Koulunkäynnin ollessa näin vaikeaa otti hän mielellään vastaan tarjotun oppilaan paikan Hämeenlinnan apteekissa. Hän pääsi siellä joidenkuiden varakkaiden henkilöiden suosioon ja sai heidän avustuksellaan jatkaa lukujaan. Niihin hän käytti kaikki joutoaikansa. Hän oli yhtä ahkera lukija kuin ennen isän apulaisenakin ollessaan. Täten hän edistyi niin hyvin, että vaivatta suoritti ylioppilastutkinnon. Yliopiston nimikirjaan hän kirjoitti nimensä lokakuussa 1822 — muutamia päiviä sitä ennen olivat tulleet ylioppilaiksi myöskin Juhana Vilhelm Snellman ja Johan Ludvig Runeberg, nuo miehet, joiden nimet näkee niin usein mainittavan Lönnrotin nimen rinnalla.
Ylioppilaana.
Nyt oli jo pitkälle päästy. Ken on ollut Helsingissä katsomassa, kun nuoria miehiä ja naisia tulee yliopistolta valkolakit ensi kerran päässä, se on nähnyt pilviä tavottelevan ilon leviävän tuosta joukosta, täyttävän kaikkien ystävien ja tuttujen mielet, tempaavan mukaansa oudotkin ihmiset. Sillä tavalla riemuitsevat ne, jotka ovat lukeneet hyvinkin suotuisissa oloissa, useimmat ainakin vapaina leipähuolista kaiken kouluaikansa. Lönnrotin ilon täytyi olla monin verroin suuremman, sillä olivathan nyt täyttyneet toiveet, joita hän kerjuupussi olalla kulkiessaan, lukujen tavantakaa keskeytyessä, ei liene rohjennut aina unissakaan toteutuviksi uskoa.
Vaikeudet eivät kuitenkaan loppuneet siihen. Edelleen hän oli köyhä ja opiskelu yliopistossa oli kallista. Kotiopettajana hän ansaitsi elatuksensa, kuten monet muut ylioppilaat niinä aikoina. Hänen toimintansa kotiopettajana tuli hänelle erittäin hyödylliseksi. Hän sattui pääsemään hienosti sivistyneeseen professori Törngrenin perheeseen. Siellä hän tutustui aikansa etevimpiin miehiin, joilla oli yleviä isänmaallisia harrastuksia. Törngrenin perheessä seurustelevat miehet saivat vedetyksi Lönnrotinkin harrastustensa piiriin. Näistä miehistä oli huomatuimpia apulaisprofessori Reinhold von Becker. Hän opasti Lönnrotia tutkimaan suomenkieltä ja kansanrunoutta käsitteleviä kirjoituksia. Sellaisiin aineisiin oli Lönnrot jo Hämeenlinnassa ollessaan tutustunut Beckerin toimittamain »Turun Viikkosanomain» kautta. Nyt hän tutki siihen asti koottuja ja tunnettuja kansanrunoja ja viehättyi niihin niin, että hän niiden mukaan kirjoitti kandidaattitutkintoon tarvittavan väitöskirjan Väinämöisestä. Miksi Lönnrot ei valinnut kansanrunoutta ja sitä lähellä olevia aineita edelleen yliopistollisten lukujensa aiheeksi, on tuntematonta. Kandidaattitutkinnon suoritettuaan hän rupesi lukemaan lääketiedettä, vaikka tällöinkin uhrasi loma-aikansa kansanrunojen kokoamiseen ja järjestelemiseen. Opintonsa hän lopetti kymmenen vuotta ylioppilaaksi tulonsa jälkeen saaden silloin lääketieteen ja kirurgian tohtorin arvon, käsitellen tohtorinväitöskirjassaankin kansanrunoudesta saatuja aiheita — sen nimi oli Suomalaisten loihtulääkinnästä.
Lääkärinä.
Aluksi oli Lönnrot lääkärinä Oulussa, mutta muutti sieltä pian Kajaaniin. Vaikka hän nyt toimikin lääkärinä, oli hänen mielensä sittenkin kiinni kansanrunoissa. Kajaani oli lähellä parhaita laulumaita, siksi hän sinne mielellään meni.
Lääkärinä Lönnrot oli pidetty. Hän esiintyi aina vaatimattomana, puvultaan kansanmiehen tapaisena, kaikille ystävällisenä ja kohteliaana. Luottamuksella kansa sen vuoksi hänen puoleensa kääntyi. Monissa muissa paikoissa lääkäreiden kalleus oli pakottanut kansanihmiset taudeissaan koettamaan saunaa, tervaa, viinaa, taikoja, ja kaiken maailman puoskareita, ennenkuin lääkäriin mennään. Lönnrotilla eli Lentruutilla, kuten kansa häntä Kajaanissa nimitti, oli niin halpa taksa, ettei se ketään pelottanut. 5 tai 10 kopekkaa varakkaammilta ihmisiltä ja köyhille neuvot ilmaiseksi. Hän oli näet piirilääkäri ja sai palkkaa valtiolta, joten katsoi voivansa tyytyä näin halpaan »taksaan» potilailta.
Suomenkielen professorina.
Ajatelkaa, lääkäristä tulee suomenkielen professori! Jos mies on ollut seppänä 50:n ikäiseksi ja sitten meille kerrottaisiin hänestä tulleen etevän räätälin, pitäisimme sitä mahdottomana. Vanhan lääkärin muuttuminen kielitieteen professoriksi tuntuu ensi kuulemalta vieläkin mahdottomammalta. Ja kuitenkin nimitettiin lääketieteen ja kirurgian tohtori Lönnrot v. 1853 suomenkielen professoriksi yliopistoon.
Nimitys saa selityksensä, kun muistamme, että Lönnrot jo ennen lääketieteellisiin opintoihin ryhtymistä oli tutustunut ja innostunut kansanrunoihin ja suomenkieleen, siihen kieleen, jolla näitä runoja laulettiin. Lääkärinä ollessaan hän teki lukuisia runonkeräysmatkoja, jopa varsinaisia kielitieteellisiä tutkimusretkiä suomenkielen ja sen läheisimpien sukulaisten alueella. Suomenkielen ja sen eri murteet hän tunsi perinpohjin, hän oli perehtynyt matkoillaan viron, vatjan, vepsän, lapin kieliin — kaikki tämä vaikutti sen että hän vihdoin, monen empimisen jälkeen, haki ja nimitettiin suomenkielen professoriksi. Sitä oli yleisesti toivottu ja ylioppilaat ottivat hänet riemulla vastaan.