Sama lujuus ilmeni hänessä, kun hän julkaisi professorin virkaa varten väitöskirjansa taaskin suomeksi, aiheuttaen tällä teollaan ensi kerran huomattavan kielikiistan yliopiston virkanimityksissä, jota sitten on riittänyt ja edelleen näkyy riittävän sivu meidän päiviemme. Tosin tätä oli jo ennustettu; »Snellman ja kaikki järkevät ihmiset neuvoivat minua kirjoittamaan väitöskirjani ruotsiksi. Se oli seinälle puhuttu», sanoo Yrjö-Koskinen itse muistiinpanoissaan.
Snellman ajoi kansallisuuskysymyksessä lähinnä sitä suuntaa, että Suomen silloisen ruotsiapuhuvan herrasluokan eli sivistyneen säädyn olisi riisuttava päältään tuo vanhentunut ja uusissa oloissa entistään käymättömämpi ruotsinkielinen pukunsa ja esiinnyttävä uusien olojen vaatimassa supisuomalaisessa asussa: s.o. käytettävä suomea sekä virka- että perhekielenä. Sillä Snellmanin käsityksen mukaan herrasluokan perinnäinen sivistyspääoma jo itsestään oli niin suuri, että varsinaiseen kansaan kuuluvain oli sitä ensi polvissa vaikea saavuttaa, ja siitä syystä hän esim. suosi kaksikielisiä kouluja, niissä kun herrasluokan pojat oppisivat tarpeeksi suomea ja siten muka vähitellen suomalaistuisivat. Niin paljon kuin Snellmanin puheessa sivistysperinnöstä ylimalkaan onkin totta, katseli Yrjö-Koskinen nuorempana ja käytännöllisenä miehenä Suomen oloja silmällä pitäen tätä asiaa toisessa ja nähdäksemme myöskin tosiasiallisemmassa valossa. Hänen mielestään oli suomea puhuva rahvas kokonaisuudessaan nostettava sivistykseen ja arvoon ja ennen kaikkea sen omasta keskuudesta oli kohoava se uusi sivistynyt sääty, joka oli muodostava uuden suomalaisen Suomen, suomalaisen ylimpiä tieteen ja hallinnon istuimia myöten. »Se oli hänen harrastustensa alku ja loppu», lausuu tästä hänen elämäkertansa kirjoittaja. Ja tästä hänen kansanvaltaisesta katsantokannastaan johtui ennen muuta hänen valtiollinen kantansa sekä koulu- ja muut valistusharrastuksensa ja kirjallinen toimintansa. Tämä se pakotti Yrjö-Koskisen esim. ensimäisten ja innokkaimpien joukossa puuhaamaan kansalle kansankirjastoja kotiopintojen ohjaamiseksi, ja sen katsantokannan hedelmä on sekin, että Suomessa ehkä suuremmassa määrässä kuin missään muussa Europan maassa varsinaisen rahvaan lapset, yksinpä monien mökkiläisten ja pienipalkkaisten päiväläisten ja muiden vähäväkisten pojat ovat päässeet kulkemaan suomenkielisten oppikoulujen kautta korkeimmille opinahjoille ja siten yhteiskunnan huomattaviksi ja hyödyllisiksi jäseniksi.
