Mutta sekä Englannin että Egyptin hallitukset jättivät lähettämättä apuväkeä Koroskoon, Abu Hamediin ja Berberiin, — kaikki Niilin varrella olevia paikkoja, — pitämään yhteyttä avoinna ja suojelemaan varusväkien paluuta! Englantilaiset ministerit, egyptiläiset pashat, lähettiläät, kenraalit ja insinöörit puhelivat sinne tänne, kinastelivat pikku seikoista, yrittivät voittaa toisiaan viekkaudella ja unohtivat kaikkein yksinkertaisimman keinon, joka olisi maksanut vähimmin, varovaisuustoimenpiteen, joka olisi voitu toteuttaa kuukaudessa. Sen sijaan tuumiskeltiin rautatien rakentamista Punaiselta mereltä Niilin rantaan, mutta insinöörit laskivat, että se työ vaatisi pari vuotta, ja että vesi, joka oli pumpattava merestä erämaahan, kävisi niin kalliiksi, että samoilla kustannuksilla oli voitu täyttää veturien höyrypannut samppanjalla. Niin, Korosko, Abu Hamed ja Berber jätettiin suojattomiksi, ja siten myös luovutettiin Gordon ja varusväet oman onnensa varaan.
Helmikuun 18. p:nä 1884 saapui Gordon, toistamiseen Sudanin kenraalikuvernöörinä, Kartumiin. Hän asettui jälleen asumaan entiseen palatsiinsa. Kaikenlaiset julmuudet ja vääryydet olivat taas päässeet rehottamaan niiden vuosien kuluessa, jotka hän oli ollut poissa. Hän avautti ylenmäärin täytettyjen vankilain portit, kaikki vangit päästettiin vapaiksi, kaikki maksamattomat verokuitit poltettiin roviolla palatsin edustalla. Kaikki ruoskimis- ja kidutuskojeet särettiin pirstaleiksi ja heitettiin Niiliin.
Sitten alotettiin kaupungin tyhjentäminen. Kolmisentuhatta naista ja lasta lähetettiin Abu Hamediin ja Nubian erämaan halki Koroskoon. He pääsivät vaaroitta perille ja olivat pelastettuja. Missä naiset ja lapset saattoivat kulkea, siellä olisi ollut mitättömän helppo kuljettaa Egyptistä sotaväkeä. Sen sijaan lähetti Englannin hallitus retkikunnan Suakiniin hankkimaan kiinteätä lähtökohtaa Punaisen meren rannikolta. Sudanin kapinalliset heimot syttyivät tästä hehkuvaan raivoon, sillä he luulivat, että valkoisilla oli aikomuksena tulla ottamaan omakseen heidän maansa. Yhä lujemmin liittyivät he maadin kannattajiksi. Ja heidän vihansa keskittyi peljättyyn Gordoniin ja niihin harvalukuisiin europalaisiin, jotka olivat hänen luonansa Kartumissa.
Niin kauvan kuin säilyi lennätinyhteys Kairon kanssa ilmotti Gordon tuon tuostakin vallassaolijoille asemasta ja osotti heille, mitä oli tehtävä, jotta tarkotusperä saavutettaisiin, sillä tätäkin kautta voitiin hallita Sudania. Hänen neuvoansa ei otettu varteen, maadin joukot saarsivat ja valtasivat Berberin. Suakinin lähellä tapahtuneiden verilöylyjen jälkeen muuttivat useat tähän asti suosiolliset päälliköt Kartumin pohjois- ja koillispuolella kantaansa ja liittyivät maadiin. Tietoja uusista luopumuksista saapui yhtämittaa Kartumiin, ja itse kaupungissa oli Gordon kavaltajien piirittämänä. Maaliskuun 10 p:nä katkaistiin sähkölennätinlinja, ja sitte seurasi puolen vuoden hiljaisuus, jolloin maailma ei tiennyt juuri mitään Sydän-Afrikaan sulkeutuneesta urheasta soturista. Jo maaliskuun 11. p:nä näkyi Sinisen Niilin rannalla arabialaisia sotajoukkoja. Maadi veti verkkojansa yhä tiukemmalle kovaonnisen kaupungin ympärille.
