Jumalanpalveluksenkin järjestämisen suhteen on Kaarle Suuri vaikuttanut paljon. Hän perusti erityisiä kouluja Gregorius Suuren kirkkoveisun opettamista varten, jotta nuo juhlalliset säveleet pääsisivät Jumalaa ylistämään kansainvaellusten kansojenkin huulilla. Achenin tuomiokirkossa kuultiin Kaarle Suuren aikana germanilaisen kristikunnan ensimmäisten urkujenkin soivan. Ne oli Itä-Rooman keisari Mikael I hänelle lahjoittanut. Senaikuiset kirjailijat kiittävät niiden ääntä valtaavan mahtavaksi ja ihmeen suloiseksi.
Alppien pohjoispuolella löytyvät kirkot olivat tähän aikaan vielä yksinkertaiset ja pienet sekä miltei kaikki puusta. Keskiajan rakennustaide, joka myöhemmin loi niin ihmeteltävän jaloja rakennuksia, oli vielä kehdossaan. Mutta sitä nähtävämpänä ovat sen sijaan nuo taikauskon ja väärälle uralle eksyneen kristinuskon synnyttämät turmiolliset ilmiöt, jotka myöhempien aikojen rakentamien kirkkojen komeiden holvien suojassa vuosisatojen kuluessa eksyttävät ihmisiä. Ukkosenilman, vihollisen sotajoukon tahi muun onnettomuuden lähestyessä soivat kirkonkellot, joita tältä ajalta ruvettiin käyttämään. Niiden luultiin nim. voivan poistaa pahojen henkien tuhotöitä. Kaarle Suuri kielsi tämän taikauskoisen tavan, niinkuin myöskin kirkonkellojen "pyhällä öljyllä" voitelemisen ja siunaamisen kolmiyhteisen Jumalan nimeen, jonka tavan taikauskon varjostama, henkimaailman salaisuuksille vieraantunut kristinusko oli keksinyt. Kuinka suuressa määrässä hän oli päässyt kohoamaan aikansa katsantotavan yli, todistaa muun ohessa myöskin hänen käsityksensä kirkonkuvista. Kuten vasta saamme nähdä, riideltiin itäisessä kirkossa juuri hänen aikanaan tästä asiasta, ja yhä suuremmalla innostuksella vaativat Konstantinopolin kristityt, sekä oppimattomat että oppineet, itselleen oikeutta saada kuvia palvella. Kun tähän vielä lisäämme, että sama eksyttävä tapa jo Gregorius Suuren ajoista alkaen runsain käsin oli kylvänyt myrkyllisiä siemeniään läntisenkin kirkon jumalanpalvelukseen, täytyy meidän todellakin ihmetellä Kaarle Suuren käytöstä tämän kysymyksen suhteen. Hänen kehotuksestaan kirjoitti hänen oppinut ystävänsä Alkuin (k. 804) kirjan, jossa muun ohessa huomautetaan siitä, ettei Jumalan ja pyhimysten töitä voida aistillisesti kuvata, ne kun ovat hengellistä laatua. "Niillä mahtanee olla kehno muisti, joita ei kuvien välityksettä voi saada Jumalaa kiittäen palvelemaan, niiden henki on epäilemättä heikko, jotka eivät kuvien avutta pääse kohoamaan aistillisuuden yli. Yleensä ei Jumala ole etsittävä näkyväisistä, vaan sydämestä; salaisuutemme ovat hengellistä laatua," kirjoittaa hän. Mutta toiselta puolen ei Kaarle Suuri myöskään tahtonut millään tavoin kannattaa vastapuolueen, etenkin itäisessä kirkossa raakaan väkivaltaisuuteen pukeutuvaa vaatimusta, että kysymyksessä olevan paheen estämiseksi kaikki kuvat ja koristukset olivat kirkoista poistettavat. Hänen kauneudenaistinsa tarjosi tässä kohden, niinkuin monessa muussakin suhteessa, kättä hänen valistuneelle uskonnolliselle käsitykselleen. Vaikka paavi Hadrianus I, joka puolusti kuvien palvelemista kirkoissa, julkisesti vastusti Alkuinin kirjaa, pysyi Kaarle mielipiteissään, koettaen saada frankilaisen kirkon pappeja niitä noudattamaan. V. 794 pidettiin tässä tarkoituksessa kirkolliskokous Frankfurt am Mainissa. Siellä päätettiin, että kirkkoja kyllä saisi kuvilla kaunistaa, vaan kuvien palveleminen kiellettiin jyrkästi. Ei pääse ajanhengen mahtava virta tempaamaan mukaansa kaikkia oloja, niinkauan kuin Kaarle Suuren voimallinen käsi sille salpoja rakentaa; kun tämä käsi hervosi, kävi kuvainpalveleminen länsimaissa yhä yleisemmäksi.
