Kanslerin virka uskottiin hänelle harvinaisten olosuhteitten vallitessa. Venäjän opetusasiain ministeriltä Sadovskilta saapuneessa kirjoituksessa joulukuun 15 (27) p:ltä 1808 velvoitettiin konsistori, yliopiston "konstitutsioonien" mukaisesti, valitsemaan yliopistolle kansleri. Mutta asia oli arveluttava, kun edellinen kansleri, kreivi K.A. Wachtmeister, ei vielä ollut virasta luopunut, jota paitsi onnellinen vaali uusissa oloissa voi olla vaikeaa. Konsistori pyysi sen vuoksi, että keisari itse tällä kertaa valitsisi kanslerin. Keisari Aleksanteri otti pyynnön suosiollisesti huomioonsa ja päätti antaa tämänkin kunniakkaan tehtävän Speranskille. Ennen nimityksen tapahtumista näyttää keisari kuitenkin asiasta ilmaisseen ajatuksensa Tengströmille, sillä kirjeessä huhtikuun 25 p:ltä 1809 lausuu tämä tietävänsä keisarin "armolliset tarkotukset tässä kohdassa", jonka ohella hän tekee Speranskille pyynnön "ettette enää kauemmin kieltäisi meiltä huolenpitojanne ja hyviä töitänne ja että antaisitte meille uusia syitä rakastaaksemme ja kunnioittaaksemme Teitä". Muutamia päiviä sen jälkeen huhtikuun 19 (toukokuun 1) p:nä saapui opetusasiain ministeriltä konsistorille ilmoitus Speranskin lopullisesta nimittämisestä.[11]
Tengström toivotti Speranskille onnea kirjeessä toukokuun 29 p:ltä m.m. seuraavin sanoin:
— Ottakaa vastaan nöyrä onnentoivotukseni uuteen virkaan, jolla H.K.M. on kunnioittanut Teitä. Totta on, että akatemiallisista asioistamme tulee lisää tointa T. Ylh:llenne, mutta hyvä kansalainen ei koskaan väsy hyvää tehdessänsä, ja tieteiden ja taiteiden valistuneena ystävänä on T. Ylh. epäilemättä kirjalliselle laitoksellemme omistetuista huolenpidoista löytävä lepoa vaivaloisempain ja vaikeampain töitten ohella. Mitä minuun tulee, olen minä, jolla on kunnia olla saman yliopiston varakansleri, tekevä velvollisuuteni täyttääkseni T. Ylh:tenne toivomuksia ja niin paljon kuin mahdollista helpoittaakseni teidän hallintoanne.[12]
Porvoossa heinäkuun 7 (19) p. 1809 päivätyssä, yliopiston rehtorille ja konsistorille osotetussa ruotsinkielisessä kirjoituksessa käyttää Speranski puolestaan mitä ystävällisimpiä sanoja.[13] Hän huomautti, että oma ansio ei ollut saattanut keisaria antamaan hänelle kanslerintointa, vaan että Aleksanteri siinä oli ainoastaan kiinnittänyt huomiota siihen tieteiden rakkauteen, joka alati yhtä lämpimänä oli seurannut häntä kaikissa hänen elämänsä vaiheissa. Hän jatkoi sitten:
Tottumattomana sen laatuisiin tehtäviin, jotka nyt vaativat toimenpiteitäni, ja kiinnitettynä muihin, joista ei jää paljon aikaa yli, en juuri toivoisi, hoitaessani uutta tointa, johon Hänen Majesteettinsa armo on minut kutsunut, voivani täyttää hänen aikomuksiaan ja teidän vaatimuksianne, Hyvät Herrat, jollen teidän luottamukseltanne ja teidän tiedoiltanne odottaisi sitä apua, joka minulle on niin välttämätön ja tuiki tarpeellinen.