Viimeisten vuosien kuluessa oli Egyptin hallitus puutteellisesti linnotuttanut Kartumin, ja piirityksen ensimäisinä kolmena kuukautena työskenteli Gordon yötä päivää puolustuksen lujittamisessa. Hänen sotamiehensä loivat multavalleja kaupungin ympärille, piikkilanka-aitoja rakennettiin ja miinoja soviteltiin niihin kohtiin, joista voitiin odottaa hyökkäysyrityksiä. Huhtikuun lopulla oli koko kaupunki saarroksissa; ainoastaan jokitie pohjoiseen päin oli vielä vapaana. Toukokuun alussa kulkivat arabialaiset Sinisen Niilin yli, mutta kärsivät räjähtävistä miinoista suurta mieshukkaa, ja Krupp-kanuunoilla karkotettiin heidät asemistansa. Niin kauvan kuin oli käynyt laatuun oli Gordon lähetellyt pieniä kiertäviä joukkueita keräämään ympäristöltä durraa ja muita elintarpeita kaupunkiin. Eräänä päivänä heinäkuun lopulla puhdisti Gordon väkensä parhaalla osalla kolmetoista arabialaista varustusta Niilin rannoilla Kartumin edustalla. Siihen saakka oli hän menettänyt seitsemänsataa miestä. Kaikki poistumisen ajatus oli jätetty sikseen. Nyt oli vain kysymyksessä kestää, kunnes viimeinen hiekkajyvänen oli juossut tuntilasista. Syyskuussa oli ruokavaroja vielä kolmeksi kuukaudeksi, ja kun arabialaiset oivalsivat, etteivät he voineet väkirynnäköllä ottaa kaupunkia valkoiselta pashalta, päättivät he nälkiinnyttää sen väestön ja ottaa sen halvasta hinnasta.
Syyskuun alussa saivat Gordon ja hänen kaksi kumppaniaan Stewart ja Power palatsin laakealta katolta antaa katseensa harhailla yli järvimäiseksi paisuneen Niilin, jonka vesi nyt nousi päivä päivältä, joten sikäläisten kahdeksan pikku höyrylaivan oli helpompi ammuskella Valkoisen ja Sinisen virran varsilla sijaitsevia arabialaistelttejä. Kuinka usein tähystelivätkään he pohjoista kohti, nähdäkseen kaivatun avun lähenevän, — sen koskaan saapumatta!
Niili oli nyt korkeimmillaan. Valtaisia, harmajansameita vesipaljouksia vyöryi pohjoiseen. Kymmenen metrin syvyisenä vaahtosi vesi Kartumin ja Berberin alapuolella putouksissa, ja ainoastaan nyt saattoi höyrylaivalla olla toiveita päästä Dongolaan asti, missä se olisi turvassa. Syyskyyn 9. p:n yönä varustettiin pieni höyryalus lähtökuntoon. Eversti Stewart, hra Power, Ranskan konsuli ja joukko kreikkalaisia eli sanalla sanoen kaikki Kartumissa olleet europalaiset — yhtä lukuunottamatta — menivät laivaan, ja heidän mukanaan oli viisikymmentä sotamiestä. He saivat mukaansa piirityspäiväkirjan, kirjevaihdon, luetteloita ruoka- ja ampumavaroista, aseista, miehistöstä ja puolustusneuvoista sekä kaikkea muuta erityisen arvokasta. Ja niin lähti laiva rannasta ja katosi hämyyn; päivän valjetessa oli Gordon yksinään.
Gordonin tullessa Kartumiin helmikuussa oli tässä orjakaupan pääkaupungissa 60,000 asukasta. Piirityksen aikana ajettiin heistä pois kolmasosa, koska heidät tiedettiin kavaltajiksi. Jäljelle jääneistä neljästäkymmenestätuhannesta olivat tuskin puolet luotettavia, nämä enimmäkseen sellaisia, jotka ainoastaan ajattelivat omaisuutensa pelastamista. Ja maadin lippujen alle kokoontuneihin voitollisiin ja kiihkomielisiin dervisheihin verrattuina olivat Gordonin soturit viheliäistä kurjalistoa. Mitä ensimäisen vuosipuoliskon aikana tapahtui, siitä ei kuitenkaan koskaan tule täyttä selvää. Tiedetään vain, että Gordon teki kaikkensa kaupungin puolustuskunnon parantamiseksi; kaikki joutilaat hetket käytettiin sotamiesten harjaannuttamiseen ja heidän valmistamisekseen urhoolliseen vastarintaan viimeiseksi hetkeksensä; Gordon piti huolta köyhistä ja valvoi ruokavarojen oikeudenmukaista jakoa, kävi väsymättömästi rohkaisemassa sairaita ja haavottuneita sairaaloissa, vietti öitänsä vaaran uhkaamilla ulkovarustuksilla. Kerrotaanpa hänen ostaneen myymälärivistä joukottain pumpulipalttinaa, joka värjättiin sinisenharmaaksi ja levitettiin multavalleille, jotta nämä näyttivät teräslevyillä panssaroiduilta; siten tahdottiin viivyttää arabialaisten hyökkäyksiä, kunnes oli ehditty sisemmäksi luoda uusia valleja. Kaikkea tätä on huhuina kuulunut maailmalle Kartumista.
Mutta lähtiväthän Stewart ja muut europalaiset alas Niiliä, muassaan kaikki päiväkirjat ja muistiinpanot? Niin, mutta he eivät päässeet koskaan perille. Heti Abu Hamedin alapuolella joutui heidän aluksensa hylyksi, ja kaikki laivassa olleet murhattiin. Tärkeät paperit joutuivat maadin käsiin.
Sitävastoin on tallella Gordonin päiväkirja syyskuun 10. p:stä joulukuun 14. p:ään 1884, ja se on ihmeellinen lukea.