Mutta kun Lakedaimonilaiset saivat tiedon tästä, kutsuivat he hänen ensi kerran kotiin, ja kun hän sitten toistamiseen heidän määräämättänsä purjehti Hermionilaisella laivalla, oli hänellä selvään samat tuumat. Kun Ateenalaiset pakottivat hänen lähtemään Bysantionista, ei hän enää matkustanut Spartaan, vaan asettui asumaan Trooaan Kolonaihin, ja kun lakedaimonilaiset saivat tietää, että hän sieltä keskusteli barbarien kanssa, ja ettei hän siellä ollut missään hyvässä tarkotuksessa, niin lähettivät viipymättä eforit airuen viemään hänelle Skytalee nimisen kirjesauvan, jossa he käskivät hänen seurata airutta. Muussa tapauksessa julistettaisiin hän Spartan viholliseksi. Tahtoen niin paljon kuin mahdollista välttää epäluuloa, ja ollen varma, että hän rahalla voisi tehdä syytökset tyhjiksi, lähti Pausanias toistamiseen Spartaan. Ensiksi panivat hänet eforit vankeuteen, sillä se oikeus on heillä kuninkaan suhteen, mutta päästivät hänet myöhemmin vapaaksi, ja hän vaati itse oikeuteen niitä, jotka halusivat tehdä syytöksiä häntä vastaan.
Lakedaimonilaisilla virastoilla kyllä ei ollut selviä todistuksia häntä vastaan, yhtävähän kuin hänen yksityisillä vihollisillaankaan, joiden nojalla he olisivat voineet rangaista kuninkaalliseen sukuun kuuluvaa miestä, joka siihen aikaan oli niin korkeassa asemassa, sillä sukulaisena oli hän Leoonidaan pojan Pleistarkoksen holhooja, kun tämä isänsä kuoltua oli tullut kuninkaaksi, mutta tähän aikaan vielä oli alaikäinen. Tavallisuudesta poikkeavalla käytöksellään ja barbarien jäljittelemisellä oli hän kuitenkin herättänyt epäluuloa, ettei hän ollut tyytyväinen oleviin oloihin. Hänen monet muutkin tekonsa otettiin tutkittavaksi, jotta saataisiin selville, oliko hän jossakin suhteessa poikennut tavallisuudesta tavoissaan ja käytöksessään, ja varsinkin se seikka, että hän sille kolmijalalle, jonka Helleenit muinoin olivat pyhittäneet Delfoin pyhäkköön esikoislahjana Meedialaissodasta, omin luvin oli rohjennut piirtää seuraavat säkeet:
"Hellaan päällikkö Pausauias pyhitti tämän muistoksi Apolloonille, voitettuansa Meedialaiset."
Tämän kirjotuksen poistivat Lakedaimonilaiset heti kolmijalasta ja kirjottivat sen sijaan jokaisen kaupungin nimen, joka oli ollut osallisena vihollisten kukistamiseen. Tätä Pausaniaan tekoa pidettiin rikoksena, ja kun hänen asemansa nyt oli tällä kannalla, näkyi tämä teko varsin soveltuvan hänen silloisiin mielipiteisiinsä. Tuli myöskin ilmi, että hän jollakin tavalla oli tekemisissä Heilootien kanssa, jossa huhussa olikin perää. Hän oli nimittäin luvannut heille vapauden ja kansalaisoikeuden, jos he ottaisivat osaa kapinaan ja auttaisivat häntä valtiomuodon muuttamisessa. Siitä huolimatta eivät Lakedaimonilaiset tahtoneet uskoa muutamien Heilootien todistuksia ja ryhtyä ankarimpiin toimenpiteisiin häntä kohtaan, vaan noudattivat tavallista menettelyään, etteivät umpimähkään tuomitsisi Lakedaimonilaista miestä ilman varmoja todistuksia, kunnes hänet vihdoin kertomuksen mukaan ilmaisi eräs Argiliolainen mies, joka ennen oli ollut hänen uskollinen ystävänsä, ja jonka tuli toimittaa hänen viimeinen kirjeensä Artabatsoksen kautta kuninkaalle. Tämä oli alkanut käydä levottomaksi henkensä puolesta, kun hän huomasi, ettei yksikään häntä ennen lähetetyistä sanansaattajista ollut palannut takaisin. Hän jäljensi sitä varten sinetin, että Pausanias ei huomaisi hänen tekoansa, jos hän luulossaan pettyisi, tahi jos Pausanias tahtoisi muuttaa jotakin kirjotuksessaan, ja avasi kirjeen, jossa huomasi aavistuksensa mukaan määräyksen, että hänkin olisi surmattava.