Olemme maininneet Alkuinin nimen. Hän syntyi Yorkin kaupungissa Euglandissa v. 735. Ensimmäiset tietonsa kokosi hän kotikaupunkinsa piispankoulussa, jonka johtajaksi hän, kehitettyään sivistystään matkoilla Franskassa ja Italiassa, pääsi. Kun hän jonkun ajan kuluttua jälleen lähti ulkomaille, tapasi hän Kaarle Suuren Paviassa y. 781. Tämä oli ennen kuullut mitä kiitettävimpiä arvosteluja miehen opista ja kyvystä ja pyysi häntä muuttamaan Franskaan. Alkuin piti kutsumusta Jumalan viittauksena ja saapui seuraavana vuonna muutamien oppilastensa kera Kaarle Suuren hoviin. Jo sitä ennen oli sivistystä harrastava frankilaiskuningas kutsunut luoksensa muita oppineita, joista etenkin Paavali Warnefrid ja Pietari Pisalainen ovat saavuttaneet suuren maineen. Kaarle Suuren hovi tuli ennen pitkää ajan sivistystyön keskustaksi, josta valon säteet herättäen ja virkistyttäen levisivät kaikkialle. Olemme jo viitanneet Alkuinin tarkkaan, ajan turmeltunutta henkeä vastustavaan uskonnolliseen aistiin. Vielä selvempänä esiintyy tämä kuitenkin hänen p. raamatusta lausumistaan mielipiteistä. Niinpä kirjoitti hän eräälle englantilaiselle piispalle: "pyhä raamattu olkoon usein sinun kädessäsi, jotta itse saisit ravintoa sielullesi ja voisit johdattaa muita laitumelle." Muuan toinen hänen Kanterburyn seurakunnalle kirjoittamansa kirje päättyy näillä sanoilla: "Ilman raamattua ei voi löytyä mitään tietoa Jumalasta. Jos sokea taluttaa sokeata, niin he molemmat lankeavat kuoppaan. Hankkikaat itsellenne opettajia, jotka teille raamattua opettavat, jotta ei totuuden lähde teidän keskuudessanne kuivuisi. Kun rukoilemme, puhumme me Jumalan kanssa, kun luemme Hänen sanaansa, puhuu Hän meidän kanssamme." Oudon kirkasta valoa säteilee näistä sanoista meitä kohtaan kahdeksannen vuosisadan pimeästä yöstä!
Kaarle Suuren kehotuksesta toimitti Alkuin raamatunselityksiä, jotka kaikki huomauttavat meitä miehen nerosta ja kristillisestä mielestä, jos niitä nimittäin arvostellaan hänen aikansa kehityskannan mukaan.
Ihmeteltävä on tosiaan tuo väsymätön harrastus kristillisen sivistyksen korottamiseksi, jonka tähän aikaan tapaamme Kaarle Suuren hovissa. Sen tuloksena oli monen muun siellä silloin syntyneen ansiokkaan teoksen kera myöskin eräs postilla eli saarnakirja, johon mukaelemalla oli koottu vanhan kirkon suurimpain saarnaajain saarnoja. Sen toimitti Warnefrid, Kaarle Suuren pyynnöstä. Kirjan silmämääränä oli estää saarnaa pappien oppimattomuuden ja epäkristillisen mielen vuoksi suistumasta väärälle uralle tahi kerrassaan vaikenemasta. Ei olisi valistunut keisari tähän yritykseen saattanut valita parempaa apumiestä. Sydämmestään harrasti myös Alkuin puhtaan Jumalan sanan julistamista kansalle. Eikä kukaan ollut alttiimpi kuin hän käymään käsiksi niiden esteiden poistamiseksi, jotka hidastuttivat ja estivät evankeliumin sanaa löytämästä tietä ihmisten sydämmiin. Papinvirka oli hänen silmissään pyhä tämän sanan oikeassa merkityksessä, kansan johtaminen pimeydestä totuuden ihmeelliseen valoon kaikista toimista kalliin. Kauniisti kirjoittaa Alkuin Orleansin piispalle Teodulfille, joka vasta oli saanut palliuminsa Roomasta: "niinkuin kalliitten kivien loisto kaunistaa kuninkaan kruunua, niin tulee saarnakyvyn jalostuttaa piispanviittaa. Muista, että papillisen arvon kieli on taivaan valtakunnan avain. Sentähden, älä lepää, vaikene, äläkä pelkää puhua, sillä Kristus itse seuraa sinua työssäsi ja matkoillasi. Eloa on paljo, mutta vähä työntekijöitä; sitä ahkerampien tulee näiden harvojen olla."