On jo edellä sanottu että hänen pääaineensa oli isänmaan historia. Ensimäinen huomattavampi julkaisu siltä alalta oli Nuijasota, sen syyt ja seuraukset, joka yhä edelleen on todellinen merkkiteos alallaan. Sen jälkeen seurasi useita erikoisjulkaisuja Suomen historian alalta, m.m. esitelmä Yrjö Mauno Sprengtportenista ja Suomen itsenäisyydestä, joka kosketellen arkaa ja väittelynalaista asiaa nosti paljon hälinää ja vastustusta. Mutta sitten vasta elämä nousi, kun 1869—72 ilmestyi »Suomen kansan historia vanhimmista ajoista nykyaikaan asti». Suomessa oli sitä mukaa, kuin suomalaisuuden harrastukset elpyivät, kehittynyt myöskin niitä vastustava puolue. Snellmania ja hänen aikalaisiaan sanottiin »fennomaaneiksi» (»suomikiihkoisiksi»), mutta Yrjö-Koskista ja hänen aikalaisiaan, joiden käsitettiin vielä häikäilemättömämmin ajavan suomalaisuuden asiaa, ruvettiin nimittämään »jung-fennomaaneiksi» (nuor-suomikiihkoisiksi). Samoin oli ruotsalaisesta alkuaan »liberaaleiksi» (vapaamielisiksi) itseään nimittävästä puolueesta eronnut jyrkkä »viikinkien» ryhmä, joka, kuten nimestäkin jo voi päättää, piti itseään täällä Ruotsinmaan siirtolaisina ja jonkunlaisina ruotsalaisen sivistyksen etuvartijoina. Näiden viikinkien taholta nyt käytiin kiivaasti Yrjö-Koskisen ja hänen Suomen historiansa kimppuun, koska siinä oli asiat esitetty suomalaisten eikä ruotsinmaalaisten näkökulman mukaan. Kun tästä laajasta kirjasta otettiin lyhennetty laitos kansakoulujen oppikirjaksi, kielsi ruotsalaisten vallassa oleva kotimainen hallituksemme sitä kouluissa käyttämästä. Tästä seurasi suuri innostus koko maassa, ostettiin sekä suuren että pienen historian painokset loppuun, kerättiin 10,000 mk:n kunnialahja, jolla ostettiin oppikirjan kustannus-oikeus, ja Yrjö-Koskisen nimi tuli yhä tutummaksi jokaisessa aikaansa seuraavassa suomalaisessa — ja ilmeisesti myös ruotsalaisessa — kodissa.
Mutta ei se ollut ainoastaan tuo ulkoa päin tullut Yrjö-Koskiseen ja hänen Suomen historiaansa kohdistunut, vaikka tietysti suomalaista kansallishenkeä tähtäävä sorto ja häväistys, joka sai sen ajan suomalaiset intoihinsa, vaan myös sisäinen riemu siitä, että tässä kirjassa kumoamattomasti todistettiin Suomen kansalla olleen ja edelleen olevan itsenäinen historia ja asema kansojen joukossa. Itse Snellman vanhus piti siitä ylioppilaille innostuneen puheen, jossa hän m.m. lausui, että »näinä päivinä on meidän maalle yksi sen isänmaallisimpia miehiä antanut lahjan, joka on todella lohdutuksen lahja». Ja Paavo Cajander puhkesi laulamaan:
»Ja alat, joita peitti unheen laineet,
Nyt auraamaan käy Yrjö Koskinen.
Ja kansan onnen vaiheet, työt ja maineet
Nyt astuu kirkkahina ilmoillen.
Ja Suomalainen tuntee rinnassansa
Nyt Suomalaiseks itsensä; ja kansa
Täys’ikäisyyden valtakirjan saa.»
»Suomen kansan historian» kirjoittaminen oli jo yksinään sellainen suurtyö kauvaskantavan merkityksensä tähden, että sellaisia vaan harvoin suoritetaan kansain elämässä, ja sen suorittaja on ansainnut paikan kansansa muistettavimpien miesten joukossa.
Saadaksemme täydellisemmän kuvan Yrjö-Koskisen elämäntyöstä, tulisi meidän kiinnittää erityistä huomiota hänen laajaan vaikutukseensa ahkerana sanomalehtikirjailijana. Sillä alalla on hän Snellmanin rinnalla ilman vertaistaan Suomessa. Näissä kidutuksissaan kosketteli hän kaikkia päivän tärkeitä kysymyksiä eri aloilta, koulu- ja sivistyskysymyksiä, kirkollisia, kunnallisia, taloudellisia asioita y.m. ja teki sen aina itsenäiseltä kannalta ja perinpohjaisella asiantuntemuksella. Erityisemmin huomattavia olivat tietysti ne kirjoitukset, joissa hän taisteli suomenkielen oikeuksien, suomenkielisten koulujen ja yleensä suomalaisen sivistyksen puolesta. Hänen kirjoitustapansa ei yleensä ollut lennokasta tai häikäisevää, mutta sitä enemmän tarkoin mietittyä, asiallista ja sattuvaa, jopa kirvelevän sattuvaa. Ei ollut hyvä löyhillä perusteilla antautua hänen kanssaan väittelyihin. Ja ruotsinmieliset vastustajat saivat kyllä monasti häneltä masentavia ja järkyttäviä iskuja. Tämän vuoksi ja koko lujan, horjumattoman persoonansa ja tietorikkautensa vuoksi oli hän sillä taholla suorastaan pelätty ja vihattu vastustaja. Suomalaisuuden harrastajat sitävastoin oppivat hänessä näkemään aatteidensa jalon ja pelkäämättömän tulkin, pyrintöjensä voimakkaan tienraivaajan, puolueensa taatun johtajan, joka kaikilla aloilla, valtiopäivillä, sanomalehdissä ja missä vain tilaisuutta oli, valppaasti ja taitavasti ajoi suomalaisen kansan etuja.