Kun mainittu mies toi kirjeen esiin, alkoivat eforit olla varmat Pausaniaan petollisuudesta. Mutta koska he omin korvin halusivat kuulla Pausaniaan tunnustuksen, toimittivat niin, että tämä mies lähti turvaa anomaan Tainaronin pyhäkköön, johon hän rakensi väliseinän kahteen jakaman majan, jonka toiseen osaan piiloutui muutamia eforeja. Kun Pausanias tuli hänen luoksensa ja kysyi hänen syytänsä pakoon, saivat eforit tarkan tiedon kaikesta. Miehen häntä syyttäessä siitä, mitä kirjeessä hänestä oli määrätty, ja samalla yksitellen luetellessa Pausaniaalle myöskin kaikki muut seikat, kuinka hän ei koskaan ollut käyttäytynyt vilpillisesti toimittaessaan Pausaniaan asioita kuninkaalle, ja kuinka siitä huolimatta, kuten toisetkin sanansaattajat, saisi kuoleman palkakseen, myönsi Pausanias kaiken tämän oikeaksi ja pyysi, ettei hän panisi näitä seikkoja liian pahakseen. Pausanias vakuutti, että hän vaaratta voisi lähteä pyhäköstä ja kehotti häntä, että mitä pikemmin lähtisi matkalle, eikä estäisi hänen aikeitaan.
Kuultuansa tarkoin kaiken tämän, poistuivat eforit ja valmistautuivat varmoina asiasta vangitsemaan Pausaniaan kaupungissa. Kerrotaan, että hän, kun juuri oltiin ottamassa hänet kiinni kadulla, oli erään lähestyvän eforin silmistä huomannut tämän aikeen, ja kun joku hänelle suosiollinen mies salaa oli antanut hänelle vihiä siitä, mitä oli tekeillä, pakeni hän Kalkioikos jumalattaren pyhäkköön, joka pyhä puisto oli aivan lähellä. Hän astui pyhäkköön kuuluvaan majaan, ettei tarvitsisi kiusaantua taivasalla, ja pysyi siellä sisällä. Tällä kertaa eforit eivät siis voineet saada häntä käsiinsä, mutta ottivat myöhemmin pois huoneen katon, ja kun he olivat varmat, että hän oli majan sisällä, muurasivat he oven kiinni, vartioivat häntä läheisyydestä ja näännyttivät nälkään. Kun hän oli kuolemaisillaan, ja vartijat huomasivat hänen tilansa, kantoivat he hänen ulos pyhäköstä, jolloin hän heitti henkensä. He aikoivat ensin heittää hänet Kaiasluolaan, minne he tavallisesti syöksevät pahantekijät, mutta päättivät sitten haudata hänet johonkin läheisyyteen. Delfoin orakeli käski myöhemmin Lakedaimonilaisten haudata hänet siihen paikkaan, missä hän oli heittänyt henkensä. Nyt makaa hän haudattuna pyhäkön edustalla, kuten paikalle pystytettyjen hautapatsasten kirjotukset osottavat. Niin ikään käski jumala, koska heidän tekonsa oli rikollinen, valmistaa kaksi ruumista Kalkioikos jumalattarelle yhden asemesta. He valmistivat kaksi vaskista kuvapatsasta ja pystyttivät ne sovitukseksi Pausaniaan kuoleman johdosta.