Yksissä Alkuinin ja muiden tieteellisyyttä ja kristillisyyttä harrastavien ystäviensä kanssa valvoi Kaarle Suuri tarkkaan valtakuntansa pappien elämää. Kelvottomat erotettiin virastaan, joll'eivät varotukset ja nuhteet auttaneet. Yleensä käytti keisari säälimätöntä ankaruutta missä vain huomasi, että hänen säätämiään lakeja laiminlyötiin tahi niiden noudattamista kierrellen kartettiin. Kirkon kuri, jonka määräyksiä vanhan ajan viimmeiset epäsiveelliset vuosisadat, kristinuskon tnrmeltuminen sekä kansainvaelluksen myrskyt olivat heikontaneet, määrättiin hyvinkin ankaraksi, jokaisen täytyi oppia ainakin "Isä meidän" ja apostolinen uskontunnustus äidinkielellään ulkoa, Huolimattomia pakotettiin tottelemaan paastolla, vieläpä ruumiinrangaistuksillakin.
Tehokkaasti otti Kaarle Suuri osaa oppiriitoihinkin, mikäli niitä hänen aikanaan ilmaantui. Itäinen kirkko, jonka tehtävänä kristillisen opin puolustaminen ja kehittäminen oli ollut, ei enään pystynyt tätä suurta tehtäväänsä jatkamaan. Totuuden Henki oli siitä poistunut; se oli vanhentunut, väsynyt. Sen laatimista opinsuunnitelmista kaipasi etenkin oppi Pyhästä Hengestä täydentämistä. Kirkkoisä Augustinus oli kehittänyt toisen yleisen kirkolliskokouksen päätöstä, ja viidennellä vuosisadalla syntyneesen Atanasiuksen uskontunnustukseen (I osa) tehtiin se lisäys, että P. Henki käy ulos myöskin Pojasta. Suuren kirkkoisän käsitys tästä syvästä totuudesta on aivan raamatunmukainen, jos kysymystä Jumalan sanan valossa tarkastetaan. Jesus kyllä sanoi opetuslapsilleen: "koska Lohduttaja tulee, jonka minä teille Isältä lähetän, totuuden Henki, joka Isästä käy ulos, se on minusta todistava", vaan sama Herra on myöskin lausunut "Isä ja minä olemme yksi," siten selvään viitaten siihen, että Isän Henki myöskin käy ulos Pojasta, ja samaa todistaa koko raamatun oppi Jumalan kolminaisuudesta. Vaan tälle kannalle ei menneiden aikojen laatimiin, kaavoihin jähmettynyt itäisen kirkon oppi päässyt kohoamaan. Se riippui ykspuolisesti Konstantinopolin kokouksen päätöksessä, syyttäen läntistä kirkkoa Nicaealais-Konstantinopolilaisen tunnustuksen väärentämisestä. Asiaa tutkittiin ensi kerran ennen mainitussa Toledon kokouksessa (589), missä kuningas Reccared teki uskontunnustuksen (I osa) uuden tunnustuksen mukaan. Tästä alkaen tuli tämä tunnustus yleiseksi tavaksi länsimaissa. Kaarle suuren aikana keskusteltiin ja kirjoitettiin paljon tämän riitakysymyksen johdosta, josta itäinen kirkko tuon tuostakin moittien muistutti. Frankfurt am Mainin kokous hyväksyi lisäyksen "Pyhä Henki käy ulos myöskin Pojasta," ja Achenin kokous vahvisti tämän päätöksen, julistaen sen läntisen kirkon opiksi v. 809. Tähän riitaan otti Alkuin tehokkaasti osaa. Leo III hyväksyi itse opin, vaan koetti estää lisäyksen ottamista Nicaealais-Konstantinopolilaiseen tunnustukseen.
