Nyt vaati Atahualpa päästäksensä vapaaksi, koska hän todellakin oli vankihuoneensa kullalla täyttänyt. Mutta mitä teki Pizarro? Hän asetti tuomio-istuimen, joka huomasi Perun onnettoman keisarin jumalanhäpäisijäksi — tämä kun oli viskannut raamatun jalkoihinsa —ja tuomitsi hänet kuolemaan. Elokuun 29 p:nä 1533 Perun onneton kuningas kuristettiin nuoralla kuoliaaksi. — Pizarro asetti valta-istuimelle jonkinmoisen valekuninkaan, joka tunnusti Espanjaa yliherruuden ja tyytyi kaikkiin Pizarron tekoihin. Tämä nyt marssi 500 miehellä pääkaupunkiin, Cuzcoon, joka jätettiin espanjalaisten ryöstettäväksi. Ihanat temppelit ja palatsit hävitettiin, kuninkaiden hautakammiotkin ryöstettiin paljaiksi. Kaupunki ei ollut pienimpiä, koska sen asukkaita siihen aikaan sanotaan olleen päälle 2 sataa tuhatta.
Seuraavana vuonna, 1534, valloitti Benalcazar pohjoisenkin valtakunnan, ja koko inka-valta siten tuli Espanjan alusmaaksi. Asettamansa varjokuninkaan kautta hallitsi Pizarro koko maata. Kapinayrityksiä tosin tehtin, mutta Perulaiset olivat tottuneet yksinvaltiaan holhouteen, ja tämmöisen ankaran johdon puutteessa eivät he kyenneet maatansa puolustamaan. Yritykset tukehtuivat, ja Espanjalaiset raivosivat onnettomien asukkaiden keskuudessa pahemmin kuin raatelevat pedot. Muuan espanjalainen historioitsija on laskenut että valloituksen ensimäisinä vuosina enemmän kuin puolitoista miljoonaa maan alkuperäisiä asukkaita hukkui miekkaan ja nälkään.
Pizarro oli maan valloituksen perästä ryhtynyt valtakunnan "järjestämiseen", s.o. kaikki viljelysmaat jaettiin voittajien kesken, ja alkuväestö tehtiin orjiksi. Uusi pääkaupunki, Lima, perustettiin.
Inkain valta oli loppunut veljessotaan, Espanjalaisten alkoi hurjalla puoluetaistelulla. Pizarron ja hänen yhtiökumppaninsa Almagron väli oli kauvan ollut kireällä. Päästäkseen kilpailijastaan, toimitti hänet viekas Pizarro kesällä v. 1535 valloitusretkelle etelämpänä olevaan Chiliin. Sieltä ei Almagro löytänyt mitään kultaa, jonka tähden hän, sanomattomia matkavaivoja kärsien, palasi takaisin. Hänen 2-vuotisesta retkestään ei ollut muuta tulosta kuin että hän ensimäisenä euroopalaisena pohjosesta päin oli päässyt sille paikalle Etelä-Amerikan rannikolla, johon asti Magalhaens aikoinaan oli tullut etelästä. — Poissa ollessaan oli Almagro kuninkaallisen valtakirjan kautta tullut nimitetyksi itsenäiseksi käskynhaltiaksi kaikissa maissa 1° 20' pohj. leveysasteen eteläpuolella, mutta Perulaiset olivat oman valitsemansa inkan johdolla tehneet uuden kapinan ja valloittaneet Cuzcon, jonka tosin veljekset Hernan ja Gonzalo Pizarro olivat saaneet takaisin, vaan jota taasen inka Manco piiritti. Almagro nyt palatessaan marssi tätä inkaa vastaan, voitti hänen sotajoukkonsa ja kehoitti Pizarro-veljeksiä luopumaan Cuzcosta, jonka hän arveli sijaitsevan hänen alueellansa. Kun veljekset panivat vastaan, otti Almagro pesälinnan väkirynnäköllä ja vangitsi molemmat Pizarrot. Juan Pizarro oli kaatunut entisessä piirityksessä. Gonzalo pääsi karkuun, ja Francisco Pizarron toimeen-paneman petollisen sopimuksen kautta joutui Hernankin taas vapaaksi. Mutta tuskin oli tämä päässyt liikkumaan, ennenkun suuri sotajoukko hänen johdollaan oli sairaana makaavan Almagron kimpussa. Almagro voitettiin huhtikuussa 1538; pizarrolainen sota-oikeus tuomitsi hänet kuolemaan, ja heinäkuun 8 p:nä vietiin hänen kuristettu ruumiinsa ulos vankihuoneesta.