Pääasia, jota Tengströmin ja Speranskin kirjevaihto sitten kosketteli, oli yliopiston taloudellisten olojen parantuminen, jota keisari oli luvannut jo ennen kuin Speranski ryhtyi kanslerinvirkaan. Lakkaamatta palasi Tengström tähän asiaan, samalla kuin Speranski puolestaan osottautui taipuvaiseksi kannattamaan hyvinkin suuria toivomuksia. Vihdoin saavutti Tengströmin ja konsistorin valmistama vuosirahasääntö, Speranskin sitä esittäessä, melkein kaikessa keisarin hyväksymisen, josta konsistorille annettiin tieto kanslerinkirjeessä helmikuun 14 (26) p:ltä 1809. Keisarin osottama armo oli, niin kirjoitti Speranski, hänelle vilpittömimmän ilon aihe. Vastaisuudessakin olisi hänen mieluisimpia velvollisuuksiaan kyvyn mukaan edistää akatemian parasta. Uuden, helmikuun 10 (22) p. 1809 annetun vuosirahasäännön kautta sai yliopisto kuusi uutta professorinvirkaa, kaksitoista apulaisenvirkaa, kolme lehtorinvirkaa sekä melkoiset määrärahat opettajain aseman parantamista, kirjastoa ja tieteellisiä laitoksia varten. Ei ihmeellistä sen vuoksi, että ilo puhkesi mitä vilkkaimmin ilmi. Konsistorin kiitoskirjoituksessa Speranskille lausutaan: "Onnellisimmin aavistaen sitä yhtä terävää ja sattuvaa silmää kuin lämmintä ja puhdasta todellisen tieteellisen viljelyksen rakkautta, joka aina on ollut T. Ylh:tenne erityinen ominaisuus, toivoi konsistori itselleen sen kanslerin, jonka se sai, ja se näkee, että toivo, joka seurasi hänen nimitystään, vaikka se korkealle kohosikin, kuitenkin enemmän kuin täyttyi".[14] Kaksi päivää kestävä kiitosjuhla puheineen vietettiin, muistoraha lyötiin, ja kiitoslähetystö, Tengström puheenjohtajana, laitettiin Pietariin. Speranski otti heidät vastaan ystävyydellä, joka Tengströmin sanain mukaan "eläisi heidän ikuisessa muistossaan ja kehottaisi heitä yhä enemmän koettamaan ansaita hänen jaloa suojelustaan". — On totta, että uuden vuosirahasäännön hyvät vaikutukset eivät aivan välittömästi tulleet näkyviin, sillä uusien paikkain täyttäminen sopivilla henkilöillä ei ollut helppoa. Mutta yliopiston vastaisen kukoistuksen mahdollisuus oli saatu.
Speranski oli erityisesti tyytyväinen siitä, että Venäjän kielen lehtori uuden vuosirahasäännön mukaan kiinnitettäisiin yliopistoon. Hän valitsi itse sopivan henkilön virkaan ja lähetti samalla venäjän kielen ylimääräisen lehtorin Turkuun, jotta venäjän kielen opinnot sitä enemmän edistyisivät. Mutta niin suuresti kuin hän harrastikin aineen opetuksen vauhtiin pääsemistä yliopistossa, ei hän koskaan tahtonut ulkonaisilla pakkokeinoilla saavuttaa tätä tarkotusta.
Asia, jossa yliopiston miehet vielä toivoivat hänen kannatustaan, oli kauan sitä ennen alotetun yliopistorakennuksen loppuun saattaminen. Kirjeessä maaliskuun 22 p:ltä 1812 koskettelee Tengström asiaa, huomauttaen rakennuksen välttämättömyyttä, niin kalliiksi kuin se tulisikin. Mutta kirjeeseen on merkitty, että se on palannut avaamattomana. Maaliskuun 17 (29) p. sattuneen tapauksen jälkeen lähetettiin Speranskin kirjeet takasin avaamatta. Siten keskeytyi keskinäisen kunnioituksen ja rakkauden ilmaisuista niin rikas Speranskin ja Tengströmin välinen kirjevaihto.
Ei kestänyt kauan, ennen kuin virallistakin tietä saatiin tieto tapahtumasta, joka oli murskannut Speranskin aseman, tosin sangen peitellyssä muodossa. Toukokuun 1 p. 1812 luettiin konsistorissa kanslerinsihteerin L.G. v. Haartmanin kirje huhtikuun 10 (22) p:ltä 1809, sisällykseltään näin lyhyt:
Kun H.M. Keisari nyttemmin on nimittänyt ali-amiraali ja ritari Shishkovin valtakunnansihteeriksi ja samalla selittänyt, että ent. valtakunnansihteeri, salaneuvos ja ritari y.m. Mikael Speranski ei enää voi pitää K. Akatemian kanslerinvirkaa, on H.M. Keisari armossa suvainnut käskeä minun kehottamaan Herra Piispaa ja Akatemian konsistoria heti valitsemaan toisen kanslerin mainitun salaneuvoksen sijaan.