Näillä sanoilla Runeberg itse kuvailee kolmea ensimäistä lukukautta yliopistossa (kirjeessä Grotille vuodelta 1839), eikä meillä ole paljon siihen lisättävää hänen ulkonaisesta elämästään. On jo mainittu että halvaus vuonna 1821 kohtasi hänen isäänsä, ja perheen varat, jotka jo ennen olivat niukat, hupenivat nyt niin pieniksi että ainoastaan sukulaisten ja ystävien avulla saatiin kokoon mainittu apuraha, nykyisessä rahassa noin seitsemänkymmentä markkaa. Lokakuun 3 päivänä 1822 hän tuli ylioppilaaksi ja pohjalaisen osakunnan jäseneksi. Kotiopettajan toimi, josta hän mainitsee, oli filosofian (sittemmin teologian) professorin A.J. Lagusen perheessä, ja samaan aikaan pääsi hän myöskin tuntiopettajaksi erääseen yksityiseen tyttökouluun. Kesän 1823 oleskeli hän Liedon pitäjän pappilassa Lagusen luona, jonka palkkapitäjä Lieto oli.
Seuraavan syyslukukauden kuluessa Runeberg sitävastoin joutui ahtaalle: kuuteen, seitsemään viikkoon hänellä ei ollut edes leipää, vaan hänen täytyi tyytyä takkavalkean tuhkassa paistettuihin perunoihin, suolakalaan ja voihiukkaseen; vain joskus hän saattoi hankkia itselleen maitoa. Sen ohessa hänen kotoa tuodut vaatteensa kuluivat pahanpäiväisiksi. Ei siis muuta neuvoa ollut kuin ottaa vastaan tarjottu kotiopettajanpaikka Saarijärvellä. Hänen isänsä oli kyllä huolissaan siitä että tämä viivyttäisi hänen lukujaan, ja hyväntahtoinen Lagus sanoi hänelle: olette laiska, herraseni; jos nyt lähdette Saarijärvelle, niin tulette niin tyhmäksi kuin sikäläiset tukit. Mutta ei auttanut, Runeberg lähti kuin lähtikin Saarijärvelle.
Siellä hän asui vuorotellen kruununvouti Danielssonin ja kapteeni af Enehjelmin perheissä. Kumpaiseenkin kuului kaksi poikaa, joita Runebergin piti opettaa, ja jotka aina seurasivat häntä siihen perheeseen, jonka luona hän kulloinkin oli. Vuonna 1825 Danielssonin pojat tulivat Vaasan kouluun, jonne Runeberg heitä saattoi, ja samalla matkalla hän kävi kotonaan, missä nyt viimeisen kerran näki vanhempansa. Senjälkeen hän muutti Enehjelmien kanssa Ruovedelle, josta kapteeni oli ostanut pienenlaisen mutta kauniin maatilan, Ritoniemi nimeltään, lähellä pitäjän kirkkoa. Täällä hän vielä yhden lukukauden ajan jatkoi opettajantointaan, mutta palasi vuoden 1826 alussa Turkuun. Lähteissään oli hän jäänyt velkaan, varsinkin tarvittavista uusista vaatteista, ja Saarijärveltä hän oli lähettänyt kotiin rahaa — joka oli hyvin tervetullut, kun "kukkaro oli typö tyhjä", niinkuin äiti kirjottaa. Sittenkin hän oli ollut niin säästävä, että, vaikka vuosipalkka oli vain 250 riksiä, hänellä kuitenkin Turkuun palatessaan, oman kertomuksensa mukaan, oli rahaa "kuin roskaa".
Nyt ryhtyi Runeberg tarmokkaasti lukemaan tutkintoa varten, jättäen ennen pitkää sen opettajantoimen, joka hänellä alussa oli arkkipiispa Tengströmin perheessä. Kevätlukukauden lopussa hän suoritti stipendiaattitutkinnon ja vuotta myöhemmin filosofian kandidaattitutkinnon, jonka jälkeen hän 10 päivänä heinäkuuta 1827 seppelöitiin filosofian maisteriksi. Kesän vuonna 1826 oli hän ollut Paimiossa, taas Lagusen luona, joka nyt oli saanut Paimion palkkapitäjäkseen; ja kesän 1827 hän oleskeli arkkipiispan luona, jolla oli Parainen palkkapitäjänä.
Syksyksi 1827 hän oli saanut edullisen kotiopettajanpaikan kauppaneuvos Julinin perheessä Turussa. Mutta samana päivänä jona hän tuli sinne, 4 päivänä syyskuuta, alkoi tuo hirveä tulipalo, joka hävitti suurimman osan Turun kaupunkia, eikä asiain näin ollen koko aiotusta toimesta tullut mitään. Sensijaan hän taas muutti Paraisiin arkkipiispan luo, joka palon tähden jäi sinne asumaan, ja jonka vierasvaraisessa pappilassa suuri joukko hänen sukulaisiaan sai turvapaikan. Runeberg opetti siellä talven aikana muutamia arkkipiispan lastenlapsia, ja jäi vielä seuraavaksi kesäksi asumaan Paraisiin toiseen paikkaan. Syksyllä 1828 hän sitten muutti Helsinkiin, jossa yliopisto silloin jälleen avattiin.
