Atanasius aikoi ensin lähteä keisarin puheille, mutta huomattuaan että hänen henkeänsä väijyttiin, etsi hän turvapaikan erämaan erakkojen luona. Konstantius raivosi: elävänä tahi kuolleena oli tuo uppiniskainen, taipumaton piispa tuotava hänen luoksensa! Riemuten huusivat pakanat: "eläköön keisari ja Ariukselaiset; me olemme heidän puolellansa". Erämaahan marssi sotajoukko Atanasiusta etsimään. Se saapui Tabennaen luostariin, missä vainottu piispa oli. Mutta turhaan koetti päällikkö pakottaa munkkeja ilmaisemaan hänen piilopaikkansa — kernaammin olisivat he antaneet hakata itsensä kappaleiksi kuin pettäneet jalon miehen. Horjumatta puolusti Atanasiuksen seurakuntakin uskoansa. Useoita rääkättiin, toisia vietiin nääntymään erämaahan, vaan urhoollisesti kestivät nämä tunnustajat kaikki tuskat, kiittäen ja ylistäen Herraa, jonka totuuden puolesta he taistelivat. On meistä kuin näkisimme iltaruskon taivaan ranteella; se virtaapi marttyyriaikakauden laskeneesta auringosta. Ei ollut Atanasius turhaan tehnyt työtä Aleksandrian seurakunnassa!
Jonkun ajan kuluttua siirtyi uskonsankari kauemmas erämaahan. Oleskellen Egyptin äärimmäisillä rajoilla sepitti hän useoita kirjoituksia Ariukselaisia vastaan, selittäen, kehittäen kirkon sorrettua tunnustusta. Ulkona maailmassa kerskasivat viholliset voitostansa, maalliset edut houkuttelivat monen Nicaean tunnustuksen ystävänkin luopumaan oikeasta uskosta; harhaoppisuus on vallalla Herran seurakunnassa. Mutta tuon tuostakin saapuu neuvoja, kehotuksia oikeauskoisuuden sorretuille puolustajille. Lähetyskirjeitä tuodaan erämaasta; niiden alla on Atanasiuksen nimi. Nuoruutensa muistojen innostuttamana on hän niitä kirjoitellut; luja usko, horjumaton toivo, palava rakkaus antavat sanoille ihmeellisen voiman. — Atanasiuksen seurassa oli muutamia uskollisia ystäviä, ja erakkojen jalo esimerkki kehotti heitä kilvoittelemaan hyvää kilvoitusta. Tänne eivät kuuluneet meluavan maailman kevytmieliset äänet, täällä palveltiin Herraa hengessä ja totuudessa. Vihollisparvet eivät löytäneet tietä tänne; hiljaa lähestyi vain historian haltijatar — kuunteli ja piirsi aikakirjoihinsa kauniin kertomuksen siitä, miten täällä kirkon sydän silloin sykki.
Kuusi vuotta oleskeli Atanasius erämaassa. Niiden vieriessä olivat Ariukselaiset riitaantuneet keskenänsä ja keisari horjui eri puolueiden välillä, tietämättä mihin liittyä. Toiset opettivat ettei Poika ole Isän kaltainenkaan, toiset taasen kokivat pelastaa edes oikeauskoisuuden varjon vastustamalla tätä ariukselaisuuden johdonmukaista johtopäätöstä, vaikka he kyllä eivät myöntäneet Pojan olevan Isän vertaisen. Edellisiä kutsuttiin Anomoealaisiksi, viimmemainituita Semiariukselaisiksi. Myötäänsä pidettiin keskusteluita ja kokouksia, mutta häiriö kävi päivä päivältä yhä arveluttavammaksi. Sillä kannalla olivat asiat Konstantiuksen kuollessa (361). Sattuva on erään pakanallisen historijoitsijan, Ammianus Marcellinuksen arvostelu tästä keisarista. Hän sanoo hänen sekoittaneen taikauskoa tuohon "yksinkertaiseen Kristus-uskontoon", virittäneen lukemattomia turmiollisia riitoja sekä häirinneen valtakunnan kyytijärjestystä lähettämällä piispoja kokouksesta toiseen.