Vähitellen alkoi taistelu suomalaisuuden puolesta kantaa hedelmiä. Ruotsinmielisten valta-asema alkoi horjua. Paha reikä tuli sen muureihin itse senaatissakin, joka siihen asti oli ollut yksinomaan ruotsinmielisistä kokoonpantu. Tapahtui nimittäin v. 1882 kenraalikuvernöörin vaihdos. Hermostunut ja etenkin suomenmielisyydelle ärtynyt kreivi Adlerberg väistyi kenraalikuvernöörin virasta ja hänen tilalleen tuli maltillinen kreivi Heiden. Samaan aikaan tapahtui senaatin valtaluvan uudistus, jolloin kiivaimmat ruotsalaisuuden edustajat sieltä saivat väistyä ja valtiopäivillä erityisesti kunnostautuneet yliopiston opettajat Yrjö-Koskinen ja Leo Mechelin astuivat sijaan. Yrjö-Koskinen senaatissa ja lisäksi vielä aatelissäätyyn korotettuna! Mikä kauhistava, jopa kerrassaan uskomaton uutinen oli se ruotsinmielisillemme! Asema näytti sitä hirveämmältä, kun se suomenkielen asetus, minkä Snellman oli saanut aikaan 1863, oli nyt 20-vuotisen valmistusajan kuluttua seuraavana vuonna 1883 astuva voimaan, eikä tällä valmistusajalla oltu tehty mitään asian edistämiseksi ja muutoksen helpottamiseksi. Ja nyt oli itse Yrjö-Koskinen senaatissa sitä toimeenpanemassa, hän, joka sekä sanomalehdissä että valtiopäivillä oli johtanut tyytymättömyyden osotuksia kieliasetuksen myöntämän valmistusajan laiminlyömisestä. Kaikki kuitenkin järjestyi verraten hyvästi tunnetun »paikalliskieliperiaatteen» pohjalla.
Aluksi tuli Yrjö-Koskinen senaatissa verraten vähäpätöisen Kamaritoimituskunnan päälliköksi, mutta pani heti toimeen metrijärjestelmän käytäntöönottamisen ja useita muita uudistuksia. Kolmen vuoden päästä tuli hänestä kirkollisasiain toimituskunnan, siis myös koululaitoksen, ylin päällikkö, jossa toimessa hän sitten oli eroonsa asti eli 14 vuotta.
Yrjö-Koskisen osallisuus maamme koulu-asiain käsittelyssä oli kuitenkin alkanut jo kolmisenkymmentä vuotta aikaisemmin, kuten olemme jo edellä viitanneet. Kun 1856 ruvettiin innokkaan suomalaisuuden ystävän, piirilääkäri Schildt’in (Kilpisen) johdolla puuhaamaan Jyväskylään oppikoulua, jossa opetuskielenä olisi suomi, ensimäistä sellaista koko maahan, mutta kun alkoi kuulua huhuja, että koulusta vallanpitäjät tekevätkin ruotsinkielisen, julkaisi Yrjö-Koskinen 1857 Suomettaressa voimakkaan kirjoituksen, jonka hän päättää ytimekkäällä tavallaan: »Suomenkielinen yläalkeiskoulu Jyväskylään taikka ei ollenkaan koulua.» Koulusta tuli kuitenkin aluksi kaksikielinen, koska valtaluokan mielestä se oli oiva keino kasvattaa suomalaisistakin ruotsalaisia ja siis lujentaa ruotsalaisuuden valtaa ja taas monen suomenmielisen mielestä se oli ainoa keino saada virkamieskunta oppimaan suomea ja siis suomalaistumaan.