthan yhä enemmän rupesi siirtymään historian alalle. Tutustuminen Taneli Jusleniuksen töihin ja oleskelu hänen suomalaistensa parissa herätti hänessä halun tutustua Suomen historiaan ja kansan elämään. Joutuipa hän perinpohjaisuutensa vuoksi varsinaisessa opetustyössäänkin tutkimaan historiallisia seikkoja. Roomalaisen kirjallisuuden professorina ei historia olisi kuulunut hänen aineisiinsa, mutta eri asioista puhuessaan hän aina tuli niiden historialliseenkin puoleen. Yliopiston opettajilla ei ollut niin tarkkaa ainejakoa, mistä kukin luennoi, kuin meidän päivinämme. Pidettynä opettajana sai Porthan esitelmöidä monista aineista. Mutta puhuipa hän mistä aineista tahansa, hän ei tyytynyt ainoastaan selittämään jotain opillista kysymystä, ei ainoastaan puolustamaan tai kumoamaan oppineitten käsillä olevasta kysymyksestä esittämiä väitteitä, vaan hän aina kertoi myös, mitenkä tuollaiseen väitteeseen johtava katsantotapa oli syntynyt. Kun asioita täten tottui katselemaan siinä valossa, missä ne aikalaisilleen olivat esiintyneet, vältettiin ehkä monta kiireellistä, ylimalkaista ja harkitsematonta tuomiota. Omana ohjeenaan hän piti viisasta epäilyä. Ei saa uskoa mitään todeksi ensi kuulemalta, varsinkin jos se on hyvin outoa ja kummallista. Yhtä vähän saa sitä heti väittää valheeksi. Ensin on tutkittava asia kaikin puolin ja johtopäätös siitä tehtävä vasta sitten, kun on asiastaan aivan varma. Näin hän välttyi monista erehdyksistä, joihin esim. hänen edeltäjänsä historiantutkimuksessa niin helposti lankesivat.