Seuraavan hänen kirjoistaan arvellaan olleen katkismuksen. Mutta kun sitä ei ole säilynyt meidän päiviimme, ei asiasta olla varmoja.
Sen jälkeen hän julkaisi Rucouskirian. Se on suuri ja sisältörikas kirja. Aluksi siinä on almanakka, kaikellaisia hyödyllisiä neuvoja, sananlaskuja, luettelo paratiisin iloista ja helvetin piinoista, otteita eri evankeliumeista, sitten neuvoja papeille, joille hän m. m. sanoo:
»se on sangen heiy Pappi, ioca waan etzi watzans tarpet. Ja eij catzo HERRAS caria, jakain Opin Wijna maria Quin Reeskan Nahan ja Lihan wie ja sijtt eij Lauma wartioijtze.
Se on sangen häijy pappi joka vaan etsii vatsansa tarpeita eikä kaitse Herransa karjaa, jakain opin viinamarjaa, joka rieskan, nahan ja lihan vie ja sitten ei laumaa vartioitse.
Mutta seurakuntalaiset saavat myös osansa. Heidän on omantuntonsa rauhan vuoksi maksettava papeille palkat, sillä näiden jakama oppi on hyvä, kirkas, kallis kuin nisun jyvä. Ennen annettiin papeille rahaa, vaikka oppi oli huono, nyt useille tuskin ryysy palkaksi jää. Kaiken tämän jälkeen vasta tulee kirjan pääsisältö, rukoukset.
Suurin Agricolan kirjallisista töistä on Uuden Testamentin suomennos. Hän oli alkanut sen jo Saksassa ollessaan. Valmiiksi hän oli suomennoksen saanut aapisen ilmestyessä. Mutta hän ei voinut sitä julaista rahan puutteessa. Suomessa ei ollut ainoatakaan kirjapainoa. Painatustyöt täytyi suorittaa Tukholmassa. Sinne voitiin kulkea ainoastaan avoveden aikana, talvella ei ollut mitään yhteyttä Ruotsin kanssa. Ei ollut myöskään kustannusliikkeitä, vaan Agricola sai painattaa kirjat omalla kustannuksellaan. Painatustyötä valvomaan oli kustannettava Suomesta mies Tukholmaan. Vihdoin 1548 ilmestyi Se Wsi Testamenti. Agricolan käännös oli niin hyvä, että meidän päiviimme asti on se ollut pohjana uusille U. Testamentin painoksille.
Muut Agricolan teokset ovat: Käsikiria Castesta ia muista Christikunnan menoista; Messu eli Herran Echtolinen; Se meiden HERRAN Jesusen Cristusen Pina, ylesnousemus ja taivaisen Astumus, niste Neliest Euangelisterist coghottu; Davidin Psaltari; Weisut ja Ennustoxet Mosesen Laista ja Prophetista Wloshaetut sekä Ne Prophetat Haggaj, Sacharja, Maleachi. Käsikirjan ja Messun ilmestyttyä, kun Rukouskirja ja U. Testamentti entuudestaan olivat olemassa, kävi mahdolliseksi järjestää jumalanpalvelus luterilaiseen tapaan. Mutta vielä puuttuivat suomalaiset virret. Niitä koetti Agricola itse sepittää. Jonkun virren hän sai kokoon, mutta niitä ei tullut riittävästi jumalanpalveluksissa käytettäväksi. Latinan- ja ruotsinkielisiä virsiä täytyi määrätä kirkoissa laulettavaksi. Siten saatiin seurakunta edes jotenkuten ottamaan osaa jumalanpalvelukseen, jossa sillä ennen ei ollut mitään tehtävää.
Näitä suuria muistoja lukuunottamatta on Agricolan elämästä ja toimista säilynyt sangen vähän tietoja. Virkansa hän hoiti säännöllisesti tehden tarkastusmatkoja hiippakuntansa eri osiin. Eräällä matkallaan hän m.m. kävi Naantalin luostarissa, joka säilyi katolisuuden viimeisimpinä turvapaikkoina. Siellä mainitaan vielä 1575 olleen nunnia, jotka pyysivät apua Ruotsin katolismieliseltä kuningattarelta Katariinalta.
Seuraavana vuonna kuningas Juhana III:n käskystä luostarin rakennuksia vielä korjattiin.
Mutta tämän viimeisenkin luostarin asukkaiden oli täytynyt jo Agricolan aikana luopua monista katolisista tavoistaan. Vuonna 1591 kuoli viimeinen nunna, joten katolinen luostarilaitos silloin oli täydellisesti hävinnyt.