Olemme nähneet, miten kristityt noiden alituisten riitojensa kautta, olivat ikäänkuin kiihottamalla kiihottaneet vanhaa pakanuutta virkistymään uuteen eloon. Se oli kyllä kuolemaan tuomittu eivätkä mitkään kohtaukset enää saattaneet valmistaa sille pysyväistä kotia Rooman keisarikunnassa, mutta vielä sitä kuitenkin oli olemassa eikä se tarvinnut kuin sopivaa hetkeä tarttuaksensa ruostuneisin aseisinsa vielä kerta hätyyttääksensä Jesuksen tunnustajia. Ja tämmöinen hetki joutuikin pian, valtaistuimelle kun nousi Julianus. Tätä onnetonta hallitsijaa, jolle on annettu liikanimi Apostota (uskosta luopunut), oli kyllä lapsuudesta saakka kasvatettu kristinuskoon, mutta mitä surkeimmassa muodossa oli sitä häneen tyrkytetty, ja juonia, kavaluutta, väkivaltaisuutta vain oli hän tavannut sen tunnustajissa. Nuo myrkylliset siemenet itivät nuorukaisen luonnosta jalossa sydämmessä: hän alkoi halveksia, ylönkatsoa, vihata noita kurjia imartelijoita, vaikka hän vielä oli vaiti, huolellisesti salaten kaikilta ajatuksensa. Mutta muistiinsa hän kätki kristittyin kaikki synnit, vartoen hetkeänsä. Etsien ravintoa tyhjälle, isoovalle sielulleen, luki hän ahkeraan vanhojen pakanallisten kirjailijain teoksia, ihastuen niihin ihastumistaan. Rooman muinaisuus, nuo pakana-ajan toimittamat suuret urotyöt, esi-isien urhoollisuus ja yksinkertaiset tavat lumosi hänen sydämmensä ja sai sen sykkimään. Keisariksi päästyänsä päätti Julianus kuolleista herättää Rooman muinaisuuden sekä kukistaa kristinuskon, joka siltä oli valtikan riistänyt. Miten turhaa, mahdotonta!
Väkivaltaisesti Julianus kuitenkaan ei tahtonut menetellä, hän valitsi toisia välikappaleita päästäksensä tarkoitustensa perille. Säilyneet pakanalliset temppelit avattiin jälleen, ränstyneitä korjattiin, uusia rakennettiin, ja väsymättömällä innolla ryhtyi keisari itse pakanuuden ylimmäisenä pappina uhraamaan ja jumalanpalvelusta johtamaan, Sairas- ja köyhäinhuoneita valmistettiin; "kirotut Galilealaiset [Tällä haukuntanimellä tarkoitti Julianus kristityitä.] älkööt olko ainoat köyhiä auttamassa" oli keisarin tapana sanoa. Kouluja perustettiin, filosofeja ja puhujoita, joista viimmemainituista etenkin Libanius pääsi Julianuksen suosioon, kutsuttiin Konstantinopoliin edistämään hänen yritystään, "uudistamaan Rooman vanhaa kunniaa ja saamaan sen asukkaita luopumaan kapinasta kuolemattomia jumalia vastaan". Ivalla ja ylönkatseella koki hän tämän ohessa masentaa kristinuskon tunnustajia, levittämällä heistä jos minkäkaltaisia juttuja, pilkaten heitä kielellä ja kynällä. Uskonnollisten puolueiden kiistoja hän ei suinkaan koettanut estää; näyttääpä päinvastoin siltä kuin olisi hän kehottanut kristityltä niitä jatkamaan, vaikka kyllä toiset arvelevat tätä väitöstä perättömäksi. Oli miten olikin: kaikki maanpakoon ajetut piispat kutsuttiin takasin, ja täten pääsi Atanasiuskin jälleen virkaansa.
Kuusi vuotta oli hän ollut poissa. Erämaan hiljaisuudessa on hänen mielensä tyyntynyt, hän on lempeämpi, hellempi kuin ennen. Mutta yhtä horjumaton kuin menneinä päivinä on hänen uskonsa, yhtä vakaat mielipiteensä. Ei korkea ikänsä eivätkä vaarat ja kärsimiset ole lannistaneet hänen voimiansa: työhön hän jälleen ryhtyy. Mutta hänen ensimmäisenä toimenansa on nyt julistaa rauhan sanomaa kaikille kristityille: hän kutsuu harhaoppisia palajamaan kirkon yhteyteen, luvaten vastaanottaa heidät, kun vain katuvat erehdyksensä, rikoksensa ja yhtyvät hänen kanssansa noudattamaan Nicaean tunnustusta. Kehotus on saman Atanasiuksen, joka ennen nuoruuden tulisella innolla taisteli Ariukselaisia vastaan ja sittemmin uhrasi miehuutensa paraat voimat samalle taistelulle! Esiintyikö hän suurempana Nicaean kokouksessa, missä uskonsa kesti tuon vaikean koetuksen oppineiden vastustajain koettaissa häntä eksyttää, kuin nyt vanhuutensa päivinä? Oliko hänen käytöksensä Konstantiuksen hallitessa, jolloin toivonsa ei sammunut, vaikka oikeauskoisuuden tulevaisuus näytti niin synkän toivottomalta — oliko taistelunsa silloin ylevämpää laatua kuin näinä aikoina, jolloin hän kehotti Ariukselaisia parannukseen ja sovintoon? Atanasiuksen ystävät olisivat vastanneet näihin kysymyksiin soimaamalla häntä heikoksi, ja tiedämme monen heistä rikkoneen kaiken yhteyden hänen kanssansa — mutta kirkkohistoria tuomitsee toisin. Se todistaa hänen nyt vielä jalommin kuin milloinkaan ennen puolustaneen Nicaean tunnustusta, kehottaen meitä muistamaan apostolin sanoja: "usko, toivo ja rakkaus pysyvät; vaan suurin niistä on rakkaus".