Niinkuin nähdään ei Runebergin ulkonainen elämä näinä vuosina juuri millään muotoa eronnut siitä elämästä jota moni muu ylioppilas ja maisteri siihen aikaan sai kokea. Että ylioppilas oli köyhä, vieläpä joskus sai tyytyä hyvin yksinkertaiseen ruokaan, ja että hänen täytyi hankkia elatustaan kotiopettajana, tämä oli peräti tavallista: olihan itse arkkipiispakin alkanut uransa samalla tapaa. Eikä edes Runebergin menestys opinteillä alussa ollut juuri loistava.
Päinvastoin: jo ensimäistä askelta ottaessaan hän sai kokea ettei hän enää, niinkuin koulussa, ollut "ensimäinen vertaistensa joukossa". Ylioppilaskokelaiden tutkimisen toimitti siihen aikaan yksi ainoa mies, filosofisen tiedekunnan dekanus. Tässä toimessa oli silloin itämaisten kielten professori Fattenborg, ja tämä ei viitsinyt vaivata itseänsä tarkemmin tutkimalla kokelaita, vaan antoi heille kaikille saman, korkeinta lähimmän arvosanan ("juvenis bonae spei", hyviä toiveita herättävä nuorukainen; paras oli "optimae spei", parhaita toiveita herättävä). Tästäpä Runeberg, oikeuden harrastaja kun oli, hirveästi suuttui, ei kuitenkaan vain omasta puolestaan; mutta tutkittavien joukossa oli muitakin eteviä nuorukaisia, muun muassa Oulusta tullut Johan Vilhelm Snellman.
Kun sitten tuli stipendiaattitutkinto, niin sama professori oli tutkijana niissä tieteissä joita Runeberg parhaasta päästä oli lukenut, ja silloinkin hän antoi Runebergille alhaisen äänimäärän. Nyt Runeberg rupesi tuumimaan, eikö hänen pitäisi jättää koko kandidaattitutkinto sikseen, sillä Fattenborg oli myöskin kreikan kielen professorin sijaisena — vakinainen professori Bonsdorff oli valtiollisten ja uskonnollisten mielipiteidensä vuoksi saanut alituisen virkavapauden! — ja kreikan kieli ja kirjallisuus oli Runebergin pääaineena. Mutta odottamatta kutsuttiin Fattenborg jäseneksi erääseen komiteaan, joka kokoontui Pietariin, toinen sijainen määrättiin, ja Runebergin toverit kehottivat häntä koettamaan valmistua seuraavan vuoden maisterin vihkiäisiin. Varsinkin nuorukainen Johan Jakob Nervander, johon Runeberg oli likeisesti tutustunut, ajoi innokkaasti tätä asiaa, ja kun heidän tuli suorittaa tutkintoja yhdessä, niin Nervander lupasi "ladata" Runebergin luonnontieteillä, joissa hän oli heikko, mutta jotka taas olivat Nervanderin pääaineita. Siihen aikaan näetten suoritettiin filosofian kandidaattitutkinto kaikissa tiedekuntaan kuuluvissa aineissa, luvultaan yksitoista.
Mutta Nervanderin toveruus ei aina voinut auttaa Runebergia. Kemiassa esimerkiksi annettiin hänelle joukko kysymyksiä, joihin hänen tuli kirjallisesti vastata. Istuessaan yksin professorin kamarissa hän ei alussa tiennyt miten suoriutua noista kemian ongelmista. Mutta pian hän keksi keinon: annetaan professorillekin ongelmia. Hän kirjotti siis vastaukset jotka muodoltaan olivat kaksipäisiä. Professori palasi, luki ja joutui vastauksista aivan ymmälle. Täytyi kysyä mitä tutkittava oikeastaan oli tarkottanut, ja kysymyksistä Runeberg sitten ymmärsi mihin päin hänen oli selitettävä vastauksensa. Professori tyytyi kuin tyytyikin selityksiin, mutta lausui lopuksi: "Teille näyttää olevan hyvin vaikeata lausua ajatuksenne".
Filosofiassa taas oli Nervander hänelle suorastaan haitaksi. Runeberg oli tarkasti lukenut saksalaisen Gerlachin kirjottaman kurssikirjan, josta tavallisesti saatiin kaksi ääntä. Mutta Nervander, joka oli kuin kotonaan missä tieteessä hyvänsä, ilmotti lukeneensa muun muassa erästä Hegelin teosta, joka oli ihka uusi, ja johon hän oli vain vilaissut. Mutta tutkijakin, professori Avellan, oli vastikään saanut sen käsiinsä, eikä ollut ehtinyt siihen oikein perehtyä, varsinkin kun hän oli oikeastaan historioitsija, eikä Hegel ole mikään helppo ymmärtää. Eihän kuitenkaan käynyt päinsä osottaa tietämättömyyttään, ja sitäpaitsi Avellan todellakin harrasti filosofiaa, vaikkei oikein pystynyt sen syvyyksiä tajuamaan. Siitä seurasi kummallinen kaksintaistelu hänen ja Nervanderin välillä: kumpikin koetti ylenpalttisen tieteellisyyden hämärään verhota tietämättömyyttään, mutta professori ihastui tuosta syvämietteisestä keskustelusta, ja Nervander sai korkeimman arvosanan — jonka hän jo muutenkin olisi hyvin ansainnut. Runeberg taas joutui siitä kärsimään, sillä kun joku kohta oli käsitelty Hegelin kannalta, niin Avellan kysyi häneltä: mitä Gerlach tästä asiasta sanoo? Ja vaikka Runeberg aina vastasi oikein, niin professori puolestansa aina vastauksille naureskeli alentavasti: mitäpä tuollainen vanhanaikainen viisaus oli Hegeliin verrattuna! Ja seuraus oli ettei Runeberg saanut kuin yhden äänen.