Vaikka Arabialaiset olivat laskeneet suurimman osan Espanjaa valtansa alle, koetti sikäläinen kristikunta säilyttää kirkkoansa ja kristillistä tunnustustaan joutumasta perikatoon. Tämä onnistuikin Kaikkivaltiaan armosta, vaikka valloittajien ies oli raskas. Vaan luonnollista on, että sen vaikutus on huomattava monessa suhteessa. Itse kristillisen opinkin alalla ilmaantuivat seuraukset jo varhain. Arabialaiset pilkkasivat tätä oppia muun ohessa siitäkin, että se väitti Jumalalla olevan pojan. Kun tämän lisäksi otamme huomioon, etteivät Länsi-Gotilaiset monofysiitillisen riidan vaiheissa, kuten kirkko yleensä, olleet hyljänneet Teodorus Mopsvestialaisen teoksia, joissa Vapahtajan luonnot hyvin jyrkkään toisistaan erotetaan, vaan päinvastoin mieltymyksellä olivat lukeneet niiden latinalaista käännöstä, ei ole kummallista, että Nestoriuksen opista muistuttava harhaoppi täälläkin syntyi. V. 785 esiintyi Toledon piispa Elipandus oppilaansa Feliksin puolustamana sillä väitöksellä, ettei Jesus olekaan Jumalan Poika sanan varsinaisessa merkityksessä. "Maria" — niin hän opetti — "oli vain Jumalan palvelija eikä semmoisena saattanut synnyttääkään kuin ainoastaan palvelijan." Opettaen, että Vapahtaja vasta koko maallisen elämänsä aikana osotetun kuuliaisuutensa vuoksi palvelijan asemasta oli korotettu Jumalan Pojaksi sanan täydellisessä merkityksessä, sortui Elipandus Nestoriuksen erehetykseen. Tätä uutta harhaoppia, joka kirkkohistoriassa on tunnettu Adoptianismin nimellä, vastustivat Kaarle Suuren teologit. Sekä Warnefrid että Pietari Pisalainen kirjoittivat sen edustajia vastaan. Frankfurt am Mainin jo ennen mainittu kokous, johon oli saapunut 300 piispaa, hylkäsi miltei yksimielisesti Adoptianismin (794). Feliks taipui peruuttamaan mielipiteensä, turhaan koetettuaan niitä puolustaa 9 päivää kestäneessä väittelyssä Achenin kokouksessa (799), missä nerokas Alkuin kumosi kaikki hänen vastaväitöksensä. Elipandus sitävastoin pysyi erehdyksessään kuolemaansa asti.
Voitollisesti taisteli läntinen kirkko harhaoppisuutta vastaan Kaarle Suuren aikana, jos nim. pidämme silmällä ainoastaan kahden viimmemainitun erehdyksen poistamista. Mutta jos luomme silmämme syvempään senaikuisen kirkon tilaan, ei arvostelumme ole sama. Keski-ajan yö ei kyllä enää ole niin pimeä kuin edellisenä vuosisatana: sen taivaalla välkkyy moni kirkaskin tähti, luoden kristillisen sivistyksen valoa kaukaisiin maihin; mutta ikäänkuin aavistaen tuon syntyvän maallisen Kristus-valtakunnan kykenemättömyyttä oikein hoitamaan noita kalliita armonvälikappaleita, jotka Herra kirkollensa on uskonut, uupuu kristikunnan ijankaikkisuuden toivo, etsien lohdutustaan maallisissa. Tyydyttäen itseänsä sillä pettävällä lohdutuksella, että yön himmeä valta on päivän kirkkautta, ei tämä aika aavistakaan, miten kova taistelu vielä on oleva, kun kristikunta herää unestaan. Mutta näinäkin öisinä hetkinä, valmistaa kaikkivaltias Jumala näkymättömän valtakuntansa voittoa maan päällä, käyttäen kaikkia voimia, itse niitäkin, jotka silminnähtävästi vastustavat Häntä, viisasten tarkoitustensa perille saattamiseksi. — "Hänen neuvonsa on ihmeellinen, ja sen jalosti toimittaa."