Teologiasta suoriuduttuaan hän oli käynyt käsiksi asetuksiin. Magister sententiarumista hän oli syventynyt Kaarle Suuren kapitulaareihin. Ja tiedonjanossaan hän oli ahminut yhteen menoon asetuskokoelman toisensa jälkeen, Hispalen piispan Théodoren, Wormsin piispan Bouchard'in, Chartres'in piispan Yves'in; sitten Gratianuksen asetukset, jotka seurasivat Kaarle Suuren kapitulaareja; edelleen Gregorius IX:n kokoelman ja Honorius III:n kirjeen Super specula. Hän perehtyi perinpohjin tuohon suureen ja myrskyiseen taistelun ja synnytystuskan aikakauteen, jolloin porvarillinen ja kanoninen oikeus taisteli keskenään keskiajan kaaoksessa, tuohon aikakauteen, jonka piispa Théodore aloittaa v. 618 ja paavi Gregorius päättää v. 1227.
Asetuskokoelmat sulatettuaan hän heittäytyi lääketieteen ja vapaitten tieteitten kimppuun. Hän tutki kasvitiedettä ja lääkkeiden valmistustaitoa. Hän oppi parantamaan kuumeita ja ulkonaisia vammoja, haavoja ja paiseita. Jacques d'Espars olisi tunnustanut hänet fysiologiksi, Richard Hellain kirurgiksi. Hän suoritti kaikki tutkinnot, lisensiaatin, maisterin ja tohtorin. Hän tutki kieliä, latinaa, kreikkaa, hepreaa — kolminainen pyhäkkö, jota ei vielä silloin paljoakaan tunnettu. Se oli oikeata tiedon hankkimisen ja kerääminen kuumetta. Kahdeksantoista vuotiaana hän oli läpäissyt kaikki neljä tiedekuntaa. Tuosta nuorukaisesta näytti elämällä olevan vain yksi ainoa päämäärä: tietäminen.
Suunnilleen näihin aikoihin puhkesi ankaran kuumuuden vaikutuksesta kesällä v. 1466 kauhea rutto, joka Pariisin kreivikunnasta surmasi yli neljäkymmentätuhatta ihmistä; niiden joukossa oli, sanoo Jean de Troyes, "mestari Arnoul, kuninkaan astrologi, joka oli erittäin hyvä, viisas ja hauska mies". Yliopistossa levisi eräänä päivänä huhu, että tuo kulkutauti raivosi erikoisesti Tirechappe-kadulla. Siellä asuivat Claude Frollon vanhemmat läänityksensä keskellä. Nuori ylioppilas riensi levottomana kotiinsa. Kun hän saapui sinne, olivat hänen isänsä ja äitinsä kuolleet. Aivan pieni, kapaloissa oleva veli makasi kehdossa avuttomana kirkuen. Se oli ainoa eloon jäänyt olento hänen perheestään. Nuorukainen otti lapsen käsivarrelleen ja läksi mietteisiin vaipuneena pois. Siihen saakka hän oli elänyt yksinomaan tieteissä, nyt hän alkoi elää elämässä.
Tämä kohtalonisku sai aikaan käänteen Clauden elämässä. Orpona, sukunsa vanhimpana ja perheensä päämiehenä yhdeksäntoista vuoden iässä tunsi hän itsensä tylysti herätetyksi koulun unelmista tämän maailman todellisuuteen. Hänessä heräsi ensin sääli, sitten kuvaamaton hellyys nuorempaa veljeä kohtaan, aivan outo ja inhimillinen tunne hänelle, joka ei ollut vielä rakastanut muuta kuin kirjojaan.