Ateenalaiset vaativat puolestaan, että Lakedaimonilaiset sovittaisivat myöskin tämän rikoksen, jota itse jumala oli pitänyt häväisemisenänsä. Sillä välin lähettivät Lakedaimonilaiset uuden lähetystön Ateenaan syyttämään Temistoklesta osallisuudesta Pausaniaan Meedialaisvehkeisiin, kuten ilmeni Pausaniaan jutussa toimeenpannusta tutkimuksesta, ja vaativat, että myöskin häntä rangaistaisiin, johon vaatimukseen Ateenalaiset myöntyivätkin. Temistokles eli tähän aikaan maanpakolaisena Argoksessa, mutta kävi myöskin muualla Peloponneesoksessa. Ateenalaiset lähettivät miehiä, joita oli käsketty ottamaan hänet kiinni, missä vaan hän tavattaisiin, ja oli pyydetty Lakedaimonilaisia auttamaan heitä tässä toimessa.
Saatuansa tiedon tästä, pakeni Temistokles Peloponneesoksesta Kerkyyralaisten luo, joita hän aina oli suosinut. Mutta koska Kerkyyralaiset pelkäsivät, että Ateenalaiset ja Lakedaimonilaiset joutuisivat heidän vihollisiksensa, jos hän viipyisi heidän luonansa, veivät he hänet vastapäätä olevalle mannermaalle. Kun takaa-ajajat tavottelivat häntä, minne vaan arvelivat hänen lähteneen, oli hän vaikeassa asemassaan pakotettu hakemaan turvaa vihamiehensä, Molossien kuninkaan Admeetoksen luona. Tämä ei hänen tullessansa sattunut olemaan kotona, mutta Temistokles kääntyi turvaa rukoilevana hänen puolisonsa puoleen, joka neuvoi häntä ottamaan heidän pienen poikansa syliin ja istuutumaan liedelle. Kun Admeetos kohta tämän jälkeen tuli kotia, ilmaisi Temistokles hänelle, kuka hän oli, ettei tämä kostaisi hänelle, kun hän nyt tuli pakolaisena, joskin hän oli vastustanut Admeetoksen Ateenalaisille tehtyä pyyntöä. Asiain tällä kannalla ollen, voisi paljoa heikompi vihamies kostaa hänelle, mutta jaloa olisi kostaa ainoastaan senlaiselle, joka oli samassa asemassa. Sitäpaitsi muistutti Temistokles olleensa hänen vastustajansa jonkun valtiollisen asian johdosta, eikä hänen henkensä vaarassa. Mutta jos Admeetos jättäisi hänet takaa-ajajien käsiin, olisi hän mennyt mies. Samassa kertoi Temistokles, kutka häntä ajoivat takaa, ja minkätähden. Kun Admeetos tämän kuuli, käski hän Temistokleen nousta ylös pojan kanssa. Tämä oli siellä vaikuttavin keino turvaa anottaessa.
Kun Lakedaimonilaiset ja Ateenalaiset kohta tämän jälkeen tulivat sinne ja pitkin puhein koettivat saada Admeetosta myöntymään, niin tämä ei jättänyt vierastaan heille, vaan lähetti hänet hänen omasta pyynnöstään kuninkaan luokse toisen meren rannalla sijaitsevaan, Aleksandroksen alueesen kuuluvaan Pydnan kaupunkiin. Siellä kohtasi pakolainen kuorma-aluksen, joka oli purjehtimaisillaan Jooniaan. Hän nousi tähän laivaan, mutta myrsky ajoi sen Naksosta piirittävän Ateenalaisen laivaston läheisyyteen. Peloissaan ilmaisi hän laivurille, sillä hän oli laivaväelle tuntematon, kuka hän oli, ja minkä tähden hän pakeni. Hän lisäsi, että hän katsoi laivurin rahanhimosta jättävän hänet vainoojien käsiin, jos tämä ei suostuisi häntä pelastamaan. Heidän turvallisuutensa, sanoi hän, muuten riippuisi siitä, ettei kukaan matkan kestäessä saisi poistua laivasta. Jos laivuri myöntyisi hänen pyyntöönsä, niin tulisi hän siitä saamaan suuri-arvoisen palkinnon. Laivuri suostuikin hänen pyyntöönsä, ja oltuansa vuorokauden ankkurissa laivaston läheisyydessä, saapuivat he vihdoin Efesokseen. Täällä osotti Temistokles