Cygnaeus vastaili sanomalehtikirjoituksiin, puolustellen kantaansa. Annettiinpa hänelle tilaisuus lausua mielipiteensä komitean mietinnöstäkin. Lausunnossaan hän sanoo iloitsevansa siitä, että komitea oli niinkin paljon seurannut hänen ehdotustaan, että se niinkin monissa kohdissa oli voinut häneen yhtyä, ja puolustaa voimakkaasti ajatuksiaan kysymyksissä, joista komitea on ollut eri mieltä hänen kanssaan.
Näiden monien selvittelyjen jälkeenkään senaatti ei vielä tehnyt asiassa lopullista päätöstä, vaan jätti sen lepäämään pariksi vuodeksi, jotta yleisö ehtisi asiaan tutustua ja lausua siitä mielipiteensä.
Seminaari perustetaan.
Jotta asiassa olisi päästy johonkin alkuun, päätti senaatti väliaikaisesti avata (1863) Jyväskylään seminaarin nais- ja miesopettajien valmistamista varten. Sen johtajaksi nimitettiin Uno Cygnaeus. Hänet määrättiin myöskin kansakoulujen ylitarkastajaksi. Nyt vihdoinkin Cygnaeus pääsi käytännössä toteuttamaan suuria aikeitaan ja suunnitelmiaan, pääsi järjestämään ensimäisen seminaarimme.
Seminaarissa oli valmistettava hyviä opettajia, sillä »pääehto ja varmin vakuus kasvatukseen on opettajan persoonallisuudessa. Oivallisimmat lait, mukavimmat opetuskaavat ja opetustavat, parhaat oppikirjat eivät vielä tee koulua hyväksi; ne ovat kyllä toivottavia, jopa välttämättömiäkin apukeinoja, mutta henkeä, oikeaa voimaa ne eivät voi kouluun synnyttää».
»Kun kunnollisen kansakoulunopettajan toiminta on niin vaikuttava ja vaatimukset hänen suhteensa niin suuret, ei kansakoulunopettajan valmistuslaitos saa olla läksynlukukoulu, jossa opettajat muutamina tunteina päivästä kuulustelevat oppilaiden kotona oppimia läksyjä, vaan sen tulee olla kasvatuslaitos, jossa oppilaat esimerkin ja tavan voimalla harjoitetaan vakavaan, tosikristilliseen elämänkäsitykseen, vireään ja uutteraan työhön, laitos, jossa tuleva kansakoulunopettaja saa harjoitusta kaikissa maamiehelle tarpeellisissa askareissa ja opettajatar, pitämällä nuorempia ja vanhempia lapsia äidillisessä hoidossa, oppii luonnonmukaisella tavalla kasvattamaan ja johdattamaan niitä!»
Siinä periaatteita, joiden mukaan Cygnaeus työnsä suunnitteli. Seminaarin kurssi tuli olemaan nelivuotinen. Näin pitkä aika oli tarpeen, jotta seminaarin valmistamat opettajat olisivat toimeensa täysin pystyviä. Ohjelma oli laaja. Monen monien tietoaineiden lisäksi tulivat käsityöt pakolliseksi aineeksi; missään muualla ei sellaista ollut. Seminaarin yhteyteen perustettiin mallikansakoulu, jossa seminaarin oppilaat saivat käytännöllistä harjoitusta opettajatoimeen. Vaikka kustannukset näin suuresta laitoksesta tulivatkin olemaan suuret, ei niitä saanut pelätä. Varoja täytyi saada opettajain valmistamiseen, niitä täytyi saada kansakoululaitosta varten, sillä se tulisi kyllä nostamaan kansan taloudellistakin hyvinvointia. Cygnaeus sanoo asiasta:
»Vaikka kansamme köyhyys on useampain tekijäin aikaansaama, täytynee kuitenkin myöntää, että pääsyynä siihen on tietämättömyys, puuttuva toimeliaisuus, saamattomuus ja laiskuus, kelvoton ajan tuhlaus sekä meidän maassamme vallitseva suunnaton epäsuhde toiselta puolen ylellisen elämän ja nautinnonhimon sekä toiselta puolen työvireyden ja tuotantovoimain välillä. Näitten köyhyyteemme yhteisesti vaikuttavain tekijäin vähennykseksi on koululaitoksemme yleensä ja etenkin opettajasivistykseen nähden uuteen järjestykseen saateltava sekä varsinkin ajan- ja tarkoituksenmukaisia kansakouluja perustettava ja tämän tarkoituksen hyväksi täytyy maamme ponnistaa viimeisetkin voimansa. — — — Kaikki muut toimet yleisen hyvinvoinnin lisäämiseksi ovat isommaksi tahi vähemmäksi osaksi syrjäkeinoja, jotka vaikuttavat peräti veltosti, niin kauan kuin kansallisen varallisuuden oikea elämänlähde, työvireys ja työkyky, siveellisen ja jumalisen mielenlaadun ohessa jää kehittämättä.»
Seminaaria järjestäessään Cygnaeuksella oli apunaan eteviä opettajia ja opettajattaria. Vähän ennen seminaarin perustamista oli hänen ehdotuksestaan valtion varoilla lähetetty ulkomaille miehiä sekä naisia tutustumaan ulkomaiden parhaisiin seminaareihin ja kansakouluihin ja etenkin niiden opetustapoihin eri aineissa. Niin pääsi seminaari kokeneiden opettajien johdolla heti hyvään vauhtiin. Cygnaeus oli koko talon sieluna ja innolla teki jokainen opettaja uutta työtään.
Kansakoululaitos kasvaa.