Tämä tunne kehittyi hänessä aivan erikoisen voimakkaaksi. Niin koskemattomalle sielulle kuin hänen se oli ensimmäisen rakkauden kaltaista. Lapsuudesta asti erotettuna vanhemmistaan, joita hän tuskin tunsi, suljettuna ja ikäänkuin muurattuna kirjojensa ääreen ja ennen kaikkea tiedon- ja opinhaluisena ja näihin saakka yksinomaan antautuneena tyydyttämään tiedonjanoaan, joka käsitti koko tietämisen alan, ja mielikuvitustaan, joka sai ravintoa vanhojen runoilijain teoksista, ei tuolla nuorukaisraukalla ollut vielä ollut aikaa ottaa selkoa, että hänellä oli sydänkin. Tuo pieni veli, joka niin odottamatta putosi pilvistä hänen käsivarsilleen, teki hänestä uuden ihmisen. Hän huomasi, että maailmassa on muitakin seikkoja kuin Sorbonnen metafyysilliset mietiskelyt ja Homeroksen säkeet, että ihminen tarvitsi mielenliikutuksia, että elämä ilman hellyyttä ja rakkautta on vain kuollut, natiseva, kuluttava koneisto; mutta hän kuvitteli, sillä hän oli vielä siinä iässä, jolloin toinen kuvitelma häviää vain tehdäkseen tilaa toiselle, että veri- ja perhesiteet ovat ainoat välttämättömät, ja että rakkaus pieneen veljeen riittää täyttämään koko elämän.
Hän antautui sen vuoksi rakkaudelle pikku Jehania kohtaan koko sen intohimon voimalla, joka piili hänen jo syvässä, hehkuvassa ja keskittyneessä luonteessaan. Tuo pieni, hento olento rusottavine poskineen ja vaaleine, kiharaisine hiuksineen, jolla ei ollut muuta turvaa kuin toinen orpo, liikutti häntä sielun sisimpään saakka; ja vakavana ajattelijana mietiskeli hän Jehanin kohtaloa syvää sääliä tuntien. Hän piti hänestä huolta kuin jostakin hänelle uskotusta hyvin helposti särkyvästä. Hän oli lapselle enemmän kuin veli, hän oli äiti.
Pikku Jehan oli kadottanut äitinsä, kun hän vielä sai rintaa. Claude hankki hänelle samalla imettäjän ja kasvatusäidin. Paitsi Tirechappen lääniä oli hän isältään perinyt myös Moulinin läänin, joka kuului Gentillyn linnan hallintopiiriin. Siellä oli mylly kukkulalla lähellä Winchestren (Bicêtren) linnaa. Myllärin vaimo imetti parhaillaan sievää lasta; se ei ollut kaukana Yliopistosta. Claude vei itse hänelle pienen Jehaninsa.
Nyt hän otti elämän paljon vakavammalta kannalta, kun hän tunsi itsensä vastuunalaiseksi. Pikku veljen ajatteleminen ei ollut hänelle ainoastaan ajanvietettä lukujen lomassa, vaan siitä tuli niiden päämäärä. Hän päätti kokonaan antautua tulevaisuudelle, josta hän oli vastuussa Jumalalle, eikä tahtonut koskaan omistaa muuta vaimoa, muita lapsia kuin veljensä onnen ja menestyksen. Hän kiinnitti entistä enemmän huomiota papilliseen kutsumukseensa. Hänen ansionsa, hänen oppineisuutensa, hänen asemansa Pariisin piispan välittömänä vasallina avasi hänelle kirkon portit selkoselälleen. Kahdenkymmenen ikäisenä hänet vihittiin papiksi pyhän istuimen erikoisella suostumuksella, ja hän toimitti virkaa Notre-Damen nuorimpana kappalaisena sillä alttarilla, jota sen myöhäisen hetken vuoksi, jona sen ääressä messu toimitettiin, nimitettiin altare pigrorumiksi.
Entistä enemmän syventyneenä rakkaisiin kirjoihinsa, jotka hän jätti ainoastaan mennäkseen hetkeksi myllylle, oli hän oppineisuutensa ja ankarain elintapainsa vuoksi, mikä oli harvinainen yhdistys hänen aikanaan, pian saavuttanut virkatoveriensa kunnioituksen ja ihailun. Luostarista oli hänen harvinaisen oppinsa maine tunkeutunut kansankin keskuuteen saaden kuitenkin pienen noituuden sivumaun, mikä lisä siihen aikaan ei suinkaan ollut harvinaista.
Suoritettuaan Quasimodo-sunnuntaina messunsa "laiskojen alttarilla", joka oli oikeanpuoleisen, kuoriin johtavan oven vieressä lähellä Pyhän Neitsyen kuvaa, aikoi hän juuri lähteä kirkosta, kun väkijoukko, joka oli kerääntynyt löytölasten lavitsan ympärille, ja vanhojen vaimojen äänekäs keskustelu kiinnittivät hänen huomiotaan.