Näin väliaikaisten asetusten varassa toimi seminaari 3 vuotta. Vasta v. 1866 julaistiin korkeimmassa paikassa hyväksytty kansakouluasetus, jossa Cygnaeuksen tärkeimmät periaatteet ja samalla joukko tarkastuskomiteankin ehdotuksia oli huomioon otettu.
Neljän vuoden kuluttua seminaarin avaamisesta pääsivät laitoksesta ensimäiset opettajat ja opettajattaret. Joitakuita kansakouluja oli jo sitäkin ennen olemassa, mutta vasta sen jälkeen kun seminaarista rupesi säännöllisesti tulemaan uusia opettajia, voitiin kansakouluja ruveta suuremmassa määrässä perustamaan. Kunta toisensa jälkeen laittoi itselleen koulun. Niitä ei siihen pakotettu, sillä ajateltiin, että koulut tulisivat kansalle vastenmielisiksi, jos kunnat velvoitettaisiin niitä perustamaan ja rakentamaan. Cygnaeus kyllä oli suunnitellut jonkunlaista koulupakkoa. Hän olisi tahtonut, että jokainen, jolla vain on tilaisuutta, velvoitettaisiin käymään kansakoulu, ennenkuin hänet otettaisiin rippikouluun. Samoin, että sakoilla pakotettaisiin kaikki koulun läheisyydessä asuvat vanhemmat panemaan lapsensa kouluun. Mutta nämä hänen ehdotuksensa eivät saaneet hyväksymistä osakseen.
Koulujen lukumäärä kasvoi niin nopeasti ja opettajain tarve samalla, että Cygnaeuksen eläessä perustettiin ja hän itse toimeensa vihki kolme uutta seminaaria, nim. Tammisaaren ja Uudenkaarlepyyn ruotsalaiset seminaarit, joista edellinen oli yksinomaan naisia, jälkimäinen miehiä varten, ja Kymölän (Sortavalan) suomalaisen seminaarin kumpaakin sukupuolta varten (v. 1880). Ilokseen Cygnaeus sai huomata, että vastustus, joka oli ollut melkoisen suuri hänen suunnitelmiaan kohtaan, vähitellen talttui. Kansakoulu sai yhä uusia ystäviä ja kannattajia. Vanhoilla päivillään Cygnaeus sai nähdä kansakouluverkon ulottuvan yli koko maan.
Kun kansakoulujen lukumäärä näin lisääntyi, vaati niiden tarkastaminen yhä enemmän aikaa. Seminaarin johtajan virka täytyi Cygnaeuksen jättää. Hän muutti v. 1870 Jyväskylästä Helsinkiin, astuen kansakoulujen ylitarkastajana vasta perustetun kouluylihallituksen jäseneksi. Hänen elämänsä loppu kului rauhallisesti virkatehtävissä kouluylihallituksessa ja tarkastusmatkoilla. Tavattomalla hartaudella ja uutteruudella hän edelleen yhä huolehti seminaarien ja kansakoulujen edistymistä. Kuolema tapasi hänet virkeänä ja työteliäänä 1888 Helsingissä.
Suomen kansakoulun isä.
Täydellä syyllä on tämä nimi Uno Cygnaeukselle annettu. Vaikka hänen aikanaan jo alettiin melko yleisesti puhua kansakoulun tarpeellisuudesta, eivät monet käsittäneet kansakoulun tehtäviä ja merkitystä laisinkaan niin syvästi kuin hän. Kun hän sitten suunnitelmansa esitti, sai hän kokea niin paljon vastustusta, että moni muu olisi sen edessä jo lannistunut. Vuosikymmeniä sai hän tehdä sitkeätä työtä, sai taistella ajan ennakkoluuloja, vieläpä vaikutusvaltaisimmissa asemissa olevia ihmisiä vastaan, ennen kuin hän voitolle pääsi. Mutta hänen työnsä tulokset olivat niin suuret, sen vaikutus koko kansan henkiseen elämään niin tuntuva, että vastustajat muuttuivat vähitellen ystäviksi.
Meitä ihmetyttää se ennakkoluulottomuus ja laajanäköisyys, mikä ilmeni Cygnaeuksen kansakoulusuunnitelmissa. Eihän vielä meidänkään päivinämme ole toteutettu kaikki ne päämäärät, joita hän kansakoululle asetti, ei vieläkään ole kansakoulumme niin täydellinen kaikissa suhteissa kuin millaiseksi hän sen ajatteli ja suunnitteli.
Mutta kansakoululaitoksemme on joka tapauksessa terveen kehityksen tiellä, jolle Cygnaeus sen johti. Kansakoulun oppiaineita ja työtapoja yhä kehitetään elämän tarpeita vastaaviksi. Jos me näin saamme kansakoulun aina pidetyksi ajan vaatimusten tasalla, silloin toteutuu Cygnaeuksen toivo, mikä ilmenee seuraavissa hänen sanoissaan:
»Jos asia saataisiin toimeen ja meidän kansamme vihdoin viimeinkin saisi tarkoituksenmukaisesti järjestetyn kansakoulun, niin toivon säde taas pilkistäisi uhkaavien pilvien välistä; sillä minun mielipiteeni on, että korkeampi sivistys itse kansan, ei vain muutamien sen yksityisten jäsenten omaisuutena saattaa mahdollisesti pelastaa kansamme vaarasta, että se tulisi niinkuin monet muut niellyksi, ja säilyttää sille aseman kansakuntien joukossa. Joka, niinkuin allekirjoittanut, on kaksi vuosikymmentä seisonut etuvartijain rivissä ja avoimin silmin nähnyt uhkaavan vaaran, se ei enää saata suloisesti nukkua kuvittelujen uneen, niinkuin ehkä monikin hyvä isänmaanystävä rauhallisessa kodissaan nyt tekee. Mitä suurinta ponnistusta, työtä, taistelua henkisellä alalla vaaditaan Suomen kansalta, jotta se saisi nauttia olemassaolon onnea.»