Pian huomasi Julianus tämmöisen miehen olevan hyvinkin haitallisen. Poiketen käytöksestään kristityitä kohtaan käski hän Atanasiuksen heti lähteä takasin maanpakoon, uhaten rangaista Egyptin maaherraa, jollei "tuo Rooman jumalain vihamies" pikimmiten olisi poissa. Taas täytyi Atanasiuksen erota seurakunnastaan. Tyyneenä, nöyränä lähti hän yliseen Egyptiin (362), lausuen murheellisille ystävilleen: "olkaat huoletta, tämä ei ole kuin pilvi, joka pian menee ohitse".
Julianus ei ollut suotta kiihottanut pakanoita vihaamaan Jesuksen tunnustajia, eikä aikaakaan, niin hän ei enää voinut heidän raivoansa hillitä. Monessa paikoin kidutettiin ja surmattiin kristittyjä säälimättä. Mutta hänen pyrintönsä herättää Rooman muinaisuus uuteen eloon ei ollut kuin pettävä kangastus, eksyttävä unelma, jonka toteuttaminen oli mahdottomia mahdottomampi. V. 363 kaatui Julianus taistelussa eräällä sotaretkellä Uus'-Persian valtakuntaa vastaan. Kuollessaan sanotaan hänen lausuneen: "sinä voitit Galilealainen!" Hedelmättömäksi jäi hänen elämänsä, "oudoksi kummitukseksi ihmiskunnan historiassa". Mitä ankarimmalla tuomiolla ovat kristityt monesti tuominneet tätä onnetonta hallitsijaa, lukuunottamatta mitä kirkko oli rikkonut häntä vastaan, ennenkuin hän rupesi sitä sortamaan, ajattelematta että hän monine jaloine omaisuuksineen on oikeutettu vaatimaan meiltä sääliväisyyttä, jos kohta ei muutakaan!
Keisari Jovianus kutsui Atanasiuksen takasin, ja näyttipä nyt siltä kuin koittaisivat tälle kärsimisiin harjaantuneelle miehelle vihdoinkin rauhalliset päivät, sillä vaikka seuraava keisari Valens oli mieltynyt ariukselaisuuteen, ei hän kuitenkaan vainonnut Nicaean tunnustuksen puolustajia. Mutta vielä kerta täytyi hänen kuitenkin paeta vainoa, ennenkuin hänen kärsimistensä mitta oli täytetty. V. 367 saivat näet Ariukselaiset Valensin pakottamaan kaikkia Konstantinus suuren virasta erottamia piispoja lähtemään maanpakoon. Turhaan rukoili Aleksandrian seurakunta armoa vanhalle paimenelleen: hänen täytyi lähteä! Neljä kuukautta piileili Atanasius isänsä hautakammiossa, kunnes Valens peruutti tuomionsa. Hän kuoli Aleksandriassa v. 373. 46 vuotta oli hän ollut piispana, vaan tämän ajan kuluessa oli hän ollut 20 vuotta maanpakolaisena.
Tämmöinen on Atanasiuksen elämäkerta. Se ei tarvitse puolustusta esiintyäksensä uskonsankarin elämäkertana, miten vaillinaisesti sen olemmekin kertoneet. Atanasius oli Jumalan valittu välikappale taistelussa totuuden ja puhtaan opin puolesta ja semmoisena on hän luettava tämän aikakauden suurimpain kirkkoisien joukkoon. Uskollisesti, urhoollisesti hän kesti kovimmatkin koetukset elämänsä loppuun asti, ja muuttumattoman jalona on hänen nimensä aina säilyvä kirkkohistorian lehdillä. Erehtyväinen ihminen hänkin oli, mutta yksi niitä, joiden kautta kaikkivaltias Jumala toimittaa suuria seurakuntansa voitoksi taistelussa sen vihollisia vastaan. — Atanasius on saanut kunnianimen "puhdasoppisuuden isä".