Nuori Diego Almagro koki sitten saada takaisin isänsä käskykuntaa, ja kumpikin puolue lähetti asianajajansa Espanjaan. Pizarron edustaja oli hänen veljensä Hernan, Almagron pyöveli, joka kuitenkin kotimaahan tultuansa heti pantiin vankeuteen, häntä kun epäiltiin Almagrolaisten lähettilään myrkyttämisestä. Hän sittemmin vankeuteen kuoli. Mutta Espanjasta lähetettiin Perun asioita suorittamaan Vaca de Castro.
Täll'aikaa oli kuitenkin Francisco Pizarro itse saanut surmansa. Muutamat nuoret Almagrolaiset olivat kesäkuun 26 p:nä 1541 tunkeuneet hänen palatsiinsa ja pistäneet hänet sekä hänen nuorimman veljensä, Martin'in, väkipuukoilla kuoliaaksi. Perun valloittaja oli silloin 63 vuoden ijässä.
Gonzalo Pizarro, viidestä veljeksestä ainoa henkiin jäänyt, oli edellisenä vuonna saanut käskykunnakseen pohjoisen valtakunnan, mutta Castron käskystä täytyi hänen siitä luopua ja vetäytyä takaisin suurille maatiluksilleen nykyisessä Boliviassa. Diego Almagroa, joka Pizarron murhan jälkeen piti herruutta eteläisessä Perussa, vaati Castro niinikään luopumaan. Mutta Diego teki vastarintaa. Silloin ryntäsi Castro sotavoimalla häntä vastaan ja voitti hänet. Diego mestattiin.
Castro palasi Espanjaan. Kun uusi kuninkaallinen käskynhaltia Vasco de Vela tahtoi panna käytäntöön uutta lakia, joka sääti suojelusta maan alku-asukkaille, nousivat suuret maatilus-herrat kapinaan, valitsivat Gonzalo Pizarron päällikökseen ja voittivat kuninkaalliset sotajoukot Anaquiton luona tammikuun 18 p:nä 1546, jossa Vela itse kaatui. Voitollinen kapinajoukko huudatti Gonzalo Pizarron koko Perun käskynhaltiaksi.
Silloin lähetettiin taas Espanjasta uusi komisarius, tällä kertaa ei kuitenkaan korkeaa sivili-virkamiestä eikä sotaherraa, vaan kaapuun puettu pappi, — Pedro de Gasca. Tämä viisas mies, vaikka tuli ihan yksinään, sai osan Gonzalon sotajoukosta puolelleen, ja kun vihdoin huhtik. 9 p. 1548 Pizarron ja hänen sotavoimansa törmäsivät yhteen Xaquixaguanan laaksossa lähellä Cuzcoa, meni toinenkin puoli Pizarron joukosta kuninkaallisten puolella. Gonzalo joutui vangiksi ja mestattiin.
Siihen päättyivät hurjat puoluetaistelut. Viimeisen Pizarron ja viimeisen Almagron oli täytynyt kallistaa päänsä mestauskirveen alle. Inhimillisempi hallitus koetti sitten rauhoittaa maata, ja Gasca palasi Espanjaan v. 1550.