laivurille kiitollisuuttaan antamalla hänelle melkoisen rahasumman. Sillä hän sai ystäviensä välityksellä säästössä olleita rahojaan, niinhyvin Ateenasta kuin myös Argoksesta. Hän matkusti sitten sisämaahan erään Persialaisen miehen seurassa ja lähetti sieltä kirjeen Kserkseen pojalle Artakserkseelle, joka vähää ennen oli noussut valta-istuimelle. Kirjeen sisältö oli seuraava: "Minä Temistokles tulen sinun luoksesi. Minä olen tehnyt enemmän pahaa sinun perheellesi, kuin kukaan muu Helleeni, niin kauan kuin sinun isäsi pakotti minua puollustautumaan hänen hyökkäyksiänsä vastaan. Mutta minä sitävastoin olen tehnyt hänelle paljon hyvääkin, kun jo itse olin turvassa ja hänellä oli vaarallinen paluumatka edessään. Minulla on syytä vaatia sinulta vastapalvelusta". Hän huomautti Kserkseelle edeltäkäsin lähettämästänsä viestistä, että Helleeniläinen laivasto muka aikoi lähteä Salamiista, ja toimenpiteistään Hellespontoksen yli rakennetun sillan vartioimiseksi, jonka hävittämishankkeista hän oli vihollisille valheellisesti ilmottanut, jollei Kserkses kiiruhtaisi kotiin. "Nyt olen minä täällä, kyeten vielä tekemään sinulle tärkeitä palveluksia, mutta Helleenien vainoamana sinulle osoitetun ystävyyden takia. Vuoden kuluttua tulen minä itse luoksesi, ilmottamaan aikeeni, minkätähden olen tänne saapunut".
Sanotaan kuninkaan ihmetelleen hänen päätöstänsä ja kehottaneen häntä tekemään, kuten oli luvannut. Tämän ajan opiskeli Temistokles Persian kieltä ja maan tapoja. Kun hän vuoden kuluttua saapui kuninkaan luokse, pääsi hän suurempaan kunniaan kuin kukaan muu Helleeni ennen häntä niin hyvin laajalle levinneen maineensa kautta kuin myöskin herättämällä kuninkaassa toivon, että hän saisi Hellaan valtaansa, mutta erittäinkin sen viisauden ja neuvokkaisuuden tähden, jonka hän osotti. Sillä Temistokleella oli erinomaiset luonnonlahjat ja hän ansaitsi ennen muita tässä suhteessa kunnioitusta. Synnynnäisen neronsa avulla kykeni hän, kehittämättä sitä suuresti opinnoilla, sangen vähällä vaivalla suoraa päätä tekemään hyvin älykkäitä päätöksiä, ja osasi älykkäästi arvata asiain vastaista menoa. Käsiteltävänään olevat asiat kykeni hän taitavasti ja johdonmukaisesti esittämään. Sellaisiakin asioita taisi hän tyydyttävästi arvostella, joissa hänellä ei ollut kokemusta. Hänellä oli erinomainen taito nähdä tulevaisuuden verhon läpi, mikä tulisi olemaan edullista, mikä vahingollista. Sanalla sanoen: hän kykeni nerollansa, hiukan mietittyään, keksimään tarvittavat keinot. Hän kuoli tautiin, tahi, kuten toiset väittävät, surmasi itsensä myrkyllä, koska hän piti mahdottomana tehdä sitä, mitä hän oli kuninkaalle luvannut. Hänen muistopatsaansa löytyy pystytettynä Magneesian torilla Aasiassa. Sillä tämän seudun oli kuningas hänelle antanut ja se vuosittain suoritti hänelle 50 talenttia leivänostoa varten, Lampsakoksen, joka siihen aikaan oli viinirikkain seutu, viinin hankintaa varten, ja Myuusin särvintä varten. Hänen sukulaisensa sanotaan hänen pyynnöstään vieneen hänen luunsa Ateenaan, ja haudanneen ne Ateenalaisten tietämättä Attikaan. Sillä ei ollut luvallista haudata sinne valtiopetoksen johdosta karkotetuita. Täänkaltaisen lopun saivat Lakedaimonilainen Pausanias ja Ateenalainen Temistokles, jotka kumpikin aikanaan olivat olleet mainehikkaimmat